LAPORAN PRAKTIKUM DASAR-DASAR GENETIKA ACARA VI EKSTRAKSI DNA
Nama Mahasiswa
: Edwin Pradana
No Mahaiswa
: 15/379663/PN/14117
Golongan
: A2
Asisten
: 1 Ahmad !hoir"din #N 2 !amila !hoirin N
Laboratorium Pemuliaan Tanaman Depertemen u!i!a"a Pertanian #a$ulta% Pertanian Uni&er%ita% Ga!'a( Ma!a )*+, I
PENDA.ULUAN
I + Latar ela$an/
Deoxyribonucleic acid $%NA& mer"'a(an 'ersen)awaan (imia )ang 'aling 'enting 'ada ma(hl"( hid"' )ang mem*awa (eterangan geneti( dari sel (h"s"sn)a ata" dari ma(hl"( dalam (esel"r"hann)a dari sat" generasi (e generasi selan+"tn)a Mole("l %NA terda'at 'ada n"(le"s, mito(ondria, 'lastid, sentriol dan (loro'as $'ada tanaman& $#"r)o, 2-12& !esel"r"han %NA dalam s"at" sel a(an mem*ent"( genom Genom meli'"ti *agian gen )ang ."ngsional ma"'"n non."ngsional dalam sel organisme $0am'*ell, 2--2& Men"r"t "s". $2--1&, %NA 'ro(ariot dan e"(ariot mem'"n)ai 'er*edaan *ent"( rganisme 'ro(ariot memili(i %NA *er*ent"( sir("lar, sedang organisme e"(ari"ot mem'"n)ai %NA *er*ent"( linear#tr"(t"r %NA 'ertama (ali di+elas(an oleh ames atson dan ranis 0ri(atson dan 0ri( men)im'"l(an *ahwa str"(t"r %NA mer"'a(an rantai ganda $do"*le heli& erdiri dari g"g"s .os.at, *asa nitrogen, g"la ri*osa, dan adan)a i(atan hidrogen )ang mengh"*"ng(an (ed"a *asa nitrogen 8nt"( menda'at(an %NA m"rni dari s"at" sel dalam +aringan t"*"h ma(hl"( hid"' da'at dila("(an s"at" te(ni( )ang dise*"t isolasi %NA Pengisolasian %NA seara sederhana da'at dila("(an dengan memeah(an dinding sel, mem*ran 'lasma dan mem*ran inti, *ai( seara me(ani( ma"'"n seara (imiawi Prinsi'n)a ada d"a )ait" sentri."ngsi dan 'resi'itasi#entri."ngsi mer"'a(an te(ni( "nt"( memisah(an am'"ran *erdasar(an *erat mole("ln)a Mole("l )ang mem'"n)ai *erat mole("l *esar a(an *erada di *agian *awah ta*"ng dan mole("l ringan a(an *erada 'ada *agian atasasil sentri."ngsi a(an men"n+"((an d"a maam .ra(si )ang ter'isah )ait" s"'ernatan 'ada *agian atas dan 'elet 'ada *agian *awah Presi'itasi mer"'a(an lang(ah )ang dila("(an "nt"( mengenda'(an s"at" (om'onen dari am'"ran solasi %NA 'ada tanaman sering(ali ter(ontaminasi oleh 'olisa(arida serta *e*era'a mole("l 'engotor #alah sat" (es"litan 'ada isolasi %NA dari tanaman tinggi adalah 'roses destr"(si dinding sel "nt"( mele'as(an organel sel al ini dise*a*(an (arena tanaman memili(i dinding sel )ang ("at serta 'ada *e*era'a tanaman (ontaminasi s"lit di'isah(an dari e(stra( asam n"(leat !ehadiran (ontaminasi diatas da'at mengham*at a(ti;itas en
1 Mengetah"i 'roses isolasi %NA dengan mengg"na(an metode 0A> dan (on;ensional II
.ASIL DAN PEMA.ASAN
II + .a%il Per0obaan
a*el 1 asil E(stra(si dengan Metode !on;ensional No
#am'el
!em"rnian Gen
!onsentrasi Gen 1299 ng/ μl
1
#traw*err)
1,1?2
2
Pe'a)a
1,1??
