Nama : Valian Purnama Putra NIM: M0415060 / Bioinformatika A TUGAS BIOINFORMATIKA SITUS BIOINFORMATIKA NCBI dan EBI
1. NCBI dan EBI, pengenalan dan aplikasinya dalam bidang bioinformatika A. NCBI NCBI merupakan server yang memuat database tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. bioteknolo gi. Data base akan selalu uptodate uptodate sesuai dengan penemuan – penemuan terkini yang berhubungan dengan DNA, Protein, Senyawa aktif dan Taksonomi. Selain database, NCBI menjadi provider berbagai macam software untuk analisis DNA , Protein 3D, Pencarian Primer, Pencarian Conserve domain, Jurnal database nukleotida dan Protein. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein, dan literatur khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan menjadi acuan oleh para peneliti biologi di dunia. Situs ini dapat diakses pada alamat www.ncbi.nlm.nih.gov Software (analysis tool) yang sering digunakan adalah sebagai berikut:
GenBank : Bank Gen ini bagian dari database nukleotida internasional yang bekerja sama dengan DataBank of Japan (DDBJ), the European Molecular Biology Laboratory (EMBL), dan GenBank at NCBI. BioSystems : Database yang berisi tentang korelasi biologi dari gen, protein dan small molecule berdasarkan literatur. Kita dapat menggunakan untuk menganalisis fungsi protein dan interaksi protein yang kita teliti pada level sel. System ini terhubung dengan beberapa database biosystem seperti reactome dan KEGG. Database of Expressed Sequence Tags (dbEST) : GenBank yang berisi short single-pass reads of cDNA (transcript) sequences/EST. Database of Genome Survey Sequences (dbGSS) : GenBank yang berisi short short single-pass reads of genomic DNA/GSS. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) : Software yang dapat digunakan untuk menentukan homologi suatu urutan DNA atau asam amino dengan data yang ada di NCBI. BLAST memiliki beberapa pilihan menu sesuai dengan analisis yang akan dikerjakan seperti pada table di bawah ini:
Deskripsi program: Nucleotide BLAST: Membandingkan suatu sekuens nukleotida yang kita miliki dengan database . Protein BLAST : Memandingkan suatu sekuens asam amino yang kita miliki dengan database sekuens protein. Blastx : Membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuens nukleotida yang kita miliki dengan database sekuens protein Tblastn : Membandingkan sekuens protein yang kita miliki dengan sekuens nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada pembacaan 6-frame Alligment analysis Sekuen yang diperoleh dari hasil penelitian di laboratorium dapat dianalisis dengan data serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya di gen bank. Salah satu bentuk analisis yang dapat dilakukan misalnya adalah analisis penyejajaran. Analisis penyejajaran dapat digunakan untuk membandingkan dua sekuen atau lebih. Program yang digunakan untuk analisis penyejajaran yaitu program BLAST ( Basic Basic Local Allignment Search Tools). Tools). Program ini dapat diakses melalui website National Center for Biotechnology Information at The National Library of Medicine in Washington, DC (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)) Sequance Analysis
Primer-BLAST : Software yang dikembangkan dari algoritma PRIMER3 untuk mendesain primer berdasarkan sequence yang dimasukkan. Software ini dilengkapi dengan fasilitas otomatis BLAST urutan PRIMER hasil prediksi dengan genbank untuk memperoleh primer yang spesifik.
Open Reading Frame Finder (ORF Finder) : Software yang diperuntukkan untuk mengidentifikasi OFR (open reading frames) atau menerjemahkan urutan DNA menjadi asam amino. Beberapa sekuens protein memiliki motif asam amino yang membentuk struktur terkarakteristik. 3D Domain Database menjadi tools untuk menampilkan struktur protein sehingga dapat diidentifikasi dengan jelas
PubChem Overview PubChem menyediakan informasi mengenai property dan aktivitas biologis dari satu molekul. Program ini merupakan bagian dari NIH's dari NIH's Molecular Libraries Roadmap Initiative. Initiative. Informasi informasi yang dapat diakses melalui PubChem meliputi substansi suatu molekul, struktur penyusun, dan data Bioactivity, data Bioactivity, semua itu secara berturut-turut ada pada 3 database primer database primer yaitu Pcsubstance, Pccompound dan PCBioAssay. dan PCBioAssay.
