Perkembangan Teknik PCR A. Latar Belakang Reaksi berantai polimerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro. vitro. Metode ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis, seorang peneliti di perusahaan CETUS Corporation. Corporation. Pada awal perkembangannya metode PCR hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul DNA, namun kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan pula untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitasi molekul mRNA. Saat ini metode PCR telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan analisis genetik. Metode PCR tersebut sangat sensitif, sehingga dapat digunakan untuk melipatgandakan satu molekul DNA. Metode ini juga sering digunakan untuk memisahkan gen-gen berkopi tunggal dari sekelompok sekuen genom. Dengan menggunakan metode PCR, dapat diperoleh pelipatgandaan suatu fragmen DNA (110 bp, 5×10 9 mol) sebesar 200.000 kali setelah dilakukan 20 siklus reaksi selama 220 menit (Mullis dan Fallona, 1989). Hal ini menunjukkan bahwa pelipatgandaan suatu fragmen DNA dapat dilakukan secara cepat. Kelebihan lain metode PCR adalah bahwa reaksi ini dapat dilakukan menggunakan komponen dalam jumlah sangat sedikit, misalnya DNA cetakan (template ( template)) yang diperlukan hanya sekitar 5 µg, oligonukleotida yang diperlukan hanya sekitar 1 mM dan reaksi ini bisa dilakukan dalam volume 50 – 100 πl. Konsep asli teknologi PCR mensyaratkan bahwa bagian tertentu sekuen DNA yang akan dilipatgandakan harus diketahui terlebih dahulu sebelum proses pelipatgandaan tersebut dapat dilakukan. Sekuen yang diketahui tersebut penting untuk menyediakan primer, yaitu sekuen oligonukleotida pendek yang berfungsi mengawali sintesis rantai DNA dalam reaksi berantai polimerase. Pengembangan lebih lanjut metode PCR memungkinkan dilakukannya pelipatgandaan suatu fragmen DNA yang belum diketahui sekuennya, misalnya dengan metode Alu-PCR (Rosenthal, 1992). Alu adalah suatu sekuen DNA (panjangnya kurang lebih 300 bp) yang banyak terdapat sepanjang genom manusia (repetitive (repetitive DNA sequence). sequence). Alu-PCR adalah metode PCR yang memanfaatkan sekuen-sekuen Alu sebagai dasar untuk membuat primer untuk melipatgandakan suatu fragmen DNA yang belum diketahui sekuen yang terdepat di antara dua sekuen Alu. B. Polymerase Chain Reaction Pelaksanaan metode PCR memerlukan empat komponen utama, yakni DNA cetakan, oligonukleotida primer, deosiribonukleotida trifosfat (dNTP) yang terdiri dari dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan) enzim polimerase yang digunakan untuk mengkatalis reaksi sintesis rantai DNA. Proses PCR terdiri dari tiga tahap, yakni denaturasi, penempelan (annealing), annealing), dan amplifikasi. Pada tahap denaturasi, suatu fragmen DNA ( duoble strand ) dipanaskan pada suhu 95 0C selama 1-2 menit sehingga akan terpisah menjadi rantai tunggal (singlestrand) (singlestrand).. Kemudian dilakukan penempelan (annealing ( annealing)) pada suhu 55 0C selama1-2 menit, yakni oligonukleotida primer menempel pada DNA cetakan yang komplementer dengan sekuen primer. Setelah dilakukan penempelan, suhu dinaikkan menjadi 72 0C selama 1,5 menit. Pada suhu ini, enzim DNA polimerase akan melakukan poses polimerasi, yakni rantai DNA yang baru akan membentuk jembatan hidrogen dengan DNA cetakan. Proses ini disebut amplifikasi (Triwibowo, 2006). C. Penggolongan Teknik PCR Berdasarkan pasangan primer yang digunakan dalam teknik PCR, maka ada dua macam teknik PCR yaitu (1) metode yang menggunakan sepasang primer (primer yang ditempatkan di awal dan di akhir unit transkripsi) dimana primer-primer tersebut sangat spesifik urutannya untuk menyambungkan dirinya dengan segmen DNA; dan (2) metode yang menggunakan primer tunggal (primer yang ditempatkan di awal unit transkripsi atau di akhir unit transkripsi) (Triwibowo, 2006). Metode PCR dengan primer tunggal, meliputi : AP-PCR ( Arbitrary Arbitrary Primed PCR), Primed PCR), RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), DNA), serta DAF (DNA ( DNA Amplification Fingerprinting) Fingerprinting)
yang meliputi proses amplifikasi dari DNA/VNTRs dan Retroposon. Persamaan dari ketiga teknik ini adalah adanya urutan acak dari primer, baik yang bekerja ke arah kanan maupun ke arah kiri dari sejumlah lokus. Perbedaan dari ketiga teknik tersebut terdapat pada panjang-pendeknya primer, dimana untuk AP-PCR sekitar 20 basa nukleotida, RAPD sekitar 10 basa nukleotida dan DAF sekitar 6-8 nukleotida. Hasil visualisasi dari AP-PCR dan RAPD relatif sama, sehingga orang lebih menyukai RAPD karena dengan ukuran primer yang lebih sedikit (~10 basa nukleotida) memberikan hasil yang tidak berbeda dengan AP-PCR yang memiliki ukuran primer lebih besar (~20 basa nukleotida). Metode PCR dengan menggunakan sepasang primer, meliputi : STSs ( Sequence-Tagged Sites) Sites) dan SCARs (Sequence ( Sequence Characterized Amplified Regions Amplified Regions), ), DALP (Direct (Direct Amplification of Length Polymorphism), Polymorphism), SSRs (Simple ( Simple Sequence Repeats), Repeats), IFLP (Intron (Intron Fragment Length Polymorphism), Polymorphism), ESTs (Expressed ( Expressed Sequence Tags), Tags), RAMP (Random ( Random Amplified Microsatellite Polymorphism) Polymorphism) dan REMAP (Retroposon-Microsatellite ( Retroposon-Microsatellite Amplified Polymorphism Amplified Polymorphism), ), AFLP ( Amplified Fragment Length Polymorphism) Polymorphism) dan modifikasinya, SSCP (Single ( Single Strand Conformation Polymorphism). Polymorphism). D. Pengembangan Teknik PCR Sejak pertama kali diperkenalkan, teknik PCR telah berkembang sangat pesat dan diaplikasikan untuk bemacam-macam tujuan, baik untuk riset dasar maupun aplikasi praktis. Pada aspek metodologinya, teknik PCR yang pertama kali diperkenalkan memerlukan banyak kondisi khusus untuk menjamin keberhasilannya. Sebagai contoh, pada awalnya teknik PCR hanya digunakan untuk mengamplifikasi molekul DNA dengan menggunakan DNA sebagai bahan awal (starting ( starting material ) yang akan digunakan sebagai cetakan. Dalam hal ini molekul DNA yang aakan diamplifikasi harus diisolasi terlebih dahulu dari sel atau jaringan. Perkembangan lebih lanjut teknik ini memungkinkan para peneliti menggunakan molekul RNA sebagai bahan awal, yaitu dengan berkembangnya teknik Reverse Trancriptase PCR (RT-PCR). Selain itu, sekarang juga dikembangkan teknik PCR yang tidak memerlukan langkah isolasi molekul DNA terlebih dahulu sebelum diamplifikasi. Dalam hal ini PCR dapat dilakukan dengan menggunakan sel atau jaringan sebagai bahan awal tampa harus melakukan isolasi DAN secara khusus. Dengan teknik ini, PCR dapat dilakukan di dalam sel atau jaringan tersebut sehingga teknik ini dikenal sebagai PCR In Situ. Situ. Selain itu, teknik PCR sekarang juga dapat dilakukan secara efisien untuk amplifikasi molekul DNA yang panjang. Secara ringkas kedua macam teknik ini dijelaskan sebagai berikut. 1. Reverse Trancriptase PCR (RT-PCR) Teknik ini dikembangkan untuk melakukan analisis terhadap molekul RNA hasil transkripsi yang terdapat dalam jumlah sangat sedikit di dalam sel. Sebelum teknik ini dikembangkan, analisis analisis terhadap molekul mRNA mRNA biasanya dilakukan dengan metode hibridisasi In Situ, Situ, northern blot , dot blot , atau slot blot , analisis menggunakan S1 nuklease, atau dengan metode pengujian proteksi RNAse (RNAse ( RNAse protection assay ). ). Teknik RT-PCR dikembangkan untuk mengatasi kelemahan-kelemahan metode PCR yang lain. RNA tidak dapat digunakan sebagai cetakan pada teknik PCR, oleh karena itu perlu dilakukan proses transkripsi balik (reverse transcription) terhadap molekul mRNA sehingga diperoleh molekul cDNA (complementary (complementary DNA). DNA). Molekul cDNA tersebut kemudian digunakan sebagai cetakan dalam proses PCR. Teknik RT-PCR ini sangat berguna untuk mendeteksi ekspresi gen, untuk amplifikasi RNA sebelum dilakukan cloning dan analisis, maupun untuk diagnosis agensia infektif maupun penyakit genetik. Teknik RT-PCR memerlukan enzim transcriptase balik (DNA polymerase) yang bisa menggunakan molekul DNA (cDNA) sebagai cetakan untuk menyintesis molekul cDNA yang komplementer dengan molekul RNA tersebut. Beberapa enzim yang bisa digunakan antara lain mesophilic viral reverse transcriptase (RTase) yang dikode oleh virus avian myoblastosis (AMV) maupun oleh virus moloney murine leukemia (M-MuLV), dan Tth DNA polymerase. RTase yang dikode oleh AMV maupun M-MuLV bersifat sangat prosesif
