MAKALAH BOTANI
TAKSONOMI
Disusun oleh:
Abdul Aziz 125040201111301
Andi Nirma Wahyuni 125040201111302
Masni Tuty Hartati Sihotang 125040201111303
Falia Nanda Nur Alifah 125040201111304
Desy Indah 125040201111305
Marta R O Berutu 125040201111306
Dwi Hermawan 125040201111307
Philip G B P Simanjuntak 125040201111308
PROGRAM STUDI AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2012
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Kuasa atas segala limpahan Rahmat, Inayah, Taufik dan Hinayahnya sehingga kami dapat menyelesaikan penyusunan makalah ini dalam bentuk maupun isinya yang sangat sederhana. Semoga makalah ini dapat dipergunakan sebagai salah satu acuan, petunjuk maupun pedoman bagi pembaca dalam mempelajari dan memahami tentang "Taksonomi".
Harapan kami semoga makalah ini membantu menambah pengetahuan dan pengalaman bagi para pembaca, sehingga kami dapat memperbaiki bentuk maupun isi makalah ini sehingga kedepannya dapat lebih baik.
Makalah ini kami akui masih banyak kekurangan karena pengalaman yang kami miliki sangat kurang. Oleh kerena itu kami harapkan kepada para pembaca untuk memberikan masukan-masukan yang bersifat membangun untuk kesempurnaan makalah ini.
Penulis
BAB I
PENDAHULUAN
Latar Belakang
Taksonomi merupakan cabang ilmu dari biologi yang masih sangat erat dipergunakan dalam kehidupan sehari-hari. Unsur-unsur taksonomi langsung maupun tidak, selalu ada dalam kehidupan manusia hingga saat ini. Keanekaragaman sifat dan ciri yang dimiliki suatu makhluk hidup sesungguhnya menggambarkan keanekaragaman potensi dan manfaat yang dapat digali. Bila data dan informasi ilmiah mengenai sumber daya hayati belum sepenuhnya dapat diungkap maka kepunahan suatu makhluk hidup sama artinya dengan kehilangan kesempatan untuk memanfaatkan potensi yang dimiliki makhluk hidup tersebut. Seperangkat gen yang ikut hilang bersama peristiwa kepunahan itu mungkin memiliki potensi dan manfaat yang tidak akan dijumpai lagi pada makhluk hidup yang lain.
Indonesia sebagai negara kepulauan terbesar di dunia dikenal memiliki potensi kekayaan alam yang luar biasa, baik flora, fauna maupun mikroba yang sebagian diantaranya bersifat endemik. Dengan teknik biologi molekuler, rahasia potensi yang dimiliki setiap makhluk hidup dapat diungkap secara lengkap sehingga kekayaan sumber daya hayati menjadi sangat berharga terutama sebagai sumber gen. Bila setiap gen dapat diperjualbelikan maka keanekaragaman biota yang hidup di Indonesia ini merupakan aset yang luar biasa besar. Namun kenyataan menunjukkan bahwa potensi kekayaan tersebut belum optimal dimanfaatkan. Negeri ini masih merupakan negara miskin dengan pendapatan kotor nasional (GNP) per kapita sedikit lebih tinggi dari Zimbabwe, negara termiskin di Afrika. Keadaannya makin memprihatinkan karena Indonesia dikategorikan sebagai wilayah Hot Spot, kaya dengan sumber daya hayati tetapi kondisimya terancam punah. Di mata internasional Indonesia juga dianggap kurang serius dalam menangani kelestarian sumber daya hayati. Anggapan ini rasanya tidak berlebihan karena terbukti emas hijau yang terhampar di hutan-hutan di wilayah republik ini dari waktu ke waktu jumlahnya makin menurun dengan laju yang semakin cepat, beberapa jenis dan varietas mulai langka bahkan ada yang telah punah sama sekali.
1.2 Tujuan
Pengertian Taksonomi
Tujuan Pengklasifikasian Makhluk Hidup
Manfaat Klasifikasi Makhluk Hidup
Sejarah Klasifikasi
Prinsip dan Peraturan Tata Nama Tumbuhan
Sistem Klasifikasi Domain
Sistem Klasifikasi Enam Kingdom (Menurut Woese tahun 1977)
Sistem Klasifikasi Enam Kingdom
Tingkatan Takson
Taksonomi Tumbuhan
Tata Nama Binomial
Pengertian Virus
Sejarah Penemuan
Sejarah Penemuan
Reproduksi Virus
Klasifikasi Virus
Contoh-contoh Virus
Peranan Virus Bagi Kehidupan
1.3 Rumusan Masalah
Apa yang dimaksud dengan Pengertian Taksonomi ?
Sebutkan Tujuan Pengklasifikasian Makhluk Hidup ?
Apa saja Manfaat Klasifikasi Makhluk Hidup ?
Jelaskan Sejarah Klasifikasi ?
Sebutkan Prinsip dan Peraturan Tata Nama Tumbuhan?
Apa saja Sistem Klasifikasi Domain ?
Apa saja Sistem Klasifikasi Enam Kingdom (Menurut Woese tahun 1977)?
Bagaimana Sistem Klasifikasi Enam Kingdom?
Bagaimana Tingkatan Takson?
Apa itu Taksonomi Tumbuhan ?
Bagaimana Tata Nama Binomial?
Apa Pengertian Virus?
Bagaimana Sejarah Penemuan?
Jelaskan Sejarah Penemuan?
Bagaimana Reproduksi Virus?
Sebutkan Klasifikasi Virus?
Sebutkan Contoh-contoh Virus?
Apa saja Peranan Virus Bagi Kehidupan?
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Pengertian Taksonomi
Kata taksonomi diciptakan oleh A.P. de Candolle, seorang ahli tumbuhan bangsa Swiss di herbarium Genewa, yang artinya teori tentang klasifikasi tumbuhan (Rideng, 1989). Secara etimologi taksonomi berasal dari bahasa Yunani: takson artinya unit atau kelompok, dan nomos artinya hukum.
Jadi definisi taksonomi adalah hukum atau aturan yang digunakan untuk menempatkan suatu makhluk hidup pada takson tertentu. Kegiatan pokok taksonomi tumbuhan adalah sebagai berikut:
Penamaan
Penelaahan ciri-ciri
Penggolongan
Seorang ahli taksonomi harus mempunyai pengetahuan tentang morfologi, embriologi, anatomi, sitogenetika dan ilmu jenis lainnya. Ada pun urutan penggolongan dalam ilmu taksonomi sebagai berikut: fase eksplorasi, fase konsolidasi, fase biosistematika, dan fase ensiklopedik.
Kenapa dibutuhkan ilmu taksonomi? Ilmu taksonomi digunakan untuk penemuan flora dan fauna, memberikan sebuah metode identifikasi yang tepat sehingga menghasilkan sistem klasifikasi yang terkait dan menyeluruh sehingga nantinya dihasilkan nama ilmiah yang benar pada setiap takson tumbuhan sesuai dengan aturan tata nama tumbuhan, membuat keteraturan dan keharmonian ilmu pengetahuan organisme sehingga tercipta suatu sistem yang sederhana dan dapat digunakan orang lain.
Untuk membuat taksonomi tumbuhan biasanya digunakan cara determinasi. Determinasi yaitu membandingkan suatu tumbuhan dengan tumbuhan lainnya yang sudah dikenal sebelumnya.
Sejak tahun 1753 sistem polynomial digantikan dengan binomial sejak publikasi "Systema Plantarum" oleh Carolus Linnaeus dan berlaku secara internasional.
Sistem binomial yaitu sistem penamaan di mana nama jenis terdiri dari dua kata, kata pertama adalah nama marga dan kata kedua merupakan penunjuk jenis atau spesies epithet. Contoh: Hibiscus tiliaceus.
Klasifikasi ilmiah menunjuk ke bagaimana ahli biologi mengelompokkan dan mengkategorikan spesies dari organisme yang punah maupun yang hidup. Klasifikasi modern berakar pada sistem Carolus Linnaeus, yang mengelompokkan spesies menurut kesamaan sifat fisik yang dimiliki. Pengelompokan ini sudah direvisi sejak Carolus Linnaeus untuk menjaga konsistensi dengan asas sifat umum yang diturunkan dari Darwin.
