BAHAN AJAR
Analisa Mikrobiologi Isolasi Bakteri
Universitas Lampung
8/1/2018
Pendahuluan
Dalam mempelajari mikroba tidak dapat dilakukan secara kasat mata, sedangkan dalam suatu lokasi yang menurut manusia sudah cukup kecil masih terdapat bakteri dalam jumlah besar dan juga bermacammacam jenisnya. Di alam mikroba pada umumnya tidak hidup tersendiri sebagai individu tunggal dan terlepas dari spesies yang lain. Mikroba lebih sering ditemukan dalam bentuk koloni dan bersama-sama dengan mikroba yang lain. Di dalam komunitas ini, satu spesies mikroba dapat memengaruhi spesies lain dengan berbagai cara. Beberapa bersifat menguntungkan dan beberapa merugikan. Oleh karena itu, dalam mempelajarinya, bakteri harus diambil dari suatu tempat lalu diisolasikan dalam suatu biakan murni. Biakan murni merupakan biakan yang hanya berisi satu jenis bakteri. Dalam memindahkan biakan murni, harus dilakukan dengan teknik aseptik. Teknik aseptik ialah perlakuan yang bertujuan agar terbebas dari mikroorganisme. Aseptik diimbangi dengan sterilisasi yang merupakan upaya untuk menghilangkan kontaminan mikroorganisme yang menempel pada alat atau bahan yang akan dipergunakan untuk kegiatan-kegiatan analisis berikutnya. Sehingga teknik aseptik harus dikuasai dengan baik. Langkah-langkah yang diambil adalah dalam rangka untuk memperolehnya hasil yang akurat. Sebagai contoh dengan menghindarkan percobaan dari mikroorganisme yang dapat mengkontaminasi produk sehingga terjadi perubahan yang tidak diinginkan. Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lain yang berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat, sel- sel mikroba akan membentuk koloni sel yang tetap pada tempatnya. Biakan murni diperlukan dalam berbagai metode mikrobioligis, antara lain digunakan dalam mengidentifikasi mikroba. Untuk mengamati ciri-ciri kultural morfologi, fisiologi, dan serologi dibutuhkan mikroba yang berasal dari satu spesies.
A. Isolasi Bakteri
Isolasi
adalah
mengambil
mikroorganisme
yang
terdapat
di
alam
dan
menumbuhkannya dalam suatu medium buatan. Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya yang berasal dari campuran bermacam-macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya. Isolasi bakteri atau biakan yang terdiri dari satu jenis mikroorganisme (bakteri) dikenal 1
sebagaibiakan murni atau biakan aksenik . Biakan yang berisi lebih dari satu macam mikroorganisme (bakteri) dikenal sebagai biakan campuran, jika hanya terdiri dari dua jenis mikroorganisme, yang dengan sengaja dipelihara satu sama lain dalam asosiasi, dikenal sebagai biakan dua-jenis. Mikroorganisme tidak memerlukan banyak ruangan untuk perkembangannya, sebab itu media buatan (agar) dapat dimasukkan ke dalam sebuah tabung percobaan labu atau cawan Petri. Pada permulaannya tabung atau cawan Petri harus dalam keadaan steril (bebas dari setiap mikroorganisme hidup) lalu setelah itu dimasukkan mikrobia yang diinginkan, tabung atau cawan harus dilindungi terhadap kontaminasi dari luar. Sumber utama pencemaran dari luar adalah udara, yang banyak mengandung mikroorganisme yang berterbangan. Bentuk cawan petri, dengan tutup yang saling menyelubungi, dirancang untuk mencegah pencemaran udara. Media agar merupakan substrat yang sangat baik untuk memisahkan campuran mikroorganisme sehingga masing-masing jenisnya menjadi terpisah-pisah. Teknik yang digunakan untuk menumbuhkan mikroorganisme pada media agar memungkinkannya tumbuh dengan agak berjauhan dari sesamanya, juga memungkinkan setiap selnya berhimpun membentuk koloni, yaitu sekelompok massa sel yang dapat dilihat dengan mata telanjang. Bahan yang diinokulasikan pada medium disebut inokulum, dengan menginokulasi medium agar nutrient dengan metode cawan gores atau media cawan tuang, sel-sel mikroorganisme akan terpisah sendiri-sendiri. Setelah inkubasi, sel-sel mikroba individu memperbanyak diri secara cepat sehingga dalam waktu 18-24 jam terbentuklah massa sel yang dapat dilihat dan dinamakan koloni. Koloni dapat terlihat oleh mata telanjang. Setiap koloni merupakan biakan murni satu macam mikroorganisme. B. Metode Isolasi
