LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI BIOINFORMATIKA
Dosen :
Bawon Triatmoko, S. Farm., M.Sc., Apt.
Disusun oleh :
Alfia Septiana Mutiasari NIM. 142210101010 elompok F2
BAGIAN BIOLOGI FARMASI FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS JEMBER 20!
BAB " PENDA#ULUAN
""
L$%$& Be Bel$'$n( Teknolo!i Informasi "TI# $alam %er%a!ai $isiplin ilmu tela& menin!katkan
perkem%an!an ilmu pen!eta&uan. pe n!eta&uan. Ber%a!ai ka'ian ka' ian %aru %ermunculan, se'alan s e'alan $en!an perkem%an!an TI itu sen$iri $an $isiplin ilmu (an! $i$ukun!n(a. Aplikasi TI $alam %i$an! %iolo!i molekul tela& mela&irkan %i$an! Bioinformatika. a'ian ini semakin pentin!, se%a% perkem%an!ann(a tela& men$oron! kema'uan %ioteknolo!i $i satu sisi, $an pa$a sisi lain mem%eri efek $omino pa$a %i$an! ke$okteran, farmasi, lin!kun!an $an lainn(a. a'ian %aru Bioinformatika ini in i tak lepas $ari perkem%an!an perkem%an !an %iolo!i molekul mo$ern mo$ ern (an! $itan$ai $en!an kemampuan manusia untuk mema&ami !enom, (aitu cetak %iru informasi !enetik (an! menentukan sifat setiap mak&luk &i$up (an! $isan$i $alam %entuk pita molekul )NA "asam $eoksiri%onukleat#. emampuan untuk mema&ami $an memanipulasi ko$e !enetik )NA ini san!at $i$ukun! ole& TI melalui peran!kat peran!kat keras maupun lunak. *al ini %isa $ili&at pa$a upa(a +elera enomics, perusa&aan %ioteknolo!i Amerika Serikat (an! melakukan pem%acaan sekuen !enom manusia (an! secara maksimal memanfaatkan TI se&in!!a %isa melakukan peker'aann(a $alam waktu (an! sin!kat "&an(a %e%erapa ta&un#, $i%an$in! usa&a konsorsium lem%a!a riset pu%lik AS, -ropa, $an lainlain, (an! memakan waktu le%i& $ari 10 ta&un. )esakan ke%utu&an untuk men!umpulkan, men(impan $an men!analisa $ata$ata %iolo!is $ari $ata%ase )NA, /NA maupun protein semakin memacu perkem%an!an ka'ian Bioinformatika" ")wi, et al. 200#.
"2 Ru)us$n M$s$l$h
1.2.1 Ba!aimana struktur !en $an protein /N13. 1.2.2 Ba!aimana $eskripsi men!enai protein !en /N13. 1.2. Ba!aimana 'alur si!nalin! $ari /N13. "* Tu+u$n
1..1 Ma&asiswa men!eta&ui struktur !en $an protein /N1. 1..2 Ma&asiswa mampu men$eskripsikan men!enai protein !en /N1. 1.. Ma&asiswa men!eta&ui 'alur si!nalin! $ari /N1.
BAB 2" TINJAUAN PUSTAKA
Menurut Fre$' Tekaia $ari Institut asteur 5T-AIA 20046, %ioinformatika a$ala& suatu meto$e matematika, statistik $an komputasi (an! %ertu'uan untuk men(elesaikan masala&masala& %iolo!i $en!an men!!unakan sekuen )NA $an asam amino $an informasiinformasi (an! terkait $en!ann(a ")wi, et al. 200#. Bioinformatika meliputi %asis $ata untuk men!elola informasi %iolo!is, pen(e'a'aran sekuens,, pre$iksi struktur untuk meramalkan %entu struktur protein maupun struktur seku$er /NA, analisis filo!enetik, $an analisis ekspresi !en. +onto& 7 conto& pen!!unaan %ioinformatika (aitu %ioinformatika $i%i$an! klinik, %ioinformatika untuk i$entifikasi a!ent pen(akit %aru, %ioinformatika untuk $ia!nosa pen(akit %aru, $an %ioinformatika untuk penemuan o%at. ela&iran Bioinformatika mo$ern tak lepas $ari perkem%an!an %ioteknolo!i $i era ta&un 1890an, seoran! ilmuwan AS melakukan ino:asi $alam men!em%an!kan teknolo!i )NA rekom%inan. Berkat penemuan ini la&irla& perusa&aan %ioteknolo!i pertama $i $unia, (aitu enentec& $i AS, (an! kemu$ian mempro$uksi protein &ormon insulin $alam %akteri, (an! $i%utu&kan pen$erita $ia%etes. Selama ini insulin &an(a %isa $i$apatkan $alam 'umla& san!at ter%atas $ari or!an pankreas sapi. Bioteknolo!i mo$ern $itan$ai $en!an kemampuan pa$a manipulasi )NA. /antai atau sekuen )NA (an! men!ko$e protein $ise%ut !en. en $itranskripsikan men'a$i m/NA, kemu$ian m/NA $itranslasikan men'a$i protein. rotein se%a!ai pro$uk ak&ir %ertu!as menun'an! seluru& proses ke&i$upan, antara lain se%a!ai katalis reaksi %iokimia $alam tu%u& "$ise%ut en;im#, %erperan serta $alam sistem perta&anan tu%u& melawan :irus, parasit $an lainlain "$ise%ut anti%o$i#, men(usun struktur tu%u& $ari u'un! kaki "otot ter%entuk $ari protein actin, m(osin, $an se%a!ain(a# sampai u'un! ram%ut "ram%ut tersusun $ari protein keratin#, $an lainlain. Arus informasi, )NA < /NA < rotein, inila& (an! $ise%ut sentral $o!ma $alam %iolo!i molekul ")wi, et al. 200#. Sekuen )NA satu or!anisme, (aitu pa$a se'enis :irus (an! memiliki kuran! le%i& =.000 nukleoti$a atau molekul )NA atau sekitar 11 !en, %er&asil
$i%aca secara men(eluru& pa$a ta&un 1899. Sekuen seluru& )NA manusia ter$iri $ari mil(ar nukleoti$a (an! men(usun 100.000 !en $apat $ipetakan $alam waktu ta&un. Saat ini ter$apat mil(aran $ata nukleoti$a (an! tersimpan $alam $ata%ase )NA, enBank $i AS (an! $i$irikan ta&un 18>2. )i In$onesia, a$a ?em%a!a Biolo!i Molekul -i'kman (an! terletak $i @akarta. )i sini kita %isa mem%aca sekuen sekitar =00 nukleoti$a &an(a $en!an mem%a(ar 1=. Tren$ (an! sama 'u!a nampak pa$a $ata%ase lain seperti $ata%ase sekuen asam amino pen(usun protein, $ata%ase struktur ) protein, $an se%a!ain(a. Ino:asi teknolo!i )NA c&ip (an! $ipelopori ole& perusa&aan %ioteknolo!i AS, Aff(metri $i Silicon Calle( tela& men$oron! munculn(a $ata%ase %aru men!enai /NA. ")wi, et al. 200#.
BAB *" METODE
.1 Mencari sekuen )NA, sekuen asam amino, struktur protein, $an $omain fun!sional. Mem%uka situs www.!enename.or!. Memasukkan nama protein pa$a %a!ian searc&
lik %a!ian protein (an! $icari. )an klik %e%erapa link antara lain -ntere; ene, enBank, N+BI SeDuence Ciewer, $an EMIM.
a$a -ntere; ene klik link protein untuk memperole& informasi men!enai sekuens protein tertentu.
lik link pat&wa(s untuk men!eta&ui pat&wa(s suatu protein.
a$a en%ank, klik link protein I), klik link +)) searc& result untuk men!eta&ui $omain fun!sional protein.
Mem%uka N+BI SeDuence Ciewer $an www.omim.or!.
.2 Mencari struktur sekun$er suatu protein
Mem%uka situs www.rcs%.or!!$%&ome.$o memasukkan protein (an! in!in $icari. Men!klik protein c&ain untuk memperole& struktur sekun$er
Memili& sala& satu &asil pencarian $en!an men! klik link terse%ut. . Mencari trans$uksi sin(al terkait $en!an protein tertentu Mem%uka situs &ttpGc!ap.nci.ni&.!o:at&wa(s . lik pat&wa(s searc&er, masukkan nama protein (an! akan $icari pat&wa(n(a pa$a Mem%uka situs )B Sum $i www.e%i.ac.i$t&ornton kolom ke(wor$. sr:$ata%asesp$%sum . Melakukan searc& protein (an! in!in $icari. ili& satu ko$e akses lik o . ili& * "&uman# untuk meli&at trans$uski sin(al $i manusia.
lik le!en$ untuk meli&at keteran!an pat&wa(.
BAB ," #ASIL Tampilan &alaman utama situs www.!enename.or! . Memasukkan protein
/N1 pa$a searc&.
•
lik sala& satu protein (an! in!in $icari. +onto&n(a (aitu /N1.
•
lik pa$a %e%eapa link
-ntre; ene
en Bank N+BI Se uence Ciewer
EMIM
•
Tampilan -ntre; ene
•
Setela& klik protein $apat meli&at informasi le%i& lan'ut men!enai sekuens protein.
•
Scroll ke%awa& %a!ian -ntre; !ene untuk meli&at pat&wa(s. lik sala& satu link.
•
at&wa(s akut m(eloi$ leukemia.
•
Tampilan enBank
•
)omain fun!sional protein.
•
Tampilan N+BI SeDuence Ciewer
•
Tampilan $ari EMIM
•
Mem%uka situs www.rcs%.or!p$%&ome&ome.$o memasukkan nama protein
•
Struktur sekun$er /N1
•
Situs www.e%i.ac.ukt&orntonsr:$ata%asesp$%sum
•
Situs &ttpGc!ap.nci.ni&.!o:at&wa(s
BAB -" PEMBA#ASAN
BAB H. -SIM?AN