Untuk mengenali dan mempelajari makhluk hidup secara keseluruhan tidak mudah sehingga dibuat klasifikasi (pengelompokan) makhluk hidup. Klasifikasi makhluk hidup adalah suatu cara memilah dan mengelompokkan makhluk hidup menjadi golongan atau unit tertentu. Urutan klasifikasi makhluk hidup dari tingkat tertinggi ke terendah (yang sekarang digunakan) adalah Domain (Daerah), Kingdom (Kerajaan), Phylum atau Filum (hewan)/Divisio (tumbuhan), Classis (Kelas), Ordo (Bangsa), Famili (Suku), Genus (Marga), dan Spesies (Jenis).
Klasifikasi makhluk hidup didasarkan pada persamaan dan perbedaan ciri yang dimiliki makhluk hidup, misalnya bentuk tubuh atau fungsi alat tubuhnya. Makhluk hidup yang memliliki ciri yang sama dikelompokkan dalam satu golongan. Contoh klasifikasi makhluk hidup adalah:
Berdasarkan ukuran tubuhnya. Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi pohon, perdu, dan semak.
Berdasarkan lingkungan tempat hidupnya. Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi tumbuhan yang hidup di lingkungan kering (xerofit), tumbuhan yang hidup di lingkungan air (hidrofit), dan tumbuhan yang hidup di lingkungan lembap (higrofit).
Berdasarkan manfaatnya. Contoh: Tumbuhan dikelompokkan menjadi tanaman obat-obatan, tanaman sandang, tanaman hias, tanaman pangan dan sebagainya
Berdasarkan jenis makanannya. Contoh: Hewan dikelompokkan menjadi hewan pemakan daging (karnivora), hewan pemakan tumbuhan (herbivora), dan hewan pemakan hewan serta tumbuhan (omnivora).
Cara pengelompokan makhluk hidup seperti ini dianggap kurang sesuai yang disebabkan karena dalam pengelompokan makhluk hidup dengan cara demikian dibuat berdasarkan keinginan orang yang mengelompokkannya.
Tujuan Pengklasifikasian Makhluk Hidup
Mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan persamaan ciri-ciri yang dimiliki
Mengetahui ciri-ciri suatu jenis makhluk hidup untuk membedakannya dengan makhluk hidup dari jenis lain
Mengetahui hubungan kekerabatan makhluk hidup memberi nama makhluk hidup yang belum diketahui namanya atau belum memiliki nama
Manfaat Klasifikasi Makhluk Hidup
Klasifikasi memudahkan kita dalam mmpelajari makhluk hidup yang sangat beraneka ragam
Klasifikasi membuat kita mengetahui hubungan kekerabatan antarjenis makhluk hidup
Klasifikasi memudahkan komunikasi
Sejarah Klasifikasi
Aristoteles (384 – 322 SM), mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kelompok, yaitu tumbuhan dan hewan. Tumbuhan dikelompokkan menjadi herba, semak dan pohon. Sedangkan hewan digolongkan menjadi vertebrata dan avertebrata.
John Ray (1627 – 1708), merintis pengelompokkan makhluk hidup kearah grup-grup kecil. Ia telah melahirkan konsep tentang jenis dan spesies.
Carolus Linnaeus (1707 – 1778), mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan pada kesamaan struktur. Ia juga mengenalkan pada system tata nama makhluk hidup yang dikenal dengan binomial nomenklatur. Karena itu Carolus linneaus dikenal sebagai bapak Taksonomi dunia
R.H Whittaker pada tahun 1969 mengelompokkan makhluk hidup menjadi 5 (lima) kingdom / kerajaan, yaitu : Monera, Protista, Fungi, Plantae dan Animalia
1. Monera (bakteri dan ganggang biru)
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Monera memiliki sel prokariotik. Kelompok ini terdiri dari bakteri dan ganggang hijau biru (Cyanobacteria)
2. Protista (ganggang dan protozoa)
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista rnemiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai hewan (Protozoa) dan Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), dan Protista menyerupai jamur.
3. Fungi (jamur)
Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara makannya bersifat heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit. Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycota).
4. Plantae (tumbuhan)
Tumbuhan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya terdiri dari banyak sel yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Tumbuhan memiliki kloroplas sehingga dapat membuat makanannya sendiri (bersifat autotrof). Kelompok ini terdiri dari tumbuhan lumut, tumbuhan paku, tumbuhan berbiji terbuka, dan tumbuhan berbiji tertutup
5. Animalia (hewan)
Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak sel .yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri sehingga bersifat heterotrof. Kelompok ini terdiri dari semua hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata) dan hewan bertulang belakang (vertebrata).
Prinsip dan Peraturan Tata Nama Tumbuhan
Tatanama botani tidak berhubungan dengan tata nama zoologi. Nama yang sama yang diberikan pada tumbuhan bisa juga digunakan ahli zoologi pada hewan.
Pelaksanaan penamaan di dalam kelompok taksonomi ditentukan dengan menggunakan tipe tata nama. Tipe untuk famili adalah genus, tipe untuk genus adalah jenis, tipe untuk jenis adalah spesimen dan seterusnya.
Tata nama dari kelompok taksonomi haruslah berdasar pada prioritas publikasi, dan nama yang benar adalah nama yang telah dipublikasi terlebih dahulu dan mengacu pada aturan-aturan. Tata nama yang telah dipublikasikan lebih dulu harus dipakai sebagai dasar pada publikasi berikutnya.
Setiap kelompok taksonomi, batasannya, posisinya, dan urutannya bisa membuat satu nama yang benar. Nama ilmiah kelompok taksonomi disajikan dalam bahasa latin tanpa menghiraukan asalnya. Aturan untuk penamaan genus dan penunjuk jenis sama juga dengan yang lain harus dalam bahasa Latin.
Suatu nama yang sah tidak boleh ditolak karena alasan tidak disukai atau karena kehilangan arti aslinya. Contoh: Hibiscus rosa-sinensis, aslinya bukan di Cina. Perubahan nama hanya boleh dilakukan biala sudah betul-betul diteliti taksonominya
Tingkat-tingkat kesatuan taksonomi (dalam urutan menurun, beserta akhiran-akhiran nama ilmiahnya):
1. Dunia tumbuh-tumbuhan (Regnum Vegetabile)
2. Divisi (divisio -phyta)
3. Anak divisi (sub divisio -phytina)
4. Kelas (classis -opsida, khusus untuk Alga –phyceae)
5. Anak kelas (subclassis –idea)
6. Bangsa (ordo –ales)
7. Anak bangsa (subordo –ineae)
8. Suku (familia –aceae)
9. Anak suku (subfamilia –oideae)
10. Puak (tribus –eae)
11. Anak puak (subtribus –inae)
12. Marga (genus; nama ilmiah marga dan semua tingkat di bawahnya tidak diseragamkan akhirannya)
13. Anak marga (subgenus)
14. Seksi (sectio)
15. Anak seksi (subsectio)
16. Deret (series)
17. Anak deret (subseries)
18. Jenis (species)
19. Anak jenis (sub species)
20. Varietas (varietas)
21. Anak varietas (subvarietas)
22. Forma (forma)
23. Anak forma (subforma)
Nama ilmiah suatu jenis merupakan penggabungan 3 hal :
1. Genus
2. Spesies epithet (penunjuk jenis)
3. Author
2.6 Sistem Klasifikasi Domain
Belakangan, sistem Kingdom sempat dianggap basi, sehingga dibentuk sistem baru yang menambah urutan dan memiliki lebih sedikit jenis, yaitu Domain.
Ada tiga jenis Domain, yaitu:
Archaea (dari Archaebacteria)
Bacteria (dari Eubacteria)
Eukarya (termasuk fungi, hewan, tumbuhan, dan protista)
2.7 Sistem Klasifikasi Enam Kingdom (Menurut Woese tahun 1977)
Semula para ahli hanya mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kerajaan, yaitu kerajaan tumbuhan dan kerajaan hewan. Dasar para ahli mengelompokkan makhluk hidup menjadi dua kerajaan yaitu:
Kenyataan bahwa sel kelompok tumbuhan memiliki dinding sel yang tersusun dari selulosa.
Tumbuhan memiliki klorofil sehingga dapat membuat makanannya sendiri melalui proses fotosintesis dan tidak dapat berpindah tempat dan hewan tidak memiliki dinding sel sementara hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri dan umumnya dapat berpindah tempat.
Namun ada tumbuhan yang tidak dapat membuat makanannya sendiri, yaitu jamur (fungi). Berarti tumbuhan berbeda dengan jamur maka para ahli taksonomi kemudian mengelompokkan makhluk hidup menjadi tiga kelompok, yaitu Plantae (tumbuhan), Fungi (jamur), dan Animalia (hewan).
