A. Pengertian Short Tandem Repeats
Short Tandem Repeats pertama kali digunakan dalam kerja kasus forensik di awal 1990-an Pada akhir dekade mereka telah menjadi alat standar untuk hampir setiap laboratorium forensik di dunia. Hari ini sebagian besar kerja kasus genetik forensik melibatkan analisis polimorfisme STR dan situasi ini tidak mungkin berubah dalam waktu dekat. Short Tandem Repeats (STR) adalah bagian DNA yang pendek dan bersifat sangat polimorfik sehingga dijadikan lokus pilihan untuk penyelesaian kasuk-kasus forensik. Lokus STR memiliki keistimewaan karena memiliki jenis alel yang banyak, tetapi dengan rentang yang sempit, sehingga memungkinkan diperbanyak secara multipex dalam satu tabung reaksi. Dengan melakukan pemeriksaan pada banyak lokus STR, maka identifikasi individu dapat dilakukan dengan ketepatan yang amat tinggi. STR merupakan core-DNA, sehingga ia diturunkan menurut hukum Mendel dari kedua orangtua. Pada setiap lokus STR, setiap anak memiliki dua buah alel, dimana satu alel berasal dari ibunya (DNA maternal) dan alel satunya lagi berasal dari ayahnya (DNA paternal).
B. Struktur STR lokus
Short Tandem Repeats mengandung daerah ulangi inti antara 1 dan 6 bp panjang dan memiliki alel yang umumnya kurang dari 350 bp panjang. Sejumlah besar STR lokus telah ditandai tetapi hanya sekitar 20 biasanya dianalisis dalam kerja kasus forensik. STR yang banyak digunakan dalam genetika forensik memiliki sebuah empat atau lima pasangan basa motif inti-ulang dan dapat diklasifikasikan sebagai ulangi sederhana, ulangi sederhana dengan mengulangi non-konsensus, senyawa mengulang atau berulang kompleks.
C. Perkembangan multiplex STR
Komunitas forensik telah memilih STR lokus untuk memasukkan ke dalam reaksi multiplex berdasarkan beberapa fitur termasuk: -
alel diskrit dan dibedakan;
-
amplifikasi lokus harus kuat;
-
daya tinggi diskriminasi;
-
tidak adanya hubungan genetik dengan lokus lainnya yang dianalisis;
-
rendahnya tingkat pembentukan artefak selama amplifikasi.
-
kemampuan untuk diperkuat sebagai bagian dari PCR multipleks.
D. Analisis STR dalam bidang forensik dapat dilakukan dengan dua pendekatan, yaitu :
1. Analisis ayah-anak-ibu (FCM analysis) Pada analisis ini dilakukan perbandingan alel STR tersangka ayah (F), anak (C), DAN IBU (M), dicari apakah DNA paternal anak ada padanannya atau tidak dengan salah satu DNA tersangka ayah. Adanya kesesuaian pada semua lokus STR yang diperiksa menunjukkan bahwa ayah adalah AYAH BIOLOGIS dari anak tersebut. Ketepatan kesimpulan ini dikalkulasi melalui penghitungan Paternity Indeks (PI) dengan memakai data frekuensi alel pada populasi yang sama. Paternity Index adalah suatu angka yang menyatakan BERAPA KALI seorang tersangka ayah lebih mungkin menjadi ayah biologis dari seorang anak, jika dibandingkan pria lain yang diambil scara acak dari populasi yang sama. Semakin tinggi angka PI pada analisis FCM, semakin tinggi keyakinan kita bahwa tersangka ayah iti memang benar merupakan ayah si anak. Ditemukannya ketidaksesuaian DNA paternal anak dengan DNA tersangka ayah pada DUA/LEBIH lokus STR yang diperiksa mematikan bahwa tersangka ayah adalah BUKAN ayahbiologis dari anak tersebut. Dengan menggunakan ketentuan tersebut, pada saat ini kasus paternitas dapat dipecahkan secara akurat.
