KONSEP TERJADINYA SPESIASI ALOPATRIK
Oleh : Nama
: Maria Pricilia Gita Permana Putri
NIM
: B1A015068
Rombongan : IV Kelompok
:1
Asisten
: Tsara ’
Hanifah
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN I
KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN FAKULTAS BIOLOGI PURWOKERTO 2017
I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Identifikasi hubungan kekerabatan antara hewan memainkan peran sentral dalam pemuliaan
hewan,
kuantitatif
genetika,
biologi
konservasi
dan
ekologi.
Keanekaragaman genetik dan kesimpulan dari hubungan keluarga menggunakan tanda molekul di tingkat DNA telah tumbuh secara konsisten selama dua dekade terakhir. Mikrosatelit masih diakui sebagai penanda genetik sangat efektif untuk tujuan ini, karena mereka biasanya ditemukan di genom, biasanya menampilkan banyak alel perlokus dan dominan penanda. Keturunan kekerabatan studi menggunakan tanda mikrosatelit telah dilakukan dibeberapa spesies, misalnya penanda mikrosatelit telah digunakan dalam tes progeny untuk menilai keturunan. Hubungan koefisien atau koefisien keterkaitan didefinisikan sebagai probabilitas
bahwa setiap dua individu berbagi gen yang diberikan berdasarkan dari keturunkan satu nenek moyang, dan koefisien ini menghitung proporsi gen dua orang yang memiliki kesamaan sebagai hasil hubungan genetik (Clark et al., 2012). Kekerabatan mencakup dua pengertian, yaitu kekerabatan filogenetik dan kekerabatan fenetik. Kekerabatan fenetik ditentukan oleh banyaknya persamaan sifat-sifat yang tampak. Makin banyak jumlah ciri yang yang mirip antara dua takson yang di bandingkan, berarti makin dekat hubungan kekerabatanya dan sebaliknya semakin sedikit jumlah ciri yang mirip antara dua takson, berarti semakin jauh hubungan kekerabatannya (Mayr, 1982). Kekerabatan filogenetik ditentukan berdasarkan asal usul nenek moyang sesuai perkembangan atau proses evolusi. Filogenetik merupakan studi yang membahas tentang hubungan kekerabatan antar berbagai macam organisme melalui analisis molekuler dan hubungan berdasarkan nenek moyang. Evolusi adalah proses gradual, suatu organisme yang memungkinkan spesies sederhana menjadi lebih kompleks melalui akumulasi perubahan dari beberapa generasi (Clifford & Stephenson, 1975). Aturan spesiasi dari British Ornithological Union (BOU) juga dibingkai menggunakan konsep "tingkat divergensi setara dengan penemuan pada hubungan spesies simpatrik". Konsep dari spesies mungkin tidak penting untuk memahami evolusi atau spesiasi. Namun, ini adalah unit diperlakukan dengan konservasionis dan pembuat kebijakan untuk merumuskan hokum nasional dan internasional, dan karenanya konsisten dan proses yang transparan harus diikuti dalam mengevaluasi persamaan (Praveen & Nameer, 2012). Software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) dikembangkan untuk analisis perbandingan dari sekuen DNA dan protein yang bertujuan pada dugaan susunan evolusi molekuler gen, genome, dan kadang-kadang spesies. MEGA sekarang ini menggambarkan pada dua edisi, edisi a graphical user interface (GUI) dengan sentuhan visual untuk penjelajahan hasil analisis data dan a command line edition (MEGA-CC) yang mengoptimalkan dari penggabungan analisis saluran (Tamura et al, 2013).
B. Tujuan
Tujuan praktikum acara Konsep Terjadinya Spesiasi Alopatrik, antara lain :
1.
Praktikan dapat memahami konsep spesiasi.
2.
Praktikan dapat memahami konsep spesiasi pada ikan.
3.
Praktikan dapat menggunakan software aplikasi komputer yang mendukung penelitian tentang konsep terjadinya spesiasi.
