Examen Cytobacteriologique Des Urines IPA

Institut Ins titut Pa Pa ste teur ur d ’A lg lgé é ri rie e Tec hni hniq q ues Mic rob iolog ique s

Exa m e n Cy to b a c té rio log iq ue d es Urines

(E.C.B.U)

F. Djennane D. Moham Moham med i D. Tiouit D. To ua ti K. Rahal Ed itio n 2009

IPA – Techniques Microbiologiques

Examen Cytobactériologique des Urines

Ed. 2009

Déja parus dans la collection collection : Institut In stitut Pasteur d’Algérie Techniques Microbiologiques:

- M.N Ouar-Korichi-H.Senou Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal ci-K.Rahal Di agn agnos ostt i c bact bact éri ologique et et sérol og ogii que de la br ucell ucell ose. ose. ere ANDS 1998, 1 édition, 33pages - R.Bellouni-H.tali-Maamar-K.Raha R.Bellouni-H.tali-Maamar-K.Rahall Etude cytobactériologique et céphalorachidien. ANDS 2000. 52pages

biochimique

du

liquide

- A.Benslimani-K.Rahal. Pr élèvemen élèvementt s génit génit aux. ANDS 2001. 128 pages. - A.S Merad-H.Tali-Maamar-K Merad-H.Tali-Maamar-K.Rahal .Rahal Di ag agno nos st i c bac bactt éri ologi ologi que et an antt i biot hé hérapi rapi e de des s inf ect ect ions oculai oculai r es . ANDS 2003 . 40 pages. - M.N Ouar-Korichi-H.Senou Ouar-Korichi-H.Senouci-K.Rahal ci-K.Rahal Di agn agnos ostt i c bact bact éri ologique et et sérol og ogii que de la br ucell ucell ose ose humaine. ANDS 2005 2eme édition. 58 pages - N.Ramdani-Bouguessa-K.Rahal Di ag agno nos st i c bact bact éri ologi ologi que de des inf ect ect ions respi respi rat oir es ANDS 2006 . 48 pages. - M.Azouaou.M.Lazri.S.Mahran M.Azouaou.M.Lazri.S.Mahrane.H.Senouci e.H.Senouci Di ag agno nos st i c de la di pht éri e ANDS 2007 . 94 Pages

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Ed. 2009

SOMMAIRE CHAPITRE I................................................................................................................ I ................................................................................................................4 4 INTRODUCTION .......................................................................................................... 5 GENERALITES............................................................................................................. GENERALITES ............................................................................................................. 6 RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGIQUE .................................................................................. 7 Rappel anatomique ............................................................................................... 7 Portes d'entrées ..................................................................................................10 Facteurs favorisants l’infection urinaires ....................................................................11 Moyens de défense de l’hôte ..................................................................................12 RAPPEL CLINIQUE ..................................................................................................... 14 Cystite .............................................................................................................14 Pyélonéphrite ....................................................................................................14 Prostatite .........................................................................................................14 LE PRELEVEMENT ...................................................................................................... 16 Indications de l’E.C.B.U ........................................................................................16 Les conditions du prélèvement prélèvement ................................................................................17 Le matériel ....................................................................................................17 Moment du prélèvement ....................................................................................18 Toilette ........................................................................................................18 Recueil des urines ...........................................................................................18 Prélèvement d’urine pour des recherches recherches spécifiques .................................................23 Transport ......................................................................................................24 Conservation ..................................................................................................24 CHAPITRE II ............................................................................................................. 25 Examen cytobactériologique cytobactériologique des u rines........................................................................... rines ...........................................................................26 Examen macroscopique ...............................................................................................26 Détermination du PH urinaire ...................................................................................... 26 Examen microscopique .............................................................................................. 27 Examen à l’état frais ............................................................................................27 Examen direct après coloration ...............................................................................33 Culture .................................................................................................................. 35 Techniques d’ensemencement ................................................................................35 1- Méthode de référence : Méthode de KASS Modifiée .................................................35 2- Méthode à l’anse calibrée ...............................................................................36 3- Lames immergées.........................................................................................37 immergées .........................................................................................37 4- Tests rapides ..............................................................................................38 5- Techniques à base de milieux chromogéniques ......................................................40 Choix des milieux de culture ...................................................................................44 1- Milieux pour numération bactérienne .................................................................44 2- Milieux d’isolement......................................................................................44 d’isolement ......................................................................................44 Incubation.........................................................................................................45 Incubation.........................................................................................................45 Aspect des colonies..............................................................................................45 colonies ..............................................................................................45 Identification biochimique des colonies ......................................................................48 1- Caractéres biochimiques d’orientation rapide .......................................................48 2- Identification classique ..................................................................................49 3- Identification rapide (API system)......................................................................50 system) ......................................................................50 4- Identification des colonies sur milieux chromogènes chromogènes ...............................................51 5- Identification antigénique antigénique ...............................................................................52 6- Antibiogramme ...........................................................................................52 Chapitre III.............................................................................................................. III .............................................................................................................. 53 Interprétation de l’ECBU ............................................................................................ 54 Interprétation Interprétation selon la bactériurie bactériurie et la leucocyturie......................................................... leucocyturie......................................................... 55 Interprétation Interprétation selon selon les germes ................................................................................... 60 Interprétation Interprétation chez le transplanté rénal......................................................................... rénal ......................................................................... 62 Chapitre VI ............................................................................................................. 63 Epidémiologie .......................................................................................................... 64 Annexe .................................................................................................................. 70 Références bibliographiques....................................................................................... bibliographiques ....................................................................................... 74

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CHAPITRE I

IPA – Techniques Microbiologiques Microbiologiques


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INTRODUCTION L’infection urinaire est une pathologie fréquente, c’est ainsi qu’elle constitue le principal motif d’exploration microbiologique (l’examen cytobactériologique des urines représente plus de la moitié des examens bactériologiques), de même qu’elle est la 2 ème pathologie infectieuse rencontrée en pratique extra hospitalière et nécessite un traitement antibiotique, d’où des conséquences sur le coût des soins et le développement des résistances. Si l’ECBU permet un diagnostic formel de toute infection, sa qualité est conditionnée par un bon prélèvement, une technique rigoureuse au laboratoire et l’utilisation de critères d’interprétation reconnus. La prise en charge correcte d’une infection urinaire nécessite la prise en compte de 4 éléments décisionnels : •

Clinique :

- Sexe du patient L’infection : sièges, symptômes, étiologie, évolution, complexité -

•

•

•

Bactériologique :

Bactérie : - Espèce - Sensibilité aux antibiotiques

Epidémiologique : Connaître les résistances régionales ou nationales.

bactériennes

locales,

Pharmacologique : Antibiotiques Diffusion Demi–vie… -

-

Le diagnostic de la tuberculose sera seulement évoqué pour les raisons suivantes : Symptomatologie et circonstances de découverte souvent différents Méthodes de diagnostic bactériologique différentes Germe particulier (mycobactéries) Atteinte souvent mixte (appareil génital et urinaire) Traitements différents. -

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Chapitre I : Généralités

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GENERALITES Les infections des voies urinaires sont définies par la présence d’un nombre significatif de bactéries qui se développent au niveau des voies excrétrices urinaires hautes ou basses. Il existe trois types d’infections urinaires selon l’organe de l’appareil urinaire qu’elle touchent : •

•

•

La cystite ou l’infection de la paroi vésicale avec pullulation pullulation bactérienne dans les urines. La pyélonéphrite ou infection du parenchyme rénal La prostatite ou infection de la prostate

Une autre situation infectieuse urinaire est constituée par la bactériurie asymptomatique ou la colonisation, ainsi dénommée en l’absence de signes cliniques urinaires d’orientation, elle correspond à l’une des 3 infections précédentes. L’infection est dite « simple » en l’absence d’anomalies urologiques décelables ou jouant à l’évidence un rôle dans sa survenue et / ou sa présentation. Elle est dite « compliquée » (à ne pas confondre avec une infection urinaire grave ou sévère) lorsqu’une anomalie urologique haute ou basse entraîne une stase urinaire ou lorsqu’un corps étranger tel un calcul même minime constitue un gîte bactérien. Les infections urinaires peuvent être compliquées également par une maladie générale : insuffisance rénale, maladie de système notamment diabète ou maladie immunosuppressive (cancer, SIDA), ou traitement immunosuppressif au long cours. Sont aussi considérées comme compliquées la pyélonéphrite aiguë survenant chez la femme enceinte et d’une façon plus générale les pyélonéphrites aiguës de l’homme.


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RAPPEL ANATOMOPHYSIOLOGI ANATOMOPHYSIOLOGIQUE QUE Rappel anatomique -

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L’appareil urinaire s’étend des reins au méat urétral Au niveau du rein, des papilles calicielles s’opposent au reflux intra rénal Des mouvements péristaltiques urétéraux favorisent l’écoulement de l’urine du rein vers la vessie Un système anti reflux au niveau de la la jonction urétéro-vésicale urétéro-vésicale évite le reflux des urines vers le rein lors de la miction La vessie s’évacue par l’urètre. Un double sphincter existe au niveau de la jonction urétro-vésicale et assure la continence : sphincter lisse : à commande réflexe sphincter strié : à commande volontaire • •

Schema de l’arbre urinaire

SCHÉMA DE DE L’ APPAREIL APPAREIL URINAI URINAIRE RE (coupe (coupe fr ont ont ale)


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Schém chémaa de l’ apparei l ur o-gén o-génii t al f émini émini n (Coupe (Coupe sagit sagit t ale)


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Schém chémaa de l ’ apparei l uro-génit uro-génit al mascu masculili n ( coupe coupe sagit sagit t ale )


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Portes d’entrées Tout l’arbre urinaire est physiologiquement stérile, à l’exception des derniers milimètres de l’urètre et ceci, bien que l’urine soit pour de nombreux germes un bon milieu de culture, l’infection peut se faire par plusieurs voies. 1- Colonisation par voie ascendante :

Elle est la plus fréquente, les germes d’origine intestinale ou périnéale cheminent le long de l’urètre jusqu’à la vessie.  La contamination est spontanée ou provoquée. Spontanée : Normalement, l’urine et l’arbre urinaire sont stériles sauf les derniers millimètres de l’urètre La bactérie migre au niveau du périnée puis le méat urinaire, remonte le long de de l’urètre et colonise la vessie : signes de cystite L’infection peut se propager vers l’uretère, le rein (pyélonéphrite), la prostate (prostatite). •

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Provoquée (infection iatrogène) Le germe est apporté de l’urètre vers la vessie par des manœuvres instrumentales :cystoscopie, cathétérisme vésical et sonde vésicale. -

2- Colonisation par voie hématog h ématogène ène -

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Plus rare que la voie ascendante Contexte de sepsis généralisé Contamination du rein donnant une pyelonéphrite ou plus rarement un abcés du rein Est plus fréquente chez le nouveau né

3– Autre voie (Exceptionnellement) : -

Urines infectées par effraction de l’arbre urinaire : traumatisme, tumeurs, fistules ….