Setelah para ahli mengetahui struktur sel (susunan sel) secara pasti, makhluk hidup dikelompokkan menjadi empat kerajaan, yaitu Prokariot, Fungi, Plantae, dan Animalia. Pengelompokan ini berdasarkan ada tidaknya membran inti sel. Sel yang memiliki membran inti disebut sel eukariotik sedangkan sel yang tidak memiliki membran inti disebut sel prokariotik.
Pada tahun 1969 Robert H. Whittaker mengelompokkan makhluk hidup menjadi lima kingdom, yaitu Monera, Protista, Fungi, Plantae, dan Animalia. Pengelompokan ini berdasarkan pada susunan sel, cara makhluk hidup memenuhi makanannya, dan tingkatan makhluk hidup.
Namun sistem ini kemudian diubah dengan dipecahnya kingdom monera menjadi kingdom Eubacteria dan Archaebacteria.
Penjelasan mengenai sistem klasifikasi makhluk hidup enam kingdomyaitu sebagai berikut:
Kingdom Eubacteria
Para makhluk hidup di Kingdom Eubacteria berupa makhluk hidup sel tunggal (uniseluler). Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Eubacteria memiliki sel prokariotik (sel sederhana yang tidak mempunyai kapsul sebagai lapisan terluarnya dan dinding sel didalamnya). Eubacteria juga dikenal dengan istilah bakteria.
Kingdom Archaebacteria
Pada tahun 1977 seorang mikrobiolog bernama Carl Woese dan peneliti lain dari university of Illinois menemukan suatu kelompok bakteri yang memiliki ciri unik dan berbeda dari anggota kingdom Monera lainnya. Kelompok tersebut dinamakan Archaebacteria. Archaebacteria lebih mendekati makhluk hidup eukariot dibandingkan bakteri lain yang merupakan prokariot. Hal itu menyebabkan terciptanya sistem klasifikasi enam kingdom pemisah kingdom Archaebacteria dari anggota kingdom Monera lain yang kemudian disebut Eubacteria. Namun hingga sekarang yang diakui sebagai sistem klasifikasi standar adalah sistem Lima Kingdom yang ditemukan oleh Whittaker.
Makhluk hidup di Kingdom Archaebacteria tidak jauh berbeda dengan yang ada di Kingdom Eubacteria karena mereka dulunya satu Kingdom. Namun Archaebacteria umumnya tahan di lingkungan yang lebih ekstrim.
3. Kingdom Protista
Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Protista memiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai tumbuhan (ganggang), Protista menyerupai jamur, dan Protista menyerupai hewan (Protozoa, Protos: pertama, zoa: hewan). Protozoa mempunyai klasifikasi berdasarkan sistem alat geraknya, yaitu Flagellata/Mastigophora (bulu cambuk, contoh Euglena, Volvox, Noctiluca, Trypanosoma, dan Trichomonas), Cilliata/Infusiora (rambut getar, contoh Paramaecium), Rhizopoda/Sarcodina (kaki semu, contoh Amoeba), dan Sporozoa (tidak mempunyai alat gerak, contoh Plasmodium).
Kingdom Fungi (Jamur)
Fungi memiliki sel eukariotik. Fungi tak dapat membuat makanannya sendiri. Cara makannya bersifat heterotrof, yaitu menyerap zat organik dari lingkungannya sehingga hidupnya bersifat parasit dan saprofit. Kelompok ini terdiri dari semua jamur, kecuali jamur lendir (Myxomycota) dan jamur air (Oomycota). Beberapa kelompok kelas antara lain:
a. Kelas Myxomycetes (jamur lendes), contohnya Physarum policephalius.
b. Kelas Phycomycetes (jamur ganggang), contohnya jamur tempe (Rhizopus oryzae, mucor mue)
5. Kingdom Plantae (Tumbuhan)
Tumbuhan terdiri dari tumbuhan lumut (Bryophyta), tumbuhan paku (Pteridophyta), tumbuhan berbiji terbuka (Gymnospermae), dan tumbuhan berbiji tertutup (Angiospermae).
6. Kingdom Animalia (Hewan)
Hewan memiliki sel eukariotik. Tubuhnya tersusun atas banyak sel yang telah berdiferensiasi membentuk jaringan. Hewan tidak dapat membuat makanannya sendiri sehingga bersifat heterotrof. Kelompok ini terdiri dari semua hewan, yaitu hewan tidak bertulang belakang (invertebrata/avertebrata) dan hewan bertulang belakang (vertebrata).
2.8 Sistem Klasifikasi Enam Kingdom
Pada tahun 2004, seorang ilmuwan, Thomas Cavalier-Smith mengklasifikasikan makhluk hidup menjadi k Kingdom juga, namun dengan memisahkan Eukaryota dari Protista yang bersifat autotrof menjadi Kingdom baru, yaitu Chromista.
Enam Kingdom menurut Klasifikasi Cavalier-Smith, yaitu:
Bacteria
Protozoa
Chromista
Fungi
Plantae
Animalia
Walaupun sekarang Indonesia sedang berusaha mengadaptasikan klasifikasi Domain, namun klasifikasi menurut ketentuan terakhir (yang terbaru) adalah klasifikasi Cavalier-Smith ini.
2.9 Taksonomi Tumbuhan
Taksonomi tumbuhan adalah ilmu yang mempelajari penelusuran, penyimpanan contoh, pemerian, pengenalan (identifikasi), pengelompokan (klasifikasi), dan penamaan tumbuhan. Ilmu ini merupakan cabang dari taksonomi.
Taksonomi tumbuhan (juga hewan) sering kali dikacaukan dengan sistematika tumbuhan dan klasifikasi tumbuhan. Klasifikasi tumbuhan adalah bagian dari taksonomi tumbuhan. Sistematika tumbuhan adalah ilmu yang berkaitan sangat erat dengan taksonomi tumbuhan. Namun demikian, sistematika tumbuhan lebih banyak mempelajari hubungan tumbuhan dengan proses evolusinya. Dalam sistematika bantuan ilmu seperti filogeni dan kladistika banyak berperan. Di sisi lain, taksonomi tumbuhan lebih banyak mempelajari aspek penanganan sampel-sampel (spesimen) tumbuhan dan pengelompokan (klasifikasi) berdasarkan contoh-contoh ini.
Ilmu taksonomi tumbuhan mengalami banyak perubahan cepat semenjak digunakannya berbagai teknik biologi molekular dalam berbagai kajiannya. Pengelompokan spesies ke dalam berbagai takson sering kali berubah-ubah tergantung dari sistem klasifikasinya.
Klasifikasi
Klasifikasi tumbuhan adalah pembentukan kelompok-kelompok dari seluruh tumbuhan yang ada di bumi ini hingga dapat disusun takson-takson secara teratur mengikuti suatu hierarki.
Sifat-sifat yang dijadikan dasar dalam mengadakan klasifikasi berbeda-beda tergantung orang yang mengadakan klasifikasi dan tujuan yang ingin dicapai dengan pengklasifikasian itu.
Takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) yang lebih rendah mempunyai kesamaan sifat lebih banyak daripada takson yang terdapat pada tingkat takson (kategori) di atasnya.
Perbedaan antara istilah takson dengan kategori yaitu istilah takson yang ditekankan adalah pengertian unit atau kelompok yang mana pun, sedangkan istilah kategori yang ditekankan adalah tingkat atau kedudukan golongan dalam suatu hierarki tertentu.
Dalam taksonomi tumbuhan istilah yang digunakan untuk menyebutkan suatu nama takson sekaligus menunjukkan pula tingkat takson (kategori).
Ada tiga sistem klasifikasi dalam taksonomi tumbuhan yaitu sistem klasifikasi buatan, sistem klasifikasi alam, dan sistem klasifikasi filogenetik.
Berdasarkan sejarah perkembangannya ketiga sistem klasifikasi tersebut dibagi menjadi empat periode yaitu periode sistem habitus, periode sistem numerik, periode sistem alam, dan periode sistem filogenetik.
Identifikasi
Identifikasi tumbuhan adalah menentukan namanya yang benar dan tempatnya yang tepat dalam sistem klasifikasi.
Tumbuhan yang akan diidentifikasikan mungkin belum dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan (belum ada nama ilmiahnya), atau mungkin sudah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan.
Penentuan nama baru dan penentuan tingkat-tingkat takson harus mengikuti aturan yang ada dalam KITT.
Prosedur identifikasi tumbuhan yang untuk pertama kali akan diperkenalkan ke dunia ilmiah memerlukan bekal ilmu pengetahuan yang mendalam tentang isi KITT.
