Klasifikasi Klasifikasi adalah suatu istilah istilah yang berkaitan berkaitan dengan dan terkadang terkadang digunakan digunakan secara secara dapat dipertukarkan dengan taksonomi. Taksonomi adalah ilmu mengenai klasifikasi penataan sistematik organisme ke dalam kelompok atau kategori yang disebut taksa ( tunggal: takson ). Yang Yang berkaitan dengan hal ha l tersebut dijelaskan di bawah ini sebagai berikut: 1. Taksonomi (klasifikasi) (klasifikasi):: enataan teratur unit ! unit ke dalam kelompok satuan yang lebih besar. ". Nomenklatur: enamaan Nomenklatur: enamaan satuan ! satuan yag dicirikan dan dibatasi oleh klasifikasi. #. Identifikasi: enggunaan enggunaan criteria criteria yang ditetapkan ditetapkan untuk klasifikasi klasifikasi dan nomenklatur nomenklatur ters terseb ebut ut di atas atas untu untuk k mengi mengide dent ntif ifik ikas asii mikr mikroo oorg rgani anism smee deng dengan an memb memban andi ding ng ! bandingkan ciri ! ciri yang ada pada p ada satuan yang belm diketahui dengan satuan ! satuan yang sudah sudah dikenal dikenal.. $denti $dentifik fikasi asi mikroo mikroorg rgani anisme sme yang yang baru baru diisol diisolasi asi memerl memerlukan ukan pencirian% deskripsi% dan pembandingan yang cukup% dengan deskripsi yang telah dipublikasikan untuk jasad ! jasad renik lain yang serupa. 2.1.1. Tahapantahapan Tahapantahapan !ala" Klasifikasi
&dapun tahapan'tahapan dalam klasifikasi% yaitu seperti di bawah ini. 1. encand encandraan raan (ident (identifi ifikas kasi) i) sifat' sifat'sif sifat at organi organisme sme%% perbed perbedaan aan ciri'c ciri'ciri iri dalam dalam hal tingka tingkah h laku% kromosom% morfologi% anatomi% dan fisiologi. ". engelo engelompo mpokan kan berdas berdasrka rkan n ciri yang yang dihadapi dihadapi.. #. #.embe #.emberia rian n nama dengan dengan inomia inomiall omencl omenclatur atur.. 2.1.2. Ma#a""a#a" klasifikasi
&dapun macam'macam klasifikasi ada tiga% yaitu * 1.sistem alami suatu cara pengelompokan organisme berdasarkan banyaknya persamaan ciri morfologi yang dimilki. eberapa tokoh penganut system ini% yaitu: (1) &ristoteles &ristoteles (#+,'#"" -) seorang ahli filsafat dari Yunani% Yunani% (") Theophrastus (#/0'"+ -) sebagaiapakotani%dengankaryailmiahnya
("). sistem buatan (artificial) suatu pengelompokan yang didasarkan atas adanya satu2sedikit persamaan cirri morfologi alat reproduksi% lingkungan tempat tumbuh dan daerah penyebarannya tanpa memperhatikan kesamaan struktur yang mungkin memperlihatkan hubungan kekerabatan. (#).sistem filogenik suatu pengelompokan yang didasarkan pada jauh dekatnya hubungan kekerabatan antar takson (kelompok) yang terbentuk dari pengklasifikasian yang satu dengan lainnya serta sekaligus mencerminkan perkembangan makhluk hidup. 2.2. Kateg$ri Taks$n$"i
-istem klasifikasi biologi didasarkan pada hierarki taksonomi atau penataan kelompok atau kategori yang menempatkan spesies pada suatu ujung dan dunia di ujung lainnya dalam urutan sebagai berikut: •
-pesies: sekelompok organisme berkerabat dekat (untuk tujuan kita jasad renik) yang indi3idu ! indi3idunya di dalam kelompok itu serupa dalam sebagian terbesar ciri ! cirinya
•
4enus: -ekelompok spesies yang serupa.
•
5amili: -ekelompok genus yang serupa.
