Isolasi Dna dengan metode Kitchen Preparation

ISOLASI DNA METODE KITCHEN

PREPARA TION

Tanggal Praktikum : 6 November 2014 Tujuan Praktikum: 1. Melakukan isolasi DNA malalui metode kitchen preparation 2. Mengetahui wujud / profil DNA Permasalahan 1. Sebutkan fungsi garam dapur dan deterjen 2. Pada kegiatan ini saudara menggunakan buah strawberi sebagai sumber DNA, dapatkah digunakan bahan lain sebagai sumber DNA? 3. Apa manfaat pengocokan dalam kegiatan isolasi DNA ini? 4. Coba cari prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan), digunakan), bandingkan dengan metode kitchen preparation Landasan Teori Alat dan Bahan 1. Buah strawberi 1 buah 2. Sabun deterjen cair 3. Garam dapur 4. Etanol 5. Akuades 6. Kertas saring 7. Lumpang martil 8. Tabung reaksi, beker glass, corong 9. Timbangan digital 10. Inkubator / penangas air Cara Kerja 1. Memasukkan buah buah strawberi strawberi ke dalam kantong plastik + 10 gram garam garam dapur + 50 ml akuades. Menghancurkan sampai lumat 2. Menyaring larutan tersebut dengan menggunakan kertas saring. Larutan hasil penyaringan disebut larutan stok 3. Menuangkan 5 ml larutran stok pada tabung reaksi I, kemudian menambahkan 1 ml deterjen pada tabung tersebut 4. Menuangkan 5 ml larutran stok pada tabung tabung reaksi II, kemudian kemudian menambahkan menambahkan 0,5 ml deterjen pada tabung tersebut 5. Menggoyangkan Menggoyangka n atau mengocok kedua tabung tersebut membentuk angka 8 6. Menambahkan etanol 96% dingin 7. Mengamati benang-benang benang-benang putih yang terbentuk Hasil Tabel 1. Data hasil pengamatan isolasi DNA metode kitchen preparation Hasil Pengamatan Tahapan Kegiatan Penghancuran strawberry

0,5 ml deterjen Diisi foto Strawberry menjadi lunak dan halus

1 ml deterjen Strawberry Diisi foto menjadi lunak dan halus

Trusted by over 1 million members

Try Scribd FREE for 30 days to access over 125 million titles without ads or interruptions! Start Free Trial Cancel Anytime.



Penambahan garam dan air

Larutan menjadi lebih encer

Penyaringan

Larutan menjadi bersih (lebih halus) karena ampas strawberry tertinggal pada saringan

Pengocokan

Larutan menjadi homogen sehingga berwarna merah rata

Penambahan etanol

Menjadi 2 lapian, lapisan bawah berwarna merah dan lapisan atas putih. Lama kelamaan terjadi presipitasi pitapita DNA yang berwarna putih di lapisan atas. atas .

Pembahasan

Larutan menjadi lebih encer Larutan menjadi bersih (lebih halus) karena ampas strawberry tertinggal pada saringan Larutan menjadi homogen sehingga berwarna merah rata Menjadi 2 lapian, lapisan bawah berwarna merah dan lapisan atas putih. Lama kelamaan terjadi presipitasi pita-pita DNA yang berwarna putih di lapisan atas. Reaksi yang terjadi lebih cepat dan lebih banyak terbentuk presipitat DNA daripada larutan yang diberi 0,5 ml deterjen