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Facteurs favorisants l’infection urinaire 1- Facteurs F acteurs liés à la bactérie bactérie elle même :

a. facteurs d’adhésion (fimbriae) et autres facteurs non spécifiques, non liés aux fimbriae : Pour échapper aux mécanismes de défense de l’hôte, les bactéries uropathogènes développent de nombreux mécanismes pour adhérer et envahir les tissus. •

Escherichia coli Produit des facteurs modulant sa virulence dans le tractus urinaire (résistance à la phagocytose et à l’action du complément) : -

** Adhésine Sont des sites de glycoreconnaissance essentiellement fimbriale mais aussi à la surface de la bactérie On distingue distingue : - Adhésine type 1 mannose mannose sensible. Adhésine type 2 mannose résistante. ** Toxi nes nes Toxine cytotoxique nécrosante Hémolysine alpha :  Cytotoxique pour les cellules rénales épithéliales  Permet aux bactéries de s’encapsuler et d’échapper à la réaction inflammatoire  Libère le fer héminique et favorise sa biodisponibilité -

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** Ant i gène gène de surf ur f ace AgO : portion externe du Lipopolysacharide de la membrane externe de paroi. Agk : polysaccharide capsulaire. -

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•

Proteus mirabilis Le pouvoir d’adhérence par son adhésine la Proteus mirabilis fimbriae (PMF) est médiocre ce qui exliquerait sa rareté dans les infections urinaires urinaires habituelles. Cependant, Cependant, il possède possède une uréase qui entraîne la production d’urine alcaline favorisant la production de calculs. Flagelles : progression dans l’arbre urinaire Hémolysine et protéase Uréase : production d’ammoniac qui entraîne une alcalinisation de l’urine. -

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Staphylococcus saprophyticus : Il adhère fortement à l’urothélium par des lésions relatives à un résidu lactosamine. Son pouvoir pathogène est amplifié par la production du slime. Pseudomonas aeruginosa possède une capsule polysaccharidique épaisse qui le protége de la phagocytose et de la fixation par les anticorps. b. l’inoculum bactérien : quantité des bactéries qui arrivent au niveau du tractus urinaire •

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•

2- Facteurs liés à l’environ l’environnement nement : •

Le principal facteur c’est le pH Le pH urinaire urinaire est acide, donc inhibe la croissance bactérienne. bactérienne. Une variation du pH urinaire vers l’alcanisation entraîne une multiplication bactérienne.

3- Facteurs F acteurs liés à l’hôte

a- Anomalies morphologiques de l’arbre urinaire b- L’immunité humorale : (rôle des IgA sécrétoires dans la défense vis-àvis des agressions bactériennes : leur diminution peut entrainer une augmentation du taux d’infection du tractus urinaire). c- Faible réponse immunitaire de l’hôte : grossesse, diabète, manœuvre instrumentale (sondage), jeune enfant d- Hygiène de vie : boissons en quantité insuffisante.

Moyens de défense de l’hôte •

Diurèse importante (1,5l/j) : le flux d’urine délivré par les reins dilue la concentration d’urine

•

pH acide des urines (< 5,5)

•

Osmolarité faible (< 200 milliosmoles)

•

Concentration élevée d’urée urinaire et autres acides organiques. Une modification entraîne entraîne soit une augmentation augmentation du PH et donc augmentation augmentation des risques d’infections, soit à l’inverse une diminution du PH (acidification des urines) et donc diminution du risque d’infection.


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Chez l’homme : Sécrétions prostatiques acides Longueur de l’urètre -

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Intégrité de la muqueuse vésicale avec une couche de mucopolysaccharides acides. La proteine de Tamm-Horsfall (secrétée par le rein) inhibe les fimbriae et améliore la cléarance bactérienne lors de la miction. Rôle bactéricide du mucus vésical La présence d’IgA sécrétoires empêche l’adhérence des bactéries sur les cellules épithéliales.


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RAPPEL CLINI CLINIQUE QUE

Cystite C’est l’infection de la vessie, elle se manifeste par un ou plusieurs des signes suivants : Dysurie habituellement associée à une pollakiurie Un besoin impérieux de miction Des brûlures mictionnelles Une douleur supra-pubienne -

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La cystite isolée ne s’associe ni à de la fièvre ni à des douleurs lombaires Pyélonéphrite Le syndrome infectieux signe l’atteinte parenchymateuse. La fièvre peut s’accompagner de frissons évocateurs d’une bactériémie. Les douleurs lombaires et/ ou abdominales orientent vers une pyélonéphrite aiguë. Ces lombalgies sont en règle générale unilatérales à irradiation descendante vers le pubis et les les organes génitaux génitaux externes, elles peuvent s’accompagner de signes digestifs tels que nausées et vomissements. A l’examen les fosses lombaires sont souvent empâtées. Prostatite Prostatite aiguë

Comme pour la pyélonéphrite aigue l’atteinte du parenchyme prostatique s’accompagne de fièvre et de frissons. La prostate est très douloureuse, tendue associant un ou plusieurs signes cliniques : Pollakiurie Rétention aiguë d’urines Parfois tableau de septicémie -

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La prostatit prostatite e chron chronique ique : Elle est souvent pauci symptomatique, on peut

trouver :

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Une douleur périnéale Une dysurie Des brûlures mictionnelles Des douleurs pelviennes Des douleurs scrotales Une éjaculation douloureuse Une hémospermie

Elle est souvent à l’origine d’infection asymptomatique récidivante chez l’homme.

urinaire

ou

bactérienne

Abcés du rein

C’est une maladie rare et de pronostic grave sans traitement. Son diagnostic est soupçonné sur la clinique, (état général altéré, fiévre prolongée, frisson, douleur lombaire unilatérale par la palpation) et la biologie (hyperleucocytose, VS accélerée, ECBU négatif). Il est confirmé par l’imagerie (Echographie, UIV, angiographie du rein). L’abcés du rein est consécutif à une bactérièmie ou à une pyélonéphrite non ou mal traitée. traitée.


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LE PRELEVEMENT Le Prélèvement d’urine est une étape essentielle dans le diagnostic d’une infection urinaire, sa bonne exécution conditionne la qualité de l’examen cytobactériologique des urines, son but est de récupérer les urines vésicales et d’éviter leur contamination par la flore de la région périnéale. Indications de l’E.C l’E.C.B.U .B.U Situations cliniques qui conduisent à demander un ECBU. 1- Syndrome douloureux

Douleurs lombaires, douleurs pelviennes, brûlures mictionnelles (per, pré ou post miction) sensibilité au toucher rectal de la prostate (prostatite). ( prostatite).

2- Troubles fonctionnels de la miction

Pollakiurie, incontinence urinaire, rétention urinaire, énurésie secondaire chez l’enfant. 3- Fièvre inexpliquée inexpliquée : Elle représente dans ce cas un signe en faveur de la

pyélonéphrite et de la prostatite. Chez le nourrisson et l’enfant la température peut atteindre 39° - 40°.

4- Aspect anormal des urines : Hématurie et/ou trouble. 5- Cas particuliers du nouveau né et du nourrisson nourr isson

Il n’existe aucun signe spécifique. Il faut savoir évoquer le diagnostic et faire un ECBU devant des signes parfois trompeurs : Fièvre variable (parfois très élevée, pouvant entraîner une convulsion inaugurale, mais souvent modérée ou totalement absente) Septicémie surtout avant l’âge de 02 mois Mauvaise prise de poids ou cassure de la courbe pondérale Ictère persistant. -

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6- Infection Infection urinaire asymptomatique asymptomatique :

En cas de déficience immunitaire : Diabète Grossesse Transplantation rénale.

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7- L’ECB des urines peut également être réalisé avant tout geste invasif sur l’appa l’appareil reil urogénital ur ogénitale, e, qu’il soit à but diagnostic (U.C.R, Cystoscopie, résection per endoscopique) ou thérapeutique (intervention chirurgicale).


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Les conditions du prélèvement : Le prélèvement doit être effectué en respectant certaines conditions indispensables pour assurer une bonne interprétation de l’E.C.B.U Le matériel

Le matériel pour la réalisation du prélèvement doit être stérile : pour ceci on utilise : Des pots stériles à usage unique ou des tubes à col large stériles. -

On peut avoir recours à d’autres matériels en fonction de l’âge, de l’état du malade ou de la technique utilisée : Sachet collecteur pédiatrique Sonde, cathéter ou étui pénien Aiguille montée sur une seringue

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Antiseptiques non irritants (dakin ou chlorhexidine) ou savon neutre (savon de Marseille) Compresses stériles ou une serviette propre Gants stériles (sondage, ponction sus pubienne…)


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Moment du prélèvement Antiobiothérapie Antiobiot hérapie : Le prélèvement doit être effectué sur les urines du matin. En cas d’urgence on peut réaliser le prélèvement à n’importe quel moment de la journée à condition que les urines aient séjourné au moins trois heures dans la vessie à savoir trois heures entre la dernière miction et le prélèvement pour l’analyse. La miction est un moyen de défense mécanique de la vessie et permet d’éliminer les bactéries. Quand les mictions sont fréquentes elles peuvent aboutir à un résultat r ésultat faussement négatif. Toilette Après un lavage hygiénique des mains, la toilette locale doit être êtr e effectuée en réalisant une toilette de la région uro-génitale avec un antiseptique doux (dakin, chlorhexidine) ou un savon neutre (savon de Marseille) : Chez la femme :

La toilette est réalisée au niveau de la région vulvaire d’avant en arrière pour éliminer les germes vulvovaginaux et digestifs.

La toilette concerne le méat urinaire (verge, gland) et après rétraction du prépuce (décalotter le prépuce) pour le garçon non circoncis. Aussi bien chez la femme que chez l’homme, on rince abondamment à l’eau claire, pour éliminer l’antiseptique qui peut entraver la culture des bactéries, et essuyer avec une compresse stérile ou une serviette propre. Le prélèvement des urines doit être effectué avant toute antibiothérapie. Une fenêtre thérapeutique de 48h à 72h est réalisée si le malade est sous traitement antibiotique. présentant une malformation de l’arbre urinaire avec une Chez un enf ant antibioprophylaxie, le prélèvement est réalisé malgré la présence de l’antibiotique. Pour un contrôle, d’une infection urinaire traitée, le prélèvement doit être réalise 48 h après l’arrêt du traitement antibiotique. Chez l’homme :

Recueil des urines Il existe plusieurs techniques de prélèvement adaptées à l’âge et à l’état du malade, mais toutes doivent être soumises aux conditions d’asepsie rigoureuse. - La technique du milieu du jet : Cette technique est simple et réalisée chez des malades autonomes et coopérants adultes et enfants de plus de deux ans. Elle est réalisée chez l’enfant de plus de 02 ans et et chez l’adulte (homme et femme). Chapitre I : Généralités

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Elle consiste à éliminer le premier jet urinaire (20 ml) qui peut contenir jusqu’à 104 UFC/ml de bactéries provenant de la flore urétrale, le milieu du jet qui correspond à l’urine vésicale est récupéré dans un pot stérile qui n’est ouvert qu’à la fin de la toilette sans toucher le bord supérieur du récipient, et après élimination du dernier jet, le tube est fermé hermétiquement. Chez la femme il faut écarter les grandes lèvres, et en cas de leucorrhées importantes il faut placer une compresse au niveau de la région vulvaire, afin d’éviter toute contamination par la fore vaginale. - Sachet collecteur : Le collecteur ou la poche à urine est une technique simple simple et non invasive. invasive. Elle est réservée aux nouveaux nés et nourrissons qui ne font pas de miction à la demande. Le collecteur d’urine présente une partie adhésive qu’on colle sur la région périnéale préalablement désinfectée et essuyée afin d’assurer son adhérence et éviter le contact avec la partie anale. Le collecteur est laissé en place vingt à trente minutes. Si le nourrisson n’a pas uriné au bout de 30 mn, il faut placer un nouveau collecteur après une nouvelle toilette ; la miction peut être stimulée en donnant à boire au nourrisson. À la fin de la miction on retire le collecteur et on le ferme en collant les parties adhésives entre elles. 

