A. DESKRI DESKRIPT PTOR OR TOPO TOPOLOG LOGII
Saat ini perkembangan perkembangan desain obat telah mengalami perkembangan pesat dengan penerapan teknologi kimia komputasi untuk membantu desain, kajian teoritik dan pemodelan secara in silico. Salah satu aplikasi kimia komputasi dalam bidang kimia medisinal adalah kajian analisis Hubungan Kuantitatif StrukturAktivitas (HKSA) atau Quantitati Quantitative ve StructureA StructureActivit ctivit!! "elationsh "elationship ip (QSA"). (QSA"). Kajian Kajian ini telah berkemba berkembang ng cukup pesat dia#ali dari model QSA" klasik !ang menjabarkan aktivitas biologis sebagai fungsi dari parameter fisika kimia dan sifat sterik (analisis Hansch, pendekatan termodinamika ekstra), atau sebagai pendekatan struktur molekul (analisis $ree %ilson). Kajian HKSA menggunakan menggunakan deskriptor untuk menjelaskan struktur dari masing masing masing sen!a sen!a#a #a !ang !ang dikaji dikaji.. &eskri &eskripto ptorr merup merupaka akann param paramete eterp rpara aramet meter er !ang !ang digunakan digunakan dalam model model HKSA. HKSA. 'enentuan 'enentuan deskriptor deskriptor merupakan merupakan langkah pertama pertama !ang sangat penting. &eskriptor memberikan kontribusi !ang positif dalam HKSA dengan dengan parameter parameterpara paramete meterr tersebut. tersebut. Apabila Apabila terdapat terdapat hubungan hubungan !ang !ang kuat antara antara deskriptor dan aktivitas, maka aktivitas akan dapat diprediksi, tetapi jika hubungann!a lemah, maka tidak bisa diprediksi, oleh karena itu deskriptor !ang dipilih haruslah mempun!ai hubungan !ang erat terhadap aktivitas dari sen!a#a !ang diteliti dan nilai parameterparameter parameterparameter tersebut. &eskriptor sterik dalam kajian HKSA, diterjemahkan menjadi parameter topologi. 'ada hampir setiap kasus, para kimia#an lebih memilih untuk menggunakan indeks topologi sebagai deskriptor molekular untuk melakukan evaluasi terhadap toksisitas dan untuk memprediksi aktivitas biologi. ndeks ndeks topolo topologi gi mena#a mena#arka rkann cara cara !ang !ang mudah mudah dalam dalam pengu pengukur kuran an caban cabangg molekul, bentuk, ukuran, siklisitas, simetri, sentrisitas, dan kompleksitas (&evillers, **+). opologi molekul dapat digunakan sebagai deskriptor molekul numerik dalam HKSA. ndeks topologi menjelaskan bah#a suatu struktur kimia, disebut sebagai grafik kimia, !aitu suatu model kimia !ang digunakan untuk menjelaskan sifat interaksi antara ob!ekob! ob!ekob!ek ek kimia (atom, (atom, ikatan, ikatan, gugusan gugusan atom, atom, molekul, molekul, pasangan pasangan molekul, dan sebag sebagain ain!a !a ). 'aram 'aramete eterr topolo topologi gi didasa didasarka rkann pada pada perhit perhitung ungan an
moleku molekuler ler graf. graf.
'erhitungan dilakukan dengan men!ederhanakan molekul berdasarkan puncak-simpul (vertices) dan tepi-sisi (edges). otasi / adalah grafik molekuler (/) !ang berfungsi merepresentasikan sen!a#a kimia. / secara sederhana dianggap tidak bermasa dan
terhubung oleh grafik !ang terdiri atas kumpulan puncak 0(/) dan kumpulan tepi 1(/). 'uncak adalah atom dan tepi adalah ikatan antar atom. /rafik molekuler menekankan bah#a sen!a#a organik !ang berisi heteroatom dapat direpresentasikan direpresentasikan dalam bentuk
grafik. /rafik han!a menggambarkan menggambarkan konektivitas molekul dan tidak
dipengaruhi adan!a heteroatom, jenis ikatan dan mengesampingkan ikatan hidrogen. 'enelitian ini, digunakan indeks 'latt, indeks %iener, indeks "andic, indeks 2alaban, dan indeks Harar!.
