Ameliorations apportees au systeme GID du 7/05/2015Description complète
Poser un joint de silicone
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eiwjfjDescription complète
Travail réalisé en groupe dans le cadre du master AIGEME (évaluation contenus et projet FOAD). On trouvera aussi une fiche correcteur et une analyse réflexive du travail mené.
47879:; <=<>7?7@A= 9 B7879:; C:D8B=;>= :8E7?=; <0 +=50 >?)@A qui est constituée à l’intérieur des cellules lors de la traduction (lecture de l’ARN messager par tout le système complexe de la synthèse des protéines). Elle s’établit entre la fonction carboxylique d’un AA et la fonction amine d’un autre A BC
0=<>7?=9 % <:BFEGH=9 d’acides aminés liés entre eux par une liaison peptidique. AAs). (B7I:<=<>7?=9 9 – ?= #J 119 DE <$505+$<0% :4 BB%A; +#$505+$<0% :( BB%A … décapeptides (10 AAs). 0:BF<=<>7?=9 9 K #J jusqu’à plusieurs dizaines de milliers d’ 119 ; +"$660 -*=0,,0 ''FF G" :+"$660 -*=0,,0 d’un AA ''F G"A 0H:>L7;=9 9 5*6=505+$<0% <0 >87BB= K #J M28C ≃
≃
Structure primaire d’une protéine = nombre d’AAs et ordre N9L@A=;C=O ?8;9 B=@A=B 7B9 9:;> 899:C7L9 B=9 A;9 8AP
48 ?79>8;C= =;>H= ?=AP C8HU:;=9 α d’AAs K2$ %0 %2$70,+ 0%+ +*2L*2#% ?= WRX 8;I9>HYE9 C 48 B:;IA=AH d’une CZ8[;= <=<>7?7@A= =9> ?:;C % ;:EUH= d’AAs P WRX \
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47879:; <=<>7?7@A= 9 B7879:; C:D8B=;>= :8E7?=; <0 +=50 >?)@A qui est constituée à l’intérieur des cellules lors de la traduction (lecture de l’ARN messager par tout le système complexe de la synthèse des protéines). Elle s’établit entre la fonction carboxylique d’un AA et la fonction amine d’un autre A BC
0=<>7?=9 % <:BFEGH=9 d’acides aminés liés entre eux par une liaison peptidique. AAs). (B7I:<=<>7?=9 9 – ?= #J 119 DE <$505+$<0% :4 BB%A; +#$505+$<0% :( BB%A … décapeptides (10 AAs). 0:BF<=<>7?=9 9 K #J jusqu’à plusieurs dizaines de milliers d’ 119 ; +"$660 -*=0,,0 ''FF G" :+"$660 -*=0,,0 d’un AA ''F G"A 0H:>L7;=9 9 5*6=505+$<0% <0 >87BB= K #J M28C ≃
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T,0 5#*+/$,0 0%+ 1*#-/0 d’une ou plusieurs chaines polypeptidiques unies par des liaisons non peptidiques :0P 9 $,%26$,0AC
DEFINITION
->HAC>AH=
d’étudier 9 Le séquençage permet en outre d’étudier 9
le lien entre la structure primaire d’une protéine et sa structure tridimensionnelle, sa fonction, ses propriétés .$*6*8$K20% 60 6$0, 0,+#0 la mutation d’un AA et une pathologie
Si la protéine comprend plus d’une chaîne peptidique ( 0P 9 $,%26$,0; H/-*86*.$,0A; $6 1"2+ 60% %/5"#0# 9