dan mampu menyintesis cDNA sampai sepanjang 10 kb, sedangkan Tth DNA polymerase mampu menyintesis cDNA sampai sepanjang 1-2 kb. Berbeda dengan Tth DNA polymerase, enzim RTase AMV dan M-MuLV mempunyai aktivitas RNAse H yang akan meyebabkan terjadinya degradasi RNA dalam hybrid RNAcDNA. Aktivitas semacam ini dapat merugikan jika berkompetisi dengan proses sintesis DNA selama proses produksi untai pertama cDNA. Enzim RTase yang berasal dari MMuLV mempunyai akyivitas RNase H yang lebih rendah dibanding dengan yang berasal dari AMV. Enzim M-MuLV mencapai aktivitas maksimum pada suhu 37 o C, sedangkan enzim AMV pada suhu 42o C dan Tth DAN polymerase mencapai aktivitas maksimum pada suhu 6070o C. Penggunaan enzim M-M-MuLV kurang menguntungkan jika RNA yang digunakan sebagai cetakan mempunyai struktur sekunder yang ekstensif. Di lain pihak, penggunaan Tth DNA polymerase kurang menguntungkan jika ditinjau dari kebutuhan enzim ini terhadap ion Mn karena ion Mn dapat mempengaruhi ketepatan (fidelity ) sintesis DNA. Meskipun demikian, enzim Tth DNA polymerase mempunyai keunggulan karena dapat digunakan untuk reaksi transkripsi balik sekaligus proses PCR dalam satu langkah reaksi. Reaksi transkripsi balik dapat dilakukan dengan menggunakan beberapa macam primer yaitu : 1. Oligo(dT) sepanjang 12-18 nukleotida yang akna melekat pada ekor poli
(A)pada ujung 3’ mRNA mamalia. Primer semacam ini pada umumnya akan menghasilkan cDNA yang lengkap. 2. Heksanukleotida acak yang akan melekat pada cetakan mRNA yang komplementer pada bagian manapun. Primer semacam ini akan menghasilkan cDNA yang tidak lengkap (parsial). 3. Urutan nukleotida spesifik yang dapat digunakan secara selektif untuk menyalin mRNA tertentu. 2. PCR In Situ Analisis DNA atau lumRNA hasil transkripsi dapat dilakukan dengan berbagai macam cara, misalnya hibridisasi DNA : RNA atau DNA : DNA, dengan sistem dot blot atau slot blot. Analisis dapat dilakukan dengan terlebih dahulu melakukan isolasi DNA atau mRNA dari sel atau jaringan, atau dengan metode yang lebih maju yaitu dengan analisis langsung sel pada jaringan yang bersangkutan tanpa harus melakukan isolasi DNA atau mRNA terlebih dahulu. Teknik semacam ini dikenal sebagai In Situ Hybridisation (hibridisasi In Situ). Teknik ini memerlukan molekul RNA atau DNA target dalam jumalh paling tidak 20 kopi dalam satu sel agar dapat terdeteksi. Oleh karena itu, teknik hibridisasi hibridisasi In Situpaling sering digunakan untuk analisis mRNA karena jumlahnya per sel pada umumnya lebih banyak dibandingkan dengan DNA. Jumlah genom virus laten yang menginfeksi suatu sel misalnya, seringkali hanya terdiri atas beberapa kopi. Demikian pula mutasi gen, translokasi kromosom dan perubahan patologis awal seringkali hanya melibatkan beberapa kopi sekuen nukleotida sehingga akan sukar dideteksi dengan teknik hibridisasiIn Situ. Oleh karena itu, untuk analisis molekul DNA yang jumlah kopinya sangat sedikit di dalam sel, harus dilakukan amplifikasi terlebih dahulu secara In Situ. Teknik yang mengombinasikan amplifikasi PCR dengan hibridisasi In Situ dikenal sebagai teknik PCR In Situ (Komminoth dan Long, 1995) Sebelum dilakukan PCR In Situ, sel atau sampel jaringan harus difiksasi dan dipermeabilisasi terlebih dahulu. Fiksasi dilakukan untuk mempertahankan DNA atau RNA dan morfologi sel atau jairngan. Biasanya yang digunakn untuk fiksasi ada;ah formalin dan paraformaldehid. Jaringan yang masih segar atau sel dengan membrane yang masih utuh merupakan sampel yang ideal. Meskipun demikian, sampel jaringan yang sudah difiksasi dengan formalin juga dapat digunakan untuk PCR In Situ. Sel yang
masih utuh akan mengalami kerusakan nukleotida yang jauh lebih sedikit dan membrane sel yang ada akan menjadi pelindung terhadap produk amplifikasi . Permeabilisasi dapat dilakukan dengan menggunakan enzim, misalnya proteinase K, tripsin atau pepsinogen, sehingga primer, enzim DNA polymerase dan nukleotida dapat masuk ke dalam inti sel (nucleus). Setelah permeabilisasi, enzim protease yang digunakan harus dinonaktifkan sebab sisa-sisa enzim ini dapat menghasncurkan DNA polymerase yang digunakan dalam PCR. Setelah dilakukan fiksasi dan permeabilisasi, kemudian dilakukan amplifikasi In Situ yaitu dengan menambahkan komponen-komponen yang diperlukan untuk PCR. Setelah dilakukan PCR, selanjutnya sel atau jaringan yang digunakan diambil lagi dan dilekatkan pada gelas obyek (object glass). Sebagian lisat sel dianalisis dengan elektroforesis gel. Produk PCR hasil amplifikasi In Situ yang ada di dalam sel kemudian dianalisis dengan metode hibridisasi In Situ atau dengan imunohistokimia. Secara umum teknik PCR In Situdapat dibedakan menjadi dua, yaitu (1) PCR In Situ tidak langsung (Indirect In Situ PCR), dan (2) PCR In Situ langsung (Direct In Situ PCR). Pada teknik PCR In Situ tidak langsung, dilakukan amplifikasi In Situ dna hibridisasi In Situ, tetapi pelacak ( probe) disiapkan tersendiri. Sebaliknya, pada teknik PCR In Situ langsung, dilakukan amplifikasiIn Situ dengan menggunakan pelacak secara khusus. Teknik PCR In Situ langsung dianggap merupakan teknik yang lebih cepat dibandingkan dengan teknik PCR In Situtidak langsung untuk deteksi DNA atau RNA tanpa harus melakukan hibridisasi In Situ. Meskipun demikian, teknik PCR In Situ langsung memberikan hasil yang kurang meyakinkan, disbandingkan dengan teknik PCR In Situ tidak langsung, jika digunakan untuk sampel berupa potongan jaringan. Dalam penerapan teknik PCR In Situ ini ada beberapa variabel penting yang harus diperhatikan, antara lain (1) tipe bahan awal yang digunakan (sel, potongan jaringan, atau yang lain), (2) tipe dan jumlah kopi urutan nukleotida yang menjadi target (DNA genom, DNA virus, atau RNA), (3) metode amplifikasi cDNA yang digunakan (menggunakan primer tunggal atau lebih dari satu promer), (4) sistem deteksi (langsung atau tidak langsung), (5) penggunaan kontrol dalam eksperimen. Tekni PCR in situ telah berkembang (Gu, 1995) sehingga sekarang terdapat empat variasi, yaitu (1) PCR in situ langsung, (2) PCR in situ tidak langsung. (3) RT-PCR in situ, dan (4) 3SR (self-sustainded sequence replication reaction). RT-PCR in situ adalah PCR in situ dengan menambahkan reaksi transkripsi balik (reverse transcription), sedangkan teknik 3SR adalah teknik amplifikasi mRNA in vitro dengan menggunakan tiga macam enzim, yaitu transkriptase balik AMV, T7 RNA polimerase, dan Rnase H yang berasal dariEscherichia coli . Dengan metode ini dapat dilakukan proses transkripsi balik dan reaksi transkripsi untuk menggandakan RNA melalui hibrid RNA/DNA dan cDNA. Metode ini dikembangkan oleh Ingenborg Zehbe dan kawan-kawan sebagai alternatif terhadap metode RT-PCR untuk deteksi RNA dengan jumlah kopi yang sangat kecil. Metode ini
pada dasarnya tidak seperti metode PCR karena semua reaksi dilakukan pada suhu 42˚C dan tidak memerlukan alat thermocycler . Referensi: Gu, J. 1995. In Situ PCR-An Overview. In: Jiang Gu (Ed.). In Situ PCR and Related Technology. Birkhauser Boston. Komminoth, P., Long, A.A. (1995) In situ polymerase chain reaction and its applications to the study of endocrine diseases. Endocr Pathol 6:167–171. Maullis, K.B., and Fallona, F.A. 1989. Spesific syntesis of DNA in vitro via a polymerasecatalyzed chain reaction. In: Wu, R., Grossman, L., and Moldlave, K. (Eds.). Recombinant DNA Methodology. Academic Press, Inc., San DIego. Rosenthal, A. 1992. PCR Amplification techniques for chromosome walking. TIBTECH 10:44-48. Yuwono, T. 2006. Teori Dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Yogyakarta: Andi offset.
http://repository.ubaya.ac.id/35/1/ART002.pdf PCR, Mempercepat Proses Analisis DNA
Kasus penyebaran flu burung di berbagai negara masih menjadi bahasan utama setiap media. Hasil tes DNA (deoxyribose nucleic acid) menentukan penelitian lanjutan terhadap analisis DNA untuk keperluan diagnosis penyakit.