Untuk identifikasi tumbuhan yang telah dikenal oleh dunia ilmu pengetahuan, memerlukan sarana antara lain bantuan orang, spesimen herbarium, buku-buku flora dan monografi, kunci identifikasi dan lembar identifikasi jenis.
Flora adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis-jenis tumbuhan yang ditemukan dalam suatu wilayah tertentu.
Monografi adalah suatu bentuk karya taksonomi tumbuhan yang memuat jenis-jenis tumbuhan yang tergolong dalam kategori tertentu. baik yang terbatas pada suatu wilayah tertentu saja maupun yang terdapat di seluruh dunia.
Kunci identifikasi merupakan serentetan pertanyaan-pertanyaan yang jawabnya harus ditemukan pada spesimen yang akan diidentifikasi.
Bila semua pertanyaan berturut-turut dalam kunci identifikasi ditemukan jawabnya, berarti nama serta tempatnya dalam sistem klasifikasi tumbuhan yang akan diidentifikasi dapat diketahui.
Lembar Identifikasi Jenis adalah sebuah gambar suatu jenis tumbuhan yang disertai dengan nama klasifikasi jenis yang bersangkutan.
2.10 Tingkatan Takson
Dalam sistem klasifikasi, makhluk hidup dikelompokkan menjadi suatu kelompok besar kemudian kelompok besar ini dibagi menjadi kelompok-kelompok kecil sehingga pada akhirnya terbentuk kelompok-kelompok terkecil yang beranggotakan satu jenis makhluk hidup.
Tingkatan-tingkatan pengelompokan itu disebut takson, ilmunya Taksonomi. Semakin tinggi tingkat taksonnya :
Anggotanya semakin banyak
Tingkat persamaannya semakin kecil
Detil pengelompokkannya semakin sederhana
Perbedaannya semakin banyak karena tuntutan kesamaannya sedikit
Tingkat kekerabatannya semakin jauh
Sebaliknya tingkat takson semakin rendah sifat-sifatnya kebalikan dari yang disebutkan di atas. Tingkatan takson yaitu:
1. Kingdom
Kingdom merupakan tingkatan takson tertinggi makhluk hidup. Kebanyakan ahli Biologi sependapat bahwa makhluk hidup di dunia ni dikelompokkan menjadi 5 kingdom (diusulkan oleh Robert Whittaker tahun 1969). Kelima kingdom tersebut antara lain : Monera, Proista, Fungi, Plantae, dan Animalia.
2. Filum/Divisio (Keluarga Besar)
Nama filum digunakan pada dunia hewan, dan nama division digunakan pada tumbuhan. Filum atau division terdiri atas organism-organisme yang memiliki satu atau dua persamaan ciri. Nama filum tidak memiliki akhiran yang khas sedangkan nama division umumnya memiliki akhiran khas, antara lain phyta dan mycota.
3. Kelas (Classis)
Kelompok takson yang satu tingkat lebih rendah dari filum atau divisio
4. Ordo (Bangsa)
Setiap kelas terdiri dari beberapa ordo. Pada dunia tumbuhan, nama ordo umumnya diberi akhiran ales.
5. Famili
Famili merupakan tingkatan takson di bawah ordo. Nama famili tumbuhan biasanya diberi akhiran aceae, sedangkan untuk hewan biasanya diberi nama idea. Dalam penyebutan indonesia nama suku selalu diulang penyebutannya : kacang-kacangan , angrek-anggrekan , jahe-jahean.
6. Genus (Marga)
Genus adalah takson yang lebih rendah dariada famili. Nama genus terdiri atas satu kata, huruf pertama ditulis dengan huruf kapital, dan seluruh huruf dalam kata itu ditulis dengan huruf miring atau dibedakan dari huruf lainnya.
7. Species (Jenis)
Species adalah takson yang terendah. Spesies adalah suatu kelompok organisme yang dapat melakukan perkawinan antar sesamanya untuk menghasilkan keturunan yang fertil (subur) aturan penulisannya disebut binomial nomenklatur.
2.11 Tata Nama Binomial
Tata nama binomial (binomial berarti 'dua nama') merupakan aturan penamaan baku bagi semua organisme (makhluk hidup) yang terdiri dari dua kata dari sistem taksonomi (biologi), dengan mengambil nama genus dan nama spesies. Nama yang dipakai adalah nama baku yang diberikan dalam bahasa Latin atau bahasa lain yang dilatinkan. Aturan ini pada awalnya diterapkan untuk fungi, tumbuhan dan hewan oleh penyusunnya (Carolus Linnaeus), namun kemudian segera diterapkan untuk bakteri pula. Sebutan yang disepakati untuk nama ini adalah 'nama ilmiah' (scientific name). Awam seringkali menyebutnya sebagai "nama latin" meskipun istilah ini tidak tepat sepenuhnya, karena sebagian besar nama yang diberikan bukan istilah asli dalam bahasa latin melainkan nama yang diberikan oleh orang yang pertama kali memberi pertelaan atau deskripsi (disebut deskriptor) lalu dilatinkan.
Penamaan organisme pada saat ini diatur dalam Peraturan Internasional bagi Tata Nama Botani (ICBN) bagi tumbuhan, beberapa alga, fungi, dan lumut kerak, serta fosil tumbuhan; Peraturan Internasional bagi Tata Nama Zoologi (ICZN) bagi hewan dan fosil hewan; dan Peraturan Internasional bagi Tata Nama Prokariota (ICNP). Aturan penamaan dalam biologi, khususnya tumbuhan, tidak perlu dikacaukan dengan aturan lain yang berlaku bagi tanaman budidaya (Peraturan Internasional bagi Tata Nama Tanaman Budidaya, ICNCP).
Aturan Penulisan
Aturan penulisan dalam tatanama binomial selalu menempatkan nama ("epitet" dari epithet) genus di awal dan nama ("epitet") spesies mengikutinya.
Nama genus selalu diawali dengan huruf kapital (huruf besar, uppercase) dan nama spesies selalu diawali dengan huruf biasa (huruf kecil, lowercase).
Penulisan nama ini tidak mengikuti tipografi yang menyertainya (artinya, suatu teks yang semuanya menggunakan huruf kapital/balok, misalnya pada judul suatu naskah, tidak menjadikan penulisan nama ilmiah menjadi huruf kapital semua) kecuali untuk hal berikut:
Pada teks dengan huruf tegak (huruf latin), nama ilmiah ditulis dengan huruf miring (huruf italik), dan sebaliknya. Contoh: Glycine soja, Pavo muticus. Perlu diperhatikan bahwa cara penulisan ini adalah konvensi yang berlaku saat ini sejak awal abad ke-20. Sebelumnya, seperti yang dilakukan pula oleh Carolus Linnaeus, nama atau epitet spesies diawali dengan huruf besar jika diambil dari nama orang atau tempat.
Pada teks tulisan tangan, nama ilmiah diberi garis bawah yang terpisah untuk nama genus dan nama spesies.
Nama lengkap (untuk hewan) atau singkatan (untuk tumbuhan) dari autoritas boleh diberikan di belakang nama spesies, dan ditulis dengan huruf tegak (latin) atau tanpa garis bawah (jika tulisan tangan). Jika suatu spesies digolongkan dalam genus yang berbeda dari yang berlaku sekarang, nama autoritas ditulis dalam tanda kurung. Contoh: Glycine max Merr., Passer domesticus (Linnaeus, 1978) — yang terakhir semula dimasukkan dalam genus Fringilla, sehingga diberi tanda kurung (parentesis).
Pada penulisan teks yang menyertakan nama umum/trivial, nama ilmiah biasanya menyusul dan diletakkan dalam tanda kurung.
Contoh pada suatu judul: "Pengujian Daya Tahan Kedelai (Glycine max Merr.) Terhadap Beberapa Tingkat Salinitas". (Penjelasan: Merr. adalah singkatan dari autoritas (dalam contoh ini E.D. Merrill) yang hasil karyanya diakui untuk menggambarkan Glycine max. Nama Glycine max diberikan dalam judul karena ada spesies lain, Glycine soja, yang juga disebut kedelai.).
Nama ilmiah ditulis lengkap apabila disebutkan pertama kali. Penyebutan selanjutnya cukup dengan mengambil huruf awal nama genus dan diberi titik lalu nama spesies secara lengkap. Contoh: Tumbuhan dengan bunga terbesar dapat ditemukan di hutan-hutan Bengkulu, yang dikenal sebagai padma raksasa (Rafflesia arnoldii). Di Pulau Jawa ditemukan pula kerabatnya, yang dikenal sebagai R. patma, dengan ukuran bunga yang lebih kecil. Sebutan E. coli atau T. rex berasal dari konvensi ini.