Ce réactif ne réagit qu’avec la fonction amine de l’acide aminé amino O+0#-$,"6 :5"% "703 30660 5#/%0,+0 <",% 30#+"$,0% 3H"V,0% 6"+/#"60%A formation d’une liaison covalente
DETERMINATION DE L’EXTREMITE N-TERMINALE
Q0 3*-5*%/ 1*#-0 2, #$7/ !M> :5H/,=6O+H$*O3"#."-=6/A D $,+0#-/<$"$#0 #/"3+$*,,06 !"# 2, 5"%%"80 0, E7B7=A 8C7?= ; 60 ?LH7DL 0.) ?=D7=;> C:E=E=;> 7;9>8UB= $6 %0 3#*3H0 0+ 1*#-0 2,0 Z7:ZF?8;>:`;=R Z7:ZF?8;>:`;=R 9>8UB= , dont la partie variable correspond à la chaîne latérale de l’AA N O+0#-$,"6 K2$ s’est 3#*3H/C
Q" 5#*+/$,0 "=",+ /+/ +#*,K2/0 <0 %*, BB "-$,*O terminal, l’AA qui était initialement en 2 J-0 position devient l’AA N O +0#-$,"6C Une nouvelle réaction chimique de dégradation d’Edman peut alors être initiée pour décrocher et identifier le 4J-0 BBC Q" #/"3+$*, 502+ "$,%$ N+#0 #/5/+/0 <0 1"R*, "2+*-"+$%/0 :-/+H*<0 5"# #/32##0,30A B 3H"K20 /+"50; 2,0 5H/,=+H$*H=<",+*Y,0 0%+ 1*#-/0 0+ $<0,+$1$/0 5"# @!Q>C Le rendement de chaque réaction d’Edman et la réalisation de chaque réaction de manière au +*-"+$%/0 nécessitant plusieurs étapes de préparartion de l’échantillon, il n’est pas possible de distinguer le signal obtenu en @!Q> <2 .#2$+ <0 1*,< "2O<06U <0 < 0 6" 'ZJ-0 #/"3+$*,C La dégradation d’Edman ne peut donc être répétée qu’un quinzaine de fois <=HE=> ?= ?L>=HE7;=H B=9 #a <:AH 8D:7H ?=9 7;T:9Q 9AH B8 L7;=OQ
Q0 B:I7C7=B -./'3] recherche d’ LD=;>A=BB=9 L7;=9 <8H>=;87H=9 , d’une base de données, de la protéine séquencée et identifiée "703 6"K20660 0660% $,+0#"8$%%0,+ :0P 9 60 McdObeta, le collagène de type 2, le collagène de type 7 … sont des partenaires de l’isoforme 7 de la fibronectine).
Clivage enzymatique de l’AA N ou CO+0#-$,"6 5"# 2,0 _ =P:505+$<"%0 :5#*<2$+% 5"# 60% +03H,$K20% <0 .$*+03H,*6*8$0A Ces enzymes agissent lors de la digestion sur des peptides provenant de l’action de la trypsine et de la chymotrypsine. L’AA CO+0#-$,"6 502+ N+#0 36$7/ 5"# 2,0 C8HU:PF<=<>7?89= L’AA NO+0#-$,"6 502+ N+#0 36$7/ 5"# 2,0 8E7;:<=<>7?89=
Q0% L89=9 sont les enzymes qui catalysent l’hydr *6=%0 <0% 6$"$%*,% 505+$<$K20% : =;?:<=<>7?89=9A 9
119 H8E7T7L9
)B7D8I= <8H B=9 L89=9
119 8H:E8>7@A=9
0H:B7;= 9 %026 BB U T:;C>7:; 8E7;= 9=C:;?87H= :bbA; <*,+ 6" 3H"V,0 6"+/#"60 3*,+$0,+ 2, H/+/#*3=360 :;:F8A HF<97;=R B8 CZFE:>HF<97;= ou l’élastase => ces enzymes n’agissent pas 97 0H: =9> =; ),term de l’AA qu’elles H=C:;;8799=;>Q
)B7D8I= CZ7E7@A=
Ces enzymes peut être utilisée en combinaison afin d’obtenir <0% 5#*<2$+% <$11/#0,+%; K2$ %0#*,+ ","6=%/% <0 1"R*, $%*6/0C Utilisation du bromure de cyanogène (BrCN), qui coupe du côté carboxylique d’une Met
C
".!2" 2" 41 )(+0(-'.'(3 2"- 6/1]+"3.- 0"0.'2'5!"