B. MACAM-MACAM DESKRIPTOR TOPOLOGICAL DAN ANALISISNYA 1. Wiener Path Numer
%iener 'ath umber didefinisikan sebagai nomor ikatan antara pasangan atom atom !ang ada dalam sebuah molekul asiklik. 'ada dasarn!a, #iener path number ini dapat dikombinasikan dengan #iener polarit! number. 'enggunaan kombinasi linear ini, men!ebabkan %iener mampu menghasilkan prediksi !ang terperca!a dalam penentuan titik didih dari suatu alkana. Selain itu, dalam kombinasin!a, dapat diketahui sifat fisika lainn!a dari suatu alkane, seperti bentuk pemanasan, proses penguapan, volume molar dan nilai fraksi molar. /rafik !ang dimunculkan oleh #einer path number han!a digunakan untuk sen!a#a asiklik.
&imana3 (&)kl 4 jarak matriks elemen 4 5umlah nomor ikatan K 4 konstanta &eskriptor tersebut didapat dengan menganalisis 6& dari molekul. &eskriptor molekuler 6& didefinisikan sebagai sifat numerik !ang bisa dihitung berdasarkan tabel hubungan representasi molekul, contohn!a elemen namun tidak termasuk koordinat atomik. &eskriptor 6& tidak tergantung pada konformasi molekul dan biasan!a cocok untuk studi database dalam skala besar.
!. Wiener P"#arit$ Numer
Wiener polrity number atau sering disebut juga polarity number din!atakan oleh
%iener pada *7+ sebagai jumlah pasangan puncak grafik !ang dipidahkan oleh 8 tepi. ilai kepolaran ini sendiri diasumsikan sebagai fleksibilitas dari struktur asiklik, dimana p sama dengan jumlah ikatan dimana rotasi bebas dapat terjadi. Selain itu, hal ini juga berhubungan terhadap sifat sterik molekul. ilai kepolaran biasan!a dihitung pada matriks jarak sebagai jumlah pasangan puncak pada jara topologi !ang sama dengan tiga. 2erdasarkan literatur lain, nilai kepolaran ini ( Wiener polrity number ) men!atakan jumlah panjangn!a jarak 8 ikatan dalam molekul. Sehingga kita dapat mengetahui jarak antara 8 ikatan dalam molekul tersebut, dan mengetahui fleksibilitas dari struktur atau
molekul, serta dapat memprediksikan nilai koefisien partisi (log ') !ang nantin!a dapat diketaui tingkat kepolarann!a. &eskriptor tersebut didapat dengan menganalisis 6& dari molekul. &eskriptor molekuler 6& didefinisikan sebagai sifat numerik !ang bisa dihitung berdasarkan tabel hubungan representasi molekul, contohn!a elemen namun tidak termasuk koordinat atomik. &eskriptor 6& tidak tergantung pada konformasi molekul dan biasan!a cocok untuk studi database dalam skala besar. %. &a're In(e)
9egreb inde: terbagi menjadi dua, !aitu $irst 9egreb nde: ;(/) dan Second 9egreb nde: ;6 (/). $irst 9egreb nde: ;(/) digunakan untuk menghitung jumlah kuadrat derajat simpul dan Second 9egreb nde: ;6 (/) digunakan untuk menghitung jumlah produk dari simpul !ang berdekatan dari grafik molekuler dasar. Sebagai hasiln!a nilai !ang keluar dari $irst 9egreb nde: ;(/) dan Second 9egreb nde: ;6 (/) akan mendskripsikan ikatan !ang terendah dan tertinggi. &alam 9agreb inde: juga dapat mencerminkan sejauh mana percabangan dari atom rangka karbon molekul. Secara sederhana dalam matematis dituliskan sebagai3 . he first 9agreb nde:
&imana •
$ (g) adalah jumlah derajat simpul< mis, jumlah simpul dengan derajat
•
simpul !ang sama. g adalah nilai derajat simpul !ang dianggap.