II. TINJAUAN PUSTAKA
Menurut Mayr (1963), spesies adalah kelompok populasi ilmiah yang secara aktual maupun potensial bisa saling kawin, dan menghasilkan keturunan yang fertil dan kelompok ini secara reproduktif terisolasi dari kelompok lain. Sedangkan, spesiasi adalah proses suatu spesies berdivergen menjadi dua atau lebih spesies. Spesiasi dihasilkan oleh isolasi reproduksi yang diikuti dengan divergensi genealogis pada organisme yang berkembang biak secara seksual. Terdapat empat mekanisme spesiasi menurut White (1978), yaitu: 1.
Spesiasi Alopatrik
Spesiasi alopatrik adalah spesiasi populasi yang terbagi dua.Salah satunya populasi alopatrik geografis terisolasi, misalnya fragmentasi habitat akibat perubahan geografis seperti dengan adanya gunung atau perubahan sosial seperti emigrasi. Populasi yang terisolasi kemudian mengalami perbedaan genotipik dan fenotipik, mereka mengalami tekanan selektif yang berbeda atau secara independen mereka mengalami pergeseran genetik. Ketika populasi kembali kedalam kontak, mereka telah berkembang dan tidak lagi mampu bertukar gen. Gen pool terisolasi untuk menghasilkan sifat-sifat yang tidak biasa. 2.
Spesiasi Peripatrik Spesiasi peripatrik adalah spesiasi yang terjadi ketika sebagian kecil populasi organisme terisolasi dalam sebuah lingkungan yang kecil dari populasi tetua. Spesiasi peripatrik dapat mengurangi variasi genetik karena tidak kawin secara acak dan akhirnya dapat mengakibatkan hilangnya variasi genetik. Populasi baru dapat berubah, baik secara genotipe maupun fenotipe dari populasi asalnya. Populasi baru berpisah dari populasi induk akan tetapi masih berada di area mengarah ke terbentuknya evolusi.
3.
Spesiasi Parapatrik/ Semi Geografik Spesiasi parapatrikterbentuk melalui isolasi dan dapat membentuk populasi kecil yang dapat dicegah dari pertukaran gen dengan penduduk asli. Hal ini terkait dengan konsep efek pendiri karena populasi kecil sering mengalami kemacetan. Spesiasi parapatrik adalah dua zona populasi divergen yang terpisah tetapi saling tumpang tindih. Hanya ada pemisahan parsial yang terjadi oleh geografi, sehingga individu-individu dari setiap spesies bisa masuk dalam kontak atau saling terhalang dari waktu ke waktu, tetapi keutuhan dapat mengurangi heterozigot yang mengarah ke seleksi alam untuk perilaku atau mekanisme yang mencegah perkembangbiakan antara kedua spesies.
4. Spesiasi Simpatrik Spesiasi simpatrik adalah spesiesi yang terjadi karena mendiami suatu tempat yang sama. Spesiasi simpatrik sering ditemukan pada hewan serangga yang memiliki ketergantungan pada tanaman inang host yang berbeda di daerah sama. Model spesiasi simpatrik meliputi spesiasi gradual dan spontan. Jika bastar antara dua spesies diploid membentuk tetraploid, maka akan memperbesar isolasi reproduktif dari tetua yang diploid. Keturunan triploid akibat backcross
mempunyai proporsi aneuploidi yang tinggi, karena gamet membawa cacat bawaan. Pembatasan interbreeding diantara bentuk diploid dan tetraploid dapat muncul, tetapi tidak pada poliploidi. Mutasi tunggal atau perubahan kromosom menimbulkan isolasi reproduktif lengkap didalam satu tahap tidak akan sukses bereproduksi, kecuali jika ada perkawinan inbreeding (perkawinan dalam keluarga yang membawa mutasi baru). Dua pengaruh utama spesiasi menurut Campbell et al. (2012), yaitu : 1. Isolasi geografis, karena selama populasi dari spesies yang sama masih berhubungan secara langsung atau tidak, gen flow tidak dapat terjadi. 