P ubChem ubChem Substance Dat D atab abase ase berisi informasi umum mengenai struktur kimia, sinonim, nomor registrasi, deskripsi, website dan referensi terkait yang terhubung dengan PubMed, struktur 3D protein, dan hasil screening hasil screening biologis. biologis.
P ubChem ubC hem C ompo ompoun und d D ataba atabase se berisi gambaran informasi tervalidasi yang disediakan untuk mendeskripsikan dengan lebih lengkap suatu substansi pada PubChem Substance, sehingga diketahui property diketahui property dari suatu substansi atau molekul. Pada PubChem Pada PubChem Compound juga disediakan informasi mengenai property dan deskripsi untuk mencari dan memilih suatu struktur kimia atau senyawa
P ubChe ubChem B i oAssay oAssay D atab atabase ase berisi informasi mengenai Bio Aktivitas suatu senyawa yang telah dideskripsikan pada PubChem Substance. Substance. PubChem menyediakan informasi dari masing-masing hasil uji biologis.
BioAssay juga
B. EBI EBI merupakan pusat server riset dan layanan bioinformatika yang menjadi bagian dari European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Situs web bidang bioinformatka yang mengelola database dari data biologi seperti asam nukleat, urutan protein, dan struktur makromolekul lebih cepat dan efisien. Situs ini dapat diakses pada alamat www.ebi.ac.uk Menu yang terdapat pada situs EBI : 1. Database Index a. Database browsing: EBI menyediakan banyak tools untuk browsing dan mengambil informasi yang berkaitan dengan biologis dan data literatur b. Biological onthologies: EBI telah mengembangkan dan mempertahankan sejumlah database ontology biologi c. Literatur d. Funcional Genomic: Terdiri dari sub menu Array Ex press dan Gen Expresion Atlas e. Nukleotid: Merupakan kumpulan link ke berbagai database nukleotid seperti DGVa, EGA, ENA, Ensambl Genomes, Genomes Reviews, HGNC, IMG/HLA, IMGT/LIGM, IPD, Parasites. f. Pathway and Networks: EBI membagun jalur database jaringan seperti Bio Models, IntAct, Reactome, dan Rhea. g. Database mengenai protein dan proteomics h. Small molecules i. PDBe: Sumber koleksi, organisasi, diseminasi 3D structural data pada makromolekul dan kompleksnya. 2. Tools a. ID Mapping, menyediakan layanan ID mapping yaitu PLRC. b. Litertur, Menyediakann link literature sepert: EBIMed, Protein corral, Whatiziit c. Protein Fungsional Analysis d. Micro Array Analysis berupa Biokonduktor, Akspresion Profiler. e. Sequence analysis dan Proteomics Sevices f. Simlarity dan Homology g. Structural Analysis h. Tool-Miscellaneous
B. Jelaskan secara singkat, persamaan dan Perbedaan antara NCBI dan EBI serta sertakan pendapat anda mana yang anda sukai dari kedua situs tersebut: Persamaan NCBI dan EBI Pada dasarnya kedua situs baik NCBI ataupun EBI merupakan situs yang menyediakan informasi atau web database dan juga tools atau software yang dapat membantu, mempermudah, dalam aktivitas analisis data molekuler, seperti DNA, RNA dan protein, analisis sekuens, penentuan primer, PCR dan sebagainya. Kedua provider sama-sama memiliki m emiliki bankdata/database yang saling terhubung dan dapat bertukar informasi. Selain itu, situs ini juga menyediakan berbagai informasi mengenai hasil penelitian yang berasal dari berbagai sumber yang dapat diakses secara umum. Fitu ryang disajikan pada kedua situs cuku berbeda, seperti pada NCBI terdpaat BLAST yang tidak terdapat pad EBI. Untuk sisi user interface EBI lebih memiliki keunggulan, karena lebih ’berwarna´dan menambah kesan aplikatif dan komunikatif. Sementara NCBI terkesan lebih sederhana dengan user interface interface yang dominan dengan huruf dan tab berwarna biru. Meskipun begitu, kedua situs tetap menyediakan informasi yang bermanfaat dalam pengaksesan dan penyimpanan data biologi.
