USO RACIONAL DE ANTIBIOTICOS
Toma de muestras en microbiología Dr. Ramiro Salazar Irigoyen
El estudio microbiológico se efectúa en el laboratorio a través de dos métodos: los directos, es decir los que investigan directamente al germen a través de coloraciones, siembras en medios de cultivo adecuados y pruebas complementarias bioquímicas, enzimáticas o inmunológicas de identificación; en los últimos años se han introducido una serie de identificaciones directas de micoorganismos mediante una serie de técnicas moleculares; y los indirectos, que investiga el efecto inmunológico que causa el germen en el huésped, como son los anticuerpos. Los métodos directos que se analizarán en este capítulo sigue un esquema definido: recolección, transporte, conservación, almacenamiento, rechazo de muestras y comunicación de hallazgos. 1.- Recolección de la muestra: es indudable que la identificación apropiada de un germen depende siempre de una correcta toma de muestra y un adecuado transporte de la misma, de manera que eliminen o al menos disminuyan al mínimo la posibilidad de introducir gérmenes contaminantes que nada tienen que ver con el proceso infeccioso investigado, en especial en muestras recolectadas de membranas mucosas colonizadas por gérmenes que son parte de la denominada "flora normal", pero que en algún momento pueden ser patógenos oportunistas, o muestras como hemocultivos o punciones lumbares que pueden acarrear microorganismos que se hallan en la piel en condiciones normales. Existen normas establecidas q ue per-
miten una correcta identificación del germen causal de un proceso infeccioso: - q ue provenga del sitio en el que se sospecha la infección, para lo c ual se debe escoger adecuadamente el lugar anatómico de donde se obtendrá l a muestra, por ejemplo una toma de muestra f aringe-amigdalina debe ser tomada hisopando entre los pilares tonsilares y deba jo de la úvula evitando tocar l as p aredes laterales de la cavidad bucal o la lengua a fin de minimizar la posibilidad de contaminaciones con bacterias comensales o tomas s uperficiales del centro de heridas o úlceras q ue solo recuperarán flora saprofita o ambiental, cuando lo correcto es hacerlo de los márgenes de la lesión. - la oportunidad en l a toma de la muestra para evitar f alsos negativos, así tenemos que deben recogerse durante la f ase aguda de l a enfermedad o dentro de los 3 días siguientes si la sospecha es infección viral, y en lo posible antes de la administración de antimicrobianos. La determinación de anticuerpos deben ser solicitados c uando éstos ya sean detectables en el suero y preferentemente de m anera seriada con un intervalo de varios días a fin de establecer su variación. - La solicitud del examen debe estar acompañada de datos que ayuden al laboratorio en la correcta identificación del germen, así tenemos que los requerimientos mínimos necesarios son: identificación correcta del paciente, edad, sexo, sitio de procedencia (consulta externa, urgencias u hospitalización), datos del médico solicitante, sitio anatómico de toma de 2
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muestra, fecha y hora de la recolección, diagnóstico clínico, antimicrobianos – si los estuviera recibiendo con las dosis respectivas- y otros datos que se an relevantes en el diagnóstico. 2.- Transporte de la muestra: las m uestras enviadas p ara estudio son aquellas en l as que se sospecha la presencia de microorganismos vivos por lo que se deben tomar precauciones a fin de evitar su muerte antes de llegar al l aboratorio, la contaminación con otros gérmenes no involucrados en el proceso infeccioso o el contagio por la manipulación en el personal. A fin de evitar estos inconvenientes se establecen las siguientes normas de transporte: - las m uestras deben ser transportadas al laboratorio antes de los 30 minutos de la recolección. - Los recipientes de las m uestras deben ser adecuados a fin de evitar filtraciones, derrames o accidentes en el momento de su transporte. - considerar las condiciones del medio que p uedan afectar su correcta identificación: presencia de oxígeno si se sospecha de b acterias anaerobias, variaciones bruscas de temperatura si la presunción es Neisseria meningitidis o de pH si se busca Shigellas. - Si la muestra va a demorar más de treinta minutos en su envío se deben considerar la posibilidad de utilizar medios de soporte o conservación de la muestra. 3.- Conservación de la muestra: la conservación idónea de una muestra que no puede ser enviada inmediatamente al l aboratorio requiere de ciertas condiciones mínimas como son: - conservadores para mantener recuentos de colonias que correspon-
