L� ��������� �����������
���� 1. I��� I����� ���� ���� ���� �� 2. L� ����� ����� �� ������ ����� 2.1. E������ �� ������� 2.2. E������ ������� 2.3. E������ ������� ������ 2.4. E������ ������� ������ �������� 2.5. E������ ��������������� 2.6. E������ �� ��� ��� ����� 2.7. E������ �� ������� ��������� 3. L� �� ���� �� ���� ������ ���� �� 4. C��� C����� ���� ���� ����
���� 1. I��� I����� ���� ���� ���� �� 2. L� ����� ����� �� ������ ����� 2.1. E������ �� ������� 2.2. E������ ������� 2.3. E������ ������� ������ 2.4. E������ ������� ������ �������� 2.5. E������ ��������������� 2.6. E������ �� ��� ��� ����� 2.7. E������ �� ������� ��������� 3. L� �� ���� �� ���� ������ ���� �� 4. C��� C����� ���� ���� ����
1. I����������� I����������� M����������� ����������� D���������? ����������� ��� ���������� ������������� ���� �������� ��� �������������� �������������� �� �� ������. ���������� �� �� ������� �������� ��� ��������� : �� ������ ��������. I��� �� ����: ��� �������� ��� �������� �� ��� �������. L� ��������� ����������� �� ���� �������� ��� ����� ��� ���������� ���������� �'������� �� ���� �����.
1. I����������� M����������� �����������: ������ ������� ����������� ����� ��������
���������� �� �������
������������ ��� ����������� ���� ������� ���������
��������
1. I����������� �������� ��� ��������� �� �������.... �������� ����:
������������ ���������
����� �� �� ��������� ������������, �� �� ���������� �� ��� ���������� �� ��������� (�� ������� DF� �� ��������������).
1. I����������� L� ������������ ��������� � �� ������ ��������� � �� ������������ ����: � ����� �� ������ ��������� � L����� �� ������ (300 ������?) �� ������� ��� �������� ���� ������ �� ������ ���� ��� ���� ��������. G��� ��������, ������� ����������: �������� ADN
> 4000 ������ > 1000 ������
L� ��������� �����������!
2. L� ����� �� ������ E� ��������� ����������� �� ��������� �� �������: L'����� ��� ��������� ����� �� �������� ��� �������� �� ����� �� ��� ���������. L� ����������� �� �� ������ ��� �'����� ��� ����������, �� ����� �� ������ ���������. L�� �������� ���������� ���� ���������� � ��� ����� ��� ������� �� ��������, �� ��� �������� � ��� ��������. L'������� �� ��������� ����� �� ��� ����� �'������������:
������ ������ ������ ���������
2. L� ����� �� ������ 2.1 E������ �� �������:
2. L� ����� �� ������ 2.1. E������ �� �������:
�� �������� �� ������� � �� ������� �������� ��� ���� ������. �� �������� �'�������� �� �'����������� ����������. �0 ���������� �� �������� � �'���������, �� �� ��������� �� �������. C�� ���������� ���� ����������� ����������������� ���� ��� ������ A� B. (������� : C�H �� C�F...) � ������ �� : ���������������� ����� ��������������� I� �� �AMAN ����� �� ������
2. L� ����� �� ������ 2.2. E������ �'�����:
���� �� ��������� ��������������� � ����� ��� ������� (���� ��� ��� ����� ����������!).
2. L� ����� �� ������ 2.3. E������ �'����� ������: 180
160
140
120
100 Mult 3 Mult 2
80
60
40
20
0 0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
200
220
240
260
280
300
320
340
360
L� ������������ ����� ������ �� �'����������� �� �� ���� �'�������� �����������. E��� ���������� �� ������ �� ������ ���� �� ������ �'������� �����������
2. L� ����� �� ������ 2.3. E������ �'����� ������:
2. L� ����� �� ����� 2.4. E������ �'����� ��������:
A���� �������� : ����� ����� ���� �����. ������ �� ��������� �� �������� �� ��� ������ ���� �� ���� ���� ��� ��� ���������� �����������.
2. L� ����� �� ����� 2.4. E������ �'����� ��������: A���� �������� : ������� ���� ��� ������������.
2. L� ����� �� ����� 2.5. E������ ��������������� E������ ����������
I���������� ���������� �� ���������. L����� ��������.
2. L� ����� �� ����� 2.5. E������ ���������������
E� MM ����� �������� ���� ���� ���������: ε
: ��� ��������� � ���������� ���� �� ������� (���� ����� �������)
� : L�� ������� ��������� ���������� ���������� ��� ���� �� �� ����������. I� ���� ���� ��� ���������� �����. I� ������ ��������� �������� ���� ����.
2. L� ����� �� ����� 2.5. E������ ��������������� 1. ������ ��� �� "������������" (�E�E : ������� ������������ �� ������� �����������������). G��������, K������, M������� ����������� ���� ��� ������� �� ������ ��� �� �� ��������� �� ��� ���������� ���� ��� ��������� ���������� ������ ����������� ����
2. ������ ��� �� ������� ������������ �������� �� �M. M�������, B����� ���� ���� ���� ���� ������� ������ ��� �� �� ������������ �� �� ������������� ��� �������� ���� ��� ��������� �� �������
3. B����� ��� �� ��������� ���������������, ������� �� �M. �E��, �ED
2. L� ����� �� ����� 2.6. E������ �� ��� ��� ����� I���������� ���������� �� ���������, � ������ ��������. �� ������� �� ��������� �� L�������J����
������� ��������� ����������� Energie de liaison hydrogène: Interaction courte distance et directionnelle. Elle n'est généralement pas intégrée dans un calcul et appréhendée comme une somme d'interaction électrostatique et vdw.