1?9? ng/
3
Mangga
1,2--
599 ng/ μl
μl
a*el 2 asil E(stra(si dengan Metode 0A> No
#am'el
!em"rnian Gen
!onsentrasi Gen
1
%a"n 0a*ai
1,6??
2697 ng/ μl
2
%a"n ag"ng
1,76-
4396 ng/
3
%a"n >"nga !ertas
2,167
1299 ng/ μl
4
>"ah Mangga
-,5-
1-- ng/
5
>"ah #tro*eri
1,--
2-- ng/ μl
6
>"ah Pe'a)a
1,33
799 ng/
μl
μl
μl
II ) Pemba(a%an
8nt"( menda'at(an %NA m"rni dari s"at" sel dalam +aringan t"*"h ma(hl"( hid"' da'at dila("(an s"at" te(hni( )ang dise*"t isolasi %NA%NA 'ada ma(hl"( hid"' da'at diisolasi(an seara sederhanaPengisolasian %NA seara sederhana da'at dila("(an dengan memeah(an dinding sel, mem*ran 'lasma dan mem*ran inti, *ai( seara me(ani( ma"'"n seara (imiawisolasi %NA mer"'a(an s"at" te(ni( )ang dig"na(an "nt"( mem'eroleh %NA m"rni )ait" tan'a 'rotein dan =NA dari s"at" sel dalam +aringan $#"r)o,2-12& solasi %NA mer"'a(an lang(ah )ang te'at "nt"( mem'ela+ari %NAPrinsi'n)a ada d"a )ait" sentri."ngsi dan 'resi'itasi#entri."ngsi mer"'a(an te(ni( "nt"( memisah(an am'"ran *erdasar(an *erat mole("ln)a Mole("l )ang mem'"n)ai *erat mole("l *esar a(an *erada di *agian *awah ta*"ng dan mole("l ringan a(an *erada 'ada *agian atas asil sentri."ngsi a(an men"n+"((an d"a maam .ra(si )ang ter'isah )ait" s"'ernatan 'ada *agian atas dan 'elet 'ada *agian *awah $0am'*ell, 2--2& Presi'itasi mer"'a(an lang(ah )ang dila("(an "nt"( mengenda'(an s"at" (om'onen dari am'"ran $Al*ert, 1994&
Proses isolasi %NA diawali dengan 'roses e(stra(si %NA al ini *ert"+"an "nt"( memisah(an %NA dengan 'arti(el lain )ang tida( diingin(an Proses ini har"s dila("(an dengan hatihati sehingga tida( men)e*a*(an (er"sa(an %NA Ada'"n tiga lang(ah "tama dalam e(stra(si %NA seara "m"m )ait", 'er"sa(an dinding sel $lisis&, 'emisahan %NA dari *ahan 'adat se'erti sel"losa dan 'rotein, serta 'em"rnian %NA #eara "m"m, "nt"( mengel"ar(an %NA dari sel, da'at dila("(an dengan memeah(an dinding sel, mem*ran 'lasma, dan mem*ran inti dengan ara (on;ensional ma"'"n 0A> a !on;ensional %ila("(an dengan 'em*lenderan ata" 'engger"san mengg"na(an mortar dan 'estel dan 'em*erian lar"tan lisis *"..er )ang ter*"at dari garam dan sa*"n dengan 'er*andingan 1:2 * 0A>$0et)l rimeth)l Ammoni"m >romide& %ila("(an dengan 'em*erian sen)awa (imia *"..er 0et)l rimeth)l Ammoni"m >romide$0A>& "nt"( melisis(an mem*ran inti "nt"( mengel"ar(an %NA Pada 'ra(ti("m %asar%asar Geneti(a Aara @ )ang *er+"d"l E(stra(si %NAB )ang dila(sana(an 'ada hari #elasa, 2- #e'tem*er 2-16 di Ca*oratori"m Pem"liaan anaman, %e'artemen >"dida)a Pertanian, a("ltas Pertanian, 8ni;ersitas Gad+ah Mada di'erl"(an *e*era'a alat dan *ahan dalam mela("(an 'ero*aan Ada'"n alat )ang di'erl"(an adalah s'e(tro.otometer, miroti', mirot"*e, miro'i'et, entri."ge, .ree, garam, sa*"n, aD"adest, al(ohol $etanol ata" iso'ro'anol&, 0AA $isoamil al(ohol&, (loro.orm %alam 'ero*aan ini, isolasi %NA dila("(an melal"i d"a metode )a(ni metode (on;ensional dan metode 0A> Pada metode (on;ensional, disedia(an 'e'a)a, stro*eri dan mangga se*agai sam'el Pada lang(ah 'ertama, sam'el dimas"((an (e dalam 'lasti( *er(lem $se"("'n)a& #elan+"tn)a *"ah dihal"s(an dengan ara mem"("l melal"i l"ar 'lasti( dan dila("(an dengan hatihati agar tida( men)o*e( 'lasti( Adan)a 'enghal"san ini *ert"+"an "nt"( mema" lisis 'ada sel sehingga %NA da'at (el"ar dengan le*ih m"dah >eri("tn)a, di*"atn)a lar"tan *"..er lisis dengan menam'"r(an garam dan sa*"n dengan 'er*andingan 1 : 2 dan dilar"t(an (e dalam aD"adest 1-- ml aD"adest !em"dian lar"tan lisis )ang telah
di*"at dimas"((an (e dalam 'lasti( )ang telah *erisi *"ah )ang telah dihal"s(an dan diam'"r(an dengan *"ah agar homogen dan di"'a)a(an agar tida( ter+adi 'em*ent"(an *"sa #elan+"tn)a, isi 'lasti( disaring dan dimas"((an (e dalam gelas *e(er lal" hasil saring ditam*ah dengan etanol dingin "nt"( mengenda'(an %NA >eri("tn)a a(an terlihat %NA mengg"m'al di atas 'erm"(aan gelas *e(er #etelah it", %NA diam*il melal"i mi(ro'i'et dan di'indah(an (e mi(rot"*e (em"dian disentri."se #etelah (ering, sam'el %NA ditam*ah(an *"..er E/ Double Distilated 2-$ %%2-& >eri("tn)a 'ada e(stra(si %NA dengan metode 0A>, disedia(an sam'el da"n $ a*e, *"nga (ertas, +ag"ng& dan sam'el *"ah $mangga,'e'a)a,stro*eri& !em"dian *"..er 0A> di'anas(an dah"l" 'ada water*ath 65 0 selama 3- menit >eri("tn)a sam'el da"n diger"s dengan mortar dan 'estel hingga lem*"t dan ditam*ah(an *"..er se*an)a( 1500 μl
dimas"(an setengahsetengah agar lar"tan da'at ter*"at dengan sem'"rna dan
diam'"r hingga merata !em"dian dimas"((an (e dalam mirot"*e asil am'"ran ger"san dan lar"tan *"..er )ang di'eroleh selan+"tn)a diin("*asi 'ada s"h" 65 dera+at 0 selama 6- menit dengan atatan setia' 1- menit di*ola(*ali( #etelah diin("*asi am'"ran diam*il dari water*ath didiam(an selama 2 menit dan ditam*ah(an 'ada setia' sam'el 5- μl
am'"ran 24 hloro.orm : 1 isoamil al(ohol $0AA& >eri("tn)a diam'"r dan
di;orte(s selama 5 menit >eri("tn)a am'"ran disentri."se selama 15 menit 'ada 12--r'm !em"dian s"'ernatan )ang telah ter*ent"( diam*il seara hatihati dan di'indah(an (e mirot"*e )ang *ar" dan diatat ;ol"men)a #elan+"tn)a ditam*ah(an sodi"m asetat 3 M se*an)a( 1/1- dari ;ol"me s"'ernatan )ang di'eroleh dan diam'"r dengan *ai( >eri("tn)a ditam*ah(an iso'ro'anol dingin se*an)a( 2/3 ;ol"me total dan diam'"r dengan *ai( dan ta*"ng di*ola(*ali((an >eri("tn)a am'"ran didiam(an dalam .reeeri("tn)a airan di*"ang dan enda'an %NA di"i dan ditam*ah(an 5-- μl etanol 7-F selan+"tn)a mirot"*e di*ola( *ali( !em"dia sentri."se 5 menit 'ada 12--- r'm 0airan di*"ang dan enda'an %NA di(ering(ering(an >eri("tn)a setelah (ering enda'an %NA dilar"t(an (em*ali dengan 5- 1--