Les fragments résultant de l’étape précédente sont séparés par RP O@!Q>C
+(2'6')1.'(3- 2"- "d./"+'."- 2"- 0/(."'3" La protéine étudiée peut être à courte durée de vie ou p lus généralement peut être la cible d’enzymes (ex 9 0P*505+$<"%0%A
&A>
qui circulent dans l’organisme (agissent contre les infections bactériennes et virales). b6 0%+ "6*#% 5*%%$.60 <0 %+".$6$%0# 6" 5#*+/$,0 0, 5#*+/80",+ %0% 0P+#/-$+/% ) 0+ >O+0#-$,"60%C W$ ]BA =9> =; 3,>=HE : formation d’une liaison amide entre la fonction COOH de R et l’amine terminale
formation de l’ 8CQ 8E7@A= DE 5#*+J80 <0% "-$,*O505+$<"%0%C
/L8C>7:;9 W$ ]BF N:A n’importe quel AA) est en Cter : amidification de la fonction carboxylique terminale par de l’ammoniac
!"# 602# ,*-.#0; 0660% %+".$6$%0,+ 60% %+#23+2#0% %03*,<"$#0% C I660% %’établissent 0,+#0 60% 8#*250-0,+% )@ et CO des liaisons peptidiques (NH d’un résidu et le CO d’un autre résidu). Q" 6$"$%*, 505+$<$K20 0%+ 56",0 0+ #$8$<0 :#*+"+$*, 0,+#0 60% "+*-0% > 0+ ) $-5*%%$.60AC Les seules liaisons dont l’orientation reste libre sont celles qui entourent les carbones asymétriques.
O !"% D S 50+$+0 <$%+",30 0,+#0 4 5*$,+% /K2$7"60,+% D Z;h i DE #Ra \ h 11 DE 6*,8202# d’une H/6$30 "65H" <#*$+0 D ,*-.#0 d’AAs P ';Z (chaque résidu allonge l’hélice de 1,5Å)
Q$"$%*,% nombreuses et régulières = stabilisation de l’hélice.
Chaînes latérales des AAs à l’extérieur et perpendiculaires au grand axe de l’hélice: font protrusion à l’extérieur de l’hélice => interactions avec l’environnement en créant des régions H=<#*5H$60% *2 <0% #/8$*,% H=<#*5H*.0%C
I660% %0 %$+20,+ >:Al:AH9 m B8 9AHT8C= ?=9 L7;=9 DE 50#-0++0,+ 60% $,+0#"3+$*,% 0,+#0 60% protéines et d’autres molécules (protéines, ligands ou substrats), ce qui définit la fonction .$*6*8$K20 <0% 5#*+/$,0%C
Il est formé d’un petit tonneau β verrouillé par une hélice α.
b6 0%+ impliqué dans les interactions avec l’inositol phosphate :5H*%5H"+$<=6 $,*%$+*6; !bAC
Le site de liaison des PI est le sillon créé par les 7 feuillets β. 0=HE=> 8AP L7;=9 K2$ 0, 5*%%J<0,+ 2, de s’ancrer à la f 8C= 7;>=H;= ?= B8 E=EUH8;= 306626"$#0 :"<#0%%"80 -0-.#","$#0AC
IP 9
La protéine LNK possède un domaine PH qui lui permet de se lier à l ’inositol O5H*%5H"+0 :!bAC La mutation de l’AA 208 (acide glutamique), présent dans un domaine PH, entraine la perte de l’adressage -0-.#","$#0 <0 6" 5#*+/$,0C
47879:;9 D8H7L=9 0,+#0 60% #/%$<2% : 119A ?79>8;>9 les uns des autres dans la séquence mais proches dans l’espace 48 %*,+ <0% 6$"$%*,% <0 T87UB= L;=HI7=Q
60% 562% #"#0% =PC=997D=E=;> 9>8UB=9 s’établissent entre 2 résidus de 3=%+/$,0C ΔG: _ ,WaJ nohE:B
47879:;9 ZF?H:=H8C>7:;9 ;:;,C:D8B=;>=9
47879:;9 LB=C>H:9>8>7@A=9
47879:;9 ZF?H:IG;=9 47879:;9 ?7
ΔG: _ , #J nohE:B
Q0% S %+".60% <0% 6$"$%*,% ,*,O3*7"60,+0% ΔG: _ , k nohE:B IP 9 0,+#0 60 c62 4Zk 0+ 60% B#8 4l' 0+ 4l4 <0 6" 5#*+/$,0 Q)m ΔG: _ , W nohE:B ΔG: _ , # nohE:B
/"41.'(3 -./!).!/" 0/'+1'/" h -./!).!/" ./'+"3-'(33"44" 1<= : étudier la probabilité de formation d’une structure II en fonction de la séquence de la p rotéine
.=CZ;7@A=9 d’étude
G0% "68*#$+H-0% <0 5#/<$3+$*, :c"#,$0#; ?%82+H*#50 0+ g*.%*,; 'k\[A ]BbW 2+$6$%0# 562%$02#% 6*8$3$06% 5*2# N+#0 S %2#C n/#$1$0# 6" 5#/%0,30 <0 !#* :1*#-0 2, 3*2<0A : déstabilise les hélices α et les feuillets β.
