filsuf – baik kimia maupun fisika, karena pernyataan reduksionis adalah tentang hubungan antara kimia dan fisika – sebagian besar diperbuat untuk menjelaskan konsep mendasar dan memeriksa selama menyembunyikan asumsi dan tempat yang samar-samar. Karena ada berbagai versi reduksionisme, perbedaan konseptual diperlukan. Reduksionisme metafisis atau ontologis menyatakan bahwa seharusnya objek-objek kimia sebenarnya tidak lain objek-objek mekanika kuantum dan bahwa kuantum secara mekanik mengatur hubungan hukum-hukumnya. Dalam kekuatannya, eliminatif, versi, reduksi metafisika bahkan keadaan
bahwa tidak ada objek kimia yang tepat. Esensialisme mikrostruktur merumuskan reduksionisme metafisik eliminatif dalam istilah semantik dengan menggunakan teori tertentu tentang makna dan referensi untuk menyatakan bahwa arti yang tepat dari segi zat kimia, seperti ‗air‘, tidak lain adalah struktur mikro (kuantum-mekanis) dari substansi. Namun, seperti yang ditunjukkan di atas, itu membuat perbedaan jika objek kimia adalah struktur zat atau interatomik, sehingga kehilangan zat, seperti reduksionisme eliminatif dan pernyataan semantik kembarannya akan kehilangan kimia seperti yang kita kenal. Bahkan jika zat memiliki struktur interatomik, fakta bahwa teori dapat digunakan untuk menggambarkan struktur dan untuk mengembangkan penjelasan berguna yang tidak berarti yang „memiliki‟ struktur interatomik. Ada teori penting lainnya untuk menggambarkan struktur interatomik, seperti struktur kimia teori klasik yang jauh lebih berguna untuk menjelaskan sifat-sifat kimia, seperti akan kita lihat berikut. Selain itu, anti-reduksionis berpendapat bahwa entitas teoritis ditentukan oleh teorinya, sehingga entitas teoritis dari te ori yang berbeda tidak bisa begitu saja diidentifikasi. Misalnya, dari arti yang berbeda dari “elektron” dalam
elektrodinamika kuantum dan dalam mekanisme reaksi kimia, seseorang bisa menyimpulkan bahwa istilah ―elektron‖ mempunyai referensi berbeda, dengan aturan dari reduksionisme
ontologis kita. Reduksionisme epistemologis atau teori reduksionisme menyatakan bahwa semua teori, hukum, dan konsep dasar kimia dapat diturunkan dari mekanika kuantum sebagai prinsip pertama teori yang lebih mendasar dan lebih komprehensif. Klaim telah mendorong banyak
studi teknis pada kesulitan mekanika kuantum untuk mendapatkan konsep klasik tentang struktur molekul dan hukum kimia yang mendasari sistem periodik unsur. Selain itu, karena sebagian besar aplikasi yang sukses dari mekanika kuantum untuk masalah kimia termasuk asumsi-asumsi model dan konsep-konsep diambil dari kimia dan bukan hanya prinsip-prinsip pertama, kesuksesan mereka tidak dapat mendukung reduksionisme epistemologis. Selain hal-hal teknis seperti itu, mekanika kuantum tidak dapat memperoleh konsep klasifikasi kimia dari zat dan reaksi, dan tidak bisa menjelaskan bahkan tidak bersaing dengan teori struktur kimia, yang telah dikembangkan sejak pertengahan abad ke-19 dalam kimia organik untuk mengklasifikasikan, menjelaskan, memprediksi, dan sintesis zat. Reduksionisme metodologis sambil mengakui kegagalan saat reduksionisme epistemologis merekomendasikan penerapan metode kuantum secara mekanik untuk semua masalah kimia, karena itu akan menjadi pendekatan yang paling sukses dalam jangka panjang (perkiraan reduksionisme). Namun, janji belaka dari kesuksesan masa depan hampir tidak meyakinkan
kecuali dengan membandingkan penilaian metode berbeda yang disediakan. Dengan memodifikasi gagasan populer bahwa ―keseluruhan t idak lain adalah jumlah bagian bagiannya‖ dua versi lanjut dari reduksionisme telah dikembangkan. Emergentisme mengakui bahwa sifat-sifat baru dari keutuhan (misalnya, air) muncul ketika bagian-bagian (misalnya, oksigen dan hidrogen) digabungkan, tetapi mengakui bahwa sifat dari keseluruhan dapat dijelaskan atau berasal dari hubungan antara bagian yaitu reduksionisme