•
6rdo: -ekelompok famili yang serupa.
•
Kelas: -ekelompok ordo yang serupa.
•
5ilum atau di3isi: -ekelompok kelas yang berkerabat.
•
7unia: -eluruh organisme di dalam hierarki ini.
enataan spesies ke dalam system klasifikasi sebagai berikut: -pesies
genus
famili
ordo
kelas
filum atau de3isi
dunia
2.%. &iri ' &iri Mikr$$rganis"e
Ciri-ciri utama dari suatu mikroorganisme dikelompokan sebagai berukut : . 1.
orfologi
ikroba pada umumnya sangat kecil : ukurannya dinyatakan dalam micrometer. 18 9 0%001 mm. 6leh karena ukurannya yang kecil diperlukan mikroskop untuk melihat mikroba. ikroskop yang digunakan tergantung pada kecermatan yang diinginkan oleh peneliti. ".
-ifat Kimiawi
-el terdiri dari berbagai bahan kimia. ila sel mikroba diberi perlauan kimiawi% maka sel ini memperlihatkan susunan kimiawi yang spesifik. -ebagai contoh% bakteri 4ram negatif memiliki lipopolisakarida dalam dinding selnya% -edangkan bakteri 4ram positif tidak. -ebaliknya pada banyak bakteri 4ram positif terdapat asam teikoat. ahan kimia ini tidak ditemukan pada gram negatif. #.
-ifat iakan
at hara yang diperlukan oleh setiap mikroorganisme berbeda ada mikroorganisme yang hanya dapat hidup dan tumbuh bila diberikan ;at hara yang kompleks (serum% darah). -ebaliknya ada pula yang hanya memerlukan bahan inorganik saja atau bahan organik (asam amino% karbohidrat% purin% pirimidin% 3itamin% koen;im) selain itu beberapa mikroorganisme hanya dapat tumbuh pada sel hidup% berupa inang% telur% bertunas% biakan jaringan. ,.
-ifat etabolisme
roses kehidupan dalam sel merupakan suatu rentetan reaksi kimiawi yang disebut metabolisme. erbagai macam reaksi yang terjadi dalam metabolisme dapat digunakan untuk mencirikan mikroorganisme .
-ifat &ntigenik
ila mikroorganisme masuk kedalam tubuh% akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. &ntigen merupakan bahan kimia tertentu dari sel mikroba. &ntibodi ini bersifat sangat spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. 6leh karena mikroorganisme memiliki antigen yang berbeda% maka antibodi dapat digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap mikroorganisme.
-ifat 4enetik
7& kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat digunakan untuk pencirian mikroorganisme. /.
atogenitas
ikroba dapat menimbulkan penyakit% kemampuannya untuk menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikroorganisme tersebut selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya ( Bdellovibrio) dan 3irus (bakteriofag)yang menginfesi dan menghancurkan bakteri. +.
-ifat >kologi
?abitat merupakan sifat yang mencirikan mikroorganisme. ikroorganisme yang hidup di lautan berbeda dengan air tawar. ikroorganisme yang terdapat dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan. 2.(. Perke")angan Klasifikasi
ada klasifikasi @5i3e'kingdom -ystem. embagian didasarkan pada cara pengambilan ;at hara yaitu : a.
5orosintesis
b.
&bsorpsi
c.
$ngesti
rokariot termasuk dalam onera% cara mengambilan ;at hara tidak melalui ingesti. Yukariot uniseluler termasuk protista% ketiga macam pengambilan ;at hara terlihat dalam kelompok ini. ucroalgar bersifat forosintetik% roto;oa dengan ingesti dan protista lainnya dengan absorpsi. -elain itu ada pula yang melakukan kombinasi. ikroorganisme masuk dalam : a.
onera (bacteria dan cyanobacteria)
b.
rotista (microalgae dan proto;oa)
c.
