THỰC TẬP ỨNG DỤNG TIN HỌC TRONG SINH HỌC (Dành cho sinh viên 50CNSH)
Bài 1: Khai thác cơ sở dữ liệu trên mạng Internet (NCBI) 1. Yêu cầu: cầu: Nắm được được những những công cụ chính trong trong cơ sở dữ liệu NCBI như tìm kiếm phần mềm tin sinh, tìm kiếm sách báo, tìm kiếm trình tự, tìm kiếm cấu trúc protein…Từ đó, liên hệ đến những công cụ tương tự trên các cơ sở dữ liệu khác như EMBL, DDBJ… 2. Nội du dung ng thực thực hành hành:: a. Tìm kiếm kiếm các các bài báo, các các công công trình trình đã công công bố liên quan quan “bacteriocin”, “bacteriocin shrimp ” - Có ba bao nh nhiêu kế kết qu quả? - Chọn Chọn 1 kết kết quả quả,, tải tải về và phâ phânn tích tích nội nội dun dung? g? - So sán sánhh kết kết qu quảả khi khi tìm tìm kiế kiếm m trê trênn EMB EMBL? L? b. Tìm kiếm kiếm trình trình tự tự gene gene liên liên quan quan “ lung cancer” - Có ba bao nh nhiêu kế kết qu quả? - Chọn Chọn mộ mộtt kết kết qu quảả và và phâ phânn tíc tíchh nội nội du dung ng?? c. Tìm kiếm kiếm trình trình tự của của xạ xạ khuẩn khuẩn “ streptomyces” - Có bao bao nhi nhiêu êu kết kết quả quả tìm tìm đượ được? c? - Chọn Chọn 10 10 kết kết quả quả có trì trình nh tự tự lớn lớn hơn hơn 700b 700bpp để sử dụng cho các phân tích tiếp theo 3. Thực Thực hành hành và và báo báo cáo cáo kết kết quả? quả?
Bài 2: Tìm kiếm trình tự tương đồng: BLAST 1. Yêu cầu: tìm kiếm được trình tự (DNA và Protein) tương đồng phù hợp bằng công cụ BLAST 2. Nội dung thực hành: a. Tìm kiếm trình tự DNA và trình tự Protein liên quan “ H5N1” - Có bao nhiêu kết quả tìm được? - Chọn một trình tự tùy ý (lấy FASTA) b. Tiến hành Blastn, Blastp và Blastx? So sánh các kết quả tìm được? 3. Thực tập và báo cáo kết quả?
Bài 3: Thao tác với trình tự DNA thô 1. Yêu cầu: Xử lý được số liệu về trình tự DNA thu được từ máy giải trình tự sequencing 2. Phần mền sử dụng: Bioedit; NCBI; BLAST 3. Nội dung thực hành: a. Phân tích, chọn lựa kết quả sequencing? b. Nối 2 trình tự được giải trình tự bằng 2 mồi (overlap) c. Blast các trình tự thu được? 4. Thực tập và báo cáo kết quả?
Bài 4: Xây dựng cây phân loại 1. Yêu cầu: Nắm được các bước xây dựng cây phát sinh loài trong phân tích đa dạng sinh học 2. Phần mềm sử dụng: BLAST, ClustalX và Njplot, TreeView 3. Nội dung thực hành: a. Tìm kiếm trình tự tương đồng bằng BLAST b. Sử dụng phần mềm ClustalX để dựng cây phân loại c. Hiển thị kết quả bằng phần mềm Njplot hoặc TreeView 4. Thực tập và báo cáo kết quả?
Bài 4: Thiết kế primer cho PCR và thiết lập bản đồ enzyme cắt giới hạn 1. Yêu cầu: Sử dụng các phần mềm thông dụng trực tuyến hoặc không trực tuyến trong thiết kế mồi cho phản ứng PCR và thiết kế bản đồ enzyme cắt giới hạn. 2. Nội dung thực hành: a. Sử dụng phần mềm DNA club trong thiết kế mồi và bản đồ enzyme cắt giới hạn? b. Sử dụng các phần mềm online khác đã được học c. So sánh các kết quả thu được từ các cách trên? 3. Thực tập và báo cáo kết quả:
Bài 5: Đệ trình trình tự lên cơ sở dữ liệu và hiển thị cấu trúc protein 1. Yêu cầu: - Nắm được các bước cơ bản trong việc đệ trình một trình tự sinh học lên cơ sở dữ liệu. - Biết cách hiển thị cấu trúc không gian của phân tử protein 2. Nội dung thực hành: a. Sử dụng phần mềm Sequin? b. Sử dụng phần mềm Cn3D? 3. Thực tập và báo cáo kết quả?
Bài 6: Câu hỏi Thảo luận và kiểm tra
•
Lưu ý: Trên đây chỉ là nội dung các bước thực tập. Một số yêu cầu cụ thể sẽ được giao khi các bạn thực tập trực tiếp trên lớp!