Chaque laboratoire doit disposer de fiches techniques pour expliquer la toilette, la technique du milieu du jet ainsi que celle du sachet collecteur, car ces deux techniques sont réalisées souvent à la maison par le malade ou son parent.

- La ponction sus pubienne pubienne La ponction sus pubienne permet de récuperer les urines intra vésicale, mais c’est un acte invasif de pratique peu courante. La ponction de vessie est un acte médical invasif, réalisée chez les nourrissons fébriles nécessitant une antibiothérapie en urgence, ainsi que devant des résultats douteux sur plusieurs prélèvements réalisés par voie basse. Chapitre I : Généralités

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Elle est réalisée au moins 4 heures aprés la dernière miction (vessie pleine) afin de visualiser le globe vésical. Le nourrisson est allongé, les régions sous ombilicale et sus pubienne sont nettoyées puis badigeonnées d’alcool iodée, le médecin porte des gants stériles et ponctionne avec une seringue stérile verticalement sur la ligne médiane en plein matité à un centimètre au dessus de la symphyse pubienne. L’urine est aspirée, l’aiguille est capuchonnée et le point point de ponction est comprimé. - Sondage vésical ou Cathétérisme vésical : C’est une technique invasive

indiquée dans des cas particuliers tel que : Rétention vésicale, Problème d’incontinence chez les personnes âgées et chez la femme Cette technique est à éviter car elle présente des risques d’infections iatrogènes lors de la pose de la sonde et doit être réalisée dans les conditions d’asepsie rigoureuse.


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On distingue différents systèmes systèmes de sondage sondage vésical : -

Le sondage à demeure avec un système ouver t :

Le prélèvement est réalisé par ponction au moment de la miction des urines avec une seringue stérile au niveau de la paroi de la sonde après désinfection et clampage en aval, le point du prélèvement est obturé par du sparadrap. Ce prélèvement n’est pas représentatif de l’urine vésicale car les bactéries adhèrent à la paroi de la sonde et un biofilm se forme autour d’elle. Il est donc préférable de réaliser le prélèvement au moment du changement de la sonde, si possible. -

Le sondage à demeure avec sy stème clos :

Cette technique est plus representative, car elle s’oppose à la colonisation colonisation par les bactéries grâce aux valves anti retour. Il existe un site de prélèvement et un site de drainage du collecteur . L’urine doit être prélevée au niveau du site de prélèvement sur la tubulure de la poche après sa désinfection avec un antiseptique. L’urine est recueillie à l’aide d’une seringue stérile. 

Pour les deux types de sondage, le prélèvement au niveau de la poche de collection des urines est proscrit car il y a une pullulation microbienne importante.

- Le sondage urinaire intermittant : Il est réalisé uniquement au moment

du prélèvement en introduisant une sonde urinaire dans la vessie. Le recueil de l’urine se fait directement dans un tube stérile.

- Cathétérisme urétéral : Il permet d’avoir les urines du rein gauche ou

droit, après désinfection de l’extrémité de la sonde, on recueille les urines en demandant au malade en décubitus latéral de tousser à plusieurs reprises. - Cathétérisme sus pubien : Il constitue le seul moyen pour réaliser un

prélèvement quand l’urètre n’est pas accessible ou trop abîmé, c’est un mode de drainage drainage assez confortable mais il nécessite un spécialiste pour la technique. En cas d’urétérostomie et sans sondage, le prélèvement est réalisé avec un collecteur d’urine après après un nettoyage de la stomie urinaire Chapitre I : Généralités

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- Etui pénien :

Le prélèvement par l’intermédiaire d’un étui pénien est réalisé en cas d’incontinence sans rétention urinaire, ce système est non traumatisant et reste confortable pour le malade,il est préféré au sondage pour le sexe masculin. Si le malade porte déjà un étui pénien il faut l’enlever, réaliser une toilette et placer un nouvel étui pénien avec un sac vidangeable. L’étui pénien, comme le sac collecteur, ne doit pas être gardé plus de vingt à 30 minutes. Les urines sont recueillies directement de l’étui penien, a travers son orifice, vers le pot stérile.

-

Cas particulier de la pro prostatite statite : dans ce cas le prélèvement est réalisé

selon la technique de MEARS-STAMEY. Après une abstinence sexuelle d’au moins 03 jours et après une toilette soigneuse, on récupère les premières urines et 10ml du milieu du jet. Après arrêt de la miction, le médecin pratique un massage prostatique et les gouttes du liquide prostatique tombent directement dans le pot stérile, les trois pots sont étiquetés avant d’être envoyés au laboratoire


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Prélèvement d’urine pour des recherches spécifiques Recherche de mycobactéries : Après une restriction hydrique, on récupère la

totalité des urines du matin, trois jours de suite dans des conditions d’asepsie rigoureuse Recherche des leptospires : A partir de la deuxième semaine de l’infection,

les leptospires sont excrétées dans les urines urines de façon intermittente mais prolongée. Il faut donc répéter le prélèvement et le réaliser de de préférence au laboratoire car il faut des urines fraîchement émises encore tièdes afin de réaliser un examen examen direct avec avec un microscope à fond noir ou une culture sur sur milieux spéciaux. Recherche Recherch e de gonocoque : Dans le cas d’urétrite gonococcique sans

écoulement purulent, la recherche du gonocoque peut être effectuée sur le premier jet urinaire. Recherche de mycoplasmes : Réaliser un prélèvement urétral sans miction

depuis trois heures, avec un écouvillon ou une anse calibrée. Ce prélèvement est associé au premier jet urinaire et aux secrétions prostatiques. Recherche Recherch e de chlamydia : Réaliser un prélèvement urétral avec un écouvillon

extra fin ou une curette ophtalmologique par grattage afin de ramener un maximum de cellules. Les urines sont à proscrire car elles sont souvent toxiques pour la culture cellulaire. Recherche d’anaérobies : Réalisée sur des urines prélevées par ponction

vésicale.


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Transport Le tube est fermé hermétiquement et étiqueté correctement portant nom, prénom et heure heure du prélèvement. prélèvement. Le tube tube doit contenir 10 à 20ml d’urine accompagné d’une fiche de renseignements qui doit comporter : L’identité du malade. L’origine du malade hospitalisé ou externe. Pathologie existante. Notion d’intervention d’intervention chirurgicale sur l’appareil urinaire. Les signes cliniques. La prise ou non d’antibiotiques, avec le nom de (ou des)antibiotique(s) et la posologie ainsi que la durée de prise. La technique de prélèvement pratiquée. •

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•

•

•

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•

Ces renseignements jouent un rôle très important et permettent une interprétation adéquate selon les différents cas qui peuvent se présenter. Le transport doit être être rapide et ne doit pas dépasser dépasser trente minutes après la miction. Si le transport transport nécessite une une à deux heures, l’urine est placée dans de la glace glace afin d’éviter d’éviter les faux faux positifs car à température température ambiante on a une pullulation bactérienne. Conservation L’urine peut être conservée douze à vingt quatre heures à +4°C sans effet sur la bactériurie, néanmoins la leucocyturie en sera altérée. La conservation est donc à éviter sauf en cas de nécessité.


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CHAPIITRE II CHAP Examen Ex amen cytobactériol cytobactériologi ogique que des urines



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Examen cytobac cytobactériolog tériologique ique des urines ur ines Examen macroscopique Aspect des urines : l’urine normale est claire. Un aspect trouble peut être dû à une infection urinaire mais aussi à la présence de cristaux ou de sels amorphes. Technique : Homogénéiser l’urine par retournement ou par agitation mécanique et noter l’aspect limpide ou trouble et la présence d’une éventuelle hématurie

Détermination Déterminati on du PH urinaire u rinaire Le but étant d’évaluer l’état d’acidité ou d’alcalinité des urines. Principe :

Mesure de la concentration en ions H+. Technique :

Recueil des urines fraîches fraîches à l’abri de de l’air et mesure mesure du pH grâce à l’électrode d’un pH-mètre. Celui çi doit etre calibré avec des solutions tampon pH = 4 ou 10 et pH = 7. Les valeurs doivent être à peu près les mêmes. Une seconde méthode, plus simple, fait appel à des bandelettes revêtues de deux indicateurs colorés et dont le changement des couleurs allant de l’orange au bleu couvre une gamme de pH de 5,0 à 8,5. La réalisation de ce test s’effectue également sur urines fraîches. Résultats :

Le pH normal des urines varie de 4,5 à 7,8 en fonction de l’alimentation et des modifications du pH sanguin. En cas d’infection urinaire, en particulier à germes uréasiques, il existe une alcalinisation intempestive. Physiologiquement, on observe une acidose de jeûne (la nuit) et une alcalose post-prandiale. Interprétation Interprétat ion et intérêts

C’est un examen fiable permettant l’interprétation des désordres acidobasiques et l’aide au diagnostic ou à la surveillance d’un certain nombre d’affections dans : -

-

-

Le diagnostic des acidoses tubulaires ; L’exploration des lithiases uriques ou cystiniques (on sait que la solubilité de ces cristaux est beaucoup plus grande en milieu alcalin) ; La surveillance des infections urinaires récidivantes ou à germes uréolytiques (il est alors important d’assurer un pH urinaire acide).

Chapite II : Examen Cytobactériologique des Urines

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Examen microscopique Cet examen doit être effectué dans les deux heures qui suivent le prélèvement afin de limiter l’altération des éléments cellulaires.

Examen à l’état l’état frais C’est un examen qui se fait entre lame et lamelle sur cellule hématimétrique ou sur cellule normale normale ; il présente de ce fait fait un double intérêt intérêt : Quantitatif : Numération des éléments cellulaires Qualitatif : Description des différents éléments cellulaires.

a- Numération de l’urine entière sur cellule à numération : -

Cellule de Malassez

Elle permet la numération des leucocytes par mm3 La cellule de Malassez (de profondeur 0.2 mm) est constituée de 10 bandes verticales de 0.25 mm de large et de 10 bandes horizontales de 0.20 mm de large formant 100 rectangles. Le volume de la cellule est de 1 mm 3. Chaque rectangle quadrillé représente 1/100 mm 3. Selon que la leucocyturie est plus ou moins importante, les leucocytes sont comptés dans un volume différent : de un rectangle pour les fortes leucocyturie à la cellule entière pour les leucocyturies voisines des valeurs normales. -

Cellule de Nageotte

La cellule de Nageotte est de 10mm de largeur sur 10mm de longueur avec une profondeur de 0.5mm et un volume total correspondant a 50mm3 ; le dénombrement des élements se fait sur 04 bandes ; le chiffre total obtenu est divisé par 5 pour ramener le dénombrement au millimètre cube. Valeurs normales : le nombre de leucocyte est habituellement inférieur à 5000 par ml d’urine. Une leucocyturie supérieure à 3 10 000 par ml (> 10/ mm ) est en faveur d’une infection urinaire. b- Entre lame et lamelle (Culot de centrifugation):

Le culot peut être obtenu par centrifugation de l’urine à une vitesse moyenne de 1000 tours min ou en laissant l’urine décanter. L’expression quantitative de la leucocyturie s’opère par examen du culot urinaire entre lame et lamelle, à l’objectif 40 x (nombre de champs à parcourir dizaine / cinquantaine).