Singkatan "sp." (zoologi) atau "spec." (botani) digunakan jika nama spesies tidak dapat atau tidak perlu dijelaskan. Singkatan "spp." (zoologi dan botani) merupakan bentuk jamak. Contoh: Canis sp., berarti satu jenis dari genus Canis; Adiantum spp., berarti jenis-jenis Adiantum.
Sering dikacaukan dengan singkatan sebelumnya adalah "ssp." (zoologi) atau "subsp." (botani) yang menunjukkan subspesies yang belum diidentifikasi. Singkatan ini berarti "subspesies", dan bentuk jamaknya "sspp." atau "subspp."
Singkatan "cf." (dari confer) dipakai jika identifikasi nama belum pasti. Contoh: Corvus cf. splendens berarti "sejenis burung mirip dengan gagak (Corvus splendens) tapi belum dipastikan sama dengan spesies ini".
Penamaan fungi mengikuti penamaan tumbuhan.
Tatanama binomial dikenal pula sebagai "Sistem Klasifikasi Binomial".
Penyebutan Autoritas
Dalam naskah-naskah ilmiah, paling tidak salah satu nama spesies (biasanya pada penyebutan pertama kali atau pada tempat utama) diikuti oleh "autoritas" - suatu cara penyebutan untuk orang yang pertama kali mempublikasikan deskripsi yang valid mengenai spesies tersebut. Cara penulisan ini memiliki perbedaan di antara bidang zoologi dan botani (termasuk mikologi). Nama autor ditulis di belakang nama takson. ICZN mengatur penulisan nama autor di bidang zoologi dalam bentuk nama akhir (nama keluarga) diikuti oleh tanggal (boleh hanya tahun) publikasi. Di bidang botani, ICBN menggunakan singkatan nama (terdaftar) dan mengabaikan tanggal (hal ini dulu pernah digunakan pula di bidang zoologi).
Apabila nama awal diganti, misalnya karena spesies dipindahkan ke genus yang lain, kedua sistem tata nama menggunakan tanda kurung (parentesis) yang mengapit autor awalnya. Contoh:
(Tumbuhan) Amaranthus retroflexus L. – "L." adalah singkatan baku untuk "Linnaeus".
(Tumbuhan) Hyacinthoides italica (L.) Rothm. – Linnaeus pertama kali menamakan tumbuhan ini sebagai Scilla italica; Rothmaler memindahkannya ke genus Hyacinthoides.
(Hewan) Passer domesticus (Linnaeus, 1758) – nama asli diberikan oleh Linnaeus sebagai Fringilla domestica; tidak seperti ICBN, ICZN tidak memerlukan penulisan nama orang yang memindahkan nama spesies ke genus lainnya.
2.12 Pengertian Virus
Virus berasal dari bahasa latin venom yang berarti racun. Apabila virus berada di luar sel hidup maka virus dianggap sebagai makhluk tak hidup, tetapi bila berada di dalam sel hidup virus dikatakan sebagai makhluk hidup.
Virus dikatakan tidak hidup karena virus dapat dikristalkan dan tidak mempunyai protoplasma. Virus dikatakan hidup karena virus dapat berkembang biak dan memiliki materi genetik (ARN/ ADN) yang menyusun tubuhnya.
Virus merupakan suatu organisme intraseluler obligatorik yang bereplikasi di dalam sel dengan menggunakan komponen asam nukleat dan peralatan sintesis protein milik host. Virus menginfeksi beragam populasi sel dengan menggunakan molekul permukaan sel sebagai reseptor untuk masuk ke dalam sel. Setelah masuk ke dalam sel, virus dapat menyebabkan cedera jaringan dan penyakit dengan berbagai macam mekanisme.
Replikasi virus mengganggu sintesis dan fungsi protein yang normal serta dapat memicu cedera dan kematian sel yang terinfeksi. Hal ini merupakan salah satu efek sitopatik virus, dan infeksi ini disebut litik karena sel yang terinfeksi mengalami lisis. Berbagai macam virus dapat menginfeksi berbagai macam sel. Virus akan menggunakan molekul permukaan sel sebagai reseptor untuk masuk ke dalam sel.
Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Dalam sel inang, virus merupakan parasit obligat dan di luar inangnya menjadi tak berdaya. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.
Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofag atau fag digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).
Virus bersifat parasit obligat, hal tersebut disebabkan karena virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus akan diekspresikan menjadi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.
Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya secara bebas. Karena karakteristik khasnya ini virus selalu terasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influenza dan HIV), hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya virus mosaik tembakau).
2.13 Sejarah Penemuan
Menurut para ahli biologi, virus merupakan organisme peralihan antara makhluk hidup dan benda mati. Dikatakan peralihan karena virus mempunyai ciri-ciri makhluk hidup, misalnya mempunyai DNA (asam deoksiribonukleat) dan dapat berkembang biak pada sel hidup. Memiliki ciri-ciri benda mati seperti tidak memiliki protoplasma dan dapat dikristalkan. Para penemu virus antara lain D. Iwanoski (1892) pada tanaman tembakau, dilanjutkan M. Beijerinck (1898), Loffern dan Frooch (1897) menemukan dan memisahkan virus penyebab penyakit mulut dan kaki (food and mouth diseases), Reed (1900) berhasil menemukan virus penyebab kuning (yellow fever), Twort dan Herelle (1917) penemu Bakteriofage, Wendell M. Stanley (1935) berhasil mengkristalkan virus mosaik pada tembakau. Pengetahuan tentang virus terus berkembang sampai lahir ilmu cabang biologi yang mempelajari virus disebut virology. Sejarah virus yaitu:
Virus telah menginfeksi sejak jaman sebelum masehi, hal tersebut terbukti dengan adanya beberapa penemuan-penemuan yaitu laporan mengenai infeksi virus dalam hieroglyph di Memphis, ibu kota Mesir kuno (1400SM) yang menunjukkan adana penyakit poliomyelitis, selain itu, Raja Firaun Ramses V meninggal pada tahun 1196 SM dan dipercaya meninggal karena terserang virus Smallpox.
Pada jaman sebelum masehi, virus endemik yang cukup terkenal adalah virus Smallpox yang menyerang masyarakat cina pada tahun 1000. Akan tetapi pada pada tahun 1798 , Edward Jenner menemukan bahwa beberapa pemerah susu memiliki kekebalan terhadap virus pox. Hal tersebut diduga karena Virus Pox yang terdapat pada sapi, melindungi manusia dari Pox. Penemuan tersebut yang dipahami kemudian merupakan pelopor penggunaan vaksin.
Pada tahun 1880, Louis Pasteur dan Robert Koch mengemukakan suatu "germ theory" yaitu bahwa mikroorganisme merupakan penyebab penyakit. Pada saat itu juga terkenal Postulat Koch yang sangat terkenal hingga saat ini yaitu :
Agen penyakit harus ada di dalam setiap kasus penyakit
Agen harus bisa diisolasi dari inang dan bisa ditumbuhkan secara in vitro
Ketika kultur agen muri diinokulasikan ke dalam sel inang sehat yang rentan maka ia bisa menimbulkan penyakit
Agen yang sama bisa di ambil dan diisolasi kembali dari inang yang terinfeksi tersebut
Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai penyakit mosaik yang menghambat pertumbuhan tanaman tembakau dan membuat daun tanaman tersebut memiliki bercak-bercak. Pada tahun 1883, Adolf Mayer, seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan mikroba di getah tanaman tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri yang lebih kecil dari biasanya dan tidak dapat dilihat dengan mikroskop.
Pada tahun 1892, Dimitri Ivanowsky dari Rusia menemukan bahwa getah daun tembakau yang sudah disaring dengan penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit mosaik. Ivanowsky lalu menyimpulkan dua kemungkinan, yaitu bahwa bakteri penyebab penyakit tersebut berbentuk sangat kecil sehingga masih dapat melewati saringan, atau bakteri tersebut mengeluarkan toksin yang dapat menembus saringan. Kemungkinan kedua ini dibuang pada tahun 1897 setelah Martinus Beijerinck dari Belanda menemukan bahwa agen infeksi di dalam getah yang sudah disaring tersebut dapat bereproduksi karena kemampuannya menimbulkan penyakit tidak berkurang setelah beberapa kali ditransfer antartanaman. Patogen mosaik tembakau disimpulkan sebagai bukan bakteri, melainkan merupakan contagium vivum fluidum, yaitu sejenis cairan hidup pembawa penyakit.