Seperti diketahui, DNA adalah pembawa informasi genetik dalam sel. DNA membawa pesan-pesan yang mengendalikan aktivitas sel. DNA setiap makhluk hidup yang ada di dalam inti sel dan mitokondria itu adalah unik dan khas. Itu sebabnya tes DNA menjadi salah satu alternatif tindakan yang dilakukan. Virus H5N1 pada penderita suspect flu burung dapat diidentifikasi dengan lebih mudah dan cepat. Permudah diagnosis
Saat ini proses analisis DNA banyak dilakukan dengan menggunakan teknik PCR (polymerase chain reaction). Teknik PCR inilah yang memungkinkan proses analisis DNA menjadi lebih cepat dibandingkan dengan melakukan tes DNA dengan cara konvensional. Dengan PCR, urutan DNA dapat digandakan hanya dalam waktu beberapa jam sampai kuantitasnya cukup untuk sebuah proses analisis. Suatu teknik yang sangat menolong tentunya setelah dilakukan prosedur yang cukup rumit untuk mendapatkan urutan DNA yang cukup.
Ditemukannya PCR atau reaksi rantai polimerase ini jelas merupakan sebuah angin segar bagi kalangan ilmuwan yang bergerak di bidang genetika molekuler. Berkat PCR-lah, mereka lebih mudah mendiagnosis suatu penyakit maupun melakukan analisis forensik. Bahkan studi DNA dari suatu fosil yang ditemukan oleh para arkeolog akan lebih mudah dilakukan dengan bantuan PCR ini.
Untuk lebih jelasnya, berikut ini penerapan PC R yang telah meliputi berbagai bidang kehidupan manusia dan membuka peluang baru untuk studi tentang gen.
Pertama, PCR digunakan untuk amplifikasi urutan DNA yang khas bagi manusia sehingga DNA manusia dapat dilacak dan diisolasi dari DNA yang lain.
Kedua, deteksi mutasi dengan amplifikasi PCR. Mutasi biasanya terjadi pada kanker dan kelainan
bawaan. Pengetahuan sifat mutasi pada pasien sangat penting untuk diagnosis dan terapi. PCR dapat digunakan untuk mengikuti perkembangan sel kanker setelah terapi. Berbagai kelainan bawaan juga telah berhasil didiagnosis dengan cara PCR. Kemampuan untuk melacak lesi yang khas untuk sel tumor merupakan hal yang sangat bernilai bagi ahli dalam mencoba untuk menentukan apakah seorang pasien yang telah diobati terhadap leukemia sudah bebas dari sel malignan atau belum.
Ketiga, PCR juga dapat diterapkan dalam melacak infeksi virus dan bakteri. Diagnosis konvensional didasarkan pada kemampuan untuk menumbuhkan agen pada biakan atau untuk melacak keberadaan mereka pada pasien dengan antibodi. U ji seperti itu dapat memerlukan waktu beberapa minggu sebelum diagnosis dapat ditegakkan, sementara uji yang kedua relatif kurang peka. Hal tersebut juga merupakan masalah penting untuk diagnosis AIDS atau untuk studi epidemiologi infeksi HIV.
Contoh lain, seperti pada kasus flu burung adalah mendeteksi keberadaan virus H5N1 pada penderita suspect flu burung. Seperti pada terapi kanker, tujuan utama diagnosis adalah melacak sel-sel terinfeksi, yang biasanya terdapat dalam jumlah yang kecil dari suatu cuplikan jaringan atau darah. Penyakit bekteri juga dapat didiagnosis dengan PCR. Salah satu yang penting misalnya tuberkulosis (TBC). Penyakit yang disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis ini sering sulit didiagnosis karena hanya sedikit mikroorganisme yang ada dalam material dari pasien untuk penegakan d iagnosis secara histologis. Untuk itu, patogen harus d iidentifikasi setelah ditumbuhkan pada biakan dan pengujian kepekaan antibiotika. Prosedur seperti itu dapat memerlukan waktu sampai dua minggu. PCR telah terbukti dapat mengatasi permasalahan tersebut.
Keempat, PCR digunakan untuk penentuan jenis k elamin pada sel prenatal. Prosedur ini sekarang telah digunakan pada klinik bagi keluarga yang mempunyai risiko kelainan genetik turunan yang terpaut pada kromosom X, dengan implantasi embrio yang telah dibiopsi pada ibu-ibu. PCR memungkinkan biopsi, penentuan kelamin, dan transfer janin ke rahim para ibu dapat dilakukan pada status reproduksi yang sama. Jenis kelamin dari janin diperiksa dengan analisis karyologis dari selsel vilus korionik.
Kelima, PCR digunakan dalam studi evolusi molekuler. Informasi genetika molekuler telah semakin sering digunakan dalam studi evolusi untuk menentukan tingkat kekerabatan antarspesies. Metode studi evolusi konvensional sering mengalami hambatan, karena memerlukan spesies yang masih hidup sebagai sumber DNA. Dengan sumber tersebut, hubungan antarspesies yang masih hidup dapat diamati secara langsung. Akan tetapi, hubungan dari organisme hidup dengan yang telah punah sulit dilakukan.
Cuplikan jaringan dari spesies yang sudah punah atau yang populasinya jarang, yang tersimpan di museum di seluruh dunia adalah sumber DNA yang baik. DNA dapat d isolasi dari sumber-sumber secara beragam, seperti kulit, mumi manusia, tanaman kering, bahkan jaringan lunak yang disimpan dalam pengawet. Hanya, molekul DNA dari sumber seperti itu umumnya tinggal sebagai fragmen-fragmen yang pendek akibat degradasi, rusak akibat mutagen dari lingkungan seperti sinar ultra v iolet, serta tercemar hebat oleh DNA bakteri. DNA yang seperti itu tidak dapat digunakan untuk studi dengan teknik pengklonan konvensional. PCR telah mengubah situasi tersebut secara dramatis. Teknik ini dapat mengamplifikasi secara efisien fragmen DNA yang kecil yang masih tetap utuh dalam terok sekalipun fragmen yang utuh tersebut terdapat dalam jumlah yang sangat sedikit sekali
Keenam, penggunaan PCR dalam bidang kehakiman. Potensi penggunaan sumber DNA untuk meyakinkan identitas seseorang dalam ilmu kehakiman adalah bukti akurat yang telah diakui secara nyata dan telah banyak digunakan. Hal inilah yang dilakukan dalam mengidentifikasi kelompok teroris Dr. Azahari dalam pengungkapan identitas mayat terkena bom di Batu Malang.
DNA dapat diisolasi dari tetesan darah kering atau dari sperma dalam usapan kapas vagina yang telah tersimpan sampai selama dua tahun. Pertimbangan utama dalam penerapan PCR dalam forensik adalah cemaran dari contoh barang bukti oleh DNA lain dari tempat kejadian kriminal maupun dari DNA lain yang telah pernah diamplifikasi di laboratorium yang sama.*** R.A.Laksmi Priti M.Alumnus Jurusan Biologi FMIPA Unpad . 2. Mengapa Virus Flu burung H5N1 ? jawab : Virus adalah makhluk hidup yang paling sederhana sebab hanya memiliki gen penyandi protein terpenting untuk hidupnya saja. Sebagaimana perilaku parasit, protein selebihnya dipinjam dari 'tuan rumah' yang diserangnya.Pada umumnya virus adalah patogen/organisme penyebab penyakit yang paling sulit pengobatannya. Hal ini disebabkan oleh dua hal.
Pertama, protein virus yang menjadi target obat jumlahnya sedikit. Kedua tabiat mutasi yang secara alamiah terjadi pada seluruh organisme, muncul lebih sering karena kesederhanaan sifat genetiknya itu, sehingga virus paling mudah berubah bentuk menjadi tak dikenali lagi oleh obat yang ada. Untuk itu, cara ampuh memerangi virus tiada lain adalah dengan mencegah terjadinya 'pertautan ciuman maut' tersebut.
Tonjolan pada virus influenza terdiri dari dua protein yaitu protein hemagglutinin (disingkat HA) dan protein neuraminidase (NA). Protein HA mengenali molekul sialic acid (SA) di permukaan sel target, selanjutnya protein NA memotong SA agar virus dapat masuk ke dalam sel. Ketika keluar dari sel pun, protein NA bertugas memotong SA yang banyak terdapat di permukaan sel agar virus tidak 'tertambat' di situ saja sehingga dapat bergerak bebas menyerang sel lainnya. Apabila umumnya virus memiliki sepotong genom (baik dalam bentuk DNA atau RNA), virus influenza memiliki 8 potong genom. Hal ini menyebabkan virus influenza sangat sering berganti rupa melalui k ombinasi potongan genom itu Para peneliti dari Australia yaitu Laver dan Coleman berhasil memecahkan struktur protein NA sampai tingkat atom pada tahun 1983. Informasi detail wajah protein NA ini memberikan petunjuk penting bahwa bagian yang melakukan 'ciuman maut' itu tidak pernah berubah walaupun bagian lainnya seringkali berganti. Hal ini memberikan inspirasi pada V on Itzstein, juga dari Australia, untuk mensintesa senyawa organik yang dapat menghambat pertautan protein NA dengan SA pada tahun 1993. Senyawa organik yang menjadi obat influenza ini disebut Za namivir yang menunjukkan khasiatnya dengan meniru SA berinteraksi dengan protein NA. Virus influensa pada umumnya baik pada manusia atau pada unggas adalah dari kelompok famili orthomyxoviridae. Ada beberapa tipe virus influenza pada manusia dan binatang yaitu virus influenza tipe A, B, dan C. Pada manusia Virus A dan B dapat menjadi penyebab wabah flu yang cukup luas. Sementara virus C menyebar secara periodik, ringan dan tidak menyebakan wabah. Pada permukaan virus A ada 2 glikoprotein, Yaitu : hemaglutinin (H), dan neuraminidase (N), untuk mengkasifikasikannya secara rinci, masing-masing tipe virus tersebut dabagi menjadi subtipe berdasarkan kelompok H dan N, klasifikasinya adalah : H1-H15. dan N1-N9. Perbedaan H merupakan dasar subtipe. Influenza pada manusia sejauh ini disebabkan oleh virus H1N1, H2N2 dan H3N2 serta virus avian H5N1, H9N2 dan H7N7. Sementara itu ada sekitar 15 subtipe virus influenza yang dapat terjadi pada unggas, seperti H7N7, H9N2, dll. Subtipe infeksi virus ini menimbulkan berbagai gejala pada unggas mulai dari yang ringan sampai yang fatal dan menyebabkan epidemi luas ( Highly pathogenic avian influenza) dengan angka kematian pada unggas mencapai 100%. Kasus fluburung yang kini banyak dibicarakan disebabkan oleh virus influenza tipe A subtipe H5N1.Laporan yang menyatakan bahwa virus H5N1 yang sekarang ada ternyata berbeda dengan virus H5N1 yang pernah menyerang manusia dan unggas, artinya virus tersebut telah bermutasi dan bukan tidak mungkin a kan bermutasi kembali di masa depan. 3. Apa perbedaan virus RNA dan DNA?