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Nombre de leucocytes par champs microscopiques

Expression du résultat

0-5

Rares leucocytes (= valeur normale)

5-10

Quelques leucocytes

10-20

Leucocytes en quantité un peu supérieure à la normale

Plus de 20 leucocytes isolés et intacts

Nombreux leucocytes intacts

Paquets de plus de 20 leucocytes agglutinés et altérés

Nombreux leucocytes altérés et présence de pus

Paquets de plus de 50 leucocytes agglutinés et altérés

Pus abondant

Chez l’enfant :

Garçon : 0-10 Fille : 0-50

Rares leucocytes (=valeurs normales)

L’expression quantitative des hématies se fait par le même procédé : Nombre d’hématies observées par champ microscopique

Expression du résultat sur la fiche d’examen

0-5

Rares hématies (= valeur normale)

5-10

Hématies en quantité un peu supérieur à la normale

10-20

Hématies assez nombreuses

Supérieur à 20

Nombreuses hématies

c- Description des éléments de l’urine sur une préparation pr éparation à l’état l’état frais frais

L’examen de l’urine totale entre lame et lamelle (à x 40) permet de distinguer les éléments suivants : 1- Les leucocytes Lorsqu’ils sont intacts, ils se présentent comme des disques granuleux à l’intérieur desquels le noyau apparaît plus réfringent ; lorsqu’ils sont altérés, les leucocytes ont des contours irréguliers, fripés. La présence de leucocytes dans les urines signe l’existence d’une réaction inflammatoire. Cependant de véritables réactions inflammatoires peuvent ne pas s’accompagner d’une leucocyturie élevée (foyer inflammatoire bien circonscrit, dilution des urines, lyses des leucocytes dans l’échantillon) La présence de leucocytes en amas témoigne de l’ouverture d’un foyer inflammatoire (micro-abcés). L’altération des leucocytes peut être liée à de mauvaises conditions de conservation du prélèvement avant son examen.


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2- Les hématies hématies :

Intactes , elles se présentent comme de petits disques de sept mm de diamètre aux bords plus réfringents ; altérées, elles ont un aspect en oursin : petits disques de cinq à six mm de diamètre, hérissées de spicules périphériques. La présence d’hématies témoigne d’une lésion des muqueuses de l’appareil urinaire. Au-delà de 5 hématies par champs, le passage des globules rouges dans les urines peut être considéré comme pathologique ; les hématies intactes ont une forte probabilité de provenir de la vessie ou de l’urètre. Les hématies altérées viennent du rein. L’hématurie s’observe : -

-

-

-

-

dans les formes hémorragiques des néphrites : on pourra alors découvrir des cylindres hématiques à l’examen du sédiment. dans le cas d’une atteinte glomérulaire. dans les cystites hémorragiques tuberculeuses, gonococciques, à germes banaux. dans la tuberculose rénale. l’hématurie peut être associée à d’autre affections d’étiologie non infectieuse : cancer, lithiase rénale, tumeurs de la vessie.

3- Les cellules épithélial épithéliales es : Peuvent être observées dans les urines : des cellules rénales, urétérales vésicales et urétrales.

4- Les cylindres

Cylindres granuleux

Cylindres hyalins


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Les cylindres sont des éléments de grande taille épousant la forme d’une partie du tubule rénal. Ils sont repérés à partir d’un examen entre lame et lamelle de l’urine totale à l’objectif x 10. Ils peuvent être exclusivement protéiques : Les cylindres hyalins. Ou alors plus rarement, ils peuvent provenir de la dégénérescence de cellules épithéliale : les cylindres granuleux. Une cylindrurie n’a pas une grande signification. On peut l’observer chez des individus normaux lorsque l’urine est très concentrée ou très acide, ou encore après un effort musculaire très intense. L’excrétion de cylindres hyalins peut accompagner d’autre part n’importe quelle protéinurie quelle qu’en soit l’origine. En règle générale la présence de cylindres signe une atteinte tubulaire. L’observation de cylindres hyalins en nombre important indique, par contre, une affection sévère du parenchyme rénal. La présence de cylindres granuleux est presque toujours pathologique et signe alors une néphrite grave. 5- Les cristaux urinaires

L’urine contient des substances peu solubles qui s’y trouvent pratiquement à l’état de solution saturée. Dans le cas d’une excrétion accrue de ces substances, celles-ci peuvent précipiter sous forme cristalline et on les retrouve dans l’urine. Les cristaux observés peuvent correspondre à un constituant normal de l’urine ou bien à un métabolite anormal dont elle est physiologiquement dépourvue. Certains cristaux sont retrouvés exclusivement dans une urine acide et d’autres dans une urine alcaline. Les cristaux amorphes sont souvent identifiés par le pH. Ainsi, si l’urine est alcaline, on identifie des phosphates amorphes, tandis que si elle est acide, on identifie des urates amorphes. Cette pratique est un peu risquée, car les phosphates amorphes et les triples phosphates sont possibles à un pH légèrement acide (6,5). Certaines situations cliniques, qui peuvent expliquer la formation de calculs, sont aussi susceptibles de favoriser la formation de cristaux. PH alcalin Phosphates amorphes Triple phosphates Biurate d’ammonium Phosphate de calcium Carbonate de calcium


pH acide Urates amorphes Acide urique Oxalates de calcium Cystine

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Cristaux de substances présents dans l’urine normale :

Des cristaux assez fréquents :

-

-

-

-

Oxalate de calcium : en forme d’enveloppe de lettre ou en cacahuète.

Acide urique : en losange, en carré, en fleur, en fins filaments rassemblés de couleur jaune ou brun rougeâtre.

Urates ammoniacaux magnésiens : en glomérules hérissés de pointe ou en paquets d’aiguille, jaune.

Phosphate triple : en couvercle de cercueil, en feuille de fougère, incolore réfringents.

Des cristaux moins fréquents :

-

-

-

Carbonate de calcium : très petits cristaux groupés par deux, ovoïdes, solubles dans l’acide acétique, incolores.

Sulfate de calcium : lames plates et longues isolées ou en paquets (urine acide).

Phosphate bi calcique : amas de lames en étoiles, incolores (urine alcaline ou neutre).


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L’observation en quantité importante de cristaux correspondant à une de ces substances doit être signalée. Elle peut être liée à une lithiase. Leur élimination en petite quantité n’a pas grande signification. Cristaux de substances anormalement présentes dans l’urine.

- Leucine : cristaux jaunâtres, de forme ronde avec nombreuses situations radiales (affection hépatique grave).

-

Tyrosine : cristaux longs et fins, aiguilles en bottes de foin (affection hépatique grave).

- Cystine : lames hexagonales incolores et très réfringentes (maladie héréditaire cystinurie).

-

Sulfamides : retrouvés retrouvés chez des malades traités aux sulfamides, sulfamides, leurs présences peuvent endommager le rein.

-

Cholestérol : plaque carrée avec coté en escalier, escalier, soluble soluble dans l’éther. Elément minéraux amorphes

-

Sont de deux types : •

Phosphates amorphes : petites granulations blanchâtres (Culot blanchâtre, urine alcaline ou neutre)

•

Urates amorphes : petits grains jaunâtres rassemblés en amas plus denses et plus larges que les phosphates (Culot rosé, urine acide)


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6- Les bactéries bactéries :

A l’état frais on peut apprécier la présence éventuelle de bactéries, leurs formes (cocci ou bacilles) et leurs mobilités.

7- Les parasites parasites : -

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Trichomonas vaginalis : parasite protozoaire globuleux, d’un diamètre de 15 µm en moyenne, mobile dans les urines fraîches ou il se déplace en tourbillonnant grâce à une membrane ondulante et 4 flagelles. Œufs de Schistosoma haematobium.

8- Autres éléments éléments : -

-

Levures : Elles présentent à l’état frais une forme sphérique ou ovalaire, de taille variable (5 à 12 mm). Certaines montrent un bourgeonnement à l’un de leur pôle. Spermatozoïdes : Peuvent être observés dans les urines fraîches. Mobiles, ils sont constitués d’une très petite tête (5 mm) prolongée d’un long flagelle souple de 50 mm.

Examen direct après coloration Le Bleu de méthylèn(BM)

Permet la différenciation des leucocytes (aspect morphologique), permet de visualiser la disposition des bactéries dans les cellules (intra ou extra cellulaire) et aussi d’apprécier le mode de groupement des bactéries. C’est une technique semi quantitative des éléments cellulaires. Les levures sont bien appréciées au BM. Un frottis confectionné a partir de l’urine totale bien mélangée, est séché et fixé puis coloré au BM ; ce frottis permet l’examen des éléments cellulaires dans des conditions moins traumatisantes que le Gram.


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Le GRAM

Permet d’apprécier l’importance de la population bactérienne, son caractère monomorphe ou polymorphe et la morphologie des bactéries : cocci ou bacille à Gram positif ou à Gram négatif (aspect morpho-tinctorial) et le mode de groupement des cocci. (Orientation pour la culture). Une goutte (10 ou 50 ul) d’urine non centrifugée est déposée sur une lame et séchée à l’air sans étalement, fixée puis colorée au Gram. (Une grande concentration de bactéries va migrer vers le sommet de la goutte).

Une bactériurie significative : N

Une pyurie significative :

≥

2 bactéries / champ

N > 10 leucocytes / champ correspondant à 104/ml


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CULTURE Techniques d’ensemencement 1- Méthode de référence : Méthode de KASS Modifiée -

Déscription de la technique

0.1 ml d’urine bien mélangée est diluée dans 9.9 ml d’eau distillée stérile à l’aide d’une pipette calibrée à 0.1 ml ; puis 0.1 ml de cette dilution est ensuite aussitot étalée sur une gélose nutritive avec un râteau préalablement stérilisé. Une double dilution de l’urine est effectuée dans certaines situations : sondés et paraplégiques. paraplégiques. (Voir annexe pour schéma des dilutions). On ensemence parallèlement l’urine non diluée sur un milieu sélectif (hektoene ou BCP ou Mac Conkey qui permet d’inhiber l’envahissement du proteus) ou enrichie (Gélose au sang) dans le cas ou on suspecte à l’examen direct ou au Gram des germes exigeants ou déficients. -

Lecture :

La numération se fait selon la formule de Kass : Ou :

N=n.102 .10 bactérie / ml n : Nombre de colonie sur la boîte. 102 : Inverse de la dilution. 10 : Inverse de l’inoculum.

Nombre de colonie :

-

1-9 10-99 + 100

: 10 3 Bact/ml Numération négative : 104 Bact/ml Numération douteuse : 105 Bact/ml Numération positive

Interprétation Interprétation :

UFC=Unités formant colonie Chaque colonie qui pousse à partir de l’urine diluée correspond à 1000 UFC dans 01 ml d’échantillon. Une bactériurie significative est considérée devant une numération > 100 colonies sur gélose nutritive ce qui correspond à > 10 5 UFC / ml.