6. he Second 9agreb nde:
&imana • •
b adalah obligasi i dan j adalah sumber dan target simpul ikatan dipertimbangkan.
&eskriptor tersebut diperoleh dengan menganalisis 6& dari molekul. &eskriptor molekuler 6& didefinisikan sebagai sifat numerik !ang bisa dihitung berdasarkan tabel hubungan representasi molekul (contohn!a element, tapi tidak termasuk koordinat atomik). &eskriptor 6& tidak tergantung pada konformasi molekul dan biasan!a cocok untuk studi &atabase dalam skala besar. *. T"+"#"'i,a# P"#ar Sura,e Area TPSA/
opological polar surface area digunakan untuk menggambarkan jumlah dari luas permukaan atomatom polar (seperti nitrogen, oksigen, dan hidrogen) di dalam sebuah molekul. opological polar surface area ('SA) ini merupakan parameter !ang sangat berguna untuk memprediksi transport molekul sehingga dapat mengestimasi sifat pengangkutan obat, terutama absorpsi pada usus dan penetrasi pada sa#ar darah otak. 5ika nilai 'SA !ang tinggi maka tingkat penetrasi molekul tersebut akan buruk dalam lingkungan !ang bersifat hidrofobik, seperti membran biologis karena membran !ang tersusun atas membran bila!er !ang merupakan lipid dan bersifat hidrofob. Sehingga jika molekul akan berpenetrasi akan sulit karena sifat kepolaran !ang jauh berbeda. ;olekul dengan nilai 'SA lebih dari 7= > 6 di!akini akan memiliki kapasitas penetrasi !ang buruk pada membran sel, dan diman jika nilai 'SA lebih kecil dari ?= > 6 di!akini akan memiliki kapasitas penetrasi !ang tinggi pada membran sel atau dengan kata lain akan mudah untuk diserap. &eskriptor
tersebut
didapat
dengan
menganalisis
8&
dari
molekul
( menggunakan koefisien korelasi antara 8& 'SA dan berdasarkan fragmen 'SA). &imana dengan cara ini maka perhitungan permukaan polar akan lebih cepat dan praktis. Hasil dari berbagai pendekatan !ang sangat berkorelasi, bahkan ketika nilai absolut mungkin berbeda karena perbedaan protokol komputasi dan perbedaan set jari jari atom !ang digunakan. %aktu untuk menghitung 'SA umumn!a cepat, hingga puluhan menit permolekul ketika geometri dioptimalkan atau pencarian konformasi dilakukan. 2ahkan barubaru ini perhitungan 'SA dilaporkan dapat menghitung beberapa molekul perdetikn!a. Sedangkan untuk perhitngann!a sendiri akan lebih cepat
dengan menggunakan dua jarak. ilai 'SA dapat dihitung untuk kedua bentuk netral dan microspecies besar pada pH tertentu. &engan visual 8&, akan lebih jelas terlihat daerah permukaan molekul !ang bersifat polar dibandingkan dengan 6&. &engan 8& ini, secara n!ata terlihat bentuk dan ukuran permukaan molekul baik !ang bersifat polar atau tidak. &imana dengan 8& ini, dapat diamati permukaan polar berdasarkan #arna atom !ang terbentuk, dimana telah diketahui jenis sen!a#a polar dan #arna visualisasi atom tersebut.