Langkah pertama yang dilakukan adalah penghancuran strawberry. Proses ini merupakan perlakuan untuk mensederhanakan tekstur dan merusak dinding sel secara mekanis. Di dalam buah strowberry mengandung enzim proteinase (enzim pengurai protein) untuk menyingkirkan protein yang mungkin akan mengotori bahan yang kita inginkan. Selanjutnya ditambahkan air 50 ml dan garam dapur 10 gram. Garam dapur ini digunakan sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA. Hal ini bisa terjadi karena garam dapat melarutkan DNA karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bis menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah 2005:21). Setelah itu, larutan disaring dengan menggunakan kertas saring. Hal ini bertujuan untuk memisahkan ampas strawberry dengan larutan ekstrak strawberry. Selanjutnya mengisi dua buah tabung reaksi dengan deterjen 5 ml untuk masing-masing tabung. Pada tabung I ditambah dengan 1 ml deterjen, dan pada tabung II ditambahkan 0,5 ml deterjen, deterjen , kemudian dikocok membentuk angka 8 selama 5 menit. Deterjen digunakan sebagai pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi mempertahankan mempertahankan integritas sel, selain itu deterjen juga sebagai pengganti SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan membran sel dan mendenaturasi protein. Deterjen bisa menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel, sehingga bisa merusak struktur membran sel. Selain itu, deterjen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena deterjen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Dollart 2005 dalam Jamilah, 2005). Apabila dinding sel terdegradasi maka semua isi sel dapat keluar termasuk DNA dan dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi. Pengocokan berfungsi untuk menghomogenkan larutan strowberry, garam, dan deterjen serta mempercepat terjadinya reaksi pengrusakan dinding dan membran sel oleh deterjen. Selanjutnya yaitu menambahkan etanol 96% dingin. Sebelum menambahkan etanol dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan belum terjadi presipitasi DNA. Setelah ditambah etanol dingin secara perlahan-lahan terbentuk 2 lapisan. Lapisan bawah berwarna merah yaitu larutan strowberi dan larutan sabun, sedangkan lapisan atas berwarna bening yaitu etanol dingin. Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut mereka akan berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna. Tahap tersebut juga disebut sebagai tahap presipitasi. Presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat. Selain strawberry dapat pula menggunakan bahan lain sebagai sumber DNA,



prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan bahan-bahan yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam dapur. Jawaban Pertanyaan Pertanyaan 1. Garam dapur sebagai pengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan DNA. Sedangkan deterjen sebagai pengganti EDTA (Etilen Diamin Tetra Asetat) yang berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi mempertahankan mempertahankan integritas sel dan SDS (Sodium Dodesil Sulfat) yang dapat melarutkan membran sel dan mendenaturasi protein 2. Dapat, karena setiap tanaman pasti memiliki DNA yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain. 3. Manfaat pengocokan dalam kegiatan isolasi DNA adalah untuk menghomogenkan larutan strowberry, garam, dan deterjen. 4. Perbandingan antara prosedur isolasi DNA standar (yang umum digunakan) dengan metode kitchen preparation adalah jika menggunakan metode kitchen preparation alat dan bahan yang digunakan lebih mudah di dapatkan dan harganya lebih murah dari pada prosedur isolasi standar. Metode kitchen memanfaatkan atau menggunakan bahan-bahan yang biasa digunakan ibu-ibu rumah tangga, seperti deterjen dan garam dapur. Sedangkan jika menggunakan prosedur isolasi standar alat dan bahan yang digunakan cenderung mahal dan jarang ditemui karena alat dan bahan memang benarbenar alat dan bahan yang hanya ditemukan di laboratorium.

Kesimpulan 1. Isolasi DNA melalui metode kitchen dapat dilakukan dengan tahap menghancurkan strawberry secara mekanik kemudian menambahkan 10 gram garam dan 50 ml air, selanjutnya larutan disaring, kemudian mengambil 5 ml larutan tersebut dan menambahkannya dengan 1 ml deterjen, kemudian menggoyang-goyangkan membentuk angka 8, selanjutnya ditambah etanol 96% dingin dan diamati benangbenang putih. 2. DNA yang masih berada di dalam nukleus dalam keadaan normal, berwujud DNA yang menggulung dengan protein histon, dan ketika dilakukan isolasi gulungan tersebut terlepas karena protein histon terdenaturasi oleh deterjen sehingga pada tahap akhir DNA dapat diamati dengan mata telanjang dalam bentuk presipitat atau benang-benang putih yang berada di lapisan atas larutan. Daftar Pustaka Jamilah. 2005. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas (Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Mata Kuliah Genetika. Genetika. Skripsi. Malang: Program Sarjana Biologi.

Isolasi Dna dengan metode Kitchen Preparation

Recommend Documents