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2- Méthode à l’anse calibrée -

Déscription de la technique

Une anse calibrée à 10 µl est utilisée pour ensemencer les géloses nutritives et sélectives. On prélève verticalement avec l’anse calibrée et par capillarité une goutte d’urine que l’on ensemence par stries sur la boîte de gélose : une strie centrale est ensemencée puis perpendiculairement réaliser un isolement de haut en bas de la boite en desserant légèrement les dernières stires. (Voir annexe pour schéma). -

Avantages

Simplifie la technique de Kass en évitant les dilutions de l’urine. Cette technique permet de bien séparer les colonies pour ensuite bien les compter. Diminution du coût. -

Inconvénients

Dans le cas de l’utilisation d’une anse calibrée en fil de platine, le volume délivré par celle ci doit être régulièrement contrôlé (courbe d’étalonnage au Bleu d’Evans). En effet après un grand nombre d’utilisation la calibration de l’anse peut être modifiée (corrosion, stérilisation du matériel). -

Interprétation

Chaque colonie isolée correspond à une concentration de 10 3 Unités viables / ml urine. La numération bactérienne est comparée à l’abaque de lécture correspondant aux différentes concentrations de bactéries/ml d’urines.


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3- Lames immergées -

Description de la technique

Une lame porte objet munie d’un quadrillage en relief est recouverte de gélose CLED(Cystine – Lactose – Electrolyte – Déficient) sur une face et de gélose Mac Conkey sur l’autre. L’intérêt de la gélose de Mac Conkey est d’inhiber les bactéries à Gram+ et le développement en nappe des Proteus. La lame est conservée dans un flacon cylindrique stérile en matière plastique. Elle est fixée au couvercle du même flacon.

-

Utilisation

Saisir la lame par l’intermédiaire du couvercle auquelle elle est fixée, immerger complètement les deux faces, retirer immédiatement, laisser égoutter l’excès. Incubation 18 à 24 heures à 35°C.

-

Lecture et Interprétation Interprétation

La lecture est faite sur la gélose CLED (face verte) en comparant la densité des colonies présentes sur chaque face avec une série de reproductions étalons correspondant à : 10 3, 104, 105, 106, 107 bactéries/ml d’urine.

-

Avantages et inconvénients

La gélose CLED (Cystine – Lactose – Electrolyte – Déficient) : -

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-

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Milieu peu sélectif. Indicateur coloré (Bleu de bromothymol) variation de pH après consommation du milieu (Lactose) par les bactéries. Aspect des colonies oriente l’identification des germes mais le diagnostic est présomptif et devra toujours être confirmé par une identification complète biochimique. Inhibition de l’envahissement de Proteus par la faible teneur en électrolytes.


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4- Tests rapides Ces techniques de détection rapide de la bactériurie consistent soit à mettre en évidence la présence d’enzymes bactériennes, soit à détecter précocement la croissance bactérienne : -

Détection précoce de la croissance bactérienne :

Se fait grâce à des automates qui enregistrent en continue l’augmentation de la masse bactérienne dans un milieu standard incubé à 35°C avec parfois une agitation pour accélérer la croissance. La détection des bactéries se fait le plus souvent par turbidimétrie mais peut également faire appel à la bioluminescence (mesure de l’ATP bactérien) ou à la radiométrie radiométrie (détection (détection du C 14 du CO2). Le rapport qualité / coût de ces méthodes est médiocre et elles sont peu utilisées. -

Méthode de criblage criblage rapide :

Consiste à rechercher simultanément une bactériurie et une leucocyturie par détection dans les urines d’enzymes bactériennes (nitrate réductase) et leucocytaire (leucocytes estérases). Ces méthodes qui donnent un résultat en quelques minutes par immersion dans l’urine de bandelette réactives, sont simples et peu coûteuses. Cependant, elles ne doivent être utilisées qu’à deux conditions : -

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Elles doivent détecter simultanément une bactériurie et une leucocyturie Elles ne doivent être utilisées que pour dépister les urines négatives (bactériurie et leucocyturie négatives). Ces échantillons pourront ne pas être examinés sauf exception et dans ce cas, un ECBU classique devra être effectué. 

-

Exemple : MULTISTIX®, URITEST 2®, NEPHUR TEST®.

Principes : Permettent de rechercher simultanément : •

Nitrate-réductase (Test de Griess), enzyme produite par les entérobactéries.

•

Leucocyte-estérase (Test de la LE) produite par les polynucléaires endommagés présents dans les urines infectées.

•

Lorsque la bandelette se positive, elle démontre une hématurie et une leucocyturie.


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Avantages des Bandelettes urinaires

Les méthodes de criblages rapides ont un bon pouvoir prédictif négatif et permettent de réduire de 30% environ le nombre d’ECBU réalisés au laboratoire.

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Inconvénients : 

Les bactéries â Gram positif et les Pseudomonas ne possèdent pas de nitrate-réductase,



On ne peut pas révéler les infections à faible inoculum (<104 bactéries/ml).



La spécificité varie de 82 à 98% (insuffisant pour de réelles infections urinaires).


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5- Techniques Techn iques à base de milieux milieux chromogéniques Ces techniques permettent l’ensemencement par technique à l’anse calibrée de l’urine sur des milieux gélosés contenant des chromogènes mettant en évidence certains genres et espèces bactériennes grâce à l’aspect des colonies, ce qui permet une identification et une orientation diagnostic avec un gain de temps non négligeable

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Principe du substrat chromogène

*

Analogue structural d’une molécule naturellement clivée par une enzyme bactérienne ou fongique.

*

Initialement le substrat ne possède aucune propriété. Après clivage l’aglycone libéré acquiert des propriétés chromogéniques, il précipite sans diffuser dans la gélose afin de permettre une bonne différenciation des colonies dans une culture plurimicrobienne. Sur les premiers milieux chromogènes fabriqués, le substrat diffusait dans la gélose ce qui ne permettait pas une bonne distinction des colonies

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Activités enzymatiques utilisées dans les milieux de culture chromogèniques -

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D-glucuronidase ou -D-galactosidase : spécifiques d’Escherichia coli. D-glucosidases : spécifiques d’Enterococcus spp. , et groupe KES-C (Klebsiell spp. - Enterobacter spp. - Serratia spp. - Citrobacter spp.). Tryptophane déaminase : spécifique du groupe Proteus / Morganella Providencia. D-galactosaminidase : spécifique de Candida albicans. Parmis ces produits nous avons :


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Chromagar Orientation Orientation (Becton Dickinson) Dickinson ) -

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Milieu non sélectif. Enzymes utilisées : D-glucosidase, D-galactosidase Tryptophane desaminase (test complémentaire) Substances nutritives fournies par des peptones sélectionnées, sources d’électrolytes limités (réduction du nombre d’espèces de Proteus). Conservation : + 2 à 8 °C à l’abri de la lumière. Ensemencement par öse calibrée pour permettre la numération bactérienne (comparaison avec brochure). Incubation 35 +/- 2°C en aérobie 20 à 24 heures. Identification : Directe sur boîte de : E.coli, entérocoques et la plupart des souches de S. saprophyticus. Par décoloration du milieu de : KES (Klebsiella-EnterobacterSerratia) et PMP (Proteus-Morganella-Providencia). (Proteus-Morganella-Providencia). Les autres pathogènes urinaires ne pourront être identifiés qu’avec des tests biochimiques.

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Tests de confirmation Indispensable pour différencier Enterococcus sp et Streptococcus agalactiae (test pyroglutamate) et le groupe PMP (test à indole par DMCA : diméthylaminocinnamaldéhyde) ; conseillé pour E.coli

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Limites : -

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Ne permet pas la croissance d’organismes exigeants (Neisseria, Haemophilus, Mycoplasma). Pas d’identification directe des autres bactéries à Gram négatif. Aeromonas hydrophila peut produire des colonies roses similaires à E.coli (nécessité du test indole).

Uriselect 4 (BIO RAD) -

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Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase, D-galactosidase et tryptophane désaminase (test complémentaire) c omplémentaire).. Milieu gris opaque (lecture plus difficile pour certains techniciens). Limites : -

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Quelques souches de staphylocoques peuvent être inhibées. Quelques souches de levures ne se développent pas. Queleques souches de Citrobacter spp indologènes dépourvues de D-galactosidase peuvent pousser comme une E.coli (colonies roses).


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UTI 4 (OXOID) -

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Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucosidase, D-galactosidase et tryptophane désaminase (test complémentaire).

CPS ID 2 (bioMérieux) -

Principe identique avec utilisation des enzymes D-glucuronidase, D-glucuronosidase et tryptophane désaminase.

Comparaison des milieux chromogènes aux milieux non chromogènes (Etude comparative au laboratoire de microbiologie du Centre Pierre et Marie Curie d’Alger CPMC 2004)

Une étude réalisée au laboratoire de microbiologie du CPMC sur une période de 2 mois (Nombre d’échantillons = 100) comparant le milieu chromogène : Uriselect 4 aux milieux classiques : gélose nutritive(numération bactérienne) et hektoene(isolement) a démontré des sensibilités équivalentes concernant le taux de détection et le compte bactérien. Ces milieux peuvent donc être utilisés pour l’ensemencement primaire des urines. Ils ont surtout démontré leur supériorité pour la détection des urines pluri microbiennes par rapport aux milieux classiques. -

Limites : -

-

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Vu la couleur du milieu : gris ce qui rend l’appréciation des couleurs produites par les colonies différente selon les techniciens Les IU à levure ne sont pas détectées Préparation du milieu nécessite une rigueur quand à l’utilisation de la verrerie stérile, autoclavage et du stockage.

En résumé, les milieux chromogènes présentent les caractères suivants :

Même capacité à détecter les germes urinaires communs du tractus urinaire que l’association de deux milieux non chromogènes. Les milieux chromogènes peuvent donc être utilisés comme milieu primaire d’isolement pour les cultures d’urines. Ces milieux permettent une meilleure discrimination des colonies donc une meilleure sensibilité de détection des urines poly-microbiennes, ceci les rend plus faciles à utiliser pour les personnes ayant peu d’expérience.


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Ils permettent une identification directe de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis. L’ensemble de ces germes est retrouvé à environ 60 % en milieu hospitalier. Cette identification rapide de E. coli, Enterrococcus spp et Proteus mirabilis, présente des avantages cliniques puisque le résultat est rendu plus rapidement au clinicien. Tous ces milieux inhibent l’envahissement par Proteus.


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Choix des milieux de culture 1- Milieux pour numération bactérienne bactérienne Les milieux utilisés doivent permettre une numération des bactéries les plus fréquemment rencontrées, c’est à dire les entérobactéries, les Pseudomonas , les Staphylocoques et les entérocoques qui sont toutes des bactéries peu exigeantes et à cultures rapides En routine on utilise une gélose nutritive (GN), Un milieu Cysteine Lactose Electrolytes Déficient (CLED).

