Tata Nama Enzim
Biasanya iasanya diberi akhiran ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis
Contoh: Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkohol
Urease: hidrolisis urea DNA polimerase: polimerase: polimerisasi nukleotida Protease: hidrolisis peptida Metiltransferase: transfer transfer gugus gugu s metil
Bagaimana dengan? atalase: reaksi H 2O2 menjadi H2O dan O2
Tripsin: Protease, Endopeptidase Pepsin: Proteasse, Endopeptidase
Jumlah enzim yang ditemukan meningkat
PERLU ADA ATURAN PERLU CARA SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB)
3196
2477
712
Prinsip Penamaan
Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang dikatalisisnya. Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan oleh enzim. Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik atau kofaktor tidak masuk dalam nama.
http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb Enzim mempunyai nama sistematis dan nama trivial. Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering digunakan
Tata Nama
Menurut Enzyme Commission (1961), enzim dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi yang dikatalisis. E.C.a.b.c.d ± ± ± ±
a. Kelas enzim b. subkelas enzim c. Sub-sub kelas enzim d.Sub-sub-sub kelas enzim
Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak berdasarkan mekanisme reaksi
Klasifikasi Enzim 1. Oksidoreduktase 2. Transferase 3. Hidrolase 4. Liase 5. Isomerase 6. Ligase
Oksidoreduktase
Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke yang lain. Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron 1. Alkohol 2. Aldehid atau keton 3. CH-CH 4. Amin primer 5. Amin sekunder 6. NADH atau NADPH Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron 1. NAD+ atau NADP+ 2. Fe 3+ 3. O2 99. Akseptor lain
Oksidoreduktase
Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase
±
EC. 1.1.1.1
±
Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase
±
Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase (Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O 2; dan dehidrogenase, untuk transfer H ke akseptor selain O2)
Transferase
Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil, amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain. AX + B
BX + A
Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang ditransfer. Nama sistematik ditulis menurut: Donor:akseptor gugus transferase
Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer ± ± ± ± ±
1. satu gugus karbon 2. Gugus Aldehid atau keton 3. Gugus Asil 4. Gugus glikosil 7. Gugus fosfat
Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang ditransfer ± ± ±
E.C.2.1.1: metiltransferase E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase
Untuk transfer gugus fosfat
E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus alkohol sebagai akseptor E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus karboksil sebagai akseptor E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus nitrogen sebagai akseptor Fosfotransferase mempunyai nama trivial dengan akhiran kinase
Contoh
ATP + D-glukosa 6-phosphate
ADP + D-glucose
Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase
Nama trivial: Heksokinase
EC number: 2.7.1.1 (2) transferase (7) phosphotransferase (1) gugus hidroksil sebagai akseptor (1) nomor seri yang diberikan secara acak
Hidrolase
Mengkatalisis reaksi hidrolis A-X + H2O
Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis
X-OH + HA
1. ester 2. glikosidik 4. peptida 5. C-N selain peptida
Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis Nama sistematik: nama substrat dikuti hidrolase .
E.C.3.1.1. Ester karboksilat
E.C.3.1.2. Ester tiol
E.C.3.1.3 Monoester fosfat
E.C.3.1.4 Diester fosfat
Liase
Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S. Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase. Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase, dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).
Digit kedua: ikatan yang diputus ±
±
±
±
1. C-C 2. C-O 3. C-N 4. C-S
Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C liase ±
±
±
1. gugus karboksil 2. gugus aldehid 3. gugus asam keto
Isomerase
Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul.
Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat.
Digit kedua: Jenis Reaksi 1. Rasemisasi atau epimerisasi 2. Isomerisasi cis-trans 3. Oksidoreduktase intramolekul 4. Reaksi transfer intramolekul
Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi 1. asam amino 2. asam hidroksi 3. Karbohidrat
Ligase
Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya. X
+ Y + ATP
X-Y + ADP + Pi
Nama sistematik X:Y ligase
Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk 1. C-O 2. C-S 3. C-N 4. C-C
Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase) E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida, sintase)