I+2<0 <0 6" %+#23+2#0 +#$<$-0,%$*,,0660 5"# CH79>8BB:IH8 ?7TTH8C>7:; 8AP H8F:;9 d C
d’informations pour que la protéine se replie sur elle O-N-0 0+ "<*5+0 2,0 %+#23+2#0 %5"+$"60 ,"+$70 0+ 2,0 "3+$7$+/ .$*6*8$K20 o
47=; =;>H= B=9 9>HAC>AH=9 >=H>787H=
Ixpérience d’1;T7;9=; la structure primaire d’une protéine contient suffisamment d’information pour permettre une
HL:HI8;798>7:; T:;C>7:;;=BB=Q
G/,"+2#"+$*, <0 6" #$.*,236/"%0 par le βO-0#3"5+*/+H",*6 0+ 6p2#/0 :#25+2#0 <0% 5*,+% <$%2612#0% 0+ <0% 6$"$%*,% 1"$.60%A : perte de la conformation native et de l’activité enzymatique.
I660 0%+ 5#/%0,+0 <",% 60% -2%360%C W*, #_60 0%+ <0 transporter l’oxygène à l’intérieur des muscles po ur permettre l’exercice musculaire. C’est une 50+$+0 5#*+/$,0 +#J% 3*-5"3+0 3*,%+$+2/0 U \Fq d’H/6$30% "65H"C W0% BB% hydrophobes sont plutôt à l’intérieur :^ 3*#5% H=<#*5H*.0 `A <0 6" 5#*+/$,0 0+ %0% BB% H=<#*5H$60% plutôt à l’extérieur de la molécule.
G0% L7;=9 ZF?H:9:BAUB=9 %*,+ %$+2/0% U 6" T8C= 7;>=H;= ?=9 E=EUH8;=9 306626"$#0%C Les ancrages membranaires peuvent se faire par un ancrage de la protéine par une chaîne d’acide gras 9
1?H=998I= E=EUH8;87H=
B7879:; 8E7?= entre l’extrémité aminoterminale d’une protéine et l’ 8C7?= EFH79>7@A= B7879:;9 >Z7:,=9>=H 0,+#0 60 3"#.*,=60 <0 6" 5#*+/$,0 0+ 6 ’aci<0 5"6-$+$K20
.:;;=8AP UL>q 9 3*,%+$+2/% 5"# 60 #056$0-0,+ <0 1 02$660+% ./+" :,*-.#0 7"#$".60A formés par l’association de feuillets par des liaisons hydrogènes IP 9 5*#$,0% 60% g H=<#*5H$60% <0% BB% 3H"#8/% *2 5*6"$#0% %*,+ %$+2/0% U l’intérieur pour délimiter ! un canal rempli d’eau, laissant passer les molécules d’eau de façon très restreinte les R hydrophobes des AAs sont situées vers l’extérieur = membrane. !
2'66"/"3."- -./!).!/"- ."/.'1'/"->HAC>AH= 9A<=H,=;H:ABL= NrC:7B=?,C:7B sO Correspond à des hélices alpha composées d’une séqu 0,30 <0 \ BB%C