2. Analisis perbandingan (matching analysis) Pada analisis ini dilakukan perbandingan antara dua sel profil DNA dari dua buah sampel. Atas dasar ketentuan bahwa semua sel dari individu yang sama memiliki profil DNA yang sama, maka dua sampel yang memiliki profil DNA yang sama pastilah berasal dari individu yang sama. Analisis ini dilakukan untuk melacak sumber bahan biologis berupa cairan maupun bercak (darah, liur, mani), rambut, jaringan, potongan rambut, dsb. Setelah didapatkan dua profil DNA adalah IDENTIK, maka harus dilakukan perhitungan Match Probability (MP), yang dikalkulasi dengan menggunakan data frekuensi alel yang terdapat dalam populasi yang sama. MP adalah suatu angka yang menyatakan bahwa sampel tertentu sekiankali lebih mungkin berasal dari seorang individu, dibandingkan individu lain yang diambil secara acak dari dalam populasi yang sama. Dengan demikian semakin tinggi MP maka semakin meyakinkan bahwa suatu sampel berasal dari individu tertentu.
Dari kedua analisis tadi terlihat bahwa adanya DNA population database, terutama data frekuensi alel dari CODIS 13, amatlah penting dalam analisis kasus forensik. Dan pada saat ini Indonesia telah memiliki data tersebut, yang telah dilakukan dalam penelitian yang dilakukan oleh Untoro dkk pada tahun 2006.
E. Analisis DNA Pada Kasus Paternitas
Semakin lama semakin disadari bahwa setiap anak mempunyai hak untuk mendapatkan informasi mengenai asal usul mereka (1,2). Pengetahuan mengenai siapa ayah dan ibu kandung dari seorang anak mempunyai banyak pengaruh bagi para pihak yang terkait. Pertama, informasi mengenai siapa orang tua biologis dari seorang anak, akan menunjukan pasangan tersebut sebagai orang pertama yang (seharusnya) merupakan lingkaran terdalam lingkungan anak tersebut. Kedua, pengetahuan itu memberikan hak tertentu kepada anak tersebut, diantaranya hak atas pengasuhan, hak untuk mendapatka santunan biaya hidup dan hak waris dari orangtuanya. Dalam hal orang yang bersengketa menganut agama islam,
mempelai wanita (sebagai anak) memiliki hak untuk meminta ayah kandungnya untuk wali nikahnya. Ketiga, adanya hubungan tersebut memberikan kewajiban tertentu kepada orangtuanya, diantaranya kewajiban memberikan asuhan, warisan dan memberikan nafkah serta hak untuk membawa anak terse but ke negara tempat orangtuanya berasal. Kasus paternitas sesungguhnya merupakan sebagian saja dari kasus sengketa asal-usul. Sengketa asal-usul berdasarkan obyek sengketanya dapat digolongkan menjadi beberapa jenis kasus, yaitu : 1. Kasus ragu orangtua (disputed parentage): yaitu kasus yang mencari pembuktian siapa orangtua (ayah dan ibu) dari seorang anak. Yang termasuk dalam kategori ini adalah kasus imigrasi (3-6), kasus pencarian orangtua pada kasus penculikan, bayi tertukar, kasus terpisahnya keluarga pada masa perang atau bencana dan kasus identifikasi korban tidak kenal (7). 2. Kasus ragu ayah (disputed paternity): yaitu kasus yang mencari pembuktian siapa ayah kandung dari seorang anak. Yang termasuk dalam kategori ini adalah kasus imigrasi (3-6), kasus klaim keayahan oleh seorang wanita, kasus perselingkuhan dan kasus incest (1,2) 3. Kasus ragu ibu (disputed maternity): kasus yang mencari pembuktian siapa ibu kandung dari seorang anak. Yang termasuk dalam ini adalah kasus bayi tertukar, kasus pembunuhan anak sendiri dan kasus aborsi. 4. Kasus ragu kerabat: yaitu kasus yang mencari pembuktian apakah dua orangtua atau lebih punya hubungan darah (kekerabatan) tertentu. Yang termasuk dalam kategori ini adalah pelacakan silsilah keluarga, kasus pencarian keluarga setelah bencana alam, dsb.