5ungsi (yeasts dan mold)
Tabel. erkembangan Klasifikasi Two'Kingdom system
5our'Kingdom -ystem
5i3e'Kingdom system
Aennaeus
Bapeland
Chitaker
&nimalia
onera
onera
lantae
rotoctista
rotista
etaphyta
lantac
eta;oa
5ungsi &nimalia
2.(.1. K$efisien Kesa"aan
Kesamaan ini dapat dinyatakan dalam derajat kesamaan atau perbedaan. 7erajat perbedaan sangat berguna oleh karena menunjukkan beberapa banyak organisme yang diteliti berbeda dengan organisme lain. 2.(.2. Keterkaitan Sifat Genetik
etode klasifikasi yang paling cermat adalah keterkaitan sifat genetika anta organisme. etode ini paling obyektif dan didasarkan pada 7&. ada tahun 1D=0% cabang ilmu yang disebut biologi molekuler menggunakan teknik untuk melihat kesamaan 7& antar organisme. etode yang sering digunakan untuk melihat keterkaitan genetik adalah : 1. ?omologi 7& 7& dipanaskan sehingga terurai menjari untaian tunggal. Entaian tunggal ini kemudian dicampur dengan organisme lainnya dan didinginkan kembali. ila dua organisme ini berkaitan erat maka akan terbentuk ?eterodupleks. $ni berarti untaian dari satu organisme akan berpasangan dengan untaian dari organisme lainnya. ila tidak ada keterkaitan tidak akan terlihat heterodupleks. etode ini paling berguna dalam tingkat klasifikasi species. 1. ?omologi <& ribosom dan ribosomal <& oligonukleotida 7ua organisme dapat saja tidak erat kaitannya% tetapi masih memperlihatkan homologi 7&. r<& yang disandi oleh sebagian 7& yang disebut sebagai <& sistron. ada bakteri ternyata r<& cistron ini @highlyy conser3edF lestari. $ni berarti bahwa selama e3olusi cistron ini memperlihatkan perubahan yang lebih sedikit di badingkan dengan bagian 7& yang lain 2.*. Taks$n$"i Mikr$)a a. +asar Pengel$"p$kan
Taksonomi merupakan cara atau upaya pengelompokan jasad hidup di dalam kelompok atau takson yang sesuai. ertama kali pengelompokan ini hanya untuk lingkungan tumbuh'tumbuhan dan hewan% tetapi ternyata bahwa untuk mikroba pun dapat digunakan. ikroba sesuai dengan bentuk dan sifatnya termasuk kedalam 7unia tumbuh'tumbuhan. -ehingga kalau sebelumnya dunia tersebut hanya terbagi kedalam dua kelompok besar yaitu : 1. onocotyledoneae% yaitu tumbuh'tumbuhan yang mempunyai keping biji tunggal. ". 7icotyledoneae% yaitu tumbuh'tumbuhan yang mempunyai keping biji dua% maka sekarang akan bertambah dengan 1 kelompok besar lainnya. #. &cotyledoneae% atau tumbuh'tumbuhan tanpa keping biji% yaitu Bryptogamae (kriptos 9 tersembunyi2tidak ada atau tidak nampa% gamae 9 alat perkembangbiak).