dan al p aciente, y que no proliferen f uera de él conf undiendo un diagnóstico, así tenemos que en orina se emplea el ácido bórico como conservador. - me dios de transporte o de soporte que mantiene la viabilidad del germen sin permitir su proliferación ni su muerte, ejemplo de éstos son los medios de St uart o de Amie. - anticoagulantes, que impidan la coagulación de muestras como la sangre, médula ósea o líquidos biológicos, a fin de evitar que los gérmenes queden atrapados dentro de un có agulo y no permitan s u correcta identificación; sin embargo, hay que considerar que no todos los anticoagulantes son adecuados para este fin ya que algunos de ellos podrían ser tóxicos para las bacterias y de esta manera impedir su desarrollo, así tenemos que la heparina es útil en la investigación de virus, pero impide el crecimiento de bacterias grampositivas y levaduras, el citrato o el EDTA a menudo interfiere con el desarrollo de la mayoría de microorganismos. El anticoagulante más empleado en microbiología es el SPS (polianetosulf ato de so dio) en concentraciones de 0.025%
4.- Almacenamiento de la muestra: cuando una muestra no puede ser procesada en el laboratorio de m anera inmediata es necesario su almacenamiento siguiendo ciertas normas en relación al germen a investigar, así: - la búsqueda de b acterias anaerobias requiere un almacenamiento en condiciones de anaerobiosis y a temperatura ambiental, entre 15 y 35ºC. - El líquido céf aloraquídeo debe ser almacenado a 37ºC. - M uestras como orina, heces fecales, esputos, hisopados y catéteres requieren una temperatura de 4ºC
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para su conservación ideal. - Las m uestras en las q ue se investigará la presencia de virus deben estar almacenadas a 4ºC. - Los sueros para la determinación de antígenos o anticuerpos pueden conservarse a -20ºC si el estudio se realizará antes de una semana o -70ºC si éste se prolongará por un tiempo mayor. 5.- Rechazo de muestras: una muestra para estudio microbiológico debe ser rechazada si no reúne condiciones aceptables para un correcto análisis, y en general, éstas serían: - identificación incorrecta - transporte inadecuado: m uestras para bacterias anaerobias en medios aerobios - tiempo de transporte excedido en el considerado adecuado - mala conservación de la muestra: hisopos secos sin medio de transporte - envío incorrecto de la muestra: en formol que destruye cualquier tipo de microorganismo - procesamiento no produce información clínica aceptable o puede ser f actor de conf usión diagnóstica: sondas Foley. - evidencia macroscópica de contaminación: muestras de orina con restos fecales. - cantidad insuficiente de muestra para un correcto procesamiento. Sin embargo, deben considerarse siempre en el rechazo de muestras l a posibilidad de su procesamiento si al comunicarse con el médico solicitante es posible corregir el error, por ejemplo la identificación del paciente o si la muestra se recolectó por un método invasivo y su repetición no es f actible; y en cualquier caso ésta decisión, de no procesar la muestra debe ser comunicada al Profesional solicitante
para su evaluación o correción. 6.- Comunicación de hallazgos: un análisis microbiológico adecuado termina cuando el laboratorio es capaz de comunicar de m anera oportuna, eficiente y fácil de entender al médico solicitante de la prueba realizada, permitiendo de esta manera un manejo terapéutico idóneo del paciente. Algunas consideraciones son importantes en este tema: - La coloración Gram permite una identificación temprana, aunque en algunos casos su jeta a confirmación por el cultivo, de un microorganismo causal de un proceso infeccioso, y su reporte f acilita un tratamiento oportuno. - En algunos casos, la cantidad del germen aislado puede determinar una conducta terapéutica diferente, por lo que es necesario incluir en el informe un estudio c uantitativo- en urocultivo por ejemplo, o al menos cualitativo: "abundantes" o "escasos", lo que permitiría no solo tomar una decisión terapéutica, sino pronóstica. - La terminología empleada debe ser conocida por el médico solicitante, evitando abreviaturas o siglas conf usas. - Cuando se a apropiado se deben consignar comentarios de probable contaminación si los resultados así lo sugieren: más de dos gérmenes aislados de una muestra de orina correctamente recogida, por ejemplo. - In dicar los rangos de referencia cuando éstos hayan sido establecidos y avalizados de m anera correcta: unidades formadoras de colonias (ufc) en una muestra de lavado bronquial o cepillado bronquial mínimas para ser consideradas como causa de proceso infeccioso respiratorio ba jo.
