Cara Mengedit Sequence Dengan Bioedit

BIOINFORMATIKA

CARA MENGEDIT SEQUENCE DENGAN BIOEDIT DAN MENGANALISIS SEQUENCE DENGAN NCBI

OLEH : Muhammad Choirul badri 151810401039

JURUSAN BIOLOGI FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS JEMBER 2017

CARA MENGEDIT SEQUENCE DENGAN BIOEDIT Sequence merupakan huruf – huruf yang mewakili struktur primer dari DNA maupun RNA. Sequence mengandung informasi genetic dari sebuah nukletida. Bioedit merupakan software yang digunakan untuk membaca dan mengolah sequence DNA, pada kesempatan ini kita akan belajar untuk mengedit sekuen dari suatu mahluk hidup dan mencari consensusnya. Adapun langkah – langkahnya adalah sebagai berikut : 1. Tentukan sequence yang akan diolah. 2. Buka sequence tersebut (forward dan reverse) pada Bioedit, lalu klik edit pilih copy sequence as raw text, setelah itu copy di ms. Word Forward :

Ini adalah hasil sequen Forward yang dicopy : NNGGNNNGGGGGCAGCTACCATGCAGTCGACGATGATGCCCGAGCTT GCTCGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGTAACCT GCCCTTCACTCTGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACTGGATA TGACGGCGCACTGCATGGTGTGTTGTGGAAAGATTTTTTCGGTGAAGG ATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAGTGGCCTACCAAG GCGGTGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGAC TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG CACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACG GCCTTCGGGTTGTAAACTCCTTTCGCCATTGACGAAGCCCTTCGGGGT GACGGTAGGTGGAGAAGAAGCACCGGCTGACTACGTGCCAGCAGCCG

CGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAG AGCTTGTAGGCGGTTTGTCGCGTCTGCTGTGAAAGCCCGGGGCTTAAC TCCGGGTCTGCAGTGGGTACGGGCAGACTAGAGTGTGGTAGGGGAGA CTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAAC ACCGATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCATTACTGACGCTGAGAAGC GAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCC GTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGATCCATTCCACGGGTTCCGTGCC GCAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGC TAAAACTCAGAGGAATTTGACGAGANACANNACNTCAACAACATACT CTCTCAGCATCTCATCTTCGTGTATGTCACTCAGATCTATCTTCCTTCTT ACTCATGCGTCTACT Reverse :

Ini adalah hasil dari sequence Reverse yang dicopy : NNNGTCGCCATCCAGCGGGCGCTTATGCGTTAGCTGCGGCACGGAACC CGTGGAATGGATCCCACACCTAGCGCCCAACGTTTACGGCATGGACTA CCAGGGTATCTAATCCTGTTCGCTCCCCATGCTTTCGCTTCTCAGCGTC AGTAATGGCCCAGAGACCTGCCTTCGCCATCGGTGTTCCTCCTGATAT CTGCGCATTTCACCGCTACACCAGGAATTCCAGTCTCCCCTACCACACT CTAGTCTGCCCGTACCCACTGCAGACCCGGAGTTAAGCCCCGGGCTTT CACAGCAGACGCGACAAACCGCCTACAAGCTCTTTACGCCCAATAATT CCGGACAACGCTCGCACCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAG TCAGCCGGTGCTTCTTCTCCACCTACCGTCACCCCGAAGGGCTTCGTCA ATGGCGAAAGGAGTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCCCCCACGCGGC GTCGCTGCATCAGGCTTGCGCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCC TCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCAGTCCCAGTGTGGCCGGTCGCC CTCTCAGGCCGGCTACCCGTCACCGCCTTGGTAGGCCACTACCCCACC AACAAGCTGATAGGCCGCGAGCCCATCCTTCACCGAAAAAATCTTTCC ACAACACACCATGCAGTGCGCCGTCATATCCAGTATTAGACCCAGTTT

CCCAGGCTTATCCCAGAGTGAAGGGCAGGTTACTCACGTGTTACTCAC CCGTTCGCCACTAATCCACCCGAGCAAGCTCGGGCATCATCGTTCGAC TTGCATGTGTTAAGCACGCCGCCAGCGTTCGTCCTGAGCCAGAATCCA AAACTCTAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 3. Pada bioedit drag sequence awal sampai sequence yang perbandingan gelombangnya jelas lalu copy Forward :

Reverse :

4. Pada Ms. Word tekan Ctrl + F lalu copy sequence tersebut pada kolom pencarian dan hapus sequence tersebut Forward :

Reverse :

5. Ulangi langkah ke-3 tetapi untuk bagian akhir sampai bagian yang jelas perbedaanya.

Forward :

Reserve :

6. Lakukan hal yang sama seperti langkah ke-4 Forward :

Reverse :

7. Copy sequence forward dan reverse yang telah diedit di Ms. Word 8. Klik file pilih new aligment, klik file pilih import lalu klik 2x “out” untuk mengubah ke nama yang sequence yang sesuai

9. Klik menu sequence lalu pilih nucleic acid, klik reverse complement untuk membalik sequence reverse

10. Klik kedua sequence, lalu pilih sequence pilih pairwise alligment dan klikalligment two sequnse (allow ends to slide)

Hasilnya :

11. Blok kedua sequence lalu pilih menu alligment dan klik create consensus sequence untuk mengambil sequence yang sama dari keduanya

Hasilnya consensus :

12. Copy sequence consensus dengan cara klik sequence, lalu klik edit, klik copy sequence to clipboard dan copy ke Ms. Word

Sekian langkah – langkah untuk mengedit sequence dan mendapatkan consensus

CARA MENGANALISIS SEQUENCE DENGAN NCBI

Setelah kita mengedit sequence di bioedit maka langkah selanjutnya yaitu menganalisis consessus sequence tersebut di NCBI untuk mengetahui sequence tersebut berasal dari mana. Adapun langkah – langkahnya adalah sebagai berikut : 1. Buka situs NCBI, pilih menu Blast, lalu pilih

2. Copy sequence consensus ke pada kolom Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)

3. Pada choose search set menu database pilih 16S ribosomal RNA sequence (Bacteria & Archaea) karena analisis ini biasanya digunakan untuk menganalisis bakteri dan archaea

4. Pada program selection menu optimize for pilih highly similar sequence untuk menampilkan hasil yang memiliki kemiripan tinggi

5. Klik blast dan tunggu hasilnya

Gambar diatas merupakan hasil dari proses blast dan dari data tersebut diketahui sequence yang didapatkan mempunyai query / kemiripan tertinggi pada Barrientosiimonas humi strain 39 16S ribosomal RNA gene, partial sequence yaitu 99% dari hasil ini bisa dimungkinkan bahwa sequence yang didapatkan adalah milik dari Barrientosiimonas humi. Sekian langkah – langkah menganalisis sequence yang didapatkan dengan menu blast dari NCBI untuk mengetahui milik siapa sequence tersebut.