PENGENALAN ALAT LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER PRATIKUM BIOLOGI MOLEKULER
Oleh : Nama :Yeni Setiyawan NIM
: 512014047
PROGRAM STUDY AGROTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN DAN BISNIS UNIVERSITAS KRISTEN SATYA WACANA SALATIGA 2016
I.
TUJUAN 1. Mahasiswa dapat mengetahui alat-alat apa saja yang terdapat pada laboratorium biologi molekuler. 2. Mahasiswa dapat mengetahui cara kerja alat – alat laboratorium biologi molekuler
II. No
beserta fungsinya. PEMBAHASAN Nama alat
. 1.
Micropipette
Penjelasan cara kerja : Pengoperasian Mikropipet Ada beberapa tahapan untuk mengoperasikan mikropipet secara benar yang antara lain : 1. Set volume 2. Pasang tip disposable 3. Tekan penyedot sampai pembatas pertama 4. Masukkan tip ke sampel 5. Ambil sampel 6. Tahan 7. Tarik tip 8. Keluarkan sampel 9. Tarik pipet 10.Lepaskan tekanan penyedot 11. Lepaskan tip - kelebihan dan kekurangan : Pipet otomatis ini mempunyai akuraritas dan presisi yang lebih baik daripada pipet gelas. Di samping itu setiap pipet dapat diset berapapun volumenya selama dalam range volume pipet. Meskipun produk mikropipet telah dirancang akurat dan presisi oleh pabriknya, alat tersebut tetap harus dikalabrasi jika digunakan untuk laboratorium yang 2.
terakreditasi. Micropipettetip
Penjelasan cara kerja : Tip merupakan pelengkap (pasangan) mikropipet yang diletakkan pada ujung pipet. P20 dan P200 menggunakan tip yang sama (yellow tip), sedangkan P1000 menggunakan tip yang lebih besar dan lebih panjang (blue tip). Ada juga yang disebut filter tip, yaitu tip yang dilengkapi filter dengan tujuan untuk mencegah kontaminasi. Tip jenis ini seringkali digunakan untuk pekerjaan yang berhubungan dengan RNA, seperti ekstraksi/ isolasi RNA, in situ hybridization, dan lain-lain. 3.
Rak micropipette
Penjelasan cara kerja : Cara meletakkan mikropipet di rak : Mikropipet yang telah digunakan di letakkan di rak dengan cara bagian tengah dan bawah disesuaikan dengan wadah rak. Kelebihan : menjaga micropipet agar tidak rusak 4.
Microtube eppendorf
Penjelasan cara kerja : Eppendorf Fungsi : Sebagai wadah tempat menyimpan larutan/campuran yang akan di gunakan dalam Vortex Cara pakai : masukkan larutan/campuran kedalam Eppendorf lalu tutup dan letakkan dalam vortex, aktifkan vortex dan selesai. 5.
Waterbath
Penjelasan cara kerja : Cara Kerja Alat : 1. Pada saat saklar diposisi “on” maka arus listrik dari sumber akan member suplay listrik ke heater. Heater yang diberi arus listrik memberikan panas pada alat, suhu semain tinggi , dan berhenti naik sampai suhu yang diinginkan. Fungsi Alat : a. Pemanasan pada suhu rendah 30°-100°c b. Menguapkan zat/larutan dengan suhu tidak terlalu tinggi c. Menginkubasi kultur mikrologi
6.
Sentrifuge
Penjelasan cara kerja : Cara kerja : 1) Centrifuge harus diletakkan dalam posisi yang datar air. 2) Bersihkan dinding bagian dalam dengan larutan antiseptic setiap minggu atau bila tumpahan atau ada tabung yang pecah. 3) Gunakan tabung dengan ukuran dan type yang sesuai untuk tiap centrifuge. 4) Beban harus dibuat seimbang sebelum centrifuge dijalankan. 5) Pastikan bahwa penutup telah menutup dengan baik dan kencang sebelum centrifuge dijalankan. 6) Periksa bantalan pada wadah tabung. Bila bantalan tidak ada maka tabung mudah pecah waktu dicenrifuge karena adanya gaya setrifugal yang kuat menekan tabung kaca 7.
ke dasar wadah. Vortex
Penjelasan cara kerja : Cara kerja : 1.Tabung reaksi diletakkan pada lubang tempat tabung. 2.Menekan tombol power hingga tempat meletakkan tabung bergerak. Dengan adanya
tegangan yang diberikan, maka tabung reaksi yang berisi larutan akan tercampur rata.
8.
Hotplate
Penjelasan cara kerja : Hot plate stirrer dan Stirrer bar (magnetic stirrer) berfungsi untuk menghomogenkan suatu larutan dengan pengadukan. Pelat (plate) yang terdapat dalam alat ini dapat dipanaskan sehingga mampu mempercepat proses homogenisasi. Cara kerja : a. Letakkan beaker glass diatas plate besi b. Hidupkan hot plate atur suhu dan waktunya. c. Setelah mendidih turunkan suhu kembali nol. Tunggu beaker glass agak dingin lalu angkat. 9.
