I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Keanekaragaman mikrobia yang meliputi bakteri, khamir, dan kapang dapat diklasifikasikan berdasarkan similaritas karakter, DNA fingerprinting, atau sekuens gen 16s rRNA. Pada sistematika modern dikenal ada 3 cara klasifikasi, yaitu klasifikasi numerik-fenetik, klasifikasi kimiawi, dan klasifikasi molekular. Kombinasi antara sistem klasifikasi dengan menggunakan ketiga pendekatan tersebut dikenal sebagai sistem klasifikasi polifasik yang akan menghasilkan sistem klasifikasi yang kongruen (Priest and Austin, 1993).
Konsep spesies yang digunakan dalam taksonomi mikrobia antara lain: konsep taksospesies, konsep genospesies, konsep genomik, dan konsep filofenetik. Konsep taksospesies berdasarkan metode taksonomi numerik dan mendefinisikan organisme (strain dan isolat) memiliki similaritas fenotipik yang sama. Konsep genospesies merupakan grup bakteri yang dapat bertukar gen-gen. Konsep genomik merupakan grup dari spesies yang menunjukkan nilai hibridisasi tinggi (70% DNA-DNA relatedness). Konsep filofenetik merupakan organisme yang menunjukkan similaritas tinggi dari karakter-karakter yang independen (Ogunseitan, 2005). Phylogeny tree merupakan genealogi (silsilah) atau diagram yang melacak kemungkinan hubungan evolusioner di antara kelompok-kelompok taksonomik. Catatan fosil dan anatomi perbandingan dapat digunakan untuk konstruksi phylogeny tree, tetapi dapat pula digunakan metode lain yakni membandingkan DNA dan protein spesies-spesies yang akan dibuatkan silsilah (Campbell et al., 2003).
Analisis sekuens gen 16s rRNA biasa digunakan pada taksonomi modern mikrobia, karena dapat menentukan hubungan kekerabatan antar taksa yang berjauhan, dan dapat digunakan untuk membedakan antara genus dan spesies (Hardarson & Broughton, 1998). Klasifikasi yang digunakan pada percobaan ini adalah klasifikasi molekular menggunakan data molekular yang berasal dari materi genetik, antara lain data sekuens DNA, DNA hibridisasi, atau DNA fingerprinting. Klasifikasi molekular dapat mengetahui perbedaan antar strain mikrobia secara filogenetik. Metode klasifikasi tersebut biasa menggunakan sekuens gen 16s rRNA (Satyanarayana & Johri, 2005).
B. Tujuan
Berdasarkan latar belakang tersebut, maka percobaan ini bertujuan untuk mengklasifikasikan dan mengonstruksi phylogeny tree strain-strain bakteri dengan taksonomi molekular menggunakan sekuens gen 16s rRNA, serta membandingkan hasil phylogeny tree antara program Phylip dan MEGA baik dengan bootstrap maupun tanpa bootstrap.
II. METODE
1. Bahan
Bahan-bahan yang digunakan antara lain: sekuens gen 16s rRNA dari 10 strain bakteri yang terdapat di jaringan mukosa intestinum manusia. Strain bakteri tersebut antara lain: AY169429.1; AB050111.1; Z22781.1; AF028349.1; AJ566849.1; X94967.1; AB050110.1; AF126687.1; Y10028.1; dan AY271254.1.
2. Alat
Alat-alat yang digunakan antara lain: laptop dengan program ClustalX untuk pengaturan sekuens gen yang homolog, program Phylip dan MEGA untuk konstruksi phylogeny tree, program Phydit untuk analisis matriks similaritas, dan program TreeView untuk visualisasi phylogeny tree.
3. Cara Kerja
Sekuens gen 16s rRNA dari 10 strain bakteri diunduh dari gene bank NCBI dalam format FASTA kemudian sekuens tersebut diatur berdasarkan homologi menggunakan ClustalX. Output yang dihasilkan berupa file dengan format CLUSTAL, format GDE, dan format PHYLIP. Selanjutnya, file dengan format PHYLIP digunakan untuk mengonstruksi phylogeny tree pada Phylip. Untuk phylogeny tree tanpa bootstrap, file tersebut diubah menjadi infile, kemudian matriks pasangan distance dibuat pada dnadist. Output yang dihasilkan berupa outfile dan digunakan untuk konstruksi phylogeny tree pada neighbor. Output yang dihasilkan pada neighbor berupa outtree dan divisualisasikan menggunakan TreeView.