'SA pada parasetamol (daerah ber#arna merah) secara 8&
0. De2ri+t"r At"m In"rmati"n C"ntent
Atom nformation @ontent adalah salah satu deskriptor penghitung atom dan ikatan atom !ang termasuk deskriptor 6& !ang menghitung total atomatom dalam suatu molekul. Atom nformation @ontent adalah total informasi kandungan dari suatu atom !ang ditunjukkan dengan suatu sistem !ang memiliki struktural element seperti proton,neutron,elektron, !ang dipartisi menjdai nukleon. &eskriptor Atom nformation @ontent pada suatu komposisi atom men!atakan nilai ratarata dari total kandungan informasi !ang merupakan jumlah atom berbanding jumlah total atom !ang setara dengan kemungkinan acak tipetipe atom . Atom nformation @ontent sebanding dengan kandungan informasi untuk suatu model !ang dijadikan sampel. Susunan atom biasan!a memiliki berat !ang digunakan sebagai karakter atom dalam suatu molekul dan men!atakan informasi kimia#i sebagai hasil dari suatu strruktur. Atom information content (aB@;) merupakan perhitungan kandungan informasi atom total sedangkan atom infromation content (aB@) merupakan perhitungan kandungan informasi atom ratarata. Semakin besar hasil deskriptor Atom nformation @ontent baik Atom nformation @ontent total (aB@) maupun Atom nformation @ontent ;ean (aB@;)
menunjukkan semakin meruahn!a atau semakin kompleksn!a suatu kandungan atom atom dalam suatu sen!a#a. Hal ini dikarenakan Atom nformation @ontent akan menghitung seberapa besar nilai elemen proton,neutron, elektron !ang akan menunjukkan makin meruah suatu sen!a#a tersebut. 3. 4an Der Waa# 4"#ume
0olume van der %aals digunakan secara luas dalam pemodelan sifat fisika kimia. Cntuk memperbaiki keadaan gas ideal pada suhu dan tekanan tertentu, maka pada tahun D+8, fisiska#an belanda, 5ohanes diderik 0an der %aals mengusulkan persamaan keadaan gas !ang dikenal dengan persamaan 0an der %aals. a memodifikasi persamaan gas ideal dengan cara menambahkan faktor koreksi pada volume dan tekanan. 0olume memerlukan faktor koreksi karena partikelpartikel gas n!ata mempun!ai volume !ang tidak dapat diabaikan, sehuingga 0an der %aals mengurangi volume gas terukur dengan volume efektif total molekulmolekul gas sebesar nb dengan tujuan untuk memperhitungkan ukuran partikelpartikel gas. 4i(ea# 5 4e2 6 nb
0ideal 4 volume gasEideal 0eks 4volume !ang terukur pada #aktu percobaan n4 jumlah mol gas b4 konstanta 0an der %aals
•
$aktor koreksi !ang kedua !aitu pada tekanan
'ada gambar tersebut terlihat perbedaan sifat antara sebuah molekul gas !ang terdapat di dalam gas (A) dengan sebuah molekul lain !ang hampir bertumbukan dengan dinding #adah. /a!a tarik menarik molekul A samna untuk ke segala arah sehuingga akan saling menghilangkan. Sedangkan molekul 2 hampir bertubukkan dengan dinding sehingga ga!a tarik menarik antar molekul gas tersebut dengan molekul lain cenderung dapat menurunkan momentum molekul gas tersebut ketika bertumbukkan dengan dinding dan akibatn!a akan mengurangi tekanan gas tersebut. Fleh karena itu, tekanan gas tersebut akan lebih kecil daripada tekanan gas ideal karena pada gas ideal dianggap tidak terjadi ga!a tarik menarik antar molekul. ;akin besar jumlah molekul persatuan volume, makin besar jumlah tumbukan !ang dialami oleh dinding #adah serta makin besar pula ga!a tarik menarik !ang dialami oleh molekulmolekul gas !ang hampir menumbuk dinding #adah. Karena itu, faktor koreksi untuk tekanan adalah a(n 6-06) dimana a4konstanta dan n4jumlah mol gas. &engan memasukkan kedua faktor koreksi tersebut ke dalam persamaan gas ideal, maka diperoleh persamaan 0an der %aals 3 7P 8 n!a94!/: 4 6 n/ 5 nRT