Otoklaf/autoclave
Penjelasan cara kerja : Cara menggunakan autoclave: a.
Sebelum melakukan sterilisasi cek dahulu banyaknya air dalam autoklaf. Jika air
kurang dari batas yang ditentukan, maka dapat ditambah air sampai batas tersebut.
Gunakan air hasil destilasi, untuk menghindari terbentuknya kerak dan karat. b. Masukkan peralatan dan bahan. Jika mensterilisasi botol beretutup ulir, maka tutup harus dikendorkan. c.
Tutup autoklaf dengan rapat lalu kencangkan baut pengaman agar tidak ada uap
yang keluar dari bibir autoklaf. Klep pengaman jangan dikencangkan terlebih dahulu. d. Nyalakan autoklaf, diatur timer dengan waktu minimal 15 menit pada suhu 121oC. e. Tunggu samapai air mendidih sehingga uapnya memenuhi kompartemen autoklaf dan terdesak keluar dari klep pengaman. Kemudian klep pengaman ditutup (dikencangkan) dan tunggu sampai selesai. Penghitungan waktu 15’ dimulai sejak tekanan mencapai 2 atm. f. Jika alarm tanda selesai berbunyi, maka tunggu tekanan dalam kompartemen turun hingga sama dengan tekanan udara di lingkungan (jarum pada preisure gauge menunjuk ke angka nol). Kemudian klep-klep pengaman dibuka dan keluarkan isi autoklaf dengan hati-hati. 10.
Spektrofotometer
Penjelasan cara kerja : Fungsi : Sebagai Menugkur transmitans atau absorbans suatu cotoh yang dinyatakan dalam fungsi panjang gelombang. Dengan cara memisahkan cahaya menurut panjang gelombangnya masing-masing dan merekam hasil dari spektrum elektromagnetik. Prinsip kerja : mengukur konsentrasi suatu larutan berdasarkan absorbansi serapan warna dengan panjang gelombang tertentu. Cara Kerja : Lettakkan Cuvet pada tempatnya sesuai dengan posisi yang benar, masukkan larutan kurang lebih ¾ dari cuvet, lalu nyalakan Spektrofotometer dan atur kekuatan cahaya yang ingin di tembbakkan, nanti cahaya yang ditembakkan oleh Alat ini akan menembus larutan dan nanti akan diketahui nilai Absorbennya sehingga dapat
diketahui larutan tersebut pekat atau tidak. Kelebihan : spektrofotometer dibandingkan fotometer adalah panjang gelombang dari sinar putih lebih dapat terseleksi dan ini diperoleh dengan alat pengurai seperti prisma, grating ataupun celah optis. Pada fotometer filter, sinar dengan panjang gelombang yang diinginkan diperoleh dengan berbagai filter dari berbagai warna yang mempunyai spesifikasi melewatkan trayek panjang gelombang tertentu. 11.
Shaker
Penjelasan cara kerja : Cara kerja : 1.Sambung kabel ke stop kontak 2.Letakkan laboratory glassware pada shaker platform 3.Atur waktu shaker menggunakan tombol (range 1—999 menit) 4.Atur kecepatan shaker menggunakan tombol (range 50—250 rpm) 5.Tekan tombol start 6.Setelah setting waktu telah habis, shaker berhenti secara automatis dan timer memberikan signal suara 7.Tekan tombol off 8.Cabut kabel dari stop kontak 12.
Microwave
Penjelasan cara kerja : Dalam penggunaan oven, setelah pintu oven dibuka, alat yang ingin dikeringkan dimasukkan kedalam oven dan pintu ditutup kembali. Setelah itu, tombol POWER ditekan, kipas dinyalakan dan kecepatan kipas juga diatur. Kemudian set suhu dengan menekan tombol SET. Layar SV akan menunjukkan suhu yang diinginkan. Tunggu hingga layar PV menunjukkan suhu yang hampir sama dengan layar SV. Lalu oven 13.
dimatikan dengan menekan tombol POWER. Alat dikeluarkan dari dalam oven. Elektroforesis
Penjelasan cara kerja : Cara kerja : 1. Bila gel sudah beku, lepaskan comb secara hati-hati. 2. Letakkan gel di dalam elektroforesis tank yang sudah berisi larutan. Perhatikan cara meletakkannya. Elektroforesis tank dapat disii dengan 3 casting gel. 3. Tambahkan larutan secukupnya sampai gel-gel terbenam seluruhnya. 4. Untuk mewarnai DNA buah, tambahkan 100μl perwarna DNA (crystal violet dalam 20% gliserol) pada DNA yang disimpan dari minggu yang lalu di tabung mikrosentrifus 5. Gunakan mikropipet untuk menghisap 20μL sampel DNA buah dan secara hati-hati masukkan ke dalam “well”/sumur tertentu. Pada saat memasukkannya, pastikan ujung dari tip sudah sedikit masuk pada lubang well gel elektroforesis. Catat posisi dan urutan sampel grup Anda pada halaman hasil praktikum ini. 6. Untuk mewarnai DNA manusia, campur 10μl DNA dari sel epitelial dengan 10μl perwarna DNA di atas parafilm dan langsung masukan semuanya (20μl) ke sumur gel. Kemudian,
dengan parafilm baru lagi, campur 10μl DNA dari sel darah dengan 10μl perwarna DNA di atas parafilm dan langsung masukan semuanya (20μl) ke sumur gel. Catat posisi dan urutan sampel grup Anda pada halaman hasil praktikum ini. 7. Nyalakan mesin elektroforesis selama 30 menit dengan tegangan 90V. Sampelsampelnya akan mulai bergerak ke katode, (DNA bermuatan negatif) 8. Matikan mesin elektroforesis secara sempurna. 9. Dengan sangat hati-hati keluarkan gel dan letakan pada tray yang disediakan. Gambarkan pada halaman hasil praktikum ini hasil yang diperoleh. 10. Pindahkan ke alat “UV reader” supaya hasilnya lebih jelas lagi. Foto hasilnya 14.
