biomol mikrosatelit

MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER PEMANFAATAN MIKROSATELIT SEBAGAI PENANDA GENETIK DALAM KAJIAN MOLEKULER

DISUSUN OLEH: Ahmad Fuad Ali Ikbal (G1A 006001) Siti Ruqayyah (G1A 006042)

PENDAHULUAN Berbagai penerapan teknologi di bidang biologi molekuler mengalami perkembangan yang cukup pesat.  Para ahli biologi molekuler hingga saat ini telah melakukan berbagai penelitian dengan menerapkan rekayasa genetik, yaitu memanipulasi gen secara langsung untuk tujuan praktis. 

PENDAHULUAN-cont’d Teknologi DNA telah merangsang berbagai penemuan penting terkait dengan pengklonan gen atau DNA maupun diagnosis suatu penyakit.  Pengklonan DNA misalnya, merupakan metode terbaik untuk mempersiapkan urutan DNA tertentu yang dibutuhkan dalam jumlah banyak. 

PENDAHULUAN-cont’d Penemuan teknologi DNA telah melahirkan PCR (polymerase chain reaction), dimana prinsip kerjanya didasarkan pada replikasi DNA yaitu fragmen DNA dapat diperbanyak dengan cepat tanpa menggunakan sel.  Salah satu teknologi DNA berbasis PCR adalah mikrosatelit. 

Pengertian PCR PCR (polymerase chain reaction ) adalah sebuah teknik biologi molekuler untuk mereplikasikan DNA dengan menggunakan enzim Taq polimerase. digunakan untuk mengamplifikasi  PCR bagian DNA yang pendek (sampai 10 kb). 

Molecular Marker 



Molekular marker  potongan material genetik yang mudah diidentifikasi yang dapat digunakan di laboratorium untuk memisahkan sel, individu, populasi atau spesies. Molekular marker yang ideal: ~ polimorfisme yang tinggi ~ bersifat kodominan ~ banyak/sering terdapat dalam genom ~ aksesnya mudah, dan ~ memiliki konsistensi tinggi.

Visualisasi Polimorfisme sekuens DNA 

Bermacam-macam teknik polimorfisme pada DNA. 



visualisasi

RFLP (Restriction Fragment Length  Polymorphism) atau Hybridization-based marker  PCR (polymerase chain reaction)-based marker  melibatkan amplifikasi in vitro dari sekuens DNA tertentu atau lokus-lokus tertentu dengan bantuan primer dan enzim DNA polimerase yang termostabil. Fragmen yang diamplifikasi dipisahkan dengan elektroforesis dan dideteksi dengan pewarnaan.

Pengertian Mikrosatelit Mikrosatelit atau Simple Sequence Repeats  (SSR/SSRs)  salah satu penanda genetik molekuler yang didasarkan pada urutan DNA pendek yang tiap unit ulangannya terdiri dari satu sampai enam nukleotida. ilmuwan memanfaatkannya dengan  Para memetakan urutan tersebut pada kromosom suatu organisme. multiple loading  pada gel  Keuntungan: poliakrilamid, pendeteksian populasi segregasi akan dapat dilakukan secara cepat, tepat, dan efisien 

Reaksi PCR untuk SSRs  primer forward dan reverse yang berikatan/ anneal pada ujung 5` dan 3` dari DNA cetakan.  Fragmen produk PCR biasanya dipisahkan pada gel poliakrilamid dengan pewarnaan AgNO3, dengan autoradiografi atau dengan sistem deteksi menggunakan fluoresens.  Gel agarose (biasanya 3%) dengan pewarnaan EtBr dapat digunakan saat perbedaan dalam ukuran alel antar sampel lebih besar dari 10 bp. 