Setelah itu, pada tahun 1898, Loeffler dan Frosch melaporkan bahwa penyebab penyakit mulut dan kaki sapi dapat melewati filter yang tidak dapat dilewati bakteri. Namun demikian, mereka menyimpulkan bahwa patogennya adalah bakteri yang sangat kecil.
Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun 1935, setelah Wendell Meredith Stanley dari Amerika Serikat berhasil mengkristalkan partikel penyebab penyakit mosaik yang kini dikenal sebagai virus mosaik tembakau. Virus ini juga merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan dengan mikroskop elektron pada tahun 1939 oleh ilmuwan Jerman G.A. Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska.
Pada tahun 1911, Peyton Rous menemukan jika ayam yang sehat diinduksi dengan sel tumor dari ayam yang sakit, maka pada ayam yang sehat tersebut juga akan terkena kanker. Selain itu, Rous juga mencoba melisis sel tumor dari ayam yang sakit lalu menyaring sari-sarinya dengan pori-pori yang tidak dapat dilalui oleh bakteri, lalu sari-sari tersebut di suntikkan dalam sel ayam yang sehat dan ternyata hal tersebut juga dapat menyebabkan kanker. Rous menyimpulkan kanker disebabkan karena sel virus pada sel tumor ayam yang sakit yang menginfeksi sel ayam yang sehat. Penemuan tersebut merupakan penemuan pertama virus onkogenik, yaitu virus yang dapat menyebabkan tumor. Virus yang ditemukan oleh Rous dinamakan Rous Sarcoma Virus(RSV).
Pada tahun 1933, Shope papilloma virus atau cottontail rabbit papilloma virus (CRPV) yang ditemukan oleh Dr. Richard E Shope merupakan model kanker pertama pada manusia yag disebabkan oleh virus. Dr Shope melakukan percobaan dengan mengambil filtrat dari tumor pada hewan lalu disuntikkan pada kelinci domestik yang sehat dan ternyata timbul tumor pada kelinci tersebut.
Wendell Stanley merupakan orang pertama yang berhasil mengkristalkan virus pada tahun 1935. Virus yang dikristalkan merupakan Tobacco Mozaic Virus (TMV). Stanley mengemukakan bahwa virus akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi.
Martha Chase dan Alfred Hershey pada tahun 1952 berhasil menemukan bakteriofage. Bakterofage merupakan virus yang memiliki inang bakteri sehingga hanya dapat bereplikasi di dalam sel bakteri.
2.14 Struktur dan Anatomi Virus
Virus adalah organisme subselular yang karena ukurannya sangat kecil, hanya dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop elektron. Ukurannya lebih kecil daripada bakteri sehingga virus tidak dapat disaring dengan penyaring bakteri. Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop cahaya.
Genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA. Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal. Selain itu, asam nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler. Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar. Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.
Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung. Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid. Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat (sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer.
Bakteriofag terdiri dari kepala polihedral berisi asam nukleat dan ekor untuk menginfeksi inang.
Untuk virus berbentuk heliks, protein kapsid (biasanya disebut protein nukleokapsid) terikat langsung dengan genom virus. Misalnya, pada virus campak, setiap protein nukleokapsid terhubung dengan enam basa RNA membentuk heliks sepanjang sekitar 1,3 mikrometer. Komposisi kompleks protein dan asam nukleat ini disebut nukleokapsid. Pada virus campak, nukleokapsid ini diselubungi oleh lapisan lipid yang didapatkan dari sel inang, dan glikoprotein yang disandikan oleh virus melekat pada selubung lipid tersebut. Bagian-bagian ini berfungsi dalam pengikatan pada dan pemasukan ke sel inang pada awal infeksi.
Virus cacar air memiliki selubung virus.
Kapsid virus sferik menyelubungi genom virus secara keseluruhan dan tidak terlalu berikatan dengan asam nukleat seperti virus heliks. Struktur ini bisa bervariasi dari ukuran 20 nanometer hingga 400 nanometer dan terdiri atas protein virus yang tersusun dalam bentuk simetri ikosahedral. Jumlah protein yang dibutuhkan untuk membentuk kapsid virus sferik ditentukan dengan koefisien T, yaitu sekitar 60t protein. Sebagai contoh, virus hepatitis B memiliki angka T=4, butuh 240 protein untuk membentuk kapsid. Seperti virus bentuk heliks, kapsid sebagian jenis virus sferik dapat diselubungi lapisan lipid, namun biasanya protein kapsid sendiri langsung terlibat dalam penginfeksian sel.
Beberapa jenis virus memiliki unsur tambahan yang membantunya menginfeksi inang.Virus pada hewan memiliki selubung virus, yaitu membran menyelubungi kapsid. Selubung ini mengandung fosfolipid dan protein dari sel inang, tetapi juga mengandung protein dan glikoprotein yang berasal dari virus. Selain protein selubung dan protein kapsid, virus juga membawa beberapa molekul enzim di dalam kapsidnya. Ada pula beberapa jenis bakteriofag yang memiliki ekor protein yang melekat pada "kepala" kapsid. Serabut-serabut ekor tersebut digunakan oleh fag untuk menempel pada suatu bakteri. Partikel lengkap virus disebut virion. Virion berfungsi sebagai alat transportasi gen, sedangkan komponen selubung dan kapsid bertanggung jawab dalam mekanisme penginfeksian sel inang.
Tubuhnya masih belum dapat disebut sebagai sel, hanya tersusun dari selubung protein di bagian luar dan asam nukleat (ARN & ADN) di bagian dalamnya. Berdasarkan asam nukleat yang terdapat pada virus, kita mengenal virus ADN dan virus ARN. Virus hanya dapat berkembang biak (bereplikasi) pada medium yang hidup (embrio, jaringan hewan, jaringan tumbuhan). Bahan-bahan yang diperlukan untuk membentuk bagian tubuh virus baru, berasal dari sitoplasma sel yang diinfeksi.
(gambar kelompok virus)
Untuk mengetahui struktur virus secara umum kita gunakan bakteriofage (virus T), strukturnya terdiri dari:
a. Kepala
Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya diselubungi kapsid. Satu unit protein yang menyusun kapsid disebut kapsomer.
b. Kapsid
Kapsid adalah selubung yang berupa protein. Kapsid terdiri atas kapsomer. Kapsid juga dapat terdiri atas protein monomer yang yang terdiri dari rantai polipeptida. Fungsi kapsid untuk memberi bentuk virus sekaligus sebagai pelindung virus dari kondisi lingkungan yang merugikan virus.
c. Isi tubuh
Bagian isi tersusun atas asam inti, yakni DNA saja atau RNA saja. Bagian isi disebut sebagai virion. DNA atau RNA merupakan materi genetik yang berisi kode-kode pembawa sifat virus. Berdasarkan isi yang dikandungnya, virus dapat dibedakan menjadi virus DNA (virus T, virus cacar) dan virus RNA (virus influenza, HIV, H5N1). Selain itu di dalam isi virus terdapat beberapa enzim.
d. Ekor
Ekor virus merupakan alat untuk menempel pada inangnya. Ekor virus terdiri atas tubus bersumbat yang dilengkapi benang atau serabut. Virus yang menginfeksi sel eukariotik tidak mempunyai ekor.
Virus terkecil berdiameter hanya 20 nm (lebih kecil daripada ribosom), sedangkan virus terbesar sekalipun sukar dilihat dengan mikroskop cahaya.
Asam nukleat genom virus dapat berupa DNA ataupun RNA. Genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai tunggal, RNA untai ganda, atau RNA untai tunggal. Selain itu, asam nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau sirkuler. Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil sampai dengan beberapa ratus untuk yang terbesar. Bahan genetik kebanyakan virus hewan dan manusia berupa DNA, dan pada virus tumbuhan kebanyakan adalah RNA yang beruntai tunggal.
Bahan genetik virus diselubungi oleh suatu lapisan pelindung. Protein yang menjadi lapisan pelindung tersebut disebut kapsid. Bergantung pada tipe virusnya, kapsid bisa berbentuk bulat (sferik), heliks, polihedral, atau bentuk yang lebih kompleks dan terdiri atas protein yang disandikan oleh genom virus. Kapsid terbentuk dari banyak subunit protein yang disebut kapsomer.
2.15 Reproduksi Virus
Cara reproduksi virus dikenal sebagai proliferasi yang terdiri dari:
1. Daur Litik (Litic Cycle)
Fase Adsorbsi (Fase Penempelan)
Ditandai dengan melekatnya ekor virus pada sel bakteri. Setelah menempel virus mengeluarkan enzim lisoenzim (enzim penghancur) sehingga terbentuk lubang pada dinding bakteri untuk memasukkan asam inti virus.