������� ��������� ����������� Energie de surface: Comment rendre compte de l'adsorption sur une surface? Plusieurs potentiels ont été développés dans ce sens.
Problèmes: interaction électrostatique de surface uniquement?
������� ��������� ����������� Energie de surface: Calcul d'interaction: potentiel d'Hentschke
������� ��������� ����������� Energie de surface:
dl distance séparant la première et le lième plan de la maille nl nombre d'atomes dans le lième plan de la maille z distance perpendiculaire entre l'atome considéré et la surface ε gain énergétique maximale de l'énergie de Van der Waals diamètre de collision de l'énergie de Van der Waals σ
I������ �� ������ ����������� Calcul d'énergie d'interaction:
A+B ∆E
= Ec – Ea –
C
Eb Les proportions suivent une statistique de Boltzmann. En étudiant plusieurs conformations ont peut estimer le mode d'interaction.
������� ��������� ����������� Type atomique Pour utiliser l’équation du dessus il faut définir les valeurs empiriques de chaque atomes. Exemple éthanol:
Carbone (sp3) , Oxygène (sp3) , H (lié à C), HO (H lié à O)
Il faut des méthodes de détection automatique
������� ��� ������� Les mathématiques associées à la théorie des graphes ont différents domaines d'application, notamment: - L'électronique (rejoindre les composants) - L'informatique réseau - La cartographie En chimie, on définit un atome de carbone comme ayant 4 connecteurs possible, un azote 3 connecteurs, un hydrogène ou halogène 1.... A partir de ces données on a créé des algorithmes "simple" permettant de: - Détecter les cycles - Détecter les doubles, triples ou simple liaison - Détecter la valence - Détecter l'hybridation - Détecter de la charge de la molécule
������� ��� ������� Exercice:
M
-1.6504
1.2515
0.0000 C
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
-0.2054
1.1450
0.0000 C
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.0899
-0.2027
0.0000 C
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
-1.0862
-0.9506
0.0000 O
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
-2.1400
-0.0384
0.0000 C
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.4900
1.9778
0.0000 Cl
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
-2.2161
2.1773
0.0000 H
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0.9970
-0.7973
0.0000 H
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
-3.1244
-0.4936
0.0000 H
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
5
4
0
0
0
0
1
2
4
0
0
0
0
1
7
1
0
0
0
0
2
3
4
0
0
0
0
2
6
1
0
0
0
0
3
4
4
0
0
0
0
3
8
1
0
0
0
0
4
5
4
0
0
0
0
5
9
1
0
0
0
0
END
������� ��� ������� Exercice: 9
M
1
5
4
0
0
0
0
1
2
4
0
0
0
0
1
7
1
0
0
0
0
2
3
4
0
0
0
0
2
6
1
0
0
0
0
3
4
4
0
0
0
0
3
8
1
0
0
0
0
4
5
4
0
0
0
0
5
9
1
0
0
0
0
END
7
1
5
6
2
3
8
4
������� ��� ������� Exercice: Réponse
D�������� �� ���� �������� On utilise une méthode dérivés du FREL (Fragment Relative Environment Limited) Cette méthode est basée sur la théorie des graphes. On décrit le système comme une succession de "couches" (modèle d'oignon). Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygène?
D�������� �� ���� �������� Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygène?
Première couche: Oxygène Alcool, éther, péroxyde, époxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
D�������� �� ���� �������� Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygène?
Seconde couche: Oxygène liée avec une double liaison sur un carbone Alcool, éther, péroxyde, époxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
D�������� �� ���� �������� Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygène?
troisième couche: Oxygène liée avec une double liaison sur un carbone, lui-même lié avec un carbone et un oxygène avec des liaisons simples.
D�������� �� ���� �������� Exemple: Quel est le type atomique de cet atome d'oxygène?
Ester aliphatique Quatrième couche:. Alcool, éther, péroxyde, époxyde, acide carboxylique, carboxylate, ester,
I������ �� ������ ����������� Calcul d'énergie d'interaction:
A+B
C
I������ �� ������ ����������� Exemple: Développement des GBP : Gold Binding Protéine MHGKTQATSGTIQSMHGKTQATSGTIQSMHGKTQATSGTIQSMHGKTQATSGTIQSMHGK ALVPTAHRLDGNMHALVPTAHRLDGNMHALVPTAHRLDGNMHALVPTAHRLDGNMHALVP LQATPGMKMRLSGAKEATPGMKMRLSGAKEATPGMSTTVAGLLQATPGMKMRLSGAKEAT
Reconnaissent spécifiquement les surfaces d'or. Première étape vers la formation de nouveaux matériaux. Première étape (longue) prédiction des structures des protéines: - Modélisation par homologie - Dynamique moléculaire en solvant explicite - Extraction des conformations les plus significatives
I������ �� ������ �����������
I������ �� ������ �����������