Untuk phylogeny tree dengan bootstrap, file PHYLIP diubah menjadi infile, kemudian phylogeny tree dikonstruksi pada seqboot. Nilai R diatur menjadi 1000 sebagai pengulangan dan jumlah random seed adalah 5. Output yang dihasilkan berupa outfile dan diubah menjadi infile. Selanjutnya, file tersebut digunakan pada dnadist, dataset yang digunakan adalah 1000, output yang dihasilkan berupa outfile, dan diubah menjadi infile. File tersebut digunakan pada neighbor dengan mengatur nilai menjadi 1000 dan random set number adalah 5. Output yang dihasilkan berupa outtree dan diubah menjadi intree. File tersebut direkonstruksi menjadi consensus tree pada concense. Output yang dihasilkan berupa outtree dan divisualisasikan menggunakan TreeView. Selain itu, phylogeny tree dengan bootstrap juga dikonstruksi menggunakan MEGA. File yang digunakan adalah file dengan format .aln yang diubah menjadi .meg. Pengaturan yang dilakukan adalah bootstrap 1000, kemudian phylogeny tree dihasilkan. Analisis matriks similaritas digunakan menggunakan file format GDE pada Phydit. Output yang dihasilkan berupa tabel matriks similaritas dari 10 strain bakteri yang digunakan.
A. HASIL DAN PEMBAHASAN
1. HASIL
Berikut merupakan hasil yang didapat dari percobaan ini.
Gambar 1. Konstruksi phylogeny tree menggunakan Phylip (tanpa bootstrap)
Gambar 2. Konstruksi phylogeny tree menggunakan Phylip (dengan bootstrap)
Gambar 3. Konstruksi phylogeny tree menggunakan MEGA (dengan
bootstrap)
Tabel 1. Analisis matriks similaritas menggunakan Phydit
2. PEMBAHASAN
Taksonomi mikrobia secara molekular pada percobaan ini dilakukan menggunakan sekuens gen 16s rRNA pada 10 strain bakteri yang terdapat di jaringan mukosa intestinum manusia. Strain bakteri tersebut antara lain: AY169429.1; AB050111.1; Z22781.1; AF028349.1; AJ566849.1; X94967.1; AB050110.1; AF126687.1; Y10028.1; dan AY271254.1. Program yang digunakan untuk mengontruksi phylogeny tree adalah Phylip dan MEGA, sedangkan program yang digunakan untuk analisis matriks similaritas adalah Phydit. Konstruksi phylogeny tree dilakukan dengan atau tanpa bootstrap. Bootstrap menunjukkan adanya pengulangan dalam proses konstruksi phylogeny tree. Pengulangan yang dilakukan sebanyak 1000 kali menggunakan program Phylip, dan visualisasi phylogeny tree dilakukan menggunakan program TreeView. Semakin tinggi jumlah pengulangan, maka hubungan kekerabatan antar strain bakteri semakin dapat dipercaya (reliable).
Phylogeny tree dikonstruksi untuk menggambarkan dan mendeskripsikan hubungan kekerabatan (filogenetik) antar strain bakteri satu dengan yang lainnya. Berdasarkan hasil percobaan, phylogeny tree yang dikonstruksi dengan program Phylip tanpa bootstrap dan dengan bootstrap menunjukkan perbedaan dalam hubungan kekerabatan (Gambar 1 dan Gambar 2). Antar strain bakteri pada phylogeny tree dengan bootstrap, menunjukkan hubungan kekerabatan yang saling berdekatan. Filogenetik tersebut ditunjukkan oleh adanya titik nodus pertemuan antar strain bakteri. Hal ini ditunjukkan pada hubungan kekerabatan antara strain AY169429.1 yang semakin jauh dengan strain-strain AB050111.1; Z22781.1; AF028349.1; AJ566849.1; X94967.1; AB050110.1; AF126687.1; Y10028.1; dan AY271254.1. Sedangkan strain AB050110.1 dan strain AB050111.1, strain Y10028.1 dan strain AF126687.1, serta strain AF028349.1 dan strain X94967.1 menunjukkan hubungan kekerabatan yang paling dekat (Gambar 2).