2- Milieux d’isolement On utilise pour l’isolement des bactéries peu exigeantes, des milieux sélectifs tels que : gélose lactosée au bromocrésol pourpre (BCP), milieu de Mac Conkey qui permet d’inhiber les bactéries à Gram+ et le développement en nappe du Proteus et le milieu Hektoène (milieu lactosé). Si on suspecte des bactéries à croissance difficile, d’autres milieux de culture devront être utilisés. Une gélose au sang frais ou cuit peut permettre d’isoler des Streptocoques ou des Haemophilus. Un milieu Loweinstein Jensen pour les Mycobactéries, Une gélose Columbia au sang pour une recherche exceptionnelle d’anaérobies strictes. BCP :

Gélose lactosée au bromocrésol pourpre. Milieux non inhibiteur. Les germes fermentant le lactose sont reconnus par une coloration jaune témoin de l’acidification du milieu. Gélose Mac Conkey :

Milieu sélectif. Gélose lactosée au rouge neutre (indicateur de pH coloré mettant en évidence la fermentation du lactose par les bactéries). Présence de sels biliaires évitant l’envahissement par Proteus et de cristal violet inhibant la croissance des germes à Gram positif en Europe ; attention aux Etats Unis, les géloses Mac Conkey ne contiennent pas de cristal violet.


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Gélose au sang : -

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Milieu non sélectif, sans indicateur coloré. Convient pour la culture des germes exigeants et hémolytiques. Si on veut inhiber l’envahissement des Proteus, on peut, lors de l’ensemencement, mettre un peu d’alcool dans le couvercle de la boîte. L’association acide nalidixique + colistine (ANC) inhibe les bactéries â Gram négatif et les Bacillus. Milieu adapté à la culture des bactéries à Gram positif notamment les streptocoques.

Incubation L’incubation des milieux se fait à 35°C pendant 18-24 h à l’étuve. L’atmosphère d’incubation pour les milieux enrichis se fait sous CO2 et en anaérobiose pour la recherche de germes anaérobies strictes. La durée d’incubation peut être prolongée pour la recherche de germes à croissance difficile : anaérobies jusqu’à 72 h voir une semaine et Mycobactéries une semaine jusqu’à 1 mois.

Aspect des colonies 1- Milieux usuels -

Entérobactéries : Colonies de 1 à 3 mm de diamètre généralement bombées , lisses et brillantes , opaques et blanchâtres.


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Les aspec aspectt s par t i cul cul i ers -

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Proteus vulgaris et mirabilis : envahissement de la gélose en voile montrant des vagues successives

Salmonella donne des colonies petites et transparentes, à centre noir sur milieu hektoene

Serratia donne des colonies pigmentées en rouge sur gélose nutritive

P.aeruginosa donne de petites colonies plates et pigmentées en vert sur gélose nutritive.

Les Staphylocoques : Colonies volumineuses éventuellement pigmentées en jaune pour S.aureus sur gélose nutritive. Les Streptocoques : Fines colonies transparentes sur gélose nutritive.


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Ed. 2009

2- Milieux spécifiques -

-

-

Gélose au sang frais :(GSF) Les Staphylocoques et les Streptocoques : peuvent faire apparaître sur GSF une hémolyse bêta = halo clair autour de la colonie.

Gélose chromogène :

Les colonies apparaissent colorées (la couleur dépend du type de milieux chromogène utilisé). Exp colonies sur Uriselect 4 (Bio rad)

E.coli + E.faecalis

-

K.pneumoniae K.pneumoniae

Gélose Loweinstein Jensen

Dans le cas d’une tuberculose urinaire, les colonies de Mycobactérium tuberculosis apparaissent sur ce milieu de couleur beige clair, chamois avec un aspect de chou fleur.


47



Ed. 2009

Identification biochimique des colonies 1- Caractères biochimiques d’orientation rapide Oxydase

Principe :

L’oxydase cytochrome assure la moléculaire sur le cytochrome réduit.

fixation

de

l’oxygène

On met une colonie en présence de la NN-dimethylparaphénylène-diamine réduite et incolore soit en solution, soit en imprégnant un disque de papier buvard et en le desséchant. Cette enzyme possède la capacité d’oxyder la NN-dimethylparaphénylène-diamine réduit et incolore en dérivé semi quinonique rose violacé. Technique : -

-

-

Sur une lame propre et dégraissée (se trouvant à l’intérieur d’une boîte de Petri vide), déposer dans un angle une goutte d’eau distillée à l’aide d’une pipette Pasteur. A l’aide d’une pince en plastique, saisir un disque pour la recherche d’oxydase, réhydrater avec de l’eau distillée et le déposer au milieu de la lame, veiller à ce que le liquide ne déborde pas du disque. Avec une pipette Pasteur boutonnée, prélever un peu de culture pure de 18h sur milieu d’isolement et déposer la colonie sur le disque, attendre quelques secondes.

Lecture :

Oxydase + : le disque devient rose foncé puis violet au niveau du dépôt. Oxydase - : pas de changement de couleur.


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Ed. 2009

Catalase

Principe :

Cette enzyme catalyse la dégradation du peroxyde d’hydrogène H2O2 produit toxique du métabolisme aérobie de nombreuses bactéries, en H2O et ½ O2. C’est l’action directe de cette enzyme qui est mise en évidence dans la masse microbienne, cette action est caractérisée par un dégagement gazeux résultant de la décomposition de l’eau oxygénée. Technique : -

-

A l’aide d’une pipette Pasteur déposer au milieu d’une lame propre et dégraissée se trouvant à l’intérieur d’une boîte de Petri vide une goutte d’eau oxygénée. Avec une pipette boutonnée, prélever un peu de culture pure de 18h sur milieu d’isolement et déposer les bactéries dans l’eau oxygénée.

Lecture :

Catalase + : Bulles de gaz dans l’eau oxygénée. Catalase - : Pas de dégagement gazeux.

2- Identification classique A l’aide d’une suspension bactérienne, on ensemence des milieux de culture de compositions différentes en tubes permettant de mettre en évidence les principaux caractères biochimiques identifiant les entérobactéries. L’incubation se fait à 35°C pendant pendant 18-24h ; la la lecture des caractères caractères se fait selon le tableau 1 (annexe 1). Suivant l’algorythme des principaux caractères biochimiques révélés les bactéries seront identifiées (voir annexe). Chaque milieu utilisé doit au préalable être contrôlé pour éviter les diagnostics éronés.


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Ed. 2009

3- Identification rapide (API system)

L’API est un système standardisé pour l’identification des bactéries selon les caractères biochimiques. Principe :

La galerie API comporte 20 micro tubes contenant des substrats déshydratés. Les micro tubes sont inoculés avec une suspension bactérienne qui reconstitue les milieux déshydratés, les réactions produites pendant la période d’incubation se traduisent par des virages colorés spontanés lors de l’addition des réactifs . La lecture de ces réactions se fait à l’aide du tableau de lecture et l’identification est obtenue à l’aide du catalogue analytique ou d’un logiciel d’identification. Technique :

A l’aide d’une pipette, prélever 1 à 4 colonies morphologiquement identiques et réaliser une suspension avec le médium (2ml) " solution saline" ou avec l’eau physiologique. Remplir les tubes (et non les cupules) des tests avec la suspension précédente pour éviter la formation de bulles d’air au fond des tubes. Poser la pointe de la pipette sur le coté de la cupule en inclinant légèrement la boîte d’incubation vers l’avant. Remplir les tubes et cupules des tests qui portent un cadre. EX : GLU Remplir d’huile de paraffine les cupules des tests soulignés EX : ADH, urée Remplir d’un peu d’eau la boîte d’incubation pour éviter la dessication lors de l’incubation à 35°C pendant 24h. La lecture : -

Apres incubation, la galerie sera lue et les résultats comparés au tableau de lecture.

Noter sur la fiche de résultats toutes les réactions spontanées ou révélées par l’addition des réactifs.


50



Ed. 2009

La lecture automatisée :

Il existe un automate pour la lecture des Api System (Biomérieux) en fonction des caractères révélés par la galerie biochimique, ceci constitue un gain de temps pour l’interprétation des galeries Api . Cependant la lecture par cet automate peut poser quelques problèmes lors de la révélation tardive de quelques caractères biochimiques. Interprétation Interprétation :

L’identification est obtenue à partir du profil numérique. Sur la fiche de résultats, les tests sont séparés par groupes de trois et les valeurs 1, 2 ou 4 sont indiquées pour chacun. En additionnant à l’intérieur de chaque groupe les valeurs correspondant à des réactions positives, on obtient 7 chiffres, la réaction de l’oxydase est affectée de la valeur 4 lorsque elle est positive. L’identification est réalisée à l’aide du catalogue analytique (recherche le profil numérique dans la liste des profils). EX : 4144532 => E.Coli

4- Identification des colonies sur milieux chromogènes Arbre décisionnel adapté aux milieux chromogènes utilisant les enzymes ß-glucosidase et ß-D galactosidase (exemple Uriselect 4).


51



Ed. 2009

5- Identification antigéniqu antigénique e -

Sérogroupage des streptocoques

Le groupage concerne les streptocoques béta-hémolytiques du groupe A,B,C,Fet G et les streptocoques du groupe D. Le groupage rapide se fait facilement par des techniques d’agglutination au moyen de particules de latex latex sensibilisées après extraction enzymatique (Slidex strepto kit de Biomérieux).

-

Sérotypage des Pseudomonas aeruginosa

Il s’agit d’un d’un sérotypage de l’antigene O, qui est réalisé grace aux antisérums commercialisés (Diagnostic Pasteur), 16 sérogroupes sont individualisés. La technique est celle de l’agglutination sur lame qui demande quelques minutes pour apparaître. L’intéret du sérotypage des P.aeruginosa est beaucoup plus épidémiologique.

6- Antibiogramme Un antibiogramme est réalisé par méthode de diffusion en disque selon les recommandations du CLSI pour chaque germe isolé (cf. Fasicule de standardisation de l’antibiogramme en médecine humaine à l’echelle nationale 5ème Edition 2008.


52

CHAPITRE III Interprétation Interprétatio n de l’ECBU



Ed. 2009

Interprétation de l’ECBU L’interprétation de l’examen cytobactériologique des urines doit se faire avec un sens critique et une collaboration étroite entre le clinicien et le microbiologiste et dépend de plusieurs facteurs tels que : •

La qualité du prélèvement : respect des conditions d’hygiène, du temps de transport transport et de la température température de conservation conservation de de l’échantillon l’échantillon

•

La technique de prélèvement utilisée (milieu du jet, sonde ….etc.)

•

le germe ou les germes identifiés (espèce bactérienne et son pouvoir pathogène reconnu)

•

Etat du malade et de ses antécédents

•

Renseignements cliniques d’antibiotiques, sonde).

•

Age du malade (nouveau né, personne âgée, enfant….etc.)

(fièvres,

brûlures

mictionnelles,

prise

En plus de ces éléments importants importants l’interprétation dépend également également des résultats des différents examens cytologiques et bactériologiques réalisés à partir de l’urine à savoir : -

-

-

Numération des éléments cellulaires (leucocytes) Les résultats des examens microscopiques (bleu de méthylène et Gram) La numération bactérienne, quelque soit la technique choisie

L’interprétation des cultures est basée sur les critères de KASS : 1- Bactériurie urinaire 2- Bactériurie

≥

≤

105UFC/ml avec un seul type de bactérie : infection 103 UFC/ml : absence d’infection urinaire

3- Bactériurie entre 10 3 UFC /ml et 10 5 UFC/ml : zone d’incertitude, elle est fonction de l’espèce bactérienne et du contexte clinique à contrôler si nécessaire. KASS définit un seuil ≥ 105 UFC/ml comme étant significatif, alors que dans plusieurs situations ce taux est revu à la baisse.