2. Isolasi reproduktif, terjadi karena keberadaan faktor biologi/barier yang menghalangi anggota dari dua spesies dalam menghasilkan keturunan yang fertil. Barier yang ada akan memblokir aliran gen diantara spesies dan membatasi terbentuknya hybrid (anak yang dihasilkan dari perkawinan antar spesies. Preparat yang digunakan pada acara Konsep Terjadinya Spesiasi Alopatrik adalah ikan Baceman/Baung ( Hemibagrus nemurus). Ikan Baceman memiliki bentuk tubuhnya kombinasi dengan letak mulut subterminal. Ikan ini memiliki empat pasang sungut, panjang sungut rahang atas mencapai belakang sirip perut, sedangkan panjang sungut hidung mencapai mata, garis rusuk lurus, sirip lemak berukuran sama panjang dengan sirip dubur dan ujung sirip lemak berwarna hitam, jari-jari terakhir pada sirip punggung dan sirip dada bergerigi dan pada bagian atas kepala kasar, bentuk sirip ekor bercagak. . Ikan yang tertangkap memiliki panjang total tubuh berkisar antara 1027,8 cm dengan bentuk tubuh kombinasi, kepala pipih dorsoventral dan badan pipih dorsolateral dengan posisi mulut sub-terminal. Rumus jari-jari sirip ikan baceman yang diamati yaitu: D.I.7-8, V.6, P.I.8, A.11-12, C.22. (Bhagawati et al, 2013). Menurut Saanin (1984) dan Kottelat et al. (1993), karakter morfologi H. nemurus adalah sirip punggung berjari-jari keras yang tajam; sirip dubur pendek; sirip ekor bercagak; mempunyai sirip lemak yang sama panjangnya dengan sirip dubur yang terpisah dari sirip punggung; memiliki 12-13 jari-jari sirip dubur dan panjang total dapat mencapai 57 cm. Molecular Evolutionary Genetics Analysis versi 5 (MEGA 5.05) merupakan program aplikasi komputer yang didesain untuk membandingkan dan menganalisis sekuens gen yang homolog. Penambahan terbaru di MEGA 5.05 adalah kumpulan maximum like likelihood (ML) untuk menyimpulkan pohon evolusioner, pemilihan
model substitusi kecocokan (asam amino atau nukleotida), menemukan nenek moyang dan memperkirakan tingkat evolusi. Program ini menganalisis jauh dekat hubungan kekerabatan berdasarkan identik atau tidak identiknya pasangan nukleotida antar individu atau spesies yang berbeda. Program ini tidak hanya memungkinkan menggunakan metoda statistik dan komputasi tetapi juga membantu saintis untuk memilih metode dan algoritma terbaik untuk memahami fungsi, evolusi dan adaptasi gen dan spesies. Software MEGA 5.05 digunakan untuk dua tujuan pokok, yaitu pengambilan kesimpulan hubungan evolusi dari sekuens yang homolog dan memperkirakan keragaman evolusi netral dan selektif diantara sekuens. Program ini juga dilengkapi dengan hasil berupa pohon filogenetik dan matriks jarak evolusi. Program
MEGA
5
mungkin
termasuk
salah
satu
program
sistematika
filogenetik/cladisme. Tugas-tugas yang dapat dilakukan dengan software ini meliputi urutan kekerabatan, analisis model substitusi DNA, kodon, protein, reverse transcriptase, serta untuk variasi tingkat dan komposisi dasar, inferensi phylogeny, perhitungan jarak, tes seleksi, dan kalibrasi jam molekuler. Terdapat lima jenis test yang disediakan toolbar filogeni pada MEGA 5.05, Construct/Test Maximum Likelihood Tree, Construct/Test Neighbor-joining Tree (NJ), Construct/Test Minimun Evolution Tree (ME), Contruct/Test UPGMA Tree, dan Construct/Test Maximum Parsimony Tree (MP) (Tamura et al., 2011). Seleksi mendorong spesiasi dan diikuti oleh perbedaan genom yang luas, karena berkurangnya aliran gen (pada populasi rekombinasi) atau divergensi mutasi (dalam populasi klon). Jika divergensi genom yang luas tidak mengikuti, spesiasi tidak terjadi (atau terhenti pada tahap sangat awal) dan kita ditinggalkan dengan ekologi gen. Spesies bisa ditempatkan dalam spektrum keanekaragaman hayati, dari molekul ke biosfer (Saphiro et al., 2016).
III. MATERI DAN METODE
A. Materi
Alat-alat yang digunakan pada praktikum acara Konsep Terjadinya Spesiasi Alopatrik adalah bak preparat, pinset, jangka sorong, stereofoam, kertas milimeter, jarum pentul, kamera, dan laporan sementara. Bahan-bahan yang digunakan pada praktikum acara Konsep Terjadinya Spesiasi Alopatrik adalah beberapa spesimen ikan baceman dari beberapa tempat. B. Metode
Metode yang dilakukan pada praktikum acara Konsep Terjadinya Spesiasi Alopatrik, antara lain : 1.
