Makalah antibakteri

Makalah dari Jurnal Penelitian

“QSAR Modeling of Antibacterial Activity of Some Benzimidazole Derivate!

(disusun guna memenuhi tugas mata kuliah Kimia Medisinal Organik 2 )

Disusun Oleh : Wahyu Re Relly Setiawan

102210101052

Hidayatul Ulyah

102210101055 102210101055

Indra Wijayanti

102210101070 102210101070

D!i Ridyan Dua

102210101075 102210101075

I"a Ria #estari

10221010107$ 10221010107$

BA"#A$ %#M#A &ARMAS# &A%'()AS &ARMAS# '$#*+RS#)AS J+MB+R  ,-./

BAB.0 P+$DA1'('A$

.0. (atar Belakang

Quantitative

structure-activity

relationship

(%S&R)

atau

H'S&

(Hu!unan

'uantitati Stru"tur*&"ti+itas) ,eru-a"an il,u yan sanat -entin dala, -er"e,!anan "i,ia dan !i"i,ia ,dern.

/enelitian ,enuna"an %S&R ter,asu" dala, chemical

measurements dan tes !ilis.

nthnya a"ti+itas !ilis da-at ditunju""an seara

"uantitati se-erti -ada "nsentrasi suatu su!stansi yan di!utuh"an untu" ,enunju""an res-n !ilis. Selain itu "eti"a siat isi"a*"i,ia ditunju""an dala, !entu" an"a "ita da-at ,ene,u"an hu!unan "uantitati antara stru"tur dan a"ti+itas !ilis suatu su!stansi. Hasil ,ate,atis dari %S&R da-at diuna"an untu" ,e,-redi"si res-n !ilis dari suatu stru"tur "i,ia. Saat inti %S&R !anya" dia-li"asi"an dala, !er!aai disi-lin il,u salah satunya se!aai sarana untu" ,endesain !at dan a"tr resi" lin"unannya.

Denan

,enuna"an %S&R "ita da-at ,e,-er"iraa"an a"t+itas suatu 3at "i,ia dari stru"tur ,le"ulnya denan ju,lah stru"tur yan !erane"a raa, dala, wa"tu yan relati sin"at dan !iaya yan le!ih ,urah. Inti !en3i,ida3le yan

,eru-a"an stru"tur !eruna untu" -enelitian dan

 -ene,!anan ,le"ul !aru telah !anya" ,eneri,a -erhatian sela,a de"ade tera"hir. 'arena a"ti+itas anti,i"r!anya !en3i,ida3le !aru telah disintesis dan diteliti dala, dunia ,edis.

/sisi dan jenis su!stituen -ada iin !en3i,ida3le yan !ertanun jawa!

terhada- a"ti+itas !ilisnya. 4anya" deri+ateturunan !en3i,ida3le yan jua di"enal se!aai aen anti,i"r!aanti!a"teri serta !e!era-a compound telah dite,u"an ,e,ili"i a"ti+itas anti,i"r!a ,elawan !a"teri ra, -siti ,au-un ra, neati. Dala, e"s-eri,en-enelitian -ada jurnal reerensi "ita da-at ,enetahui studi ,enenai a"ti+itas -enha,!atan deri+at !en3i,ida3le serta "relasi antara stru"tur dan a"ti+itas dari deri+ate !en3i,ida3le terhada- !a"teri ra, neati Pseudomonas aeruginosa. 6del The multiple linear regresision (6#R) telah di"e,!an"an se!aai -ersa,aan ,ate,atis yan ,enhu!un"an stru"tur "i,ia untu" a"ti+itas -enha,!atan dari deri+ate  !en3i,ida3le terse!ut.

.0, Rumuan Maalah

4aai,ana -redi"si a"ti+itas anti,i"r!a deri+ate !en3i,ida3le yan dianalisis ,enuna"an ,etde ,del %S&R -ada !a"teri ra, neati Pseudomonas aeruginosa 

.02 )u3uan

8ujuan dala, -enelitian ini adalah untu" ,e,-elajari "eunaan %S&R dala, ,e,-redi"si a"ti+itas anti,i"r!a terhada- !a"teri ra, neati Pseudomonas aeruginosa.

BAB ,0 RA$4A$"A$ P+$+(#)#A$

,0. Bahan dan Metode

Senyawa yan diuna"an adalah inti !en3i,ida3le yan ,e,ili"i stru"tur se-erti  -ada a,!ar 1. Dala, a,!ar terse!ut terda-at i"atan R1 R2 R9 dan R yan nantinya a"an dite,-ati leh su!stituen yan a"an dianalisis ,enuna"an stware %S&RH'S& sehina dida-at deri+ate !en3i,ida3le. Su!stituen yan a"an di,asu""an "edala, uus inti !en3i,ida3le terantu, dala, ta!el 1.

;a,!ar 1. Inti !en3i,ida3le.

8a!el 1. Su!stituen -enanti R1 R2 R9 dan R untu" ,asin*,asin compound.