ikroba termasuk kedalam kelompok ke'# tersebut sesuai dengan sifat alat untuk perkembangbiakannya. 7ari segi mikrobiologi sendiri% dunia ikroba terbagi menjadi dua kelompok besar lainnya% pembagian ini berdasarkan kepada ada tidaknya inti% baik yang sudah terdiferensiasi ataupun yang belum. Yaitu : 1. rokaryota% yaitu kelompok mikroba yang tidak mempunyai inti yang jelas atau tidak terdiferensiasi. Kedalam kelompok ini termasuk : a)
akteria%
b)
ikro'alga biru'hijau (4& 9 blue'green algae)% 1. Karyota% yaitu kelompo mikroba yang sudah mempunyai inti yang jelas atau sudah terdiferensiasi. Kedalam kelompok ini termasuk :
a)
Gamur% termasuk didalamnya ragi%
b)
ikro'alga lainnya
Calaupun ada kelompok kehidupan atau jasad lain yang dianggap hirup berdasarkan kepada bentuk dan sifatnya tidak sama dengan mikroba tetapi mengingat kepentingan dan asosiasi kehidupannya% ada dua kelompok besar lain yang umumnya dimasukkan kedalam 7unia ikroba yaitu : 1. roto;oa ". Hirus 2.,. Klasifakasi -akteri
Emumnya berbentuk 1'sel atau sel tunggal atau uniseluler% tidak mempunyai klorofil berkembangbiak dengan pembelahan sel atau biner. Karena tidak mempunyai klorofil% bakteri hidup sebagai jasad yang saprofitik ataupun sebagai jasad yang parasitik. Tempat hidupnya tersebar di mana'mana% sejak di udara% di dalam tanah% didalam air% pada bahan'bahan% pada tanaman ataupun pada tubuh manusia atau hewan. 2.,.1. Kriteria ntk Klasifikasi -akteri
Kriteria sesuai untuk tujuan klasifikasi bakteri termasuk sifat'sifatnya telah diterangkan dalam bab terdahulu% informasi yang penting dapat diketahui secara mikroskopis dengan melihat lapisan sel dan ada atau tidaknya struktur khusus misalnya spora atau flagella. rosedur pewarnaan seperti pewarnaan gram dapat memberikan perkiraan bakteri memiliki kekerabatan yang dekat. ?al ini merupakan petunjuk awal bahwa keragaman kimiawi 7& dari organisme yang berbeda dapat menjadi indikasi adanya kekerabata genetik. -tudi fisik membuktian bahwa kekerabatan 7& dari organisme yang sama dapat dikenal dengan tingkat kemampuan kromosom 7& untuk dikawin silangkan.
Tabel . Tingkat Taksonomi
Tingkatan
Bontoh
Kingdom
rokaryotae
7i3isi
4racilicutes
Klas
-cotobacteria
6rdo
>ubacteriales
5amili
>ntobacteriaceae
4enus
>scherichia
spesies
Boli
enyusunan urutan 7& telah menjadi prosedur rutin di laboratorium dan perbandingan susunan 7& diantara beragam gen dapat menggambarkan hubungan mereka perbedaan susunan 7& diantara gen'gen yang tersebar secara cepat dapat digunakan untuk menentukan jarak genetik dari gen'gen yang berhubungan dekat% dan perbedaan susunan di antara gen'gen yang tersebar secara lambat dapat digunakan untuk mengukur hubungan dalam kelompok bakteri yang hubungannya jauh.
a.
Hirus akterial
akterifage (fage) adalah 3irus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di dalam sel bakteri. Kemudahan relatif dalam penangannya dan kesederhanaan infeksi fage bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas 3irus maupun banyak masalah dasar di dalam biologi% termasuk biologi seluler dan molekular serta imunologi 5age pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung protein pelindung.