Phylogeny tree yang dikonstruksi tanpa bootstrap menunjukkan hubungan kekerabatan yang kurang reliable karena tidak adanya pengulangan, sehingga hubungan kekerabatan yang dihasilkan juga berbeda. Persamaan filogenetik antara phylogeny tree tanpa bootstrap dan dengan bootstrap adalah pada strain AB050110.1 dan strain AB050111.1, serta strain Y10028.1 dan strain AF126687.1 yang saling berdekatan. Sedangkan perbedaannya adalah pada hubungan kekerabatan strain AF028349.1 dan strain X94967.1 yang semakin jauh dengan strain-strain lain, tetapi kedua strain tersebut saling berhubungan dekat (Gambar 1). Selain itu, hubungan kekerabatan strain-strain tersebut ditunjukkan oleh nilai matriks similaritas. Semakin tinggi nilai matriks, maka hubungan kekerabatan semakin dekat (Tabel 1).
Phylogeny tree yang dikonstruksi menggunakan program MEGA dengan bootstrap juga menunjukkan hubungan kekerabatan yang saling berdekatan dan reliable. Persamaan filogenetik antara phylogeny tree Phylip dengan phylogeny tree MEGA adalah pada strain Y10028.1 dan AF126687.1, serta strain AB050111.1 dan AB050110.1 yang saling berdekatan. Perbedaan filogenetiknya adalah pada strain AJ566849.1 yang semakin jauh dengan strain-strain lain (Gambar 3).
B. KESIMPULAN
Persamaan filogenetik antara phylogeny tree tanpa bootstrap dan dengan bootstrap adalah pada strain AB050110.1 dan strain AB050111.1, serta strain Y10028.1 dan strain AF126687.1 yang saling berdekatan. Sedangkan perbedaannya adalah pada hubungan kekerabatan strain AF028349.1 dan strain X94967.1 yang semakin jauh dengan strain-strain lain, tetapi kedua strain tersebut saling berhubungan dekat. Persamaan filogenetik antara phylogeny tree Phylip dengan phylogeny tree MEGA adalah pada hubungan strain Y10028.1 dan AF126687.1, serta strain AB050111.1 dan AB050110.1 yang saling berdekatan. Perbedaan filogenetiknya adalah pada strain AJ566849.1 yang semakin jauh dengan strain-strain lain.
DAFTAR PUSTAKA
Campbell, N. A., J. B. Reece, G. M. Lawrence. 2003. Biologi. Erlangga. Jakarta, p. 12.
Hardarson, G. and W. J. Broughton. 2013. Molecular Microbial Ecology of the Soil. Springer. Dordrecht, p. 31.
Ogunseitan, O. 2005. Microbial Diversity: Form and Function in Prokaryotes. Blackwell Science Ltd. Oxford, pp. 10-12.
Priest, F. and Austin, B. 1993. Modern Bacterial Taxonomy. Chapman and Hall. London, pp. 14-15.
Satyanarayana, T. and B. N. Johri. 2005. Microbial Diversity: Current Perspectives and Potential Applications. I. K. International Publishing House Pvt. Ltd. New Delhi, p. 332.