Fase Injeksi (memasukkan asam inti)
Setelah terbentuk lubang pada sel bakteri maka virus akan memasukkan asam inti (DNA) ke dalam tubuh sel bakteri. Jadi kapsid virus tetap berada di luar sel bakteri dan berfungsi lagi.
Fase Sintesis (pembentukan)
DNA virus akan mempengaruhi DNA bakteri untuk mereplikasi bagian-bagian virus, sehingga terbentuklah bagian-bagian virus. Di dalam sel bakteri yang tidak berdaya itu disintesis virus dan protein yang dijadikan sebagai kapsid virus, dalam kendali DNA virus.
Fase Asemblin (perakitan)
Bagian-bagian virus yang telah terbentuk, oleh bakteri akan dirakit menjadi virus sempurna. Jumlah virus yang terbentuk sekitar 100-200 buah dalam satu daur litik.
Fase Litik (pemecahan sel inang)
Ketika perakitan selesai, maka virus akan menghancurkan dinding sel bakteri dengan enzim lisoenzim, akhirnya virus akan mencari inang baru.
2. Daur lisogenik (lisogenic cycle)
a. Fase Penggabungan
Dalam menyisip ke DNA bakteri DNA virus harus memutus DNA bakteri, kemudian DNA virus menyisip di antara benang DNA bakteri yang terputus tersebut. Dengan kata lain, di dalam DNA bakteri terkandung materi genetik virus.
b. Fase Pembelahan
Setelah menyisip DNA virus tidak aktif disebut profag. Kemudian DNA bakteri mereplikasi untuk melakukan pembelahan.
c. Fase Sintesis
DNA virus melakukan sintesis untuk membentuk bagian-bagian viirus
d. Fase Perakitan
Setelah virus membentuk bagian-bagian virus, dan kemudian DNA masuk ke dalam akan membentuk virus baru
e. Fase Litik
Setelah perakitan selesai terjadilah lisis sel bakteri. Virus yang terlepas dari inang akan mencari inang baru
2.16 Klasifikasi Virus
Menurut klasifikasi Bergey, virus termasuk ke dalam divisio Protophyta, kelas Mikrotatobiotes dan ordo Virales (Virus). Pada tahun 1976 ICTV (International Commite on Taxonomy of Virus) mempublikasikan bahwa virus diklasifikasikan struktur dan komposisi tubuh, yakni berdasarkan kandungan asam. Pada dasarnya virus dibedakan atas dua golongan yaitu virus DNA dan virus RNA.
1. Virus DNA mempunyai beberapa famili:
a. Famili Parvoviridae seperti genus Parvovirus
b. Famili Papovaviridae seperti genus Aviadenovirus
c. Famili Adenoviridae seperti genus Mastadenovirus
d. Famili Herpesviridae seperti genus Herpesvirus
e. Famili Iridoviridae seperti genus Iridovirus
f. Famili Poxviridae seperti genus Orthopoxvirus
2. Virus RNA mempunyai beberapa famili:
a. Famili Picornaviridae seperti genus Enterivirus
b. Famili Reoviridae seperti genus Reovirus
c. Famili Togaviridae seperti genus Alphavirus
d. Famili Paramyvoviridae seperti genus Pneumovirus
e. Famili Orthomyxoviridae seperti genus Influensavirus
f. Famili Retroviridae seperti genus Leukovirus
7. Famili Rhabdoviridae seperti genus Lyssavirus
8. Famili Arenaviridae seperti genus Arenavirus
Virus diklasifikasikan berdasarkan:
1. Berdasarkan Tempat Hidupnya
a. Virus bakteri (bakteriofage)
Bakteriofage adalah virus yang menggandakan dirinya sendiri dengan menyerbu bakteri. Dibandingkan dengan kebanyakan virus, ia sangat kompleks dan mempunyai beberapa bagian berbeda yang diatur secara cermat. Semua virus memiliki asam nukleat, pembawa gen yang diperlukan untuk menghimpun salinan-salinan virus di dalam sel hidup.Pada virus T4 asam nukleatnya adalah DNA, tetapi pada banyak virus lain, termasuk virus penyebab AIDS, polio, dan flu, asam nukleatnya adalah RNA. Pada virus RNA, RNA "baru" dibuat dengan cara menggandakan langsung RNA "lama" atau dengan lebih dulu membentuk potongan DNA pelengkap. Virus bakteriofage mula-mula ditemukan oleh ilmuwan Prancis, D'Herelle. Bentuk luar terdiri atas kepala yang berbentuk heksagonal, leher, dan ekor. Bagian dalam kepala mengandung dua pilinan DNA. Bagian leher berfungsi menghubungkan bagian kepala dan ekor. Bagian ekor berfungsi untuk memasukkan DNA virus ke dalam sel inangnya.
b. Virus tumbuhan
Virus yang parasit pada sel tumbuhan. Contoh virus yang parasit pada tumbuhan: Tobacco Mozaic Virus (TMV) dan Beet Yellow Virus (BYV).
c. Virus hewan
Virus yang parasit pada sel hewan. Contoh virus hewan: virus Poliomylitis, virus Vaccina, dan virus Influenza.
2. Berdasarkan Molekul yang Menyusun Asam Nukleat
Dibedakan menjadi: DNA pita tunggal (DNA ss), DNA pita ganda (DNA ds), RNA pita tunggal (RNA ss), dan RNA pita ganda (RNA ds).
3. Berdasarkan Punya Tidaknya Selubung Virus Dapat dibedakan menjadi dua tipe, yaitu:
a. Virus yang memiliki selubung atau sampul (enveloped virus)
Virus ini memiliki nukleokapsid yang dibungkus oleh membran. Membran terdiri dari dua lipid dan protein, (biasanya glikoprotein). Membran ini berfungsi sebagai struktur yang pertama-tama berinteraksi. Contoh: Herpesvirus, Corronavirus, dan Orthomuxovirus.
b. Virus yang tidak memiliki selubung
Hanya memiliki capsid (protein) dan asam nukleat (naked virus). Contoh: Reovirus, Papovirus, dan Adenovirus.
2.17 Macam-macam Infeksi Virus
Virus dapat menginfeksi inangnya dan menyebabkan berbagai akibat bagi inangnya. Ada yang berbahaya, namun juga ada yang dapat ditangani oleh sel imun dalam tubuh sehingga akibat yang dihasilkan tidak terlalu besar.
Infeksi Akut
infeksi akut merupakan infeksi yang berlangsung dalam jangka waktu cepat namun dapat juga berakibat fatal. Akibat dari infeksi akut adalah :
* Sembuh tanpa kerusakan (Sembuh total)
* Sembuh dengan kerusakan/cacat, misalnya : polio
* Berlanjut kepada infeksi kronis
* Kematian
Infeksi Kronis
Infeksi kronis merupakan infeksi virus yang berkepanjangan sehingga ada resiko gejala penyakit muncul kembali. Contoh dari infeksi kronis adalah :
* Silent subclinical infection seumur hidup, contoh : cytomegalovirus( CMV)
* Periode diam yang cukup lama sebelum munculnya penyakit, contoh : HIV
* Reaktivasi yang menyebabkan infeksi akut, contoh : shingles
* Penyakit kronis yang berulang (kambuh), contoh : HBV, HCV
* Kanker contoh : HTLV-1, HPV, HBV, HCV, HHV.
2.18 Contoh-contoh Virus
1. Virus RNA
Virus RNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa RNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas III, IV, V, dan VI. Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Retroviridae, Picornaviridae, Orthomixoviridae, dan Arbovirus.
Retroviridae
Retroviridae merupakan virus berbentuk ikosahedral. Virus ini memiliki genom RNA berjumlah dua buah yang keduanya identik dan memiliki polaritas positif yang nantinya akan diekspresikan menjadi enzim polimerase yang unik yaitu reverse traskriptase yang berguna untuk mengubah RNA menjadi DNA. DNA yang dihasilkan nantinya akan berintegrasi ke dalam DNA sel inang sebagai provirus. Virus ini termasuk ke dalam virus yang ganas, dapat menyebabkan penekanan sistem kekebalan tubuh dan juga tumor. Sifatnya yang ganas tersebut disebabkan salah satunya karena virus ini mudah mengalami mutasi.
Salah satu genus dari famili ini yang paling terkenal adalah genus Lentivirus, yang contoh spesiesnya adalah HIV 1 dan 2.