Denature gradient gel electrophoresis (DGGE)
Penjelasan cara kerja : Prinsip kerja DGGE adalah untuk memisahkan suatu fragmen DNA yang memiliki ukuran yang sama berdasarkan perbedaan konten GC ketika mengalami denaturasi. DGGE membutuhkan suatu denaturan bahan kimia seperti urea dan formamide. Ketika suatu fragmen double stranded DNA bermigrasi di dalam gel dan mencapai daerah yang mengandung denturan, rantai DNA mulai mengalami denaturasi, pada titik ini migrasi dari fragment DNA tersebut terhenti. Perbedaan sequence GC diantara fragmen yang memiliki ukuran sama tersebut menyebabkan perbedaan karakteristik dari masing masing fragmen ketika terjadi denaturasi sehingga menyebabkan fragmen DNA yang memiliki ukuran yang sama dapat terpisah (Madigan, 2008). Selanjutnya hasil elektroforesis ini akan dipotong dan kemudian dilakukan sekuensing terhadap tiap-tiap pita yang ada pada gel elektroforesis. Kemudian akan dilakukan analisis dengan menggunakan software Bioinformatika terhadap hasil sekuensing tersebut.
15.
Polymerase Chain Reactions(PCR)
Penjelasan cara kerja : Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi (perbanyakan) primer oligonukleotida diarahkan secara enzimatik urutan DNA spesifik. Teknik ini mampu memperbanyak sebuah urutan 105-106-kali lipat dari jumlah nanogram DNA template dalam latar belakang besar pada sequence yang tidak relevan (misalnya dari total DNA genomik). Sebuah prasyarat untuk memperbanyak urutan menggunakan PCR adalah memiliki pengetahuan, urutan segmen unik yang mengapit DNA yang akan diamplifikasi, sehingga oligonucleotides tertentu dapat diperoleh. Hal ini tidak perlu tahu apa-apa tentang urutan intervening antara primer. Produk PCR diamplifikasi dari template DNA menggunakan DNA polimerase stabil-panas dari Thermus aquaticus (Taq DNA polimerase) dan menggunakan pengatur siklus termal otomatis (PerkinElmer/Cetus) untuk menempatkan reaksi sampai 30 atau lebih siklus denaturasi, anil primer, dan polimerisasi. Kegunaan : Polymerase Chain Reaction (PCR) dapat digunakan untuk: a. amplifikasi urutan nukleotida. b. menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi. c. bidang kedokteran forensik. 16.
melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan “finger print”. UV Transilluminator dan kacamata lab
Penjelasan cara kerja : Cara kerja : UV transiluminator untuk visualisasi pewarnaan DNA didalam gel agarosa. UV Transilluminators digunakan untuk men-visual-kan DNA setelah di loading atau running dalam DNA elektroforesis. Kaca mata lab untuk melindungi mata dari cipratan larutan yang dapat membahayakan mata.
III.
DAFTAR PUSTAKA Anonim1.
2013.
Pengertian
http://azisjunior.blogspot.co.id/2013/08/
oven
dan
cara
kerjanya.
pengertian-oven-dan-cara-penggunaan.html.
Diakses pada 19/06/2016 pukul 16.37. Anonim2. 2007. Cara kerja eletroforesis. http://openwetware.org/images/d/d7/ 07_praktikum_elektroforesis.pdf. Diakses pada 19/06/2016 pukul 16.48. Choudhary, M.I., 2008. Keselamatan dan keamanan laboratorium kimia. Yudsitira. Jakarta.
Halman. 2005. Manfaat teknik kultur jaringan pada tanaman. Universitas Gadjah Mada Press. Jakarta. Rahmi.
2014.
Prinsip
http://amyrahmiamalia.blogspot.co.id
waterbath
dalam
laboratorium.
/2014/01/waterbath-alat-laboratorium.html.
Diakses pada 19/06/2016 pukul 16.57. Yulita. 2012. Pengenalan alat laboratorium bioteknologi. Fakultas Pertanian. Universitas Hasanuddin. Yuwono Triwibowo. 2008. Bioteknologi pertanian. Universitas Gadjah Mada Press. Jakarta.