' 4 tekanan absolut gas (atm) 0 4volume spesifik gas (liter) " 4 konstanta gas (=,=D6 G.atm-mol atau D,875-Kmol) 4suhu -temperatur absolut gas (K)
n 4jumlah mol gas a,b 4konstanta 0an der %aals 2ila dibandingkan dengan persamaan gas ideal, persamaan 0an der %aals ini dapat digunakan pada gas n!ata denga besaran suhu dan tekanan !ang lebih besar. &isamping itu juga persamaan 0an der %aals juga dapat menjelaskan pen!impangan gas n!ata dari gas ideal. amun #alaupun demikian, persamaan 0an der %aals ini belum dapat secara sempurna menggambarkan sifat=sifat gas sehingga digunakan persamaan lain !ang dikenal persamaan 0irial. 0an &er %aals 0olume diperoleh dari 8& struktur. Hal ini berhubungan dengan judul parameter n!a !aitu volume dimana apabila kita akan menganalisis volume tersebut tentulah !ang kita teliti adalah struktur 8& n!a. ;olekul 8d adalah suatu gambaran 8 dimensi dari suatu molekul baik termasuk topologi, volume dan struktur 8& n!a. ;. Ba#aan in(e)
2alaban inde: adalah suatu ratarata jumlah hubungan jarak dari molekul sehinga dapat mengetahui dan meninggalkan kemungkinan stereoisomer. 2alaban Average &istance adalah salah satu parameter deskriptor topologi !ang sering disebut juga indeks konektivitas jarak atau jarak ratarata konektivitas !ang sangat berguna sebagai deskriptor molekul pada sen!a#a penarik, dengan persamaan3
&engan nilai i sebagai jarak matri: & !akni derajat 0erte:, nilai 2 menunjukkan jumlah ikatan , nilai @ menunjukkan jumlah cincin dan alfa sebagai derajat jarak verte: !ang menghubungkan atomatom. 2alaban inde: berkorelasi baik dengan beberapa inde: topological oktana dan benoid. 2alaban Average &istance termasuk salah satu deskriptor !ang menghitung kedekatan dan jarak matri: !ang termasuk deskriptor 8&
molekul. 2alaban nde: menunjukkan isomer !ang baik dan memproduksi korelasi !ang baik dengan beberapa susunan fisika seperti ;F (motor octane number). 2alaban menggunakan radial representasi !ang berbeda antara !,#,,:,p,,s dan r dimana 2alaban akan merepresentasikan octagon reguler karena semua nilai parameter dianggap bernilai nol. 'rosedur vectormatri:vektor multipikasi adalah prosedur fruktifikasi dari usaha 2alaban dalam mencari topological indices !ang baru !ang lebih baik dari interpretasi pada umumn!a. Secara umum indeks topologi men!atakan efek sterik suatu molekul !ang dihitung berdasarkan matri: jarak. Harga atau nilai !ang dihasilkan dari suatu deskriptor topological umumn!a besar karena keruahan molekul atau efek sterik molekul dan diasumsikan juga bah#a semakin ban!ak atom pen!usun molekul maka akan semakin ban!ak pula ikatan antar atom sehingga kecendrungan indeks topological cukup besar. Semakin besar hasil deskriptor 2alaban nde: maka hubungan jarak antar molekul pun jauh, sehingga kecendrungan interaksi antar molekul pun sulit, hal ini dikarenakan 2alaban nde: mengukur hubungan jarak antar molekul !ang dipengaruhi oleh suatu gugus penarik elektron. <.