Jawab: Virus DNA ukurannya lebih kecil dari virus RNA. DNA mempunyai tugas sebagai pembawa informasi genetik yang sedikit. Kebanyakan virus DNA, menyerang sel prokariotik sedangkan posted by AVIANINFLUENZA @ 11:51 PM 0 comments W E D N E S D A Y ,
O C T O B E R
1 9 ,
2 0 0 5
MENGENAL VIRUS
Virus adalah penyebab infeksi terkecil (berdiameter 20-300 nm). Genom virus hanya mengandung satu jenis asam nukleat(RNA atau DNA). Asam nukleat virus terbungkus dalam suatu kulit protein, yang dapat dikelilingi oleh selaput yang lemak. Seluruh unit infektif disebut virion. Virus tidak aktif dalam lingkungan di luar sel. Virus hanya bereplikasi di dalam sel hidup, sebagai parasit pada tingkat genetic. Asam nukleat virus mengandung informasi yang diperlukan untuk memerintahkan sel inang yang terinfeksi guna mensintesis sejumlah makromolekul khusus yang dibutuhkan untuk pembentukan turunan virus. Selama siklus replikatif, dihasilkan banyak salinan asam nukleatdan lapisan-lapisan protein tersebut akan membentuk kapsid, yang membungkus dan menstabilkan asam nukleat virus terhadap lingkungan ekstrasel serta memudahkan pelekatan dan penetrasi virus ketika berkontak dengan sel baru yang rentan.
DEFINISI DALAM VIROLOGI
Kapsid :kulit protein, atau lapisan , yang menutupi genom asam nukleat. Kapsid yang kosong dapat merupakan hasil sampingan siklus replikatif virus yang mempunyai simetri ikosahedral Nukleokapsid: Kapsid beserta asam nukleat yang diselubunginya. Unit Struktur: Blok pembangunan protein dasar dari lapisan. Blok ini biasanya berupa kumpulan lebih dari satu polipeptida yang nonidentik. Kapsomer; unit morfologik yang terlihat dalam mikrokroskop electron pada permukaan partikel-partikel virus ikosahedral.Kapsomer menggambarkan kelompok polipeptida , tetapi unit morfologik tidak perlu sesuai dengan sifat kimia unit struktur. Selubung: Selaput yang mengandung lemak yang mengelilingi beberapa partikel virus. Selubung ini diperoleh selama pematangan virus d engan proses pertunasan melalui selaput sel. Glikoprotein-glikoprotein yang disandikan virus bertomjolan pada permukaan selubung.
Virion:Partikelvirus lengkap, yang dalam beberapa jenis dapat b ersifat sama dengan nukleokapsid. Virus cacat: partikel virus yang secara fungsional kekurangan beberapa aspek replikasi. Virus cacat dapat mengungkap replikasi virus normal
KLASIFIKASI VIRUS
Sifat-sifat, yang disusun berdasarkan kepentingan , telah digunakan sebagai dasar untuk klasifikasi virus. Jumlah informasi yang tersedia dalam setiap kategori tidak seragam untuk semua virus, hanya tersedia sedikit informasi mengenai beberapa sipatnya. 1. Jenis asam nukleat;RNA atau DNA beruntai-tunggal atau beruntai ganda, strategi replikasi 2. Ukuran dan morpologi, termasuk jenis simetri, jumlah simetri, jumlah kapsomer, ada atau tidaknya selaput 3. Kerentanan terhadap pengaruh fisik dan kimia, terutama eter 4. Adanya enzim khusus, terutama polimerase RNA atau DNA yang berhubungan dengan replikasi genom, neuraminidase yang diperlukan untuk pelepasan partikelpartikel virustertentu(influenza) dari sel tempat virus dibentuk 5. Sifat-sifat imunologik 6. Metode penularan alami 7. Inang, jaringan, dan tropisme sel 8. Patologi; pembentukan badan inklusi 9. Simtomatologi
KOMPOSISI KIMIA VIRUS
Protein virus Protein structural virus mempunyai beberapa fungsi penting. Fungsi utamanya yaitu mempermudah transfer asam nukleat dari satu sel inang ke sel inang y ang lainnnya. Protein structural membantu melindungi genom virus dari aktivitas oleh nuclease, ikut dalam perlekatan virus pada sel yang peka, dan memberikan simetri stuktural pada partikel virus. Protein-protein tersebut menentukan cirri-ciri antigen virus. Respon imun pelindung inang ditunjukan terhadap determinan antigen protein atau glikoprotein yang terdapat pada permukaan partikel virus. Beberapa protein permukaan juga dapat memperlihatkan aktivitas khusus misalnya, hemaglutinin virus
influenza mengaglutinasi sel darah merah. Asam Nukleat virus Virus mengandung satu jenis asam nukleat,DNA atau RNA yang menyandikan informasi genetic yang diperlukan untuk replikasi. Genom virus dapat beruntai-tunggal atau beruntai-ganda, berbentuk lingkar atau linear, dan bersegmen atau tidak bersegman. Jenis asam nukleat , jenis untai , dan bobot molekul adalah cirri-ciri utama yang digunakan untuk menggolongkan virus ke dalam famili-famili. Bobot molekul genom virus DNA berkisar antara 1,5x10 (parpovirus) sampai 200x 10 ( poxvirus). Bobot molekul genom RNA berkisar antara 2x 10 ( pikornavirus) sampai 1,5x 10 ( reovirus) Lemak virus Beberapa virus yang berbeda mempunyai selubung lemak sebagai bagian dari struktur v irus.Lemak diperoleh ketika nukleokapsid virus melakukan pertunasan melalui selaput sel pada proses pematangan. Pertunasan hanya terjadi pada tempat dimana protein khusus virus disisipkan ke dalam selaput sel inang. V irus yang mengandung lemak peka terhadap eter dan pelarut organic lain . Hal ini menunjukan bahwa gangguan atau hilangnya lemak dapat mengakibatkan hilangnya kemampuan menginfeksi. Virus yang mengandung lemak biasanya resisten terhadap eter. Karbohidrat virus Selubung virus mengandung glikoprotein. Berbeda dengan lemak dalam selaput virus, yang berasal dari sel inang, glikoprotein pada selubung disandi oleh viru. Namun, gula yang ditambahkan pada glikoprotein virus sering mencerminkan sel inang tempat tumbuhnya virus. ara Virus dapat ditularkan melalui cara berikut 1. Penularan langsung dari orang ke orang melalui kontak 2. penularan dari hewan ke hewan, dengan manusia sebagai inang tak tetap. 3. penularan melalui vector antropoda
IMUNOLOGI
Ilmu imonologi, suatu bidang luas yang meliputi penelitian dasar dan penerapan klinis, membahas masalah antigen, antibody, dan fungsi-funsi berperantara sel, terutama yang berhubunaan dengan imunitas terhadap penyakit, reaksi biologic yang hipersensitif, alergi, dan penolakan jaringan asing.
IMNUNITAS RESPONS IMUN
Imunitas dapat bersifat alami (bawaan) atau di dapat (adatif) Imnumitas alami Imunitas alami adalah resistensi yang tidak diperoleh melalui kontak dengan suatu antigen. Imunitas ini bersifat nonspesifik danmencangkup penghalang terhadap mikroorganisme penyebab infeksi Imunitas yang didapat Imunitas yang didapat, yang terjadi setelah pemaparan terhadap sesuatu penyebab infeksi, bersifat khusus dan diperantarainoleh antibody atau sel limfoid. I ni dapat bersifat pasif atau aktif Imunitas pasif: imunitas yang diperoleh dari antibodi yang telah terbentuk sebelumnya dalam inang lain. Pemberian antibody secara pasif terhadap bakteri dengan segera menyebabkan tersedianya antitoksin berlebihan untuk menetralkan toksin. Demikian juga, antibody yang telah terbentuk sebelumnya terhadap virus tertentu dapat disuntikan selama masa inkubasi untuk membatasi perkembangbiakan virus. Imunitas aktif: adalah resistensi yang diinduksi setelah kontak yang efektif dengan antigen asing. Kontak ini dapat berupa infeksi klinis atau subklinis, imunisasi dengan penyebab infeksi yang masih hidup maupun mati atau antigennya, pemaparan terhadap produk mikroba, atau transplatasi sel asing. Keuntungan dari imunitas ini adalah lamanya resistensi yang diperoleh dan imunitas berperantara-sel, kerugiannya adalah resistensi diperoleh secara lambat dan dibutuhkan kontak dengan antigen dalam jangka waktu yang lama dan berkali-kali.