μl
E *"..er 1F =NAse dan diin("*asi 'ada water*ath dengan s"h" 37 0 selama
6- menit !em"dian lar"tan %NA disim'an 'ada s"h" 4 0
Pada 'enent"an (em"rnian gen dan (onsentrasi gen sam'el da'at dilihat melal"i s'e(tro.otometer Ada'"n s'e(tro.otometer adalah alat "nt"( meng"("r ting(at (em"rnian dan (onsentrasi %NA hasil isolasi dengan mengg"na(an sinar 8@ Pada 'ero*aan ini, nilai (em"rnian %NA ditent"(an dengan rasio λ 26-/2?-, dimana a*sor*ansi 'an+ang gelom*ang 26- nm dig"na(an "nt"( mendete(si (om'onen asam n"(leotida $%NA/=NA&, sedang(an "nt"( mendete(si (om'onen 'rotein mengg"na(an a*sor*ansi 'an+ang gelom*ang 8@ dengan 'an+ang gelom*ang 2?- nm %alam 'enent"an nilai (em"rnian %NA, %NA m"rni )ang *e*as (ontaminasi 'rotein a(an mende(ati 1,?, sedang(an +i(a ("rang 1,? menanda(an *ahwa %NA terda'at (ontaminasi .enol ata" 'rotein, +i(a le*ih dari 1,? menanda(an *ahwa %NA ter(ontaminasi =NA >erdasar(an hasil e(stra(si %NA dengan metode (on;ensional )ang di'eroleh, 'ada sam'el straw*err) memili(i %NA )ang *er+"mlah sedi(it dan menem'el di dindingdinding mirot"*e serta *erwarna '"tih #edang(an (em"rnian gen dida'at hasil 1,1?2 )ang menanda(an *ahwa *el"m m"rnin)a gen )ang diisolasi, hal ini da'at dise*a*(an (arena adan)a (ontaminasi dari .enol ata"'"n 'rotein Ada'"n (onsentrasi gen stro*eri adalah senilai 1299 ng/ μl dimana ("alitas %NA )ang di"+i 'ada straw*err) memili(i ("alitas )ang "("' *ai( dan +"mlah %NA )ang di"+i "("' *an)a( >eri("tn)a 'ada sam'el 'e'a)a di'eroleh des(ri'si %NA mengenda' di *awah mirot"*e dan *erwarna ("ning #edang(an di'eroleh (em"rnian gen 1,1?? dan (onsentrasi gen 1?9? ng/
μl
)ang menanda(an *ahwa
masih *el"m m"rnin)a gen dan %NA sam'el 'e'a)a memili(i ("alitas )ang "("' *ai( dan *er+"mlah "("' *an)a( !em"dian sam'el %NA mangga memili(i des(ri'si *er+"mlah sedi(it dan
menem'el di dindingdinding mirot"*e serta memili(i warna ("ning
#edang(an 'ada 'eng"("ran (em"rnian gen di'eroleh nilai 1,2-- )ang menanda(an masih adan)a (ontaminasi 'rotein ata"'"n .enol dalam %NA, sedang(an (onsentrasi gen di'eroleh 599 ng/ μl )ang menanda(an +"mlah sam'el %NA )ang di"+i le*ih sedi(it di*anding(an sam'el lainn)a )ang di"+i 'ada metode )ang sama Pada e(stra(si %NA dengan metode 0A> di'eroleh hasil 'ada sam'el da"n a*ai memili(i des(ri'si %NA hi+a" (e("ningan ada enda'an #am'el da"n a*ai ini memili(i (em"rnian gen 1,6?? sehingga sam'el )ang di"+i menanda(an mengand"ng (ontaminasi dari .enol ata" 'rotein di(arena(an nilai (em"rnian gen le*ih (eil dari'ada 1,?-- Ada'"n (onsentrasi gen adalah senilai 2697 ng/
μl