Hirus ?ewan dan Tumbuhan
Hirus hewan dan 3irus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. -etiap 3irus mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. -ecara morfologis% 3irus hewan dan 3irus tumbuhan dapat ikosashedral% halikal bersampul atau kompleks. roses replikasi 3irus dimulai dengan melekatnya 3irion pada sel inang. eristiwa ini disusul dengan penetrasi dan pelepasan selubung% biosintesis komponen'omponen 3irus dan perakitan serta pematangan 3irion. roses ini diakhiri dengan pembeb asan 3irus dari sel inang. -istem yang secara paling luas digunakan untuk klasifikasi 3irus terlihat pada sistem ini% yang diperkenalkan oleh &. Aoff dan kawan'kawan dalam tahun 1D="% 3irus dikelompokkan menurut sifat 3irionnya yaitu semacam asam nukleat% bentuk susunan kapsid% ada tidaknya selubung dan ukuran kapsid. embagian lebih lanjut didasarkan atas sifat'sifat lain 3irion itu% seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua% sifat pertumbuhan 3irus% seperti sejumlah untaian asam nukleat (satu atau dua% sifat pertumbuhan 3irus% seperti kedudukan tempat sintesis 3irus di dalam sel dan hubungan timbal balik antara inang dan 3irus% seperti digambarkan oleh kisaran inang. -istem ini dimaksudkan untuk menggambarkan klasifikasi alami atau filogenik% berarti sistem ini bukannya mencoba menggambarkan hubungan e3olisoner atara 3irus'3irus. ?ubungan yang sama sekali tidak jelas melainkan sistem ini menggolongkan 3irus berdasarkan susunan biasa sifat'sifat kimiawi dan strukturnya yang merupakan sifat tetap yang dapat ditentukan dengan cermat. 2.,.%. Klasifikasi 0a"r
entuknya sel tunggal (misal pada ragi)% kemudian serat atau filamen (paling banyak di dapatkan)% sampai dengan telah membentuk tubuh lengkap yang dinamakan tubuh'buah (misalkan pada jamur merang. ushrooms% dan sabagiannya). -eperti bakteria% Gasad ini tidak mempunyai klorofil% karena dia hidup secara saprofik ataupun parasitik 2.,.(. Klasifikasi Algaia
entuknya sama seperti 4&% walaupun ada beberapa yang sudah mempunyai tubuh lengkap dengan bagian'bagian yang dinamakan akar batang dan daun walau semuanya bersifat semu (Bhara dan itella). 7idapatkan dimana'mana% terutama pada tanah yang lembab% pada air% menempel pada tanaman ataupun bersifat endofitik (hidup di dalam jaringan jasad lain). isal pada ?ydra% atau menempel pada tubuh jasad lain (kulit kura'kura) sehingga kelihatannya hewan tersebut mempunyai klorofil karena berawarna hijau. &da beberapa yang hidup secara simbiosis dengan jamur membentuk jasad baru yang disebut lichenes (lumut kerak). 2.,.*. Klasifikasi Alga-ir ia
erbentuk sel tunggal atau filamen (serat) yang disekelilingnya diselimuti oleh seludang yang terdiri dari lendir (polisakharida)% atau berbentuk koloni sederhana. Termasuk kedalam kelompok jasad yang fotosintetik karena mempunyai klorofil% disamping pigmen lainnya seperti fikobilin (biru)% fukosantin (coklat) dan fukoeritrin (merah) hidup didalam air% di dalam tanah yang lembab atau bersimbiosis dengan jasad lain% sejak paku'pakuan (&;olla) didalam rongga udara daunnya% atau dengan tanaman tinggi (Bassuarina) dengan membentuk akar karang.
&iri !an Klasifikasi 0a"r A. &IRI ' &IRI 0AM3R
Emumnya bersel banyak (multiseluler)% bersifat eukariotik (memiliki membran inti sel)% tidak memiliki klorofil% sehingga bersifat heterotrof ( tidak mampu membuat makanan sendiri)% ada yang bersifat parasit% ada yang bersifat saprofit% dan ada yang bersimbiosis (mutualisme) membentuk lichenes. 7inding sel dari bahan selulose dan ada yang dari bahan kitin. Tubuh terdiri dari benang ! benang halus yang disebut Hifa. -truktur hifa yang bercabang membentuk suatu anyaman di sebut dengan Miselium% yang berfungsi menyerap ;at ! ;at organik pada subtrat 2 medium. agian yang terletak antara kumpulan hifa dinamakan stolon. Gamur yang bersifat parasit memiliki houstorium% yaitu hifa khusus yang langsung menyerap makanan pada sel inangnya.
45g$"5#$ta
ygomycota dikenal sebagai jamur ;igospora (bentuk spora berdinding tebal
a.
Biri'ciri ygomycota •
?ifa tidak bersekat dan bersifat koenositik (mempunyai beberapa inti).
•
7inding sel tersusun dari kitin.
•
•
?ifa berfungsi untuk menyerap makanan% yang disebut rhi;oid.
Bontoh : •
Rhiophus stolonifer % Tumbuh pada roti
•
Rhiophus or!ae% Gamur tempe
•
Rhiophus nigricans% enghasilkan asam fumarat
•
Mucor mucedo% -aprofit pada kotoran ternak dan makanan
b.
2. As#$"5#$ta
a. Biri'ciri &scomycota 1. ?ifa bersekat'sekat dan di tiap sel biasanya berinti satu. ". ersel satu atau bersel banyak. #. &da yang brsifat parasit% saprofit% dan ada yang bersimbiosis dengan ganggang hijau dan ganggang biru membentuk lumut kerak. ,. empunyai alat pembentuk spora yang disebut askus% yaitu suatu sel yang berupa gelembung atau tabung tempat terbentuknya askospora. &skospora merupakan hasil dari reproduksi generatif. . 7inding sel dari ;at kitin. =.
"acharom!ces cereviceae (ragi2khamir)% untuk pembuatan roti sehingga roti dapat mengembang% dan mengubah glukosa menjadi alkohol (pada pembuatan tape).
•
•
enicilium o
#enicillium chr!sogenum% untuk pembuatan antibiotik penisilin.
o
#enicillium notatum% untuk pembuatan antibiotik penisilin.
o
#enicillium notatum$ untuk menambah cita rasa (pembuatan keju)
o
#enicillium camemberti$ untuk menambah cita rasa (pembuatan keju)
&spergilus o
%spergillus &entii% untuk embuatan kecap dan Tauco
o
%spergillus niger % untuk enghilangkan 6" pada sari buah
o
%spergillus flavus% menghasilkan racun &flatoksin yang menyebabkan kanker hati (hepatitis)
•
%spergillus fumigatus% penyebab enyakit paru'paru pada a3es
•
Neurospora sitophilla% untuk pembuatan oncom.
•
Neurospora crassa% untuk pembuatan oncom dan penelitian genetika% karena daur hidup seksualnya hanya sebentar.
•
Candida albicans$ bersifat parasit% menyebabkan penyakit pada 3agina
-ering dikenal dengan jamur gada karena memiliki organ penghasil spora berbentuk gada (basidia) a. Biri'ciri asidiomycota 1. ?ifanya bersekat% mengandung inti haploid. ". empunyai tubuh buah yang bentuknya seperti payung yang terdiri dari bagian batang dan tudung. ada bagian bawah tudung tampak adanya lembaran'lembaran (bilah) yang merupakan tempat terbentuknya basidium. Tubuh buah disebut basidiokarp. #. &da yang brsifat parasit% saprofit% dan ada yang bersimbiosis dengan ganggang hijau dan ganggang biru membentuk lumut kerak. ,.
'olvariela volvacea (jamur merang)
•
%uricularia pol!tricha (jamur kuping)
•
#leurotus sp (jamur tiram)
•
#ol!porus giganteus (jamur papan)
•
%manita phaloides hidup pada kotoran ternak dan menghasilkan racun yang mematikan
•
#uccinia graminis (jamur karat) parasit pada tumbuhan graminae (jagung)
•
(stilago ma!dis parasit pada tanaman jagung
•
anoderma aplanatum (jamur kayu)
•
Gamur -hitake
(. +eter$"5#$ta
-ering dikenal sebagai fungi imperfecti (jamur yang tak sebenarnya)% karena belum diketahui perkembangbiakannya secara seksual a.
Biri'ciri 7euteromycota •
?ifa bersekat% tubuh berukuran mikroskopis
•
ersifat parasit pada ternak dan ada yang hidup saprofit pada sampah
•
•
anyak yang bersifat merusak atau menyebabkan penyakit pada hewan'hewan ternak% manusia% dan tanaman budidaya
b. Bontoh 7euteromycota •
*pidermoph!ton floocosum% menyebabkan kutu air.
•
*pidermoph!ton% icrosporum% penyebab penyakit kurap.
•
Melaasia fur-fur % penyebab panu.
•
%ltenaria "p. hidup pada tanaman kentang.
•
+usarium% hidup pada tanaman tomat.
•
,r!choph!ton tonsurans% menimbulkan ketombe di kepala