Car"n C"nne,ti=it$ In(e)
ndeks konektivitas eksentrik, !ang barubaru ini digunakan dengan sukses untuk pengembangan berbagai model matematika untuk prediksi aktivitas biologis beragam alam, telah direformasi untuk mengatasi keterbatasan !ang disebabkan oleh degenerasi dan ketidakpekaan terhadap heteroatom. ndeks konektivitas eksentrik direformasi, disebut indeks topochemical konektivitas eksentrik, mengatasi keterbatasan indeks konektivitas eksentrik dengan memamerkan degenerasi !ang sangat rendah dan menampilkan sensitivitas untuk kedua kehadiran dan posisi relatif heteroatom tanpa mengorbankan kekuatan diskriminatif dari indeks konektivitas eksentrik. &ata !ang dihasilkan dianalisis dan model !ang cocok dikembangkan setelah identifikasi rentang aktif.. Akurasi prediksi menggunakan model ini ditemukan bervariasi D*=I. ndeks !ang diusulkan mena#arkan potensi besar untuk skrining virtual perpustakaan kombinatorial, struktur studi properti - kegiatan dan desain obat.
ndeks konektivitas merupakan merupakan indeks topological !ang paling populer dan dihitung dari derjat 0erte:. ndeks karbon konektivitas merupakan indeks !ang paling pertama terbentuk. @onectivit! nde: bisa digunakan untuk menghitung tepi ikatan dan untuk mencapai ikatan contohn!a mencapai ikatan interaksi antar molekuler, sebagai timbal balik dari derajat 0erte: di fraksi dari total akontribusi elekton sigma non bonding. nterprestasin!a adalah pada kemungkinan dari pertemuan bimolekuler diantara molekul. "andie nde: juga menghitung Frde = dan deskriptor pada orde !ang lebih tinggi !ang biasa disebut moleculer connectivit! inde: (;@s) 2isa didefinisikan sebagai3
&imana &i dan &j adalah derajat tepi (konektivitas atom) dari grafik molekul. 5adi J !ang didapat menggambarkan nilai tepi ikatan (konektivitas atom) dari sebuah molekul. &eskriptor tersebut diperoleh dengan menganalisis 6& molekul. &eskriptor molekuler 6& didefinisikan sebagai sifat numerik !ang bisa dihitung berdasarkan tabel hubungan representasi molekul (contohn!a element, tapi tidak termasuk koordinat atomik). &eskriptor 6& tidak tergantung pada konformasi molekul dan biasan!a cocok untuk studi &atabase dalam skala besar. >. At"mi, C"nne,ti=it$ In(e)
Atomic @onnectivit! nde: adalah suatu grafik dari verte: !ang bervariasi !ang ditemukan dengan aplikasi kimia. 2arubaru ini dilakukan penelitian dalam bidang matematika mengenai program ini, dengan menggunakan pohon faktor, sehingga nilai n pada grafik verte: akan sebanding dengan nilai n dari pohon faktor verte:.
Atomic @onnectivit! nde: digunakan untuk menghitung tepi ikatan dan untuk mencapai ikatan contohn!a mencapai ikatan interaksi antar molekul atom, sebagai timbal balik dari derajat 0erte: di fraksi dari total akontribusi elekton sigma non bonding. nterprestasin!a adalah pada kemungkinan dari pertemuan bimolekuler diantara molekul. &eskriptor tersebut diperoleh dengan menganalisis 6& molekul. &eskriptor molekuler 6& didefinisikan sebagai sifat numerik !ang bisa dihitung berdasarkan tabel hubungan representasi molekul (contohn!a element, tapi tidak termasuk koordinat atomik). &eskriptor 6& tidak tergantung pada konformasi molekul dan biasan!a cocok untuk studi &atabase dalam skala besar. 1?. 4erte) A(@a,en,$ In"rmati"n Ma'nitu(e
&eskriptor ini menggambarkan keseluruhan dari ikatan antara atomatom berpasangan dan saling berdekatan (rinajstic, **6). Konsep dari deskriptor ini adalah element !ang di partisi dan mengikuti 6 metode standar 3 he eualit! mode 3 elemen dari matriks dikatakan sebagai euivalent dengan
s!arat memiliki nilai !ang sama. he ;agnitude mode 3 model ini mengasumsikan bah#a setiap matriks elemen termasuk kelas !ang euivalent selama jumlah dari elemen adalah sama dengan jarak dari matriks elemen.