ANTIBODI (IMUNOGLOBULIN)
Antibodi dibentuk dengan seleksi klon. Tiap orang mempunyai banyak sel limfosit B yang masa hidupnya beberapa hari atau beberapa minggu, dan dibentuk dalam jaringan limfoid yang berhubungan dengan usus. Sel B memiliki molekul imunoglobulin pada permukaannya. Imunoglobulin ini bertindak sebagai reseptor bagi antigen khusus, sehingga tiap sel B dapat memberi respons terhadap kelompok antigen yang berkaitan erat. Langkah awal dalam pembentukan antibody adalah fagositosis antigen, umumnya oleh makrofag yang memproses dan membawa antigen ke sel B, selT penolong, atau keduanya. Sel B yang membawa imonoglobulin permukaan yang cocok dengan antigen dirangsang untuk membelah diri dan berdiferensiasi menjadi sel plasma, yang membentuk protein antibody khusus. Sel plasma mensintesis kelas imunoglobulin yang sama yang dibawa oleh prekkursor B. Sel plasma dapat berubah menjadi limfosit kecil dengan masa hidup yang lama, yang berytindak sebagai sel memori B.
Struktur&Fungsi Antibodi
Antibodi adalah imunoglobulin yang bereaksi secara khusus dengan antigen yang merangsang produksinya. Antibodi itu merupakan sekitar 20%dari protein plasma. Semua molekul imunoglobulin terdiri atas rantai polipeptida yang ringan dan berat. Molekul antibody individual selalu terdiri atas rantai H yang sama dan rantai L yang sama . Keempat rantai itu dihubungkan secara kovalen oleh ikatan disulfide.
Kelas Imunoglobulin IgG : tiap molekulnya terdiri atas dua rantai L dan dua rantai H yang dihubungkan oleh ikatan disulfide. IgG ini adalah antibody utama dalam respons sekunder dan merupakan pertahanan inang yang penting terhadap bakteri. IgG ini satu-satunya antibody yang dapat melewati plasenta sehingga imunoglobulin ini paling banyak terdapat pada bayi yang baru lahir. IgM, adalah imunoglobulin utama yang pertama dihasilkan dalam respons imun primer, terdapat pada semua permukaan sel B yang tak terikat. IgA, adalah imunoglobulin utama dalam sekresi , misalnya susu, liur, dan air mata dan dalam sekresi pernapasan, usus, da saluran genital. Imunoglobulin ini melindungi selaput mukosa dari serangan bakteri dan virus. IgE, meningkat selama infeksi cacing IgD, fungsi antibody tidak diketahui, dapat bertindak sebagai reseptor antigen bila berada pada permukaan limfosit B tertentu dalam darah tali pusat janin. Zat ini juga terdapat pada sel penderita beberapa leukemia getah bening.
Flu Burung
Flu burung adalah penyakit influenza pada unggas, baik burung, bebek, ayam, serta beberapa binatang lain seperti babi. Data lain menunjukan penyakit ini dapat terjadi pada burung puyuh dan burung onta. Penyakit ini telah ditemukan sejak 100 tahun lalu di Italia, tepatnya tahun 1878. Pada tahun 1924-1925 wabah ini merebak di Amerika Serikat. Penyebab flu burung adalah virus influenza, yang termasuk tipe A subtipe H5, H7 dan H9. virus H9N2 tidak menyebabkan penyakit berbahaya pada burung, tidak seperti H5 dan H7. virus flu burung atau avian influenza ini -sebagaimana namanya- awalnya hanya ditemukan pada binatang, seperti burung,
bebek dan ayam. Namun, sejak tahun 1997 virus ini mulai “terbang” ke manusia. Subtipe virus yang ditemukan pada akhir tahun 2003 dan awal 2004, baik pada unggas maupun pada pasien di Vietnam dan Thailand, adalah jenis H5N1. Virus influenza pada umumna , bik pada manusia atau pada unggas, adalah dari kelompok famili
orthomyxoviridae. Memang, ada beberapa tipe virus influenza pada binatang dan manusia, yaitu virus influenza tipe A, B dan C. Pada manusia, virus A dan B dapat menjadi penyebab wabah yang cukup luas. Sementara virus C menyebar secara periodic, ringan dan tidak menyebabkan wabah. Pada permukaan virus A, ada 2 glikoprotein, yaitu hemaglutinin (H) dan neuraminidase (N). klasifikasinya adalah H1 sampai H15 dan N1 sampai N9. Perbedaan H merupakan dasar subtipe. Influenza pada manusia, sejauh ini, disebabkan oleh virus H1N1, H2N2 dan H3N2, serta virus avian H5N1, H9N2 dan H7N7. Sementara itu, ada sekitar 15 subtipe virus influenza yang dapat terjadi pada unggas, seperti H7N7, H9N2 dan lain-lain. Subtipe infeksi virus ini menimbulkan bebbagai gejala pada unggas, mulai dari yang ringan samapi yang fatal dan menyebabkan epidemi luas (highly pathogenic avian influenza), dengan angka kemtian pada unggas mencapai 100%. Kasus flu burung yang kini banyak dibicarakan, disebabkan oleh virus avian influenza tipe A subtipe H5N1.
Di Unggas
Pada dasarnya ada 2 jenis flu burung pada unggas, yaitu yang ringan(ditandai dengan rontokny bulu serta menurunnya produksi telur) samapi ke yang berat (highly pathogenic avian influenza). Pada keadaan yang berat, unggas dapat mati pada hari yang sama ketika timbul gejala. Angka kematian dapat mencapai 100% dan menular antarunggas sehingga jutaan unggas dapat terkena. Riset menunjukkan bahwa virus flu burung yang mulanya tidak terlalu ganas, dalam 6-9 bulan, dapat bermutsi menjadi bentuk yang ganas dan beredar luas. Secara umum, masa inkubasi pada unggas sekitar 1 minggu. Penyakit dapat menular, baik melalui kontak langsung dengan unggas yang sakit atau melalui bahan-bahan yang tercemar, misalnya kandang, alat-alat peternakan, pakaian, dan lain-lain. Bahan infeksius pada unggas adalah tinja dan secret saluran napasnya (ludah dan cairan hidung). Penularan dapat terjadi dari unggas ke unggas, ke hewan lain dan kini juga ke manusia. Unggas yang terinfeksi akan menular pada 2 minggu pertama penyakitnya. Masa inkubasi antara mulai masuk virus dan timbul gejala adalah 1-3 hari. Virus ini akan mati dengan deterjen, desinfektan seperti formalin dan cairan mengandung iodine yang dipanaskan. Virus dapat tetap hidup di air pada suhu 22 derajat celcius selama 4 hari. Pada suhu 0 derajat celcius bahkan lebih dari 30 hari. Pada bahan organic, virus akan hidup lebih lama, begitu juga dalam tinja unggas dan tubuh unggas sakit. Virus akan mati pada pemanasan 60 erajat celcius selama 30 hari atau 56 derajat celcius Selama 3 jam. Gejala pada unggas yang sakit sangat bervariasi, mulai dari gejala ringan (nyaris tanpa gejala), sampai gejala yang sangat berat. Hal ini tergantung dari keganasan virus, lingkungan, dan keadaan unggas sendiri. Gejala yang timbul, seperti jengger berwarna biru, kepala bengkak, sekitar mata bengkak, demam, diare dan tidak mau makan. Dapat terjadi gangguan pernapasan berupa batuk dan bersin. Gejala awal dapat berupa gangguan reproduksi berupa penurunan produksi telur. Gangguan system saraf dapat dalam bentuk depresi. Pada beberapa kasus,
unggas mati tanpa ada gejala. Kematian dapat terjadi 24 jam setelah timbul gejala. Pada kalkun, kematian dapat terjdi dalam 2-3 hari.
Menular ke manusia
Virus avian influenza mulai menyerang manusia di Hongkong pada tahun 1997, yang menyebabkan 18 orang dirawat dan 6 orang meninggal dunia. Jenis lain avian influenza yang juga tercatat pernah menular ke manusia adalah H7N7, yang bermula di Belanda pad Februari 2003. Sebagian besar kasus di atas dapat ditelusuri bahwa mereka tertular dari binatang unggas, umumnya di peternakan.