Mikroba yang hidup di alam terdapat sebagai populasi campuran dari bebagai jenis mikrobia yang berbeda prinsip dari isolasi mikrobia dalam memisahkan satu jenis mikroba dengan mikroba lainnya dari lingkungannya dialam dan ditumbuhkan dalam medium buatan. Pertumbuhan mikroba dapat dilakukan dalam medium padat, karena dalam medium padat sel-sel mikroba akan terbentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya, ada beberapa cara isolasi mikroba yaitu: a. Pour plate atau shake culture Beberapa ml suspensi bakteri dicampur dengan medium yang masih cair (belum membeku) dengan demikian akan diperoleh piaraan adukan. Digunakan untuk 2
mengencerkan atau mengisolasi yang terdapat pada contoh. Setelah inkubasi pada suhu dan waktu tertentu, koloni akan tumbuh pada permukaan dan bagian bawah agar. b. Streak Plate atau culture Ujung kawat inokulasi yang membawa bakteri digesekkan atau digoreskan dengan bentuk zig-zag pada permukaan agar-agar dalam cawan Petri sampai meliputi seluruh permukaan. Untuk memperoleh hasil yang baik diperlukan keterampilan, yang biasanya diperoleh dari pengalaman. Metode cawan gores yang dilakukan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan terisolasinya mikroorganisme yang diinginkan. Dua macam kesalahan yang umum sekali dilakukan adalah tidak memanfaatkan permukaan medium dengan sebaik- baiknya untuk digores sehingga pengenceran mikroorganisme menjadi kurang lanjut dan cenderung untuk menggunakan inokulum terlalu banyak sehingga menyulitkan pemisahan sel - sel yang digores. c. Slant culture Ujung kawat yang membawakan bakteri digesekkan pada permukaan agar-agar miring dalam tabung reaksi. Dapat dilakukan dengan cara menggoreskan secaa zigzag pada permukaan agar miring menggunakan jarum ose yang bagian atasnya dilengkungkan. Cara ini juga dilakukan pada agar tegak untuk meminimalisir pertumbuhan mikroba dalam keadaan kekurangan oksigen. (Rusdimin, 2003) d. Stab culture Ujung kawat yang membawakan bakteri ditusukkan pada media padat (agar-agar) dalam tabung reaksi, berbeda dengan slant culture permukaan agar-agar ini tidak miring. Media agar setengah padat dalam tabung reaksi, digunakan untuk menguji gerak bakteri secara makroskopis
Karakteristik koloni bakteri hasil inokulasi merupakan salah satu bagian dalam identifikasi bakteri. Beberapa bentuk koloni spesifik koloni bakteri pada media agar datar yaitu: 1. Ukuran • Titik • Kecil • Sedang • Besar
3
2. Warna koloni Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan tidak kontras dengan air, di mana selsel bakteri tersebut disuspensikan. Oleh karena itu pengamatan tanpa pewarnaan menjadi lebih sukar dan tidak dapat digunakan untuk melihat bagian-bagian sel dengan teliti 3. Bentuk koloni • Bundar • Tidak
beraturan
• Rhizoid
(tersebar seperti akar)
4. Bentuk bagian tepi koloni (margin ) • Rata
(entire)
• Tidak
rata, bergelombang secara beraturan (lobate )
• Bergelombang • Bergerigi • Seperti
(undulate )
(serrate )
filamen (filamentous)
Ada beberapa faktor yang perlu diperhatikan dalam mengisolasi mikroorganisme adalah: 1. Sifat dan jenis mikroorganisme 2. Habitat mikroorganisme 3. Medium pertumbuhan 4. Cara menginokulasi dan inkubasi 5. Cara menginkubasi 6. Cara pemeliharaan
4