,0, #nvetigai Antibakteri

Se,ua deri+ate !en3i,ida3le die+aluasi seara in +itr untu" di lihat a"ti+itas ,enha,!at -ertu,!uhan !a"teri  Pseudomonas aeruginosa (&8 27$59).

&"ti+itas

anti!a"teri dari compound  senyawa diuji denan ,etde disc-diffusion di!awah standart "ndisi ,enuna"an ,edia aar 6ueller*Hintn. Islat !a"teri ditu,!uh"an dala, ta!un denan nutrient broth (<4). 1 ,9 <4 dia,!il dan di h,enasi dala, ta!un denan = , 9 nutrient agar (<&) air (5). Sus-ensi yan telah h,en dituan"an -ada awan -etri. #eta""an "ertas sarin !entu" a"ra, (dia,eter 5 ,,) ditenah ,edia yan dinin. Setelah ,edia dinin dan !entu"nya ,enjadi "eras leta""an 2>10 *5 d,9 senyawa yan a"an diuji ,enuna"an ,i"r-i-et lalu in"u!asi.

Setelah diin"u!asi sela,a 2 ja, dala, ther,stat -ada suhu 25*27 3na

ha,!at (steril) yan ter!entu" diu"ur (dala, ,,) ter,asu" a"ra,nya. Dia,eter 3na

ha,!at le!ih dari $ ,, ,enindi"asi"an senyawa yan diuji a"ti+ terhada- ,i"rranis,e. Setia- -enujian dila"u"an tia "ali -enulanan. 'nsentrasi ha,!at ,ini,u, atau minimum inhibitory concentration  (6I) ,enunju"an "nsentrasi ,ini,u, untu" ,enha,!at -ertu,!uhan !a"teri yan di una"an se!aai -anduan leh <#S standar 67*&5. 6I -ada -enujian deri+ate !en3i,ida3le dideinisi"an se!aai "nsentrasi ter"eil dari senyawa yan ,ana tida" ada -ertu,!uhan !a"teri yan dia,ati -ada -eride wa"tu tertentu dan di!awah "ndisi s-esii" e"s-eri,en. St" larutan dari senyawa di-re-arasi dala, di,ethylr,a,ide (D6?). /eneneran selanjutnya ,enuna"an a@uadest. Rentan "nsentrasi senyawa yan diuji antara A25*125 B,l. /late in"ulasi di in"u!asi -ada suhu 95 sela,a 1A*20 ja,. Se!uah "ntrl ,enuna"an D6? tan-a senyawa uji yan ,ana tida" ada a"ti+itas -enha,!atan di dala,nya.
,02 Pemodelan Molekuler

Se,ua studi ,del ,le"uler ,enuna"an stware Hy-erhe, 7.5 (Hy-eru!e In. Cersin 7.5) dijalan"an ,enuna"an -rsesr /*III. Hy-erhe, ter,asu" -e,!uat ,del dala, !entu" s"etsa ,le"ul 2D sa,-ai 9D.

,0/ Dekri5tor

Des"ri-tr nu,eri" yan !ertanun jawa! -ada endin itur -entin dari stru"tur ,le"ul dan da-at di"ateri"an se!aai "ara"ter-ara,eter ele"trni" e,etri hidr!i" dan t-li.

Des"ri-tr dihitun untu" ,asin*,asin senyawa dala,

"u,-ulan data ,enuna"an stware Hy-erhe, Dran dan S he, Oie +ersin 7.0. 'arena ada seju,lah !esar des"ri-tr untu" ,asin*,asin senyawa ,a"a ,atri"s "relasi /earsn diuna"an se!aai ,del "ualitati untu" ,e,ilih des"ri-tr " untu" analisis 6#R. Dela-an des"ri-tr yan ,enunju""an "relasi ,a"si,u, denan a"ti+itas  -enha,!atan di-ilih untu" die+aluasi le!ih lanjut.
8a!el 2.
,06 Metode Statitik 

&nalisis reresi len"a- dila"u"an leh stware statisti" /&SS 2005 ;SS 200A  <SS.

BAB 20 1AS#( DA$ P+MBA1ASA$

/erta,a !en3i,ida3le tersu!stitusi die+aluasi a"ti+itas anti!a"teri terhada- !a"teri ra, neati  Pseudomonas aeruginosa  seara in +itr.
Dala, u-aya untu" ,enentu"an -eran setia- stru"tur stru"tur ,a"a dila"u"an studi %S&R. Satu set !en3i,ida3les terdiri dari 12 ,le"ul diuna"an untu" ,del reresi ,ultilinear. O!at*!atan reerensi tida" di,asu""an dala, ,del "arena ,ere"a ,e,ili"i  -er!edaan seri stru"tur. /er!edaan isi"*"i,ia steri" ele"trni" dan desri-tr stru"tur ,le"ul diuna"an se!aai +aria!el inde-enden!e!as dan !er"relasi denan a"ti+itas anti!a"teri. 6ene,!an"an ,del u,u, ,e,!utuh"an !eraa, set data dan denan de,i"ian seju,lah !esar desri-tr harus di-erti,!an"an. Des"ri-tr adalah nilai*nilai nu,eri" yan ,enendin stru"tur yan !er!eda dari ,le"ul. /e,ilihan se!uah set sesuai des"ri-tr dari seju,lah !esar senyawa terse!ut ,e,!utuh"an ,etde yan ,a,-u ,e,!eda"an antar  -ara,eter.