Chapitre III : Interprétation de l’ECBU

54



Ed. 2009

Interprétation selon la bactériurie et la leucocyturie a) Urines du milieu du jet : •

•

•

Leucocyturie ≤ 104/ml et d’infection urinaire.

la bactériurie

≤

103 UFC/ml : absence

Leucocyturie ≥ 104/ml et la bactériurie ≥ 105UFC/ml, avec un seul type de bactérie, il s’agit d’une infection urinaire certaine. Leucocyturie ≥ 104/ml et la bactériurie ≥ 105 UFC/ml avec deux types de bactéries chez la femme et un examen direct qui retrouve de nombreuses cellules épithéliales, il s’agit de deux probables possibilités : -

-

Infection génitale. Infection urinaire mais contaminée

Un second prélèvement d’urine est demandé tout en expliquant les modalités de prélèvement. Les prélèvements génitaux sont effectués dans un service de gynécologie. •

Leucocyturie ≤ 104/ml et la bactériurie ≥ 105 UFC/ml, avec un seul type de bactérie, c’est une infection urinaire dans les cas suivants : -

-

-

-

-

Femme enceinte : confirmer par un deuxième ECBU. Immunodéprimé diabétique Nourrisson Personne âgée

Ce cas est retrouvé chez 20% de la population, ainsi qu’en début d’infection urinaire, dans ces cas un deuxième prélèvement s’impose dans lequel on doit identifier la même bactérie (genre, espèce et profil antibiotique). Une bactériurie sans leucocyturie peut être également observée observée lorsque lorsque le prélèvement est gardé trop longtemps à +4°C ou lorsque les urines sont hypertonique ou trop alcalines. Ces conditions contribuent à détruire les leucocytes. En cas de non respect des conditions d’hygiène, du temps de transport et de la température de conservation, il peut s’agir d’une contamination bactérienne d’une urine stérile (faux positifs). Dans certains cas il peut s’agir d’une bactériurie asymptomatique (colonisation sans infection).


55



Ed. 2009

Leucocyturie ≤ 104/ml ou ≥ 104/ml (présence ou absence de leucocytes) et la bactériurie ≥ 105UFC/ml, avec deux types de bactéries, l’infection urinaire poly microbienne est admise dans les cas suivants :

•

-

Uropathie : vésiculo-urétéral,  Reflux vésiculo-urétéral,  Maladie de la jonction pyélo-urétérale

-

-

Sondé Paraplégique

En dehors des cas cités il peut s’agir d’une souillure, un deuxième prélèvement est demandé au malade en rappelant les modalités de recueil des urines. •

•

Leucocyturie ≤ 104/ml ou ≥ 104/ml (présence ou absence de leucocytes) et la bactériurie ≥ 105UFC/ml, avec plus de deux types de bactéries, la souillure est certaine, un deuxième prélèvement est demandé au malade en rappelant les modalités de recueil des urines. Leucocyturie 105UFC/ml : -

-

-

-

-

-

-

•

≥

104/ml et une bactériurie comprise entre 10 3

Diurèse abondante à l’origine d’une dilution des bactéries. Présence dans les urines de substances antibactériennes utilisées pour la toilette Un PH urinaire bas entrave la multiplication des bactéries Micro organisme à croissance lente (cocci) Obstruction urétérale complète Infection à Pseudomonas sp Traitement antibiotique en cours

Leucocyturie ≥ 104/ml et une bactériurie -

-

et

≤

103 UFC/ml :

Prise d’antibiotique dans les cinq jours qui précèdent le prélèvement on parle d’infection décapitée, refaire le prélèvement 48 h après l’arrêt du traitement si nécessaire, car une seule prise d’antibiotique suffit à décapiter l’infection en 06h à 12h avec conservation des leucocytes. La coloration de Gram montre une présence de bactéries extracellulaire avec une numération bactérienne inférieure à 103 UFC/ml : infection à anaérobies probable, utiliser les milieux de culture et les techniques de diagnostic adéquates et rechercher le foyer de l’infection (fistule rénale ou digestive).


56


-

-

•


Ed. 2009

La coloration au Bleu de méthylène montre une présence de cocci intra et extra leucocytaire : infection à Neisseria gonorrhoeae probable, demander un prélèvement urétral. Clinique en faveur de bactéries qu’on ne peut mettre en évidence par les techniques classiques : Chlamydia, Mycoplasme, et Mycobactéries. Rechercher ces bactéries par les techniques spécifiques.

La présence de Leucocyturie sans bactériurie peut être observée dans d’autres situations : -

-

-

-

-

-

-

-

-

-

Maladie fébrile systémique. La fièvre chez le nourrisson. Le rein polykystique, ou les kystes ne communiquent pas avec un système collecteur. Lithiase rénale ou calculs rénaux. Néphropathie interstitielle. Inflammation de l’urothélium par l’action mécanique d’un dispositif (cathéter). Infection mycosique. Infection parasitaire : la bilharziose uro-génitale. Personnes âgées (tumeur vésicale). Transplanté rénal rénal : les leucocytes type type lymphocytes orientent orientent vers une réaction de rejet de greffe. Depuis les critères de Kass le diagnostic bactériologique de l’infection urinaire est resté basé sur l’association d’une leucocyturie ≥ 104 /ml et surtout d’une bactériurie ≥ 105UFC/ml. Le seuil significatif de la leucocyturie est resté remarquablement consensuel fixé dans tous les écrits à un nombre ≥ 104/ml (10/mm3), par contre le seuil de la bactériurie qui est certes très spécifique manque de sensibilité et doit être aujourd’hui révisé à la baisse dans beaucoup de situations cliniques :

•

-

Les infections urinaires récidivantes Bactériurie ≥ 104 UFC/ml

-

Cystite simple chez la femme de 15-65 ans Bactériurie > 103 UFC/ml pour les coliformes Bactériurie > 104 UFC/ml pour les autres espèces espèces bactériennes bactériennes

-

Pyélonéphrite non compliquée Bactériurie

≥

104 UFC/ml


57


-


Ed. 2009

Prostatites aigues Bactériurie

≥

104 UFC/ml

Pour le diagnostic d’une prostatite aigue l’ECBU est nécessaire mais reste insuffisant, car s’il est négatif il faut réaliser l’analyse fractionnée des urines ainsi que l’analyse des sécertions prostatiques recueillies au méat urétral, après massage de la glande (à éviter en cas de prostatite fèbrile risque de bactériemie). -

Prostatites chroniques infectieuses : Le diagnostic est basé sur au moins un des critères suivants selon l’épreuve de Mears et Stamey : 

les secrétions prostatiques et les 10 ml d’urine permettant d’obtenir une bactériurie ≥ 103 UFC/ml avec un seul type de bactérie.



les secrétions prostatiques et les 10 ml d’urine éliminés, contiennent la même bactérie que les urines vésicales à savoir du milieu du jet mais à une concentration 10 fois plus importante.

Il faut savoir que la technique de Mears et Stamey a ses limites, cette technique ne peut être appliquée lors de poussée infectieuse, car le massage est douleureux et il y a risque de bactériémie. On ne peut prouver la prostatite par cette méthode que si l’urine vésicale est stérile, de plus elle exige un personnel entraîné et un patient coopérant.

b) La ponction sus-pubienne : L’interprétation est basée sur la présence de culture bactérienne. La présence d’une seule colonie sans dilution de l’urine signe l’infection urinaire, les bactéries proviennent directement de l’urine vésicale. c) Le sondage vésical

La leucocyturie ne constitue pas un facteur prédictif d’infection urinaire chez le malade sondé, elle n’est corrélée à la bactériurie qu’à des concentrations microbiennes supérieures à 10 7 UFC/ml. La symptomatologie est un critère important pour l’interprétation de l’ECBU chez le porteur de sonde et permet de faire la différence entre la colonisation et l’infection urinaire proprement dite. Selon la conférence de consensus sur les infections urinaires nosocomiales de l’adulte entre la sociéte francaise des pathologies infectieuses et la sociéte francaise d’urologie qui a eu lieu à l’Institut Pasteur de Paris en 2002 : 4 situations peuvent être observées :


58



Bactériurie UFC/ml

Ed. 2009

Sonde

Symptômes

Leucocyturie 4 ≥10 /ml

+ ou -

+

+

≥

Infection certaine

-

105 1 ou 2 espèces isolées quelque soit l’espèce bactérienne

Infection débutante ou sujet neutropénique

Infection débutante ou sujet neutropénique

colonisation

103

Interprétation

≥

+ ou -

+

+ ou -

+

-

103 1 ou 2 espèces isolées uropathogène reconnues (E.coli)

+

-

+ ou -

Seuil de détection 3 ≥10

≥

Cette interprétation n’est valable que si les conditions de prélèvement sur sonde sont respectées. Si la bactériurie est découverte au moment de l’ablation de la sonde, il est conseillé de réaliser un deuxième prélèvement d’urine 48h plus tard. Rappelons que les urines du sachet collecteur de la sonde ne sont analysées que si le sachet est changé (un sachet neuf) et ne reste en place que 20 à 30 minutes, de même la culture de la sonde est proscrite (colonisation de la sonde ne veut pas dire que ces bactéries sont dans l’urine vésicale).


59



Ed. 2009

Interprétation selon les germes L’identification de la bactérie mérite aussi une interprétation lorsque le germe n’appartient pas à une espèce courante de l’infection urinaire, en sachant que toute bactérie peut être responsable d’une infection et à l’inverse peut être un contaminant. 

Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, et Staphylococcus saprophyticus (chez la femme) sont des germes dont le rôle est bien établi dans l’infection l’infection urinaire urinaire

Les autres germes ne peuvent être incriminés qu’après discussion, à savoir : 

Stapylococcus epidermidis n’est incriminé en tant que pathogène qu’en présence de matériel étranger ou après instrumentation au niveau de l’appareil urinaire, car c’est une bactérie de la flore cutanée.

Les Staphylocoques coagulase négative sont en nette augmentation dans les infections urinaires, mais ils ne peuvent être incriminés que s’ils sont retrouvés dans un deuxième prélèvement surtout en l’absence de leucocyturie, car ce sont des bactéries de la flore cutanée. 

Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus meticillino-résistant sont incriminés avec une numération ≥ 104 UFC/ml dans les cas suivants : -

-

-

Malade hospitalisé Prise d’antibiotiques à large spectre Intervention sur l’arbre urinaire



Staphylococcus aureus peut être isolé lors d’une prostatite.



Acinetobacter sp, Stenotrophomonas maltophilia, autres pseudomondaceae, leur implication en pathologie exige un niveau de bactériurie élevé ≥105 UFC/mL, ainsi qu’une répétition de la positivité des urines à la même bactérie, et cela doit être associé à d’autres critères, cliniques ou inflammatoires.



Streptococcus agalactiae, retrouvé chez la femme enceinte.



Enterobacter sp, Serratia sp., Citrobacter sp et Proteus indole positif sont des bactéries responsables surtout d’infections urinaires nosocomiales, leur isolement en dehors de l’hôpital est à discuter. Ils sont incriminés en ambulatoire suite à une hospitalisation récente ou à


60



Ed. 2009

une prise d’antibiotiques à large spectre, il ne faut pas hésiter à demander un deuxième prélèvement d’urine au moindre doute surtout en l’absence de leucocyturie. Chez le garçon non circoncis les Proteus retrouvés retrouvés dans les urines urines peuvent être une simple souillure liée à l’adhérence préputiale de la bactérie ou de phimosis. 