)ang menanda(an sam'el )ang di"+i *er+"mlah
"("' *an)a( >eri("tn)a 'ada sam'el da"n +ag"ng di'eroleh des(ri'si %NA *erwarna hi+a" (er"h dan mengenda' di *awah mirot"*e Pada 'eng"+ian ("alitas, da"n +ag"ng memili(i (em"rnian gen 1,76- )ang menanda(an sam'el memili(i (em"rnian )ang "("' *ai( $ham'ir *e*as dari (ontaminasi& (arena mende(ati 1,?-- dan (onsentrasi gen senilai 4396 ng/ μl dimana sam'el )ang di"+i *er+"mlah sangat *an)a( !em"dian da"n *"nga (ertas memili(i %NA *erwarna hi+a" *ening dan mengenda' di *awah mirot"*e Pada 'eng"+ian (em"rnian da"n *"nga (ertas di'eroleh nilai 2,167 )ang menanda(an sam'el %NA ter(ontaminasi adan)a =NA dan (onsentrasi gen di'eroleh nilai 1299 ng/
μl
)ang
menanda(an *ahwa +"mlah sam'el )ang di"+i "("' *an)a( #elan+"tn)a 'ada sam'el *"ah mangga di'eroleh hasil %NA *erwarna *ening dan terda'at enda'an serta memili(i (em"rnian gen -,5- )ang menanda(an "("' *an)a( (ontaminasi dari .enol ma"'"n 'rotein Ada'"n (onsentrasi gen )ang di'eroleh 2-- ng/ μl )ang menanda(an +"mlah sam'el )ang di"+i han)a sedi(it Pada sam'el *"ah stro*eri di'eroleh hasil warna %NA (er"h dan terda'at enda'an Pada 'eng"("ran (em"rnian gen di'eroleh nilai -,5- )ang menanda(an +"ga "("' *an)a( (ontaminasi dari .enol ma"'"n 'rotein dan (onsentrasi gen 2-- ng/
μl
)ang
men+elas(an *ahwa sam'el )ang di"+i "("' sedi(it >eri("tn)a 'ada sam'el *"ah 'e'a)a memili(i des(ri'si %NA *erwarna '"tih (e("ningan dan memili(i enda'an #edang(an 'ada 'eng"("ran (em"rnian gen di'eroleh nilai 1,33 dimana gen )ang di"+i masih terda'at (ontaminasi .enol ata" 'rotein dan 'ada 'eng"("ran (onsentrasi gen di'eroleh nilai 2-- ng/ μl dimana gen )ang di"+i memili(i +"mlah )ang sedi(it
III
PENUTUPAN
Ke%impulan
•
Pada 'eng"+ian e(stra(si %NA dengan metode (on;ensional, di'eroleh hasil: !em"rnian gen )ang dida'at *erdasar (etiga sam'el %NA isolasi men"n+"((an *ahwa gen memili(i (em"rnian di *awah 1,?-- sehingga (etigan)a terda'at (ontaminasi .enol dan 'rotein
•
Pada 'eng"+ian e(stra(si %NA dengan metode 0A>, di'eroleh hasil: !em"rnian gen )ang dida'at 'ada (eenam sam'el %NA isolasi men"n+"((an *ahwa han)a gen isolasi da"n +ag"ng )ang memili(i (em"rnian mende(ati 1,?-)ait" 1,76- )ang *erarti ham'ir memili(i (em"rnian 'aling *ai( tan'a adan)a (ontaminasi dari .enol ata" 'rotein ma"'"n =NA #edang(an +"ga han)a da"n *"nga (ertas )ang dida'at mengand"ng adan)a (ontaminasi =NA (arena nilai (em"rnian gen )ang le*ih dari 1,?-- )ait" 2,167
DA#TAR PUSTAKA
Al*ert, > 1994 >iologi Mole("ler #el Edisi !ed"a P Gramedia P"sta(a 8tama, a(arta
0am'*ell, Neil A d(( 2--2 >iologi ilid 1 Edisi 3.Erlangga, a(arta "s"., M 2--1 Genetika 1 Struktur dan Ekspresi Gen #ag"ng #eto, a(arta #"r)o 2-12 Genetika Strata 1. 8GM Press, Hog)a(arta
LAMPIRAN