6atri"s "relasi /earsn telah dila"u"an -ada se,ua des"ri-tr denan

,enuna"an stware statisti" <SS. &nalisis ,atri"s ,enun"a-"an $ des"ri-tr untu"  -ene,!anan ,del 6#R (8a!el 2). 'eisien -artisi (l /) enderun !er"relasi denan a"ti+itas anti!a"teri e"s"lusi dan ,del ,n-ara,etri" ter!ai" yan dite,u"an ,enjadi se-erti !eri"ut :

/ena,!ahan H se!aai -ara,eter ta,!ahan l / ,enin"at"an "eisien "relasi dari 0=92 ,enjadi 0=51 (@. (2)) :

/erlu diatat !ahwa -ena,!ahan -ara,eter*-ara,eter lain untu" l / dan H tida" sinii"an ,eru!ah "eisien "relasi. Dari "edua ,del -ersa,aan diatas da-at disi,-ul"an !ahawa adanya -enaruh "uat li-ilitas l / -entin dala, a"ti+itas anti!a"teri dan -ara,eter terse!ut !iasanya  !erhu!unan denan a"ti+itas ar,a"linya. 4u"ti ini jelas dijelas"an dala, teri li-id di"e,u"a"an leh 6eyer dan O+ertn. Dala, teri terse!ut l / adalah tida" hanya u"uran dari hidr!itas yan -entin untu" -enetrasi dan distri!usi !at teta-i jua untu" intera"si !at denan rese-tr. Oleh "arena itu da-at disaran"an !ahwa siat li-ili" harus di-eri"sa untu" ,endesain aen anti!a"teri yan -tensial. Untu" ,e,+alidasi "e"uatan -redi"sis dari ,del 6#R ter-ilih (@. (2)) ,enuna"an te"ni" leave-one-out  (#OO). 6del yan di"e,!an"an di+alidasi denan  -erhitunan !eri"ut -ara,eter statisti": -redi"si residual ju,lah "uadrat ( P!"" ) ju,lah ttal "uadrat de+iasi (""# ) "eisien "relasi cross-validation (r 2C) dan "esesuaian "eisien "relasi (r 2adj) (8a!el ).

 !""   adalah -ara,eter -entin cross-validation  "arena ,eru-a"an -ende"atan yan  !ai" dari "esalahan nyata -redi"si ,del.
Untun ,elihat adanya "esalahan siste,ati" dala, -ene,!anan ,del %S&R residual dari nilai -redi"si a"ti+itas -enha,!atan di-lt"an denan nilai*nilai e"s-eri,en se-erti -ada ?iure 2. /enye!aran residual -ada "edua sisi nl ,enunju""an tida" adanya "esalahan siste,i". Hal ini ,enindi"asi"an !ahwa ,del ini !erhasil ditera-"an untu" ,e,-redi"si a"ti+itas anti!a"teri ,le"ul "elas ini.

BAB /0 P+$')'P

Dari hasil yan di-erleh da-at disi,-ul"an !ahwa deri+at 1*!en3yl!en3i,ida3le ee"ti ,elawan seara in +itr !a"teri ra, neati Pseudomonas aeruginosa. /e,delan ,le"uler dan analisis %S&R dila"u"an untu" ,ene,u"an ee" "uantitati stru"tur ,le"uler senyawa terhada- a"ti+itas anti!a"terinya. di"e,!an"an

untu"

,e,-redi"si

a"ti+itas

Se!uah ,del ,ate,ati"a yan a"urat -enha,!atan

dari

!e!era-a

deri+at

 !en3i,ida3le. Caliditas ,del diteta-"an denan deter,inasi -ara,eter statisti" yan sesuai. 6del yan telah diteta-"an diuna"an untu" ,e,-redi"si a"ti+itas -enha,!atan dari 4en3i,ida3le yan diselidi"i dan ,ende"at"an "esesuaian antara e"s-eri,ental dan nilai -redi"si yan di-erleh. &"ti+itas residual rendah dan nilai cross-validation r 2 (r 2C) tini yan di-erleh ,enunju""an "e,a,-uan -redi"si yan !ai" dari ,del %S&R yan di"e,!an"an.

Hal

ini

,enunju""an

a"ti+itas

anti!a"teri

seri

deri+ate

1*

 !en3yl!en3i,ida3le !erhasil di,del"an ,enuna"an !er!aai des"ri-tr ,le"ul. Sehina da-at disi,-ul"an !ahwa -enaruh "uat dari li-ilitas l / -entin terhadaa"ti+itas anti!a"teri dan -ara,eter ini !iasanya ter"ait denan a"ti+itas -enha,!atan.

(AMP#RA$ J'R$A( AS(# 7R+&+R+$S#8