Picornaviridae
Picornaviridae merupakan berukuran kecil. Virus ini memiliki genom RNA dengan polaritas positif sehingga termasuk virus kelas IV dalam klasifikasi Baltimore.Virus dalam famili ini mampu menyebabkan banyak penyakit pada manusia, di antaranya adalah penyakit polio yang disebabkan oleh Poliovirus dan flu ringan yang disebabkan oleh Rhinovirus.
Orthomixoviridae
Orthomoxoviridae merupakan virus yang memiliki selubung dengan materi genetik RNA bersegmen berpolaritas negatif sehingga virus ini termasuk dalam kelas V dalam klasifikasi Baltimore. Ciri khan dari virus ini adalah virus ini memiliki protein permukaan yang merupakan antigen utama yaitu Hemmaglutinin (HA) dan Neuraminidase (NA). Hemmaglutinin merupakan bagian virus yang menempel pada sel target oleh sebab itu antibodi terhadap hemmaglutinin dapat melindung dari infeksi virus. Neuraminidase berperan untuk melepaskan virion dari sel oleh sebab itu antibodi terhadap NA dapat menekan tingkat keparahan infeksi virus. Virus ini di klasifikasikan menjadi empat kelompok yaitu :
Influenza tipe A
Influenza tipe A merupakan virus yang menginfeksi berbagai spesies baik manusia, burung (burung liar, ternak, domestik), babi, kuda, anjing, dan mamalia air(anjing laut dan paus). Virus influenza tipe A dapat mengalami antigenic drift dan antigenic shift. Antigenic drift adalah terjadinya mutasi pada gen yang menyandikan protein Hemmaglutinin. Hal tersebut menyebabkan antibodi yang ada tidak dapat mengenalinya lagi. Kejadian tersebut menyebabkan terjadinya endemik musiman.
Antigenic shift adalah munculnya subtipe barus virus influenza yang disebabkan karena penggabunggan genetik antara manusia dengan virus hewan atau dengan transmisi langsung dari hewan unggas ke manusia. karena tidak ada atau sedikitnya imunitas terhada virus baru, maka pandemik dapat terjadi.
Influenza tipe B
Influenza tipe C
Tick-Borne Influenza
Virus ini merupakan virus yang berasal dari kutu.
Arboviruses
Arbovirus merupakan singkatan dari ARthropoda-BOrne virus yaitu virus yang berasal dari kelompok Arthropoda. Arbovirus dibagi menjadi empat famili yaitu :
Togaviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Rubellavirus.
Flaviviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah Hepatitis C virus dan Denguevirus yang penyebabkan penyakit demam berdarah dengue.
Bunyaviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah California encephalitis virus (CE) yang menyebabkan penyakit encephalitis pada manusia.
Reoviridae
contoh virus yang termasuk dalam kelompok ini adalah reovirus yang menyebabkan Colorado tick fever dan Rotavirus yang menyebabkan diare epidemik pada anak-anak.
2. Virus DNA
Virus DNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa DNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas I, II, VII. Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Herpesviridae, Parvoviridae, dan Poxviridae.
Herpesviridae
Herpesviridae merupakan kelompok virus berukuran besar dengan materi genetik DNA utas ganda sehingga dikelompokkan ke dalam kelas 1 dalam klasifikasi baltimore. Virus dalam kelompok ini dapat menyebabkan penyakit ganas dan juga dapat menyebabkan kelainan pasca kelahiaran pada bayi. Herpesviridae terbagi ke dalam beberapa genus, yaitu :
Alpha Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok Alpha herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut dengan gejala yang muncul saat itu juga. infeksi virus ini bersifat laten persisten disebabkan karena kemampuan genom virus ini untuk berintergrasi dengan sel inang. jika kondisi inang sedang lemah, maka ada kemungkinan penyakit dapat muncul kembali pada tempat yang sama. Contoh dari virus ini adalah Herpes simplex tipe 1 dan 2 dan Varicella zoster(VZ) virus.
Beta Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok beta herpesvirus biasanya menyebabkan penyakit yang akut akan tetapi tidak ditemukan gejala pada carrier. Virus ini menyebabkan infeksi pada bayi dan perkembangan abnormal (penyakit kongenital). Contoh dari virus ini adalah Cytomegalovirus.
Gamma Herpesvirus
Virus yang termasuk dalam kelompok ini mampu menyebabkan penyakit limphopoliperatif jinak dan ganas. Contoh dari virus ini adalah Epstein-Barr virus.
Parvoviridae
Parvoviridae merupakan virus dengan DNA utas tunggal polaritas positif atau negatif sehingga termasuk dalam kelas II dalam klasifikasi Baltimore. Virus ini tidak memiliki selubung virus dan merupakan virus manusia yang berukuran paling kecil. Virus merupakan virus yang tidak sempurna sehingga perlu berasosiasi dengan adenovirus sehingga sering disebut Adeno-Associated Virus(AAV). Salah satu contoh kelompok ini adalah virus B-19 yang dapat menyebabkan cacat atau keguguran pada janin.
Poxviridae
Poxviridae merupakan virus dengan materi genetik DNA untai ganda sehingga virus ini di termasuk dalam kelas I dalam klasifikasi Baltimore. Ciri khas dari virus ini adalah virus ini memiliki morfologi besar dan kompleks. Virus yang terkenal dalam kelompok ini adalah Smallpox. Smallpox cukup terkenal karena menimbulkan pandemik yang sangat besar diseluruh dunia. Sekarang virus Smallpox sudah dimusnahkan.
2.19 Peranan Virus Bagi Kehidupan
1. Virus yang Menguntungkan:
a. Untuk membuat antitoksin.
b. Untuk melemahkan bakteri.
c. Untuk reproduksi vaksin.
2. Virus yang Merugikan:
1. Menyebabkan penyakit pada manusia
a. Orthomyxovirus, yang menyebabkan influenza.
b. Paramyxovirus, menyebabkan penyakit campak.
c. Herpesvirus varicella, menyebabkan cacar air.
d. Corona, menyebabkan SARS (Severe Accute Respiratory Syndroms), merupakan penyakit yang menyerang sistem pernapasan.
e. Virus Cikungunya, menyebabkan penyakit cikungunya.
f. Virus hepatitis A dan hepatitis B, menyebabkan penyakit hepatitis.
g. Virus Onkogen, menyebabkan kanker.
h. Tagovirus (flavovirus), menyebabkan demam berdarah.
i. HIV (Human Imunodeficiency Virus), menyebabkan AIDS (Acquired Imunodeficiency Syndrome).
2. Menyebabkan penyakit pada hewan
a. Polyma, penyebab tumor pada hewan.
b. Rous Sarcoma Virus (RSV), penyebab kanker pada ayam.
c. Rhabdovirus, penyebab rabies pada vertebrata (anjing, kera, dan lainlain). Vaksin rabies ditemukan oleh Louis Pasteur.
d. Tetelo pada ayam atau NCD (New Castle Disease).
e. Penyakit kuku dan mulut pada ternak, seperti sapi dan kambing.
3. Menyebabkan penyakit pada tumbuhan
a. Virus mozaik penyebab mozaik (bercak kuning) pada tembakau.
b. CVPD (Citrus Vein Phloem Degeneration) penyebab penyakit pada jeruk.
c. Virus tungro, penyebab penyakit pada tanaman padi. Vektornya adalah wereng hijau dan wereng cokelat.
BAB III
PENUTUP
Kesimpulan
Taksonomi adalah pengelompokan suatu hal berdasarkan hierarki (tingkatan) tertentu. Di mana taksonomi yang lebih tinggi bersifat lebih umum dan taksonomi yang lebih rendah bersifat lebih spesifik. Selain itu, taksonomi juga diartikan sebagai cabang ilmu biologi yg menelaah penamaan, perincian, dan pengelompokan makhluk hidup berdasarkan persamaan dan pembedaan sifatnya.
DAFTAR PUSTAKA
http://perpustakaan-online.blogspot.com/2011/04/pengertian-taksonomi.html
http://ahmad-cecep.blogspot.com/
http://google.com/wikipedia/tata-nama-binomial
http://google.com/wikipedia/reproduksi-virus
http://google.com/wikipedia/sejarah-virus
http://google.com/wikipedia/pengertian-virus
http://google.com/wikipedia/macam-macam-virus
http://google.com/wikipedia/peranan-virus-bagi-kehidupan
http://id.wikipedia.org/wiki/sejarah-klasifikasi
http://www.fmipa.itb.ac.id/tujuan-klasifikasi
http://one.indoskripsi.com/manfaat-klasifikasi