Penularan Ke Manusia
Virus ditularkan melalui saliva dan feses unggas. Penularan pada manusia terjadi karna kontak dengan berbagai jenis unggas yang terinfeksi, maupun tidak langsung. Maksudnya, selain karena menyentuh unggas, ayam, burung dan sebagainya secara langsung, penularan dapat tejadi melalui kendaraan yang mengangkat binatang itu, di kandangnya dan alat-alat peternakan (termasuk pakan ternak). Penularan juga dapat terjadi melalui pakaian, termasuk sepatu para peternak yan langsung menangani kasus unggas yang sakit, dan pada saat jual beli ayam hidup di pasar serta berbagai mekanisme lain Secara umum ada 3 kemungkinan mekanisme penularan dari unggas ke manusia, seperti digambarkan pada bagan di bawah ini. Bagan 1
Unggas liar => unggas domestik => babi terinfeksi virus flu burung dan virus influenza manusia manusia => menular ke manusia lainnya
Bagan 2
Unggas liar => unggas domestik => manusia terinfeksi virus influenza burung dan virus influenza manusia => menular ke manusia lainnya
Bagan 3
Unggas liar => unggas domestik => manusia terinfeksi virus influenza burung => menular ke manusia lainnya
Tanda dan gejala
Gejala flu burung pada dasarnya adalah sama dengan flu biasa lainnya, hanya saja cenderung lebih sering dan menjadi parah. Masa inkubasi antara mulai tertular dan timbul gejala adalah sekitar 3 hari. Sementara itu, dalam kepustakaan dinyatakan bahwa masa infeksius pada manusia adalah 1 hari sebelum sampai 3-5 hari sesudah gejala timbul, pada anak dapat sampai 21 hari. Gejala pada manusia yang tertular flu burung pada dasarnya sama dengan flu pada mumnya, hanya saja berpotensi menadi berat dan fatal. Gejala yang ada berkisar, seperti demam, batuk, sakit tenggorokan, sakit kepala, nyeri sendi sampai infeksi salaput mata (conjunctivitis). Bila keadaan makin memburuk, dapat terjadi severe respiratory distress yang ditandai dengan sesak nafas hebat, rendahnya kadar oksigen darah serta meningkatnya kadar CO2. keadaan ini terjadi pada umumnya karena infeksi flu kemudian menyebar ke paru dan menimbulkan pneumonia. Radang paru (pneumonia) ini dapat disebabkan oleh virus itu sendiri atau juga disebabkan oleh bakteri yang kemudian juga masuk ke saluran nafas dan menginfeksi paru yang memang sakit akibat flu burung ini. Laporan dari kasus yang terjadi tahun 1999 menunjukkan adanya variasi gejala berupa demam sekitar 39 derajat celcius, lemas, sakit tenggorok, sakit kepala, tidak nafsu makam, muntah dan nyeri perut dan diare.
Pengobatan
Obat yang diberikan dapat bersifat simtomatik sesuai gejala yang ada. Bila ada batuk dapat diberikan obat batuk, dan jika sesak dapat diberi obat jenis bronkodilator untuk menggambarkan saluran nafas yang menyempit. Pasien juga harus mendapat terapi suportif, makan yang baik dan bergizi, bila perlu diinfus dan istirahat yang cukup. Secara umum, daya tahan tubuh pasien harus ditingkatkan. Selain itu pula diberikan obat antivirus. Ada 2 jenis yang tersedia, yaitu kelompok M2 inhibitor (amantadine dan rimantadine) serta kelompok neuraminidase inhibitors (oseltamivir dan zanimivir ).
Pencegahan Sebenarnya penyakit apapun dapat dicegah dengan kebiasaan pola hidup yang sehat. Secara umum cara pencegahan terkena flu tentunya tetap menjaga daya tahan tubuh, makan yang seimbang dan bergizi, istirahat teratur dan olahraga yang teratur. Kebiasaan mencuci tangan dengan teratur juga perlu dilaksanakan. Prinsip-prinsip hidup higienis yang direkomendasikan WHO untuk mencegah flu burung diantaranya :
1.
kita harus membiasakan diri untuk mencuci tangan sebelum makan. Selain itu kita,ketika kita akan kontak dengan unggas atau hewan lainnya, baik dalam keadaan hidup maupun mati, gunakanlah alat pelindung diri seperti sarung tangan. S etelah itu, jangan lupa untuk kembali mencuci tangan kita dengan cairan pembersih.
2.
infeksi bisa juga terjadi melalui telur. Karena itu, kita harus cermat memperhatikan telur dan cangkangnya. Kadang kala pada cangkang telur masih tertempel kotoran unggas. Jadi, telur yang akan dikonsumsi harus dipastikan kebersihannya. Jngan lupa gunakan sarung tangan untuk membersihkan cangkang telur dari kotoran unggas.
3.
Saat mengkonsumsi daging unggas, daging tersebut harus dimasak sampai dengan 80 derajat celcius minimal selama satu menit.Kalau kita menggoreng atau merebus ayam di dapur tentu lebih dari suhu itu dan lamanya memasak. Artinya, sejauh ini bukti ilmiah yang ada mengatakan bahwa aman mengkonsumsi ayam dan unggas lainnya asal dimasak dengan baik.
4.
Karena flu burung terkait dengan menurunnya daya tahan tubuh, kita harus menjaga daya tahan tubuh dengan makan yang teratur dan bergizi, olahraga teratur, istirahat yang cukup, dan jangan lupa sering memcuci tangan karena banyak sekali bakteri dan virus pembawa penyakit di sekitar kita.
DNA amplification (PCR) Polymerase Chain Reaction:
Dasar Teknik Amplifikasi DNA Oleh: Fatchiyah Universitas Brawijaya
Reaksi Polimerase Berantai atau dikenal sebagai Polymerase Chain Reaction (PCR), merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 10 6-107 kali. Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Pada setiap n siklus PCR akan n
diperoleh 2 kali banyaknya DNA target. Kunci utama pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target. Penggunaan PCR telah berkembang secara cepat seirama dengan perkembangan biologi molekuler. PCR digunakan untuk identifikasi penyakit genetik, infeksi oleh virus, diagnosis dini penyakit seperti AIDS, Genetic profiling in forensic, legal and bio-diversity applications, biologi evolusi, Site-directed mutagenesis of genes dan mRNA Quantitation di sel ataupun jaringan.
1.1 Teknik Dasar Amplifikasi PCR Penemuan awal dari teknik PCR didasarkan pada tiga waterbaths yang mempunyai temperatur yang berbeda. Thermal-cycler pertama kali dipublikasikan pada tahun 1986, akan tetapi DNA polymerase awal yang digunakan masih belum thermostable, dan harus ditambahkan disetiap si klusnya. Kelemahan lain temperature 37°C yang digunakan bias dan menyebabkan non-specific priming , sehingga menghasilkan produk yang tidak dikehendaki. Taq DNA polymerase yang diisolasi dari bakteri Thermus aquaticus (Taq) dikembangkan pada tahun 1988. Ensim ini tahan sampai temperature mendidih 100°C, dan aktifitas maksimal pada temperatur 9295°C. Proses PCR merupakan proses siklus yang berulang meliputi denaturasi, annealing dan ekstensi oleh enzim
DNA polimerase. Sepasang primer oligonukleotida yang spesifik digunakan untuk membuat hibrid dengan ujung-5’ menuju ujung-3’ untai DNA target dan mengamplifikasi untuk urutan yang diinginkan. Dasar siklus PCR ada 30-35 siklus meliputi:
–
denaturation (95°C), 30 detik
–
annealing (55 – 60°C), 30 detik
–
extension (72°C), waktu tergantung panjang pendeknya ukuran DNA yang diinginkan sebagai produk
amplifikasi. Peningkatan jumlah siklus PCR diatas 35 siklus tidak memberikan efek yang positif.
1.1.1 Denaturasi untai ganda DNA Denaturasi untai ganda DNA merupakan langkah yang kritis selama proses PCR. Temperatur yang tinggi pada awal proses menyebabkan pemisahan untai ganda DNA. Temperatur pada tahap denaturasi pada kisaran 9295ºC, suhu 94ºC merupakan pilihan standar. Temperatur denaturasi yang tinggi membutuhkan kandungan GC yang tinggi dari DNA template, tetapi halflife dari Taq DNA Polymerase menekan secara tajam pada temperatur sekitar 95ºC.
1.1.2 Primer Annealing Primer Annealing , pengenalan (annealing ) suatu primer terhadap DNA target tergantung pada panjang untai, banyaknya kandungan GC, dan konsentrasi primer itu sendiri. Optimalisasi temperatur annealing dimulai dengan menghitung Melting Temperature (Tm) dari ikatan primer dan DNA template. Cara termudah menghitung untuk mendapatkan melting-temperatur yang tepatmenggunakan rumus Tm = {(G+C)x4} +{ (A+T)x2}. Rumus standar dapat dilihat di subbab primer pada komponen PCR. Sedang temperatur annealing biasanya 5ºC ddibawah Tm primer yang sebenarnya. Secara praktis, Tm ini dipengaruhi oleh komponen buffer, konsentrasi primer dan DNA te mplate.
1.1.3 DNA Polymerase extension Pada tahap extension ini terjadi proses pemanjangan untai baru DNA, dimulai dari posisi primer yang telah menempel di urutan basa nukleotida DNA target akan bergerak dari ujung 5’ menuju ujung 3’ dari untai tunggal DNA. Proses pemanjangan atau pembacaan informasi DNA yang diinginkan sesuai dengan panjang urutan basa nukleotida yang ditargetkan. Pada setiap satu kilobase (1000bp) yang akan diamplifikasi memerlukan waktu 1 menit. Sedang bila kurand dari 500bp hanya 30 detik dan pada kisaran 500 tapi kurang dari 1kb perlu waktu 45 detik, namun apabila lebih dari 1kb akan memerlukan waktu 2 menit di setiap siklusnya (lihat contoh pada tabel 2). Adapun temperatur ekstensi berkisar antara 70-72°C. n
Tabel 1 Amplifikasi Geometrik (X=2 )
Siklus PCR
Jumlah Relatif Molekul
1
2
2
4
3
8
4
16
5
32
6
64
10
1.024
20
1. 048.576
30
1.073.741.824
II. Komponen PCR Pada reaksi PCR diperlukan DNA template, primer spesifik, ensim DNA polimerase yang thermostabil, buffer PCR, ion Mg
2+
, dan thermal cycler.