Sengketa asal usul dalam masyarakat jumlahnya banyak sekali, tetapi biasanya yang muncul dan menjadi berita hanya sebagian kecilnya saja. Fenomena ini kita kenal dengan fenomena Gunung Es (Iceberg Phenomenon). Kasus sangketa asal usul yang terbanyak dalam masyarakat adalah kasus klaim keayahan terhadap seorang pria oleh seorang wanita yang hamil, dengan janin
dalam rahim yang diklaimnya sebagai anak dari pria tersebut. Kasus semacan ini pada umumnya diselesaikan secara kekeluargaan dan secara diam-diam, karena dianggap merupakan aib keluarga, khususnya jika pria tersebut merupakan orang terhormat atau pria yang sudah beristri. Hal ini dapat dimaklumi, karena kasus ini bukan saja dapat mengakibatkan hancurnya nama baik dan reputasi pria tersebut. Pada masa rezim Suharto, diberlakukan PP 10 yang dapat memberikan sanksi pemecatan pada pegawai negeri yang terlibat kasus semacan itu. Kasus
sengketa
asal
usus
merupakan
kasus
medis,
sehingga
pemecahannya pun harus secara medis pula. Setiap manusia dilahirkan dengan membawa sifat gabungan dari ayah dan ibunya karena ia tercipta dari penyatuan sel sperma ayahnya dan sel telur ibunya pada saat pembuahan. Dengan demikian, pada diri setiap anak terdapat sifat gabungan dari ayah dan ibunya yang diturunkan melalui materi keturunan yang kita sebut DNA (1-11).
F. Prosedur Pemeriksaan DNA
Pertama kali seorang klien ( nasabah) datang ke dokter, ia berkonsultasi dengan dokter mengenai kasusnya. Dalam konsultasi ini dokter akan mencari informasi mengenai apa yang ingin dibuktikan pada kasus ini, apa yang anak dilakukan (tindak lanjut) setelah hasilnya diketahui, dan kapan akan dilakukan pemeriksaan. Konsultasi awal ini bisa merupakan konsultasi dokter pasien biasa, tetapi bisa juga dilakukan atas permintaan polisi atau pengadilan jika kasusnya telah memasuki ranah hukum. Pada kasus yang belum melibatkan aparat penegak hukum, kepada nasabah dinyatakan apakah dikemudian hari kasusnya akan direncanakan pada diproses hukum atau tidak. Jika nasabah memperkirakan akan ada proses hukum dikemudian hari , seperti untuk pengurusan pencairan, sidang sengketa perwalian anak, sengketa warisan, dsb. Maka dianjurkan agar kasusnya dilaporkan dulu ke yang berwajib agar prosesnya menjadi lebih legal. Jika nasabah tidak mau melibatkan pihak yang berwajib, maka dokter harus memprosesnya sama seperti jika kasusnya adalah kasus hukum. Pada kenyataannya cukup banyak kasus dimana nasabah hanya sekedar ingin tahu saja
dan sama sekali tidak berencana melakukan proses hukum, dengan berbagai alasan. Pada kasus semacam ini, dokter tetap harus memperosesnya secara biasa, sambil tidak lupa untuk mempersiapkan diri kalau sewaktu-waktu kasusnya akan melanjut juga ke proses hukum. Jika pasien ragu-ragu, tidak atau belum memikirkan tindak lanjut atau tidak siap
untuk
menghadapi
kenyataan,
dokter
sebaiknya
tidak
melakukan
pemeriksaan sampai nasabah siap secara mental. Untuk kasus wanita hamil yang meminta pemeriksaan sebelum kelahiran sebagai dasar untuk memaksa pria agar mengawininya sebelum kelahiran bayinya, hanya dapat dilayani untuk yang siap dengan resiko pengambilan sample dan beragam non Muslim. Pengambilan sampel dari janin, meskipun dilakukan oleh ahlinya, tetap mempunyai resiko yang lebih tinggi dibandingkan dengan pemeriksaan setelah lahir. Pada nasabah yang Muslim, pemeriksaan DNA sebelum kelahiran (antenatal) tidak dianjurkan, karena menurut hukum kekeluargaan islam, wanita yang sedang hamil tidak boleh dikawin perkawinan