Les entérocoques peuvent être de simples contaminants, seule la présence de signes cliniques de cystite et d’une leucocyturie élevée témoignent d’une infection vraie.



Les lactobacilles, streptocoques α hémolytiques, Gardnerella vaginalis, Bifidobactérium sp, bacilles diphtérimorphes sauf Corynébactérium uréalyticum sont des contaminants qui appartiennent à la flore urétrale urétrale ou génitale de proximité. Leur isolement associé à la présence de cellules épithéliales urinaires à l’examen direct des urines signe de façon quasi certaine une contamination à l’occasion du prélèvement. Seul leur isolement à partir d’une ponction d’urine utilisant un cathéter sus pubien pourrait permettre d’évoquer leur rôle pathogène.



Corynébactérium uréalyticum nécessite une incubation de 48 heures. Il est retrouvé dans les infections suite à une greffe du rein ou une intervention urologique.


61



Ed. 2009

Interpréta Int erprétation tion c hez le tra tra ns nsp p lanté réna l Leucocyturie ≤ 104/ml et la bactériurie 5 ≥ 10 UFC/ml, avec un seul type de bactérie, est une simple colonisation ne traiter que si le malade est admis admis à l’hôpital pour intervention. Avant

la

transplantation :

Après la transplantation : L’infection urinaire peut être précoce, en

présence d’une sonde urinaire, ou tardive six mois après la greffe d’où la nécessité de réaliser des tests rapides (Multistix) afin de dépister une éventuelle infection urinaire. La présence de nitrites, de leucocytes ou hématies est une indication pour la réalisation d’un ECBU afin de confirmer l’infection urinaire et la traiter. Ce suivi doit être être fait durant la première année après la transplantation.

Une étude réalisée au CHU de Montpellier a répertorié les principaux agents pathogènes responsables d’infections urinaires chez le transplanté rénal.

Micro-organismes

Nbre (%)

Micro-organismes

Nbre (%)

Bacilles à Gram négatif

52 (90%)

Cocci Gram positif

4 (7%)

E. coli

41 (71%)

Staphylocoque coagulase-negative

2 (3.5%)

E. coli (BLSE)

10 (17.2%)

Pseudomonas aeruginosa

6 (10%)

Enterococcus faecalis

2 (3.5%)

Klebsiella pneumoniae

3 (5%)

Morganella morganii

2 (4%)

Champignons

Candida krusei

Virus

1 (1.5%)

BK Virus

1 (1.5%)

BLSE : Betalactamase à spectre élargi.


62

CHAPITRE VI Epidémiologie



Ed. 2009

Principales étiologies des infections urinaires dans les différents hôpitaux d’Alger

CHUBM 2001-2005 N %

HCA 2001-2005 N %

CHUM 2005 N

%

EHS KETTAR 2001-2005 N %

E. coli

878

62.7

2349

63.69

538

52.03

1411

62.8

Klebsiella Klebsiell a spp

166

11.8 1 1.8

439

11.90

182

17.60

258

11.5

Proteus spp

159

11.3

196

5.31

55

5.31

210

9.3

Autres enterobactéries

21

1.5

165

4.47

_

_

12

0.5

Pseudomonas Pseudomon as spp

46

3.3

77

2.09

64

6.18

110

5

Staphylocoque Staphyloco que spp

68

5

199

5.40

66

6.38

131

6

Streptocoque spp

31

2.2

192

5.21

37

3.57

46

2

Enterocoque spp

5

0.4

3

0.08

16

1.54

22

1

CHU BM : HCA : CHU M : EHS Kettar : N:

Centre hospitalo-universitaire de Beni Messous Hopital central de l’armée Centre hospitalo-universitaire Mustapha Bacha Etablissement hospitalier spécialisé d’EL Kettar Nombre

Chapitre VI : Epidémiologie

64



Ed. 2009

Répartition des principales étiologies des infections urinaires en fonction des tranches d’âges de sexe et de l’origine du malade dans les hôpitaux d’Alger 0- 2 ANS

H(N)

M B U H C

A C H

M U H C

3-6 ANS

Ext(N)

H(N)

7-15 ANS

Ext(N)

H(N)

≥

Ext(N)

16 ANS

H(N)

Ext(N)

F

M

F

M

F

M

F

M

F

M

F

M

F

M

F

M

E.coli

42

14

21

30

37

17

88

8

112 112

21

128

8

108

5

138

10

Klebsiella spp

3

19

/

7

6

4

/

2

6

2

14

5

13

/

41

2

Proteus spp

2

8

5

12

2

3

6

6

11

4

8

7

10

/

15

4

Pseudomonas spp

6

2

/

4

1

1

/

3

6

/

2

1

/

/

/

/

Staphylocoque spp

/

/

/

2

/

/

4

1

/

5

3

9

7

1

27

/

Streptocoque spp

/

1

/

/

/

/

/

/

4

3

2

1

1

/

/

/

E.coli

10

19

39

21

24

17

88

14

32

11

99

16

517

235

669

318

Klebsiella spp

5

18

12

9

6

1

6

8

3

10

13

2

117

105

109

76

Proteus spp

3

10

1

9

1

5

6

11

3

10

1

4

40

44

20

56

Pseudomonas spp

1

11

0

4

7

6

5

1

3

1

0

0

50

104

14

21

Staphylocoque spp

0

1

0

1

0

0

1

2

0

2

3

2

33

28

63

24

Streptocoque spp

1

0

2

4

2

1

1

1

2

4

3

0

48

30

49

34

E.coli

10

5

11

14

14

8

22

6

11

3

22

4

26

15

204

45

Klebsiella spp

4

10

1

6

5

5

4

1

0

11

2

2

8

16

37

17

Proteus spp

0

3

1

3

2

4

1

4

0

2

1

0

7

4

4

2

Pseudomonas spp

0

6

0

2

/

/

1

0

0

4

1

0

2

13

2

8

Staphylocoque spp

0

1

0

1

1

1

/

/

/

/

1

1

1

2

32

3

Streptocoque spp

/

/

1

0

/

/

/

/

/

/

/

/

0

1

18

5

H : Hospitalisé , ext : externe , F : feminin , M : Masculin, N : nombre


65



Ed. 2009

Résistances aux antibiotiques des principaux germes isolés des Urines des différents hopitaux d‘Alger

E.coli

70

(CHU-Mustapha) N= 534

66,6

60 50 45,6

40 30 24,4

20 16,9

3,4

10

1,9 5

6,8

0 Taux de ré sistance istance % A mpic illine Ce f otax ime Of lox ac ine

A mox ic illine+A c Clav ula nique Gentamic ine Cotr imox az ole

Cef a z olin e A mikac ine

Klebsii ell a s Klebs spp pp (CHU-Mustapha) N= 180

70 63,8

60 50

55,4

40 30

40,9 36,6

35,8 25,5

20

3,9

10 0 Taux de résistance % Amoxicilline+Ac Clavulanique Cotrimoxazole Ofloxacine


Cefazoline Gentamicine

Cefotaxime Amikacine

66



Ed. 2009

P.mirabilis (EHS EL Ketta Ke ttar) r) N= 47

Amikacine Amoxicilline+Ac Clavulanique Ampicilline

100 90 91,3

80

86,6

70 Cefotaxime Cefoxitime

78,5

60 50 54,1

Gentamicine

44,4

40 30

Ticarcilline 20 Cefazoline

4,4

0

10

2,3 8,5

Cotrimoxazole

0 Taux de résistance %

St r ept oco ocoque que s spp pp (EHS EL Kettar) N= 37

30 29,7

25 20 15 10

11,1 0

0

5

0

0 Taux de résistance %

Penici Penicilli lline ne G

Ampici Ampicilllline ine

Gentam Gentamici icine ne HN

Erthro Erthromy mycin cine e

Vancomy Vancomycine cine

*HN :Haut niveau


67



Ed. 2009

S.aureus (HCA) N= 14 14 Amikacine Chloramphenicol

13

12

Erythromycine Gentamicine

10

Oxacilline Penicilline G Pristinamycine

8

Rifamycine 7

6 6

6

6

Tetracycline Cotrimoxazole Vancomycine Ac Fusidique

4 4

Fosfomycine Lincomycine

2 0

0

0

0

2

0

0

0

Kanamycine

0

0 Taux de résistance en Nombre

St aphy l ocoque spp (CHU-Mustapha) N=65

Urine (N=65)

45 40

43,1

35 30 27,3

25

23,8

20 15

14,1

12,1

10 5

3,2

4,6

0

0 Taux de résistance % Penic illine G

Ox ac illine

Gentamic ine

Kanamy c ine

Er y thr omy c ine

Linc omy c ine

Tetr ac y c line

V an anc omy c ine


68



Ed. 2009

P.aeruginosa (CHU Beni Messous) N= 20

5 5

4,5 4 3,5 3 2,5 2

2

1,5 1 0,5

0

0

0

0

0

0

0

0 Taux de résistance en Nombre Nombre

Tica Ticarc rciillin lline e

Pipe Pipera raci cillline line

Ceft eftazid azidim ime e

Imipe mipene nem m

Tobr Tobram amyc ycin ine e

Oflo Oflox xacin acine e

Cipr Ciprol olox oxac acin ine e

Amik Amikac acin ine e


Gent entam amic icin ine e

69

ANNEXE



Ed. 2009

Méthode de KASS modifiée:

Anse

0.1 ml

0 .1 .1 m l

Ensemensement avec un rateau

H K ,,B B C P ,M , M c C o n k ey ey GSF

Urine

I s o l e m e n t s u r m i lili e u x s e l e c t i f s

9.9 ml E a u p h y s i o lo lo g i q u e

GN

N u m é r a t io io n b a c t é r ie ie n n e

Méthode à l’anse calibrée : Anse calibré calibrée e à 10 ul ul

Urine

Annexe

Milieux utilisés selon technique : GN , BCP, Milieux chromogènes

71



Ed. 2009

Algorithme pour pour identification des Cocci Gram + : CGP

Catalase

Staphylocoques

Coagulase

S.aureus

Streptocoques

Culture sur GN

SCN

Esculine(+) BGT+NaCl 6% (+)

Enterococcus sp

Annexe

Hémolyse béta sur GSF

Sérogroupage

72



Ed. 2009

Tableau Tableau de lecture lecture des réactions biochimiques biochimiques sur su r Api system Tests Urée Indole

Négatif Orange Pas d’anneau

Résultats Positif Rose Kovacs / immédiat Anneau rouge / rose TDA / immédiat

TDA

Marron

Brun rouge Vp1+vp2 / 10minute

VP

Incolore

Rose / rouge RM / IMMEDIAT

RM

Incolore

TSI (glucose, saccharose, Rouge lactose) Citrate de simmons Vert Disque OPNG Incolore Témoin d’acide amine Violet LDC ODS ADH

Annexe

Violet Violet Violet

Rouge Jaune Bleu Jaune Jaune Zone intermédiaire Jaune Jaune Jaune

Violet Violet Violet

73

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Examen Cytobacteriologique Des Urines IPA

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