Preparat diletakkan diatas kertas milimeter blok yang telah dialasi dengan stereofoam.
2.
Preparat diukur morfologi tubuhnya berdasarkan titik-titik patokan dan hasilnya digambar dan dicatat.
3.
Preparat dihitung jumlah perbedaan pada morfologi dibandingkan dengan preparat yang lain.
4.
Dibuat pohon filogenetik dari jumlah perbedaan morfologi preparat yang sudah dihitung sebelumnya.
5.
Hubungan kekerabatan antar preparat dianalisis lebih lanjut menggunakan software MEGA 5.05.
6.
Hasil yang diperoleh dimasukkan ke dalam laporan praktikum.
B. Pembahasan
Spesies adalah kelompok populasi pada waktu dan tempat yang sama, yang bisa saling kenal, terisolasi secara reproduksi dari kelompok lain, dan dapat menghasilkan keturunan yang fertil. Spesiasi adalah terbentuknya spesies baru dan dipengaruhi oleh dua faktor, yaitu isolasi geografis dan isolasi reproduksi. Spesies yang terisolaso secara geografis, biasanya memisahkan diri dari kelompoknya karena sumberdaya di daerah lain, seperti makanan, lebih besar jumlahnya daripada di daerah asalnya. Secara terpisah secara geografis, sastu spesies yang terpisah itu akan bertemu kembali pada satu titik, tetapi tidak saling breeding (kawin). Oleh sebab itu, isolasi reproduksi merupakan kelanjutan daru isolasi geografis. Beberapa model spesiasi, antar a lain : 1. Spesiasi Alopatrik : Spesiasi yang terjadi karena adanya isolasi geografis. Contohnya pada harimau Jawa dan Sumatera. 2. Spesiasi Simpatrik : Spesiasi yang terjadi akibat adanya perubahan materi genetik dan dalam lokasi yang sama. Contohnya pada burung finches di Galapagos mempunyai bentuk psruh yang berbeda-beda karena adanya perubahan lingkungan, salah satunya perbedaan makanan. 3. Spesiasi Parapatrik : Spesiasi yang penyebaran spesies-spesiesnya berbeda, tetapi daerahnya berdekatan. Kemudian, mereka bertemu di suatu titik yang sempit. Apabila digambarkan seperti diagram Venn. Contohnya perbedaan antara ikan di huku dan hilir. Warna ikan di hulu biasanya lebih terang karena tidak banyak terkontaminasi bahan-bahan di sungai, sedangkan ikan di hilir warnanya lebih gelap karena sudah banyak terkontaminasi. Mereka berada di dalam satu sungai, sehingga suatu waktu akan bertemu tetapi tidak bisa breeding (kawin). 4. Spesiasi Peripatrik :
Spesiasi
akibat adanya
perbedaan relung (nische).
Contohnya perbedaan relung Bivalvia di suatu daerah pantai dan laut yang saling berdampingan.
Praktikum kali ini menggunakan preparat ikan Baceman ( Hemibagrus nemurus) yang diambil dari tiga sungai yang berbeda, yaitu Banjaran, Klawing, dan Serayu. Ikan yanng diambil dari Sungai Banjaran dikodekan dengan huruf B, yang diambil dari Sungai Klawing dikodekan C, dan dari Sungai Serayu dikodekan dengan huruf A. Awalnya, ketiga ikan tersebut merupakan satu spesies, tetapi terpisah secara geografis dalam waktu yang lama. Namun, perbedaan ketiganya tidak terlalu spesifik. Ciri umum dari ketiga ikan ini adalah adanya sirip adiposa untuk menyimpan lemak. Ketiga spesies ikan ini memiliki ciri khusus masing-masing, yaitu : 1. Ikan Baceman Serayu
:
Bentuk tubuhnya lebih buntal/gemuk dari ikan Baceman dari Sungai Klawing dan Banjaran. Struktur kepala mirip dengan Klawing.