otal verte: adjacenc!- magnitude (0BA&5Bmag) digunakan untuk memberikan nilai Amatriks aij berbeda dengan nilai eualit! !ang digunakan untuk semua kelas dari Amatriks. 'ada elemen nonero tidak termasuk dalam the verte: adjacenc! dan pengeluaran dari nilai 0BA&5Bmag.
nformasi mengenai indeks topologi dapat dilihat pada kedua kesetaraan dan besarn!a jarak elemen matriks. Selain dari itu, walk count dan self return-ing bersama dengan momen spektra pada matriks dikalkulasikan dengan meningkatkan kekuatan dari adjacency matrix. Sehingga dalam rangka menghitung heteroatom dalam molekul, berdasarkan !ang diusulkan oleh ran"andic, ** bah#a dengan menggantikan titik = diagonal entry normal dengan nilainilai empirik !ang spesifik dan karakteristik atom
!ang berbeda dalam molekul. he adjacenc! matri: dapat ditransformasikan menjadi decimal adjacenc! vector a=, dan mengikuti persamaan.
&imana aij adalah kolom dari j element dari baris i (= atau ). 'ada jalur ini, informasi pada adjacenc! matri: di konversikan menjadi vektor dimensional. Seperti contoh, baris dari adjacenc! matri: adlah = =L !ang akan memberikan nilai hasil 7, seperti pada !ang diba#ah ini 3
&ari desima matri: adjacenc! vektor, terdapat 8 indeks !ang berbeda pada deskriptor melokeln!a 3 a. 5umlah dari elemen dari a= vektor, misaln!a 3
b. 5umlah dari kombinasi linier dari verte: degree M, misaln!a 3 c. 5umlah dari Adimensi vektor d !ang bergantung juga pada jarak matriks & dengan desimal adjacenc! vektor, misaln!a 3
&imana vektor d dihitung dengan rumus 3 d 4 &.a= seperti contoh pada 6metilpentana diba#ah ini
&eskriptor tersebut diperoleh dengan menganalisis 6& dari molekul. &eskriptor molekuler 6& didefinisikan sebagai sifat numerik !ang bisa dihitung berdasarkan tabel hubungan representasi molekul (contohn!a element, tapi tidak termasuk koordinat atomik). &eskriptor 6& tidak tergantung pada konformasi molekul dan biasan!a cocok untuk studi &atabase dalam skala besar. Konformasi 8& dari molekul dengan deskriptor verte: adjacenc! information magnitude tidak akan berpengaruh karena dalam pembuatan tabel kolom j dan baris i han!a dibutuhkan konformasi 6&, seperti !ang sudah dicontohkan pada 6metilpentana diatas.
C. SKEMA PENENAN NILAI DESKRIPTOR
'ilih dan buka lembar kerja /auss 0ie#
2uat struktur 8& dengan menggunakan /auss 0ie#
Simpan dalam tipe .mol6
2uka lembar kerja moe
Klik $ile NN Fpen NN &ir
Klik &ir... (6:)
2uka file .mol6 !ang telah anda buat
;uncul struktur 6& sen!a#a !ang anda buat
&irNN 'ilih file t!pe.mol6
Klik &ir ...