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Toma de muestras en microbilogía Muestra
Recipiente
Preparación del paciente
Microorganismos más comunes a investigar
Líquido cefaloraquídeo
Tubo es estéril
Desinfección de piel
N. meningitidis, H. influenzae, S. pneumoniae, Streptoccoccus Streptoccoccus,, Listeria monocitogenes, Enterobacterias
Humor acuoso/ vítreo
Hisopo en Stuart o Amie
Ninguna
Haemophylus spp. Moraxella, S. pneumoniae, S. aureus, N. gonorrehae, S. pyogenes, P. aeuroginosa
Secreción ótica externa
Hisopo en Stuart o Amie
Eliminar costra solución fisiológica esteril
S. pneuminiae, otros estreptococos
Secreción ótica interna
Tubo estéril o anaerobiosis
Asepsia previa miringotomía
Aguda: Estreptococos//Crón Estreptococos//Crónica: ica: P. aeuroginosa, Proteus, Anaerobias
Nasofaringe
Hisopo en Stuart o Amie
Hisopo flexible por nariz hasta nasofarig
Aguda: Estreptococo pneumoniae/ Estreptococo pyogenes Crónica: Estafilococo aureus/ Haemophylus influenzae/ Enterobacterias/ Anaerobios/Estreptococo pyogenes/Corynebacterium diphterae/Neisseria gonorrehae
Lavado de senos Biopsis quirúrgica
Faríngea
Hisopo en Stuart o Amie
Lavado bucal
Estreptococo pyogenes/ Corynebacterium diphteriae/ Bordetella pertrussis/Neisseria gonorrehae
Esputo
Estéril con tapa rosca
Lavado bucal
Estreptococo pneumoniae/H. influenzae/ E. aureus/ Enterobacterias/ Mycobaterium/ Anaerobios/ Legionella/ Bordetella
Aspirado traqueal
Estéril con tapa rosca
Por succión
Estreptococo pneumoniae/H. influenzae/ E. aureus/ Enterobacterias/ Mycobaterium/ Anaerobios/ Legionella/ Bordetella
Aspirado gástrico
Estéril con tapa rosca
Ayunas
Mycobacterium tuberculosis
Biopsia gástrica
Estéril con tapa rosca
Endoscopia
H. pylori
Hisopado rectal Hisopo en TCBS
Ninguna
Salmonella, Shiguella, Campylobacter Campylobacter,, Yersinia, E. coli patógena
Orina
Chorro medio previa asepsia
E. coli, Enterobacterias Enterobacterias,, Estafilococos, Pseudomonas
Asepsia de glande
N. gonorrhoeae, Gardenerella vaginalis, T. vaginalis, Cándidas, Micoplasmas, Chlamydia trachomatis, Virus herpes simple
Estéril con tapa rosca
Secreción uretral Hisopo en Stuart (Masculina) o Amie
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Muestra
Recipiente
Preparación del paciente
Microorganismos más comunes a investigar
Tracto genital (femenino) Quiste de Bartholin Tracto genital (femenino) (Cerviz)
Transporte en anaerobiosis
Asepsia de piel
Anaerobios
Hisopo en Stuart o Amie
Eliminar moco
N. gonorrhoeae, Gardenerella vaginalis, T. vaginalis, Cándidas, Micoplasmas, Chlamydia trachomatis, Virus herpes simple
Tracto genital (femenino) (Endometrio) Tracto genital (femenino) (Uretra)
Transporte en anaerobiosis
Biopsia quirúrgica/ Aspirado transcervical Eliminar exudado de orificio uretral
Anaerobios
Sangre Médula ósea
Frascos de aerobiosis y anaerobios
Asepsia de piel
Heridas/ abscesos/ pústulas/ úlceras
Hisopo en Stuart o Amie
Borde de la herida previa asepsia de la zona con s.s estéril o alcohol 70%
Pelo
Tubo limpio de rosca
Uñas
Tubo limpio de rosca Tubo estéril tapa rosca en medio transporte líquido Anaerobiosis Tubo estéril tapa rosca en medio transporte líquido
Ninguna, arrancar pelo con bulbo intacto Cortes de zona afectada Asepsia de piel
Hisopo en Stuart o Amie
N. gonorrhoeae, Gardenerella vaginalis, T. vaginalis, Cándidas, Micoplasmas, Chlamydia trachomatis, Virus herpes simple Neumonías: E. pneumoniae, H. influenzae. Meningitis: E. pneumoniae, H. influenzae. Endocarditis: E. viridans, E. aureus Otras : Enterobacterias Enterobacterias,, Estreptococos, Estafilococos. Pseudomonas, Anaerobios E. aureus, E pyogenes, Enterobacterias,, P. aeruginosa, Enterobacterias Anaerobios.
Especies de hongos Especies de hongos
E. aureus, E pyogenes, Enterobacterias, P. aeruginosa, Anaerobios. Hongos Huesos y Aspirado articular articular,, E. aureus, E. pyogenes, E. articulaciones biopsia sinovial, pneumoniae, H. influenzae, N. espículas de hueso gonorrhoeae, Mycobacterium, Enterobacterias Catéteres Recipiente estéril Asepsia de piel E. aureus, E. pyogenes, E. con tapa rosca pneumoniae, otros Estreptococos, H. influenzae, Enterobacterias, Pseudomonas Líquidos corporales Tubo estéril tapa Asepsia de piel E. aureus, E. pyogenes, E. (ascítico, rosca. Anaerobiosis Aspiración con aguja pneumoniae, otros Estreptococos, pericádico, Frascos de H. influenzae, Enterobacterias, pleural, sinovial) hemocultivo aerobios Pseudomonas y anaerobios Tejidos
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