2. Ikan Baceman Klawing :
Struktur kepalanya lebih mempunyai ‘ shape’ dan lebih terlihat agresif.
3. Ikan Baceman Banjaran : Bentuk tubuhnya lebih ramping (compress), struktur kepalanya lebih tumpul, tidak terlalu agresif, dan tubuhnya paling licin diantara dua ikan lainnya. Tahap-tahap yang dilakukan untuk melihat spesiasi alopatrik ikan Baceman ( Hemibagrus nemurus), antara lain : 1.
Pengukuran truss morphometrics dari ketiga ikan Baceman, lalu hasil pengukuran dari dua spesies dihitung selisihnya.
2.
Hasil selisih truss morphometrics-nya dikonversi kedalam basa-basa nitrogen dengan persyaratan sebagai berikut : a. Digunakan dua angka dibelakang koma. b. Jika selisih bilangan bulat : 0-30 31-60 61 >
= A dan T = T dan C = C dan G
Jika selisih bilangan desimal : 0-0 = A 0-3 = A dan T 4-6 = T dan C 7 ≥ = C dan G
Contoh perhitungan yang dimasukkan ke bilangan bulat adalah 26,42 memiliki basa A da T. Contoh perhitungan yang dimasukkan ke bilangan desimal adalah 0,07 memiliki basa C dan G. c. Basa A < T < C < G Jika hasil pengukuran truss moprhometrics hasilnya lebih kecil, maka basa yang dipakai adalah basa yang lebih kecil dan basa hasil truss morphometrics yang lebih besar. Contohnya hasil pengukuran truss morphometrics-nya 0,14 dan 0,13 mempunyai selisih 0,01, dimana 0,01 memiliki basa A dan T. Karena A lebih kecil dari T, maka 0,13 memiliki basa A dan 0,14 memiliki basa T. 3.
Setelah dikonversi kedalam basa-basa nitrogen, basa-basa nitrogen dua spesies yang berbeda dibandingkan sesuai dengan tabel. Jika persamaannya banyak, maka diberi tanda positif (+) dan jika perbedaannya banyak diberi tanda (-).
4.
Setelah didapatkan persamaannya, hitung matriksnya dengan rumus persamaan perbandingan dua spesimen dibagi banyaknya titik truss morphometrics-nya yaitu 33 titik. 33 titik tersebut yaitu (1) panjang total, (2) panjang standard, (3) lebar badan, (4) panjang moncong/panjang kepala, (5) panjang kepala, (6) panjang rahang, (7) tinggi kepala, (8) lebar kepala, (9) panjang garis badan truss 1, (10) tinggi badan truss 1, (11) jarak antara pangkal belakang kepala dengan pangkal depan sirip dorsal, (12) jarak diagonal pangkal depan sirip dorsal dengan pangkal depan sirip abdominal, (13) jarak antara diagonal pangkal belakang sirip dorsal dengan pangkal depan sirip pektoral, (14) panjang sirip abdominal, (15) tinggi badan truss 12, (16) panjang sirip dorsal, (17) jarak diagonal pangkal belakang sirip dorsal dengan pangkal belakang sirip abdominal, (18) jarak diagonal pangkal depan sirip adiposa dengan pangkal depan sirip abdominal, (19) jarak antara pangkal belakang sirip abdominal dengan pangkal depan sirip anal, (20) tinggi badan truss 3, (21) jarak antara pangkal depan sirip adiposa dengan pangkal belakang sirip dorsal, (22) jarak diagonal pangkal depan sirip adiposa dengan pangkal depan sirip anal, (23) jarak diagonal pangkal belakang sirip adiposa dengan pangkal belakang sirip abdominal, (24) pangkal sirip anal, (25) tinggi badan truss 4, (26) panjang sirip adiposa, (27) jarak diaginal pangkal belakang sirip adiposa dengan pangkal belakang sirip anal, (28) jarak diagonal pelipatan ekor bagian ventral dengan pangkal sirip anal, (29) jarak antara pangkal
belakang sirip anal dengan pelipatan ekor bagian ventral, (30) jarak antara pelipatan ekor bagian ventral dengan pelipatan ekor bagian dorsal, (31) jarak antara pelipatan ekor bagian dorsal dengan pangkal belakang sirip adiposa, (32) jarak diaginal pangkal belakang sirip adiposa dengan pelipatan ekor bagian ventral, dan (33) jarak diagonal pelipatan ekor bagian dorsal dengan pangkal belakang sirip anal. Kelompok kami membandingkan ikan Baceman Serayu dengan kode A1 dan Banjaran dengan kode B1. Lalu, dibandingkan lagi dengan kelompok 2 menggunakan spesies ikan yang sama , hanya kodenya yang berbeda, yaitu A2 dan B2. Berdasarkan hasil konversi basa nitrogen, spesies A1B1 memiliki 0 persamaan, A1B2 8 persama an, A2B1 4 persamaan, A2B2 3 persamaan, A1A2 12 persama an , dan B1B2 8 persamaan. Hasil perhitungan matriks menunjukkan A1B1 memiliki nilai 0, A1B2 bernilai 0,24, A2B1 bernilai 0,12, A2B2 bernilai 0.09, A1A2 bernilai 0,36, dan B1B2 bernilai 0,24. Sehingga, persanaan yang paling banyak terdapat pada A1A2. Berikut ini basa-basa nitrogen spesies A1 dengan B1 : A1
=
(1) T, (2) T, (3) G, (4) G, (5) C, (6) C, (7) C, (8) C, (9) C, (10) C, (11) C, (12) T, (13) C, (14) A, (15) C, (16) T, (17) C, (18) C, (19) T, (20) C, (21) T, (22) C, (23) C, (24) A, (25) T, (26) A, (27) T, (28) C, (29) C, (30) T, (31) T, (32) C, (33) C.
B1
=
(1) A, (2) A, (3) C, (4) C, (5) T, (6) G, (7) G, (8) G, (9) G, (10) G, (11) G, (12) C, (13) G, (14) T, (15) G, (16) A, (17) G, (18) G, (19) A, (20) G, (21) A, (22) G, (23) C, (24) T, (25) C, (26) T, (27) C, (28) G, (29) G, (30) C, (31) C, (32) G, (33) G.
Berikut ini langkah-langkah menggunakan software MEGA 7 : 1.
MEGA 7 dibuka, lalu pilih Align, Edit/Build Alignment, Crate a new alignment,
2.
dan
OK.
Pilih DNA, klik Insert a new blank sequence, lalu tekan Ctrl + N untuk menambahkan menjadi 4 sequence. Kotak kecil disamping Group name diisi dengan basa-basa nitrogen yang sudah dikonversi dari dua spesies ikan Baceman (setiap kelompok berbeda). Sebelumnya, buka file yang berisikan data konversi basa (dalam bentuk Word) terlebih dahulu, lalu Copy-Paste.
3.
Klik Data, Export Alignment, MEGA Format, lalu Save di folder yang diinginkan dan mudah dicari, serta filenya diberi nama yang sama pada Input title of data, OK, Yes.
4.
Close MEGA 7. Lalu, pilih File, Open File, dan cari file yang sebelumnya sudah disave.
5.
Pilih Phylogeny, lalu pilih Construct/Test Neighbor-Joining Tree atau Construct UPGMA Tree Berikut ini penjelasan dari pilihan pada Phylogeny : a.
Construct/Test Maximum Likelihood Tree Hampir sama seperti Parsimony Tree, bedanya Likelihood Tree ada pembobotan tiap basanya. Pembobotan memiliki makna bahwa setiap perubahan basa dibutuhkan energi.
b.
Construct/Test Neighbor-Joining Tree Menggunakan jarak cabang terpendek, tidak berdasarkan evolusi, dan menggunakan ciri-ciri fenetik (kemiripan).
c.
Construct/Test Minimum-Evolution Tree Menggunakan cabang terpendek dari tingkat evolusi dan perbedaan fenetiknya.
d.
Construct/Test UPGMA Tree UPGMA (Unweighted Pair Group Method With Arithmetic Mean) menggunakan selisih antar basa dan basanya tidak diberi pembobotan.
e.
Construct/Test Maximum Parsimony Tree(s) Cabang terpendek menggunakan evolusi dan tidak memperhatikan bobot setiap basanya.
6.
Setelah
memilih
Construct/Test
Neighbor-Joining
Tree
atau
Construct
UPGMA Tree, pada pilihan Test of Phylogeny ubah menjadi Bootstrap method dengan jumlah pohon filogeni sebanyak 1000. Kemudian, pada Mode/Methode ubah menjadi p-distance.
7.
Pilih Compute dan kita mendapatkan hasil berupa fenogram, Jika kita ingin menyamakan jarak tiap cabangnya, pilih Display Only Topology. Setelah itu, fenogram tersebut dapat kita Save.
V. KESIMPULAN DAN SARAN
A.Kesimpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan, dapat disimpulkan bahwa : 1.
Spesiasi adalah terbentuknya spesies baru yang dipengaruhi oleh isolasi geografis dan isolasi reproduksi. Model spesiasi antara lain, spesiasi alopatrik, simpatrik, parapatrik, dan peripatrik.
2.
Spesiasi yang terjadi pada spesies ikan Baceman ( Hemibagrus nemurus) adalah spesiasi alopatrik karena terpisah secara geografis di tiga sungai yang berbeda, yaitu Sungai Serayu, Klawing, dan Banjaran dalam waktu yang lama. Perbedaan ketiganya tidak terlalu spesifik dan ciri umum ketiganya memiliki sirip adiposa. Hasil spesiasinya antara lain, ikan Baceman Serayu bentuk tubuhnya lebih gemuk/buntal, ikan Baceman Klawing struktur kepalanya lebih memiliki ‘ shape’ dan lebih agresif, serta ikan Baceman Banjaran yang bentuk tubuhnya lebih ramping, struktur kepala lebih tumpul, tidak terlalu agresif, dan tubuhnya paling licin diantara dua ikan lainnya.
3.
Penggunaan software MEGA 7 dapat memperlihatan hubungan fenetik diantara ketiga ikan Baceman. Hasil yang didapatkan dari pengaplikasian software ini adalah sebuah fenogram dengan model Neighbor-Joining Tree atau UPGMA Tree.
B. Saran
Saran untuk praktikum kali ini yaitu, penjelasan mengenai perbedaan diantara ketiga ikan Baceman lebih diperkaya lagi.
DAFTAR REFERENSI
Bhagawati, D., Abulias, M.N. & Amurwanto, A. 2013. Fauna Ikan Siluriformes dari Sungai Serayu, Banjaran dan Tajum di Kabupaten Banyumas. Jurnal MIPA, 36 (2), pp.112-122. Campbell, N.A., Reece, J.B., Urry, L.A., Cain, M.L., Wasserman, S.A.,Minorsky, P.V., dan Jackson, R.B. 2012. Biologi Edisi Kelima Jilid 2. Jakarta: Erlangga. Clark, R.W., Brown, W.S., Stechert, R. & Greene, H.W. 2012. Cryptic Sociality in Rattlesnakes (Crotalus horridus) Detected by Kinship Analysis. Biology Letters, 8(4), pp.523-525. Clifford & Stephenson. 1975. An Introduction to Numerical Classification. New York: Academic Press. Mayr, E. 1963. Animal Species and Evolution. Cambridge: Harvard University Press. Kottelat, M., Whitten, A.J., Kartikasari, S.N. & Wiroatmodjo, S. 1993. Freshwater Fishes of Western Indonesia and Sulawesi. Jakarta: Periplus Edition (HK) Ltd. Praveen, J. & Nameer, P.O. 2012. Strophocincla Laughingthrushes of South India: A Case for Allopatric Speciation and Impact on Their Conservation. Journal Of The Bombay Natural History Society, 109, pp.46-52. Saanin, H. 1984. Taksonomi dan Kunci Identifikasi Ikan Jilid 1 dan 2. Jakarta: Bina Cipta. Shapiro, B.J., Leducq, J.B. & Mallet, J. 2016. What is Speciation?. PLOS Genetics. 12(3), pp.1-14. Tamura, K., Daniel, P., Nicholas, P., Glen, S., Masatoshi, N. & Sudhir, K. 2011. MEGA 5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods. Journal of Molecular Biology and Evolution, 28(10), pp.2731 – 2739. Tamura, K., Glen, S., Daniel, P., Alan, F. & Sudhir, K. 2013. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol , 30(12), pp.2725 – 2729. White, M.J.D. 1978. Modes of Speciation. San Francisco, California: W. H. Freeman and Company.