'ilih &ir sample kemudian &ir mol
Fpen &atabase dari struktur !ang dibuat
'ilih moeBmdb trpstrain.mdb
Keluar halaman kerja &atabase 0ie#er , pilih $ile kemudian Save As dalam tipe .mdb
Kemudian pada lembar kerja &atabase 0ie#er , hapus bagian pkitr!psin, inde: , molecule dan nomor dengan cara 'ilih 1dit kemudian 'ilih &elete kemudian 'ilih Selected $iles
2uka lembar kerja moe kemudian pilih $ile kemudian pilih Save
$ileNNFpenNN&irNNSampleNN&ir mol
'ilih rpstrain.mdb
;uncul lembar &atabase
&elete omor NN &elete $ields
Simpan dalam tipe .moe
2uka lembar kerja moe kemudian pilih file .moe !ang telah disimpan lalu klik Append to &atabase
Gembar kerja &atabase 0ie#er akan muncul kemudian pilih @ompute kemudian klik &escriptor kemudian pilih @alculate
Kemudian pilih descriptor %einer 'ath umber, %einer polarit! number, 9agreb nde:, opological Surface Area, Atom nformation content, 0an &er %alls 0olume, 2alaban Average &istance, @arbon @onnectivit! nde:, Atomic @onnectivit! nde: dan 0erte: Adjacenc! nformation ;agnitude
unggu hingga hasil tiap deskriptor muncul
nterpretasikan hasil analisis dari tiap parameter deskriptor
DAFTAR PUSTAKA Bonchev
D, Trinajstić
Descriptors.
N.
Desember
3.
200.
Overall
Overall
Molecular
Zagreb
Indices.
http://cdelib.sourceforge.net/doc/descriptors/zagreb_indices.ht ml. !"ia#ses $a"a 2% Feb&ari 20'(
@hema:on.
Structural
property
calculations.
https://www.chemaxon.com
/products/calculator-plugins/property-calculations/
1rtl, 'eter, 2ernhard "ohde, and 'aul Seler. 6=== . Fast alculation of !olecular "olar Surface #rea as a Sum of Fragment-$ased ontributions and %ts #pplication to the "rediction of &rug 'ransport "roperties . S#iterland.
@heminformatics, ovartis 'harma A/, %KG7*=.7.8O, @H7==6 2asel. /asteiger,5
dan
;arsali,;.<*D=
1lectronegativit3A (oberto)'odescini
"apid
.terative Access
'artial to
1ualiation
Atomic
@harges.
of
Frbital
'etrahedron
dan *i+iana onsonni.,.andbook of !olecular
&escriptor.Wiley-*ch.!ilano
icolik, S., and rinajstic, . *D*. 0n 'he 'hree-&imensional Wiener 1umber , 5ournal
Ff
;athematics
@hemistr!.
http://link.springer.com/article/2.23/$F2245653 (diakses pada tanggal 6D
$enruari 6=?) 'rasanna, S., &oerksen, ".5.. 6==*. 'opological "olar Surface #rea: # 7seful &escriptor in ,&-8S#(. CSA. @urrent ;edicinal @hemistr!.
"aju, mmadesett! 'othu. 6=7. ighly orrelated Wiener polarity %ndex: # !odel to "redict 9og p. ndia. nternational 5ournal of Advances in Applied Sciences
(5AAS). ". Jing, 2. 9hou, $. &ong, Fn atomPbond connectivit! inde: of connected graphs, &iscr. #ppl. !ath. 10> (6=) ?+P?8=.
S!kora, 0ladimir 5osef, ;orphochem A/. 6==8. lient #lgorithms : &escriptors. http3--cdelib.sourceforge.net-doc-descriptors.html). odeschini, "oberto, 0iviana @onsonni. 6===. andbook of !olecular &escriptors . 5erman. %ile!.
0ipin Kumar , Satish Sardana , Anil Kumar ;adan, ;aret **+, ccentric onnecti+ity %ndex:
#
1o+el
Structure;"roperty
ighly
&iscriminating and
'opological
&escriptor
Structure;#cti+ity
for
Studies.
http://pubs.acs.org/doi/abs/2.2,2/ci54<5h. (diakses pada 6D febuari 6=?)
)i$in K&mar , Satish Sar"ana , Ani* K&mar +a"an, December 200, redicting anti!"I# $ctivit% of &'3!diar%l!('3!thiazolidin!)!ones: *omputational
$pproach
+sing
,eformed
-ccentric
*onnectivit% Inde' -o&rna* 0 +o*ec&**ar +oe**in/ )o*&me 0. http://lin.springer.com/article/(0.(001/s002)!00)!0&(4! 25/page!& !"ia#ses $a"a 2% Feb&ari 20'(