2.1 Template DNA Ukuran target amplifikasi biasanya kurang dari 1000 pasangan basa (bp) atau 1KB, Hasil amplifikasi yang efisien antara 100-400bp. Walaupun kemungkinan hasil amplifikasi lebih dari 1 kB tetapi prosesnya kurang efisien, karena produk yang panjang rentan ter hadap inhibitor yang mempengaruhi kerja ensim DNA polymerase dan waktu yang diperlukan lebih lama. Hal ini dapat menyebabkan hasil amplifikasi yang tidak diinginkan.
2.2 Primers Primer disusun dari sintesis oligonukleotida sepanjang 15-32bp dan primer ini harus mampu mengenali urutan yang akan diamplifikasi. Untuk standar amplifikasi sepasang primer akan mempunyai kisaran pasangan basa sekitar 20 basa panjangnya pada tiap primernya. Kandungan GC harus antara 45-60%. Annealing temperatur antara primer yang digunakan harus berkisar antara 1°C. Ujung 3’ dari setiap primer harus G atau C, akan tetapi hindari susunan nukleotida G/C berturut-turut tiga pada ujung ini, misal CCG, GCG, GGC, GGG, CCC, GCC. Pada penentuan atau penyusunan sepasang primer, penting diperhatikan urutan primer tidak saling komplementer sehingga membentuk dimer-primers, berikatan satu sama lain, atau membentuk hairpins. Hal lainnya hindari menyusun primer pada daerah DNA repetitif.
2.3 Taq DNA polymerase Enzim ini bersifat thermostabil dan diisolasi dari Thermus aquaticus. Aktivitas polimerisasi DNAnya dari ujung-5’ ke ujung-3’ dan aktivitas enzimatik ini mempunyai waktu paruh sekitar 40 menit pada 95ºC. Biasanya untuk setiap 100μl volume reaksi ditambahk an 2.0-2.5 unit.
2.4 PCR buffer dan konsentrasi Mg2+ Buffer standar untuk PCR tersusun atas 50mM KCl, 10mM Tris-Cl (pH8.3) dan 1.5mM MgCl 2. Buffer standard ini akan bekerja dengan baik untuk DNA template dan primer dengan kondisi tertentu, tetapi mungkin tidak optimum dengan kombinasi yang lain. Produk PCR buffer ini terkadang dijual dalam bentuk tanpa atau dengan MgCl2. Konsentrasi ion magnesium dalam PCR buf fer merupakan faktor yang sangat kritikal, karena kemungkinan dapat mempengaruhi proses annealing primer, temperatur dissosiasi untai DNA template, dan produk PCR. Hal ini disebabkan konsentrasi optimal ion Mg 2+ itu sangat rendah. Hal ini penting untuk preparasi DNA template yang tidak mengandung konsentrasi chelating agent yang tinggi, seperti EDTA atau phosphat. Ion Mg 2+ yang bebas bila terlalu rendah atau tidak ada, maka biasanya tidak menghasilkan produk akhir PCR, sedang bila terlalu banyak ion Mg 2+yang bebas akan menghasilkan produk PCR yang tidak diinginkan.
2.5 Nucleotides (dNTPs) Konsentrasi yang biasanya digunakan untuk setiap dNTP adalah 200 μM. Pada konsentrasi ini penting untuk mengatur konsentrasi ke-empat dNTP pada titik estimasi Km untuk setiap dNTP. 50 mM, harus selalu diatur pH7.0. Konsentrasi yang tinggi akan menimbulkan ketidakseimbangan dengan enzim polymerase. Sedang pada konsentrasi rendah akan memberikan ketepatan dan spesifitas yang tinggi tanpa mereduksi hasil akhir. Total konsentrasi dNTP dan ion saling terkait dan tidak akan merubah secara bebas.
2.6 PCR Thermal Cycler PCR thermal cycler pertama kali dikembangkan oleh perusahaan PerkinElmer sebagai pemegang paten asli. Pada saat ini telah diproduksi berbagai macam tipe alat PCR thermal cycler ini dari berbagai perusahaan yang bergerak dalam bioteknologi. Walaupun nama masing-masing alat itu berbeda tetapi prinsip kerjanya sama.
Sumber: Fatchiyah, 2005, PCR: Dasar teknik Amplifikasi DNA dan Applikasinya
http://fatchiyah.lecture.ub.ac.id/general/bbbb/
Sintesis RNA DALAM SEL
oleh: wanenoor (7 Tinjauan) Kunjungan : 791
kata:600
Pengarang : Diana Setyaningrum
Summaryrating: 4stars
More About :
Summarize It
sintesis rna pada eukariotik
Enzim yang diperlukan dalam transkripsi DNA menjadi RNA adalah RNA polymerase. Reaksi enzimatik tersebut menghasilkan polimerase RNA dan ribonukleotida. Sekuen nukleotida pada DNA merupakan templat atau cetakan untuk membuat sekuen nukleotida pada RNA. RNA polimerase ada yang tidak membutuhkan templat atau cetakan seperti poli (A) polimerase yang penting dalam ekspresi gen. Penambahan nukleotida pada saat sintesis RNA mengikuti aturan pasangan basa: A berpasangan dengan U; G berpasangan dengan C. Setiap penambahan satu nukleotida, ß- dan γ-fosfat dihilangkan dari nukleotida yang baru datang, dan gugus hidroksil dihilangkan dari ujung 3-karbon pada nukleotida, sama seperti polimerisasi DNA. RNA polimerase merupakan komponen pusat dari kompleks inisiasi transkripsi. Setiap kali suatu gen di transkrip, suatu kompleks baru digabungkan segera pada daerah upstream dari gen. Kompleks inisiasi disusun pada posisi yang sesuai dan tidak pada sembarang tempat di genom karena lokasi target ditandai dengan sekuen nukleotida khusus yang disebut promotor yang hanya terdapat di daerah upstream dari gen. Promotor bakteria dapat langsung dikenali oleh enzim RNA polimerase, tetapi pada eukariot dan archaea suatu protein intermediet yang mengikat ke DNA diperlukan dan membentuk platform tempat RNA polimerase mengikat. Pemrosesan prekursor RNA Kebanyakan RNA, terutama pada eukariot, awalnya disintesis sebagai prekursor atau premRNA yang harus diproses sebelum bisa menjalankan fungsinya. Berikut ini adalah garis besar pemrosesan pre-RNA. Modifikasi akhir terjadi selama sintesis mRNA eukariot dan archaea yang umumnya dengan penambahan nukleotida pada ujung 5′ yang disebut cap dan ekor poli A pada ujung 3′.
Keduanya terlibat dalam penggabungan kompleks inisiasi translasi dari mRNA ini. Splicing adalah penghilangan intron dari prekursor RNA. Banyak gen-gen pengkode protein pada eukariot mengandung intron dan intron ini dikopi saat gen di transkrip. Intron dihilangkan dari pre-mRNA dengan reaksi pemotongan dan penggabungan. Pre-mRNA yang tidak mengalami penghilangan intron membentuk fraksi RNA nuklear yang disebut heterogenous nuclear RNA (hnRNA). Beberapa pre-rRNA dan pre-tRNA eukariot juga mengandung intron, sama seperti transkrip pada archaea, t etapi hal tersebut jarang terdapat pada bakteri. Pemotongan merupakan peristiwa yang penting dalam pemrosesan rRNA dan tRNA. Kebanyakan diantaranya awalnya disintesis dari unit transkripsi yang mengkhususkan diri pada lebih dari satu molekul. Oleh karena itu, pre-rRNA dan pre-tRNA harus dipotong kecilkecil untuk menghasilkan RNA yang matang. Tipe pemrosesan ini terdapat baik pada
prokariot maupun eukariot. Modifikasi kimia dilakukan pada rRNA, tRNA, dan mRNA. rRNA dan tRNA pada semua organisme dimodifikasi dengan penambahan gugus kimia baru yang ditambahkan ke nukleotida tertentu dalam setiap RNA. Modifikasi kimia mRNA disebut RNA-editing, seperti yang terlihat pada bermacam-macam eukariot. Pemrosesan mRNA emmpunyai pengaruh yang penting pada komposisi transkriptom. RNA editing, sebagai contoh, dapat menghasilkan suatu pre-mRNA tunggal yang diubah menjadi dua mRNA berbeda yang mengkode protein yang sangat berbeda. Peristiwa itu nampaknya tidak umum, tetapi splicing alternatif, dimana satu pre-mRNA menghasilkan dua atau lebih mRNA dengan cara penggabungan exon dengan kombinasi yang berbeda sangat umum terjadi. Dengan mekanisme ini, jumlah gen yang sedikit bisa menghasilkan protein yang lebih banyak. Sumber :http://id.shvoong.com/medicine-and-health/genetics/2067945-sintesis-rna-dalam-sel/#ixzz2Lpf7zs5U
Interferensi RNA - Mekanisme Regulasi dalam Hidup your
Bayangkan sebuah situasi di mana sel Anda gagal untuk mengontrol jumlah protein yang diproduksi atau jenis protein yang diproduksi. Hal ini dapat menyebabkan penyakit yang mematikan. Tapi alam telah dilengkapi tubuh Anda dengan mekanisme regulasi untuk memeriksa ini sebagai dan bila diperlukan. Salah satu mekanisme regulasi tersebut adalah Interferensi RNA (RNAi), juga dikenal sebagai gen pasca transkripsi membungkam dan memadamkan. Andrew Fire dan Craig Mello diterbitkan terobosan studi merek a pada mekanisme interferensi RNA di Nature pada tahun 1998 [1]. 1 Mengapa Anda perlu sesuatu seperti mekanisme RNAi? DNA dan RNA, yang biopolimer dan urutan subunit monomer mereka membawa informasi untuk fungsi sel yang tepat. Informasi, untuk produksi protein yang dibutuhkan dikodekan dalam DNA yang mendapat ditranskripsi ke RNA dan pada akhirnya diterjemahkan menjadi protein. Untuk membuat fungsi sel hidup dengan baik, sel harus mengontrol kedua jenis gen dan jumlah gen yang akan diaktifkan pada waktu tertentu. Interferensi RNA (RNAi) merupakan bagian dari mekanisme kontrol yang merupakan hasil dari membungkam gen pasca transkripsi dan bertindak pada tingkat RNA. Molekul-molekul berkontribusi terhadap interferensi RNA adalah: MicroRNA (Mirna) - kecil molekul RNA siRNA mengganggu RNA kecil 2 Mekanisme interferensi RNA dalam sel
