Hubungan diplomatik RI – Swiss dibuka pada bulan Juli 1952 dengan tujuan untuk menjalin kerja sama dan hubungan bilateral yang baik serta menguntungkan kedua negara. Hubungan bilateral hingga saat ini berjalan dengan baik tanpa adanya masalah-masalah yang dapat menjadi hambatan berarti. Kepentingan Indonesia terhadap Swiss terletak pada sikap politik yang netral.
Politik Swiss terhadap Indonesia selalu ditujukan untuk menjaga hubungan baik yang telah ada. Pemerintah Swiss menilai potensi nasional, p eranan serta pengaruh Indonesia sangat besar dalam organisasi-organisasi internasional besar, seperti GNB, ASEAN, OPEC, dan OKI;
Meskipun dalam forum multilateral, posisi Swiss cenderung dekat dengan negara-negara Uni Eropa lainnya pada isu-isu demokrasi, HAM, good governance dan lingkungan, Pemerintah Swiss secara khusus tidak memberi tekanan kepada Pemri atau mengkaitkan isu-isu dimaksud dalam konteks kerjasama bilateral.
Presiden Swiss, Mrs. Micheline Calmy-Rey pada tanggal 8-10 Pebruari 2007 telah melakukan kunjungan resmi ke Indonesia. Kunjungan tersebut merupakan kunjungan bersejarah dalam konteks hubungan kedua negara mengingat kunjungan tersebut merupakan yang pertama kalinya bagi Presiden Swiss ke Indonesia sejak pembukaan hubungan diplomatik kedua negara tahun 1952. Kunjungan ini juga merupakan kunjungan pertama Presiden Calmy-Rey keluar negeri sejak menduduki jabatan sebagai Presiden Swiss (mulai 1 Januari 2007). Sementara itu, dari pihak Indonesia, Presiden RI Abdurahman Wahid pernah berkunjung ke Bern pada bulan Januari 2000.
Tujuan kunjungan Presiden Swiss ke Indonesia antara lain adalah untuk meningkatkan hubungan bilateral kedua Negara yang selama ini telah terjalin dengan baik. Bagi Swiss,
Indonesia telah menjadi mitra yang penting di bidang politik dan ekonomi, karena itu, Swiss memiliki kepentingan untuk lebih mempererat hubungannya dengan Indonesia. Sementara itu, di bidang ekonomi, Indonesia dinilai merupakan pasar yang besar dengan sumber bahan mentah yang melimpah. Dari sudut pandang makroekonomi, Indonesia dinilai berkembang dengan baik. Hubungan perdagangan Swiss dan Indonesia berjalan dengan baik dan memiliki potensi untuk dikembangkan. Bertalian dengan hal ini hampir seluruh perusahaan besar Swiss mempunyai aktifitas di Indonesia.
Selama kunjungannya ke Indonesia, Presiden Swiss, telah mengadakan pertemuan dengan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono, Wakil Presiden Yusuf Kalla, mengadakan pertemuan dengan para pemimpin berbagai agama yang ada di Jakarta.
Kunjungan Presiden Swiss di Indonesia diakhiri di Aceh, tanggal 10 Pebruari 2007 dimana Presiden Swiss telah meresmikan proyek air bersih yang dibangun dengan dana dari Swiss sebesar SFR 4 juta yang berasal dari Glueckskette charity (NGO, 60%), SDC (25%) dan Swiss Red Cross (15%). Dalam konteks bantuan untuk rekonstruksi Aceh, Swiss telah memberikan bantuan sebesar total SFR 12,5 juta. Terkait dengan masalah Aceh, Swiss juga pernah memberikan bantuan untuk proses perdamaian di Aceh sejak tahun 1976 hingga 2005.
Kerjasama penghindaran pajak berganda, dan menjadi salah satu topik yang diangkat p ada saat kunjungan resmi Presiden Swiss, Mrs. Micheline Calmy-Rey ke Indonesia pada tanggal 8-10 Februari 2007. Sebagaimana diketahui bahwa Indonesia dan Swiss telah menandatangani Persetujuan Penghindaran Pajak Berganda (P3B) pada tgl 29 Agustus 1988 yang dilakukan di Bern dan berlaku efektif sejak tanggal 1 Januari 1990. Dengan berjalannya waktu terdapat beberapa ketentuan yang dianggap sudah tidak sesuai lagi dengan peraturan perpajakan yang berlaku kemudian khususnya di pihak Indonesia. Setelah dilakukan pros es negosiasi sejak tahun 1999, maka pada saat kunjungan Presiden Swiss tersebut, kedua belah Pihak menyepakati amandemen atas protokol perjanjian P3B yang ditandatangani oleh Dirjen Amerop Deplu dan Dubes Swiss di Jakarta.
Khusus untuk masalah Papua, pada prinsipnya Pemerintah Swiss tidak mendukung gerakan separatisme. Swiss sejauh ini menghargai upaya Indonesia dalam menegakkan HAM, memberantas terorisme, dan penegakkan hukum. Swiss menekankan bahwa penyelesaian militer di banyak belahan dunia tidak selalu membawa hasil yang optimal. Dalam kaitan ini, Swiss mengharapkan Indonesia terus mengupayakan proses dialog untuk mencari solusi damai dalam setiap permasalahan domestik yang muncul.
Dalam isu kerjasama bantuan hukum timbal balik, saat ini Pemri tengah dalam proses kerjasama untuk meminta bantuan hukum Pemerintah Swiss atas masalah-masalah kriminal, yaitu upaya pengembalian asset hasil tindak pid ana korupsi atas nama E.C.W. Neloe dan Irawan Salim. Untuk kasus Neloe, status kerjasama bantuan hukum masih berada pada tingkat perumusan permintaan resmi (formal request) Pemri. Sementara untuk kasus Salim, permintaan resmi Pemri untuk memblokir asset Irawan Salim telah diterima oleh Pemerintah Swiss dan sesuai dengan peraturan perundang-undangan Swiss, permintaan Pemri tersebut akan dibawa ke Mahkamah Agung Swiss untuk memperoleh keputusan akhir mengenai dapat diteruskan atau tidaknya permintaan Pemri dimaksud.
