Universidad de Alcalá Departamento de Bioquímica y Biología Molecular Bioquímica. 2º de Farmacia. Curso 2010/11 PROBLEMAS DE SECUENCIACIÓN DE PROTEÍNAS 1.- La hidrólisis con tripsina de un péptido X, dio tres péptidos, cuya composición cuantitativa es la siguiente: A: Ala, Lys
B: Ala, Lys, Met, Tyr
C: Gly, Ile, Ser, Trp
El tratamiento análogo para los péptidos con quimiotripsina de X, dio por resultado: D: Ala, Ala, Lys, Tyr E: Met, Lys, Ser, Trp F: Gly, Ile Deducir la secuencia del péptido X
Ala – Lys –Ala –Tyr – Met – Lys – Ser –Trp - Gly/Ile
---------------- ----------------------------------- --------------------------------- -------------------------------------------------------- Cortes con Tripsina --------------------------- ----- -------------------------- --------- ----------- Cortes con Quimiotrpisina
Gly/Ile es una indeterminación. No se puede saber con estas enzimas el orden de estos dos aa. 2.- Un péptido posee las siguientes propiedades: a) Forma PTH-Ala en el primer ciclo de degradación de Edman b) Su tratamiento con BrCN produce dos tripéptidos c) Su tratamiento con tripsisna produce un tetrapéptido y un dipéptido La secuencia posible de este péptido es: 1- Val-Leu-Met-Lys-Gly-Ala 2- Ala-Leu-Met-Gly-Val-Lys 3- Ala-Leu-Gly-Lys-Met-Val 4- Ala-Leu-Met-Lys-Val-Met ¿Cúal es la secuencia correcta?
La secuencia correcta es la 4: Ala-Leu-Met-Lys-Val-Met a) Se elimina la secuencia 1 que tiene como 1er aa la Val b) Se elimina la secuencia 3, el BrCN corta detrás de Met, aquí produciría dos péptidos de 5 aa y 1 aa c) Se elimina la secuencia 2, la tripsina no lo cortaría 3.- Determinar los aminoácidos de péptido:
Phe-X-Gly-Y-W-Glu-Z Phe-X-Gly-Y-W -Glu-Z S S X Sabiendo que la acción de la carboxipeptidasa B libera Z; el tratamiento con BrCN rompe el péptido entre Y y W, y que la tripsina hidroliza W y Glu. Escribir la estructura completa del péptido y expliquese como se determina el extremo N-terminal
X = Cisteína, es el único aa que forma puentes de H Y = Metionina, se rompe detrás por BrCN W = Lisina o Arginina, la tripsina t ripsina puede romper detrás de estos dos aa Z = Arginina o lisina, son los aa que libera la carboxipeptidasa A
4.- Determinar la secuencia del opíaceo leucinencefalina a partir de estos datos: a) La hidrólisis completa con HCl 1N a 110ºC seguida de análisis de los aminoácidos indica la presencia de Gly, Leu, Phe, Tyr en relación molar de 2:1:1:1 b) El tratamiento del polipéptido con el reactivo de Edman seguido de hidrólisis completa y de cromatografía indica la presencia de PTH-Tyr, y no se encontró Tyr libre C) El tratamiento con quimiotripsina seguido de cromatografía rendía Leu, Tyr y un péptido pequeño. La hidrólisis completa de éste último seguida de análisis indicaba que había Gly y Phe en relación 2:1
a) BrCN libera Gly Gly Leu Tyr b) El 1er aa es Tyr y ya no se encuentran más en la secuencia c) Se producen dos aa libres Leu y Tyr, y un péptido con Gly Gly y Phe, que tiene que terminar en Phe, ya que es el único sitio por donde puede cortar la quimiotripsina. El péptido es:
Tyr - Gly - Gly - Phe - Leu ----- --------------------- ---- cortes con la quimiotripsina
Si la Tyr fuera al final, se habrían encontrado 2 péptidos: Gly-Gly-Phe y Leu-Tyr, y no la Leu y Tyr libre como dice el enunciado.
Carboxipeptidasa B
libera Arg o Lys del C-terminal