LAMPIRAN
>AY169429.1 Faecalibacterium prausnitzii clone 1-84 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTAGA
GAGCTTGCTTTTTAAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGAGTAACCTGCCCTAGAGTGGGGGAC
AACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGCCCACGGTGCCGCATGACACTGAGGGAAAAGGATTTA
TTCGCTTTAGGATGGACTCGCGTCCAATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATTGG
TAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCA
GTGGGGGATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCGGAT
TGTAAACTCCTGTCGTTAGGGACGATAATGACGGTACCTAACAAGAAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAG
CAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGAA
GACAAGTTGGAAGTGAAAACCATGGGCTCAACCCATGAATTGCTTTCAAAACTGTTTTTCTTGAGTAGTG
CAGAGGTAGATGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGG
CGGTCTACTGGGCACCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGT
AGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGATTGACCCCCTCAGTGCCGCAGTTAACACAAT
AAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCA
GTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCGATGCATAGCAC
AGAGATGTGTGAAATCCTTCGGGACATCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA
TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGCCAGTTACTACGTTAAGAGGACTCTGGCGAGA
CTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACA
CACGTACTACAATGGCGTTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAAACTCAAAAACAACGTC
TCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGC
CGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGT
CGATAGTCTAACCGCAAGGAGGACGTTCGCCGAAGGTAAAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGG
TAACC
>AB050111.1 Bacteroides vulgatus gene for 16S rRNA, partial sequence
CTACAGGCTTACCACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCCGATGGCGACCGGCG
CACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGACAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATACA
AGATGGCATCATGAGTCCGCATGTTCACATGATTAAAGGTATTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCAT
TAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCAC
ATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAG
CCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAA
GTCGGGTATGGATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAAGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCG
GTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTC
AGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATATCTTGAGTGCAGTTGAGGCA
GGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGC
TAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACA
CGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACTGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCAC
CTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGT
GGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACTTACCCGGGCTTAAATTGCAGATGAATTACGGTGAAAGCCGTA
AGCCGCAAGGCATCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTG
CCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTCCCGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATC
GTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTT
ACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCCAAAACCTCTCTCAGTTCGGA
CTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAA
TACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAA
>Z22781.1 B.aalborgi 16S ribosomal RNA
ACTAGACGACGTTGCGATGCGTCTTAAGCATGCAAGTCGAGCGGGCTTATTCGGGCAACTGGATAAGTTA
GCGGCGAACTGGTGAGTAACACGTAGGTAATCTGCCGTAGAGTGGGGGATAACCCATGGAAACATGGACT
AATACCGCATATACTCTTGACGCTAAAGCGTAGTAGAGGAAAGGAGCAATCCGCTTTACGATGAGCCTGC
GGCCTATTAGCCTGTTGGTGAGATAAAAGCCCACCAAAGCTACGATAGGTAGCCGACCTGAGAGGGTGAC
CGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGCTGAGAATCTTCCACAATGG
ACGAAAGTCTGATGGAGCGACATCGCGTGAGGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACCTTGGAAATTATCG
AAGAATGAGTGACAGTAGATAATGTAAGCCTCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGA
GGCAAACGTTGCTCGGATTTACTGGGCGTAAAGGGTGAGTAGGCGGAACTATAAGTCTAAGGTGAAATAT
CGAAGCTCAACTTCGGAAACGCCTCGGATACTGTGGTTCTTGGATATTGTAGGGGATGATGGAATTCTCG
GTGTAGCGGTGGAATGTATAGATATCGAGAAGAACACCTATAGCGAAGGCAGTCATCTGGGCATTTATCG
ACGCTGAATCACGAAAGCTGGGGGAGCAAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCCAGCCGTAAACGTTGC
ACACTAGGTGCTCCTATTAAAATAGGCGTGCCGTAGCTAACGTCTTAAGTGTGCCGCCTGAGGAGTATGC
CCGCAAGGGTGAAACTCAAAGAAATTGACGGGTCCCCGCACAAGTGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAT
GATACGCGAAAAACCTTACCTGGGTTTGAATTGTTAGATGAATGATATAGAGATATGTCAGACCGCAAGG
ACATTTAACATAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGTTAATCCCCCAACGAG
CGCAACCCTTACCCTTTGTTGCTACCGAGTAATGTCGGGCACTCTTAGGGGACCGCCTACGTTTAAGTAG
GAGGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGTCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCA
ATTACAAAGAGAAGCGAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAAAGTTGCCTCAGTTCGGATTGGAGTC
TGAAACTCGACTCCATGAAGTTGGAATCACTAGTAATCGTAGATCAGAACGCTACGGTGAATACGTTCCC
GGGATTGTACACACCGCCCGTCACGCCATCGGAGTTGGTTTTACCTGAAGTCGTTAGCCTAACCGCAAGG
AGGGCGGCGCCGAAGGTGGTACTGATGATGAGGGTGAAGTCGTAACAAGG
>AF028349.1 Clostridium fusiformis 16S ribosomal RNA gene, complete sequence
AGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCRCTTWAA
TTCGATTCTTCGGATGAAGATYTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCT
TACACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCGCAGTACCGCATGGTACAGCG
GTAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGGCCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAG
CCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC
GGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGATGAA
GTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGYAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAA
CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGC
GTAGACGGCTGTGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCGTGG
CTTGAGTGTCGGAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACC
AGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTAGCAAAGCTATTCGGTGCCGCA
GCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGAC
CCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCC
GGTGACCGGGACTTAACCGTCCCTTCTCTTCGGAGCACTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT
CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCATTTCGGA
TGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCC
TTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAGGCATGTGAATGTGAGCAAA
TCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAA
TCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT
CAGTAACGCCCGAAGCCGGTGACCCAACCAATCGGAGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGT
GAAGTCGTAACAAGGTAACC
>AJ566849.1 Sutterella stercoricanis 16S rRNA gene, type strain CCUG 47620
GGCGGCATGCTTTACACATGCAAGTCGAACGGCAGCACAGGGAGCTTGCTCCTGGGTGGCGAGTGGCGCA
CGGGTGAGTAATACATCGGAACGTGTCCTATTGTGGGGGATAACTGTCGGAAAGGGTGGCTAATACCGCA
TAAGACCTGAGGGTGAAAGCGGGGGATCGCAAGACCTCGCGCAATTGGAGCGGCCGATGCCCGATTAGCT
AGTTGGTGAGGTAATAGCTTACCAAGGCGACGATCGGTAGCTGGTCTGAGAGGACGACCAGCCACACTGG
GACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGGGCAACCCTGA
TCCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTGCTTTTGTCAGGGACGAAAAGGATT
GTGCTAATACCATGATCTGCTGACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCG
GTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGTTCTGTAAGAC
AGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAATTGCATTTGTGACTGCAGGACTAGAGTTCATCAGAGGGG
GGTGGAATTCCAAGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATTTGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGCCCCC
TGGGATGCGACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACG
CCCTAAACGATGTCTACTGGTTGTTGGGGATTAATATCCTTGGTAACGAAGCTAACGCGTGAAGTAGACC
CCCTGGGGAGAGCGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGAT
GTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAACCTTACGTAGCCTTGACATGCCAGGAATCCTGAAGAGATTTG
GGAGTGCCCGCAAGGGAATCTGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGG
GTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGG
TGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGCTAGGGCCTCACACGTCA
TACAATGGTCGGAACAGAGGGCAGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCAAATCCCAGAAAACCGATCGTAGTCCG
GATTGCAGTCTGCAACTCGACTGCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGA
ATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGGTTCACCAGAAGACGTTTGTC
TAACCGTAAGGAAGGACGGCGTCCACGGTGGGTTTCATGACTGGGGTGAAGTCGT
>X94967.1 R.gnavus 16S ribosomal RNA
TGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACCTTGACGGATTTCTTCGGATTGAAG
CCTTGGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTT
GGAAACGNCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATG
AGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACC
TGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT
ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCT
CTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG
TAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGCAAGCCA
GATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGTCAGGCTAGAGTGTCGGAGAGGAAA
GCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCT
GGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGC
CGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCC
ACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCAT
GTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCCTCTGACCGCTCTTTAATCGG
AGCTTTCCTTCGGGACAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT
TAAGTCCCGCAACGAGCGCANCCCCTATCTTTAGTAGCCAGCATTTTGGATGGGCACTCTAGAGAGACTG
CCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACAC
GTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAG
TTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCG
GTGAATACGTNCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGT
GACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCC
GTATCGGAAGG
>AB050110.1 Bacteroides uniformis gene for 16S rRNA, partial sequence
GTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTAGTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTT
AGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGG
ATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTAGAACTATTAAAGAATT
TCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGAT
AGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAG
TGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGT
TGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGA
TCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTA
AAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATA
CTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGA
AGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAA
CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCG
GCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACG
GGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAA
TTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAG
CTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTTA
TGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGG
CCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGC
TAATCCCTAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGT
AATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAA
AGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAA
>AF126687.1 Clostridium fimetarium 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGTATAGT
GAATCGAGTTCTTCGGAACAATTGAAGCTGTACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTG
CCTTACACTGGGGGACAACAGTTGGAAACGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACG
GTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGGGTAATGGCCTACC
AAGGCAACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGTACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCC
TACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAA
GAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAAGGAAGATAATGACGGTACTTGACTAAGAAGCCCCGGC
TAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGG
AGTGTAGGTGGCATGGCAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCTTTTGAAACTGCC
AAGCTAGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAAC
ACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACTGTAACTGACACTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGA
TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGAATACTAGATGTTGGGAGGCATAAGCTTCTCAGTGT
CGTAGCTAACGCGATAAGTATTCCACCTGGGAAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGG
GGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACA
TCCCTCTGACCGGCACGTAATGGTGCCTTTCCTTCGGGACAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTC
AGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCATTT
CGGATGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATG
CCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGACGCAAGCTGGTGACAGTAAG
CAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTA
GTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG
GAGTCGGTAATGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCAGGATCGATAACTG
GGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA
>Y10028.1 Clostridium sp. 16S rRNA gene, partial, strain DR6A
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAAGGAAGTTTTCGGATGGAA
TTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTT
AGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTG
AGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACC
TGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT
ATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCT
CTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG
TAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCT
GAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAA
GTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACT
GGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGC
CGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCC
ACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCAT
GTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGC
GCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT
TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAGAGCTGGGCACTCTAGGGAGACT
GCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACA
CGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCA
GTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGC
GGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAG
TGACCCAYCTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA
GCCGTATCGGAAGGTGC
>AY271254.1 Akkermansia muciniphila strain Muc 16S ribosomal RNA gene, complete sequence
AACGAACGCTGGCGGCGTGGATAAGACATGCAAGTCGAACGAGAGAATTGCTAGCTTGCTAATAATTCTC
TAGTGGCGCACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCTGCCCCCGAGAGCGGGATAGCCCTGGGAAACTGGGA
TTAATACCGCATAGTATCGAAAGATTAAAGCAGCAATGCGCTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATTAGTTA
GTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGATGACGGGTAGCCGGTCTGAGAGGATGTCCGGCCACACTGGA
ACTGAGACACGGTCCAGACACCTACGGGTGGCAGCAGTCGAGAATCATTCACAATGGGGGAAACCCTGAT
GGTGCGACGCCGCGTGGGGGAATGAAGGTCTTCGGATTGTAAACCCCTGTCATGTGGGAGCAAATTAAAA
AGATAGTACCACAAGAGGAAGAGACGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGTCTCAAGC
GTTGTTCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGGCTGTTTCGTAAGTCGTGTGTGAAAGGCGCGGGCT
CAACCCGCGGACGGCACATGATACTGCGAGACTAGAGTAATGGAGGGGGAACCGGAATTCTCGGTGTAGC
AGTGAAATGCGTAGATATCGAGAGGAACACTCGTGGCGAAGGCGGGTTCCTGGACATTAACTGACGCTGA
GGCACGAAGGCCAGGGGAGCGAAAGGGATTAGATACCCCTGTAGTCCTGGCAGTAAACGGTGCACGCTTG
GTGTGCGGGGAATCGACCCCCTGCGTGCCGGAGTAACGCGTTAAGCGTGCCGCCTGGGGAGTACGGTCGC
AAGATTAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGCTTAATTCGATGCAA
CGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATGTAATGAACAACATGTGAAAGCATGCGACTCTTCGGAGGCGT
TACACAGGTGCTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTTGGTTAAGTCCAGCAACGAGCGCA
ACCCCTGTTGCCAGTTACCAGCACGTGAAGGTGGGGACTCTGGCGAGACTGCCCAGATCAACTGGGAGGA
AGGTGGGGACGACGTCAGGTCAGTATGGCCCTTATGCCCAGGGCTGCACACGTACTACAATGCCCAGTAC
AGAGGGGGCCGAAGCCGCGAGGCGGAGGAAATCCTAAAAACTGGGCCCAGTTCGGACTGTAGGCTGCAAC
CCGCCTACACGAAGCCGGAATCGCTAGTAATGGCGCATCAGCTACGGCGCCGTGAATACGTTCCCGGGTC
TTGTACACACCGCCCGTCACATCATGGAAGCTGGTCGCACCCGAAGTATCTGAAGCCAACCGCAAGGAGG
CAGGGTCCTAAGGTGAGACTGGTAACTGGGATG