Pada dasarnya ada dua dsRNA (double stranded RNA) jalur, eksogen dan endogen, yang akhirnya bertemu di kompleks RISC. 2.1 eksogen jalur Selama jalur eksogen, dsRNA (berasal dari infeksi oleh virus dengan genom RNA atau manipulasi laboratorium), akan langsung diimpor ke dalam sitoplasma. Para dsRNA diimpor, mengaktifkan anggota keluarga RNase III dari dsRNA-protein spesifik ribonucleases, pemain dadu, di dalam sitoplasma. Para Pemain dadu dsRNAs memotong lebih lanjut, kecil 20-25 basis-pasangan untai ganda fragmen dengan beberapa berpasangan 2-nukleotida overhang 3 'pada setiap akhir [2]. Ini pemain dadu-diinduksi beruntai ganda kecil fragmen disebut RNA campur kecil? (Sirnas). Selanjutnya, Sirnas mendapatkan dipisahkan ke dalam untai tunggal diikuti oleh integrasi ke dalam kompleks RNA-induced silencing aktif (RISC). Sirnas diintegrasikan ke dalam kompleks RISC, pasangan basa mRNA target mereka dan menginduksi pembelahan mRNA. Hal ini untuk mencegah mRNA target dari yang diterjemahkan. 2,2 endogen jalur Selama jalur endogen interferensi RNA, di mana pra- miRNAs memainkan peran aktif, dsRNA berasal dalam sel. Transkrip primer dikenal sebagai pra-microRNA (pra-Mirna) yang diproduksi oleh satu set coding RNA gen dalam genom. Pra-miRNAs bisa diproses untuk 70-nukleotida struktur batang loop dengan mikroprosesor kompleks, dalam inti, lebih lanjut mendapatkan diekspor ke sitoplasma untuk dibelah oleh pemain dadu. Pra-miRNAs ekstensif menjalani modifikasi pasca-transkripsi, untuk menghasilkan miRNAs matang, struktural mirip dengan Sirnas diproduksi dari eksogen dsRNA. 2.3 Apa yang membedakan mekanisme kerja Sirnas dari miRNAs? Perbedaan dalam mekanisme kerja Sirnas dan miRNAs terletak pada kekhususan mereka. MiRNAs, terutama pada hewan, menunjukkan interferensi RNA spesifik yang lebih rendah. Mereka menunjukkan basis pasangan tidak lengkap untuk menargetkan dan menghambat terjemahan mRNA yang berbeda dengan urutan yang sama. Sebaliknya, Sirnas sangat spesifik dalam basis-pasangan dan menginduksi pembelahan mRNA hanya pada satu target dan spesifik. 2.4 Peran RISC kompleks RNA-induced membungkam kompleks (RISC) terdiri dari endonuklease disebut protein Argonaute. Protein ini, yang diterjemahkan ke daerah-daerah tertentu dalam sitoplasma disebut P-badan (atau badan sitoplasma atau badan GW), yang adalah daerah dengan tingkat tinggi mRNA pembusukan. Sebuah pemisahan dua helai siRNA dilakukan oleh komponen protein kompleks RISC. Salah satu dari dua helai siRNA dikenal sebagai untai panduan?, Mengikat protein Argonaute, sehingga memfasilitasi protein ini untuk memotong untai komplementer terhadap mRNA target siRNA terikat. Untai lain dari siRNA yang dikenal sebagai anti-panduan untai untai penumpang atau terdegradasi selama aktivasi RISC. 2,5 Gangguan mekanisme dalam eukariota dan prokariota Mekanisme RNAi adalah ditemukan pada eukariota termasuk hewan. RNA peraturan, dalam kasus prokariota tidak analog dengan miRNAs, sebagai enzim pemain dadu tidak terlibat. CRISPR (Clustered teratur Interspaced Mengulang palindromic Pendek) sistem, memberikan kekebalan diakuisisi pada prokariota, telah ditemukan untuk menjadi analogus dengan mekanisme RNAi pada eukariota. DNA banyak bakteri dan archaea yang ditemukan terdiri dari mengulangi langsung mulai
dalam ukuran 24-48 pasangan basa yang dikenal sebagai CRISPR. Mengulangi menunjukkan beberapa simetri angka dua dan dipisahkan oleh spacer panjang yang sama. Urutan spacer umumnya memiliki genom unik dan beberapa urutan spacer biasanya sesuai urutan dalam genom fag. Belum lama ini telah menunjukkan bahwa, ini spacer melindungi sel dari infeksi. 3 Pentingnya mekanisme RNAi 3.1 Pertahanan mekanisme pada tanaman Tanaman menunjukkan respon imun adaptif terhadap virus dan materi genetik asing lainnya melalui mekanisme ini. Tanaman seperti Arabidopsis thaliana, mengungkapkan beberapa pemain dadu homolognya yang khusus bertindak melawan virus yang berbeda. Dalam beberapa kasus, genom tanaman juga mengungkapkan Sirnas endogen dalam respon terhadap infeksi bakteri. Di antara hewan, Drosophila, menunjukkan imunitas bawaan antivirus terhadap patogen seperti virus X Drosophila, melalui mekanisme RNAi. 3.2 Peraturan gen 3.2.1 downregulation MiRNAs menyatakan endogen memainkan peran penting dalam: Translasi represi. Peraturan pembangunan yang lebih spesifik waktu morfogenesis. Pemeliharaan jenis sel tidak sempurna dibedakan seperti sel-sel induk Pada tumbuhan, terutama gen faktor transkripsi diatur oleh miRNAs. 3.2.2 upregulation Urutan RNA (siRNA dan Mirna) yang melengkapi bagian yang dijuluki promotor yang pada gilirannya meningkatkan transkripsi gen. 3.2.3 Pemeliharaan stabilitas genom Dalam kasus C. elegans dan tanaman, blok mekanisme RNAi aksi transposon (unsur bergerak dalam genom) dan menjaga stabilitas genom. 3.3 Teknologi aplikasi 3.3.1 Memfasilitasi Gene-knockdown Untuk mempelajari efek fisiologis, dari gen target di vivo RNA beruntai ganda, melengkapi gen target diperkenalkan ke dalam sel atau organisme. Hal ini diakui sebagai materi genetik eksogen dan
mengaktifkan jalur RNAi, dihasilkan menjadi menurun drastis dalam Ekspresi gen yang ditargetkan. Teknik ini berbeda dengan teknik knock out, dimana ekspresi gen sepenuhnya dihilangkan. 3.3.2 Aplikasi dalam genomik fungsional Banyak genom tanaman, memiliki lebih dari dua homolog set kromosom (polyploid) dan melacak lokasi gen tertentu dan fungsi yang terkait adalah menantang dengan metode rekayasa genetika tradisional. Masalah ini dipecahkan oleh m ekanisme RNAi. 3.3.3 Aplikasi Medis Pengenalan Sirnas, telah ditemukan sangat berguna dalam pengobatan penyakit seperti degenerasi makula dan virus syncytial pernapasan dalam kasus mamalia. Mekanisme RNAi juga digunakan sebagai terapi antiviral terhadap penyakit yang disebabkan oleh jenis virus herpes, simpleks 2 hepatitis A, hepatitis B. Mekanisme RNAi mengatur regulasi gen dalam organisme transgenik, menunjukkan perannya dalam terapi gen. 3.3.4 aplikasi bioteknologi Untuk mengurangi kadar racun alami pada tanaman makanan Anda dapat menggunakan stabil, diwariskan dan siRNA spesifik terhadap toksin. Sebagai contoh: Biji kapas kaya protein diet tapi enak oleh manusia karena mengandung terpenoid produk alami beracun, yang disebut gossypol. Mekanisme RNAi telah digunakan untuk mengurangi tingkat deltacadinene sintase, suatu enzim penting untuk produksi gossypol. Tanaman singkong menghasilkan produk alami cyanogenic, linamarin, dan RNAi mekanisme yang telah digunakan untuk mengurangi tingkat nya. 4 Kesimpulan RNAi mesin adalah seperti sebuah senjata untuk sel dan membantu mereka dalam membela terhadap gen parasit seperti virus dan transposon. Ini mengatur pengembangan suatu organisme dan fungsi yang tepat dari sel dan jaringan, serta ekspresi gen dalam organisme. RNAi adalah pendekatan eksperimental terbaru, digunakan untuk mendeteksi fungsi dan lokasi gen. Hal ini juga menuntun kita untuk aplikasi baru dalam pengobatan. 5 Referensi [1] Api A, CC Mello. Poten dan spesifik genetik gangguan oleh double-stranded RNA dalam Caenorhabditis elegans. Alam. 19 Februari 1998; 391 (6669) :806-11. [2] Vermeulen A, Reynolds A. Kontribusi struktur dsRNA untuk spesifisitas pemain dadu dan efisiensi. RNA. 2005 Mei; 11 (5) :674-82.
http://id.prmob.net/rna/interferensi-rna/kecil-mengganggu-rna-411145.html
