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Tipos de Elementos EstructuralesDescripción completa
Motivos estructurales responsables de la unión de DNA con proteínas Valeria Paz Figueroa
Función del DNA dependiente de proteínas •
En muchos procesos biológicos •
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Control de la expresión génica por factores de transcripción
Los factores de transcripción tienen la capacidad de reconocer e interaccionar con secuencias concretas de DNA •
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Variaciones locales a la estructura 3D Interacción directa de la proteína con las bases
Motivos de unión a DNA •
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Regiones estructurales que hacen parte de la estructura terciaria de una proteína Interacción con el surco mayor Puede contactar con varios puntos del DNA y provocar una modificación conformacional (RNA polimerasa)
Motivos estructurales frecuentes
Hélice-giro-hélice •
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helix-turn-helix
En proteínas reguladoras de la expresión génica Formado por dos segmentos peptídicos en α-hélice separadas por una secuencia flexible de aminoácidos Hélice de reconocimie nto se encaja al surco de DNA
Los residuos aminoácidos reaccionan con las bases nitrogenadas
La segunda αhélice queda sobre la de reconocimient o y al exterior del DNA
Se fija la posición relativa de los dos segmentos
Aminoácidos en la cara opuesta de la misma hélice establecen relaciones con otros de la segunda
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Pueden presentarse dos motivos o asociarse dos proteínas (dímeros) con su propio HTH (distancia de 3.4nm) Actúan regulando procesos de transcripción en bacterias (AMP cíclico) y virus (proteína Cro del fago lambda)
Hélice-bucle-hélice •
helix-loop-helix
También dos segmentos, pero con un péptido que los une más largo
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Formación de proteínas diméricas
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Proteína Max de ratón
Motivo homeodominio •
Ampliación de HTH
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Tiene un tercer tramo en α-hélice
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Proteínas reguladoras del desarrollo embrionario
Dedo de zinc •
Zinc finger
Proteínas eucariotas como factor de transcripción TFIIIA y el receptor de estrógenos
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Frecuentemente tiene más de un motivo
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Formado por 30 aminoácidos
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Su secuencia consenso es
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La unión de al Zn obliga a la formación de plegamientos; su conformación 3D alargada forma dedos
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Existe la variante C4 donde el ión metálico se coordina con 4 Cys en la secuencia consenso Se forman segmentos en αhélice En receptores de esteroides
Cremallera de leucina • •
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Residuo de leucina cada 7 aminoácidos Conformación α-helicodial lleva a concentración de los aminoacidos hidrofóbicos en un lado Dos cadenas peptídicas pueden asociarse hidrofóbicamente, intercalando sus restos de Leu α-hélice en el otro extremo encajan en el surco mayor de DNA Aparecen en las proteínas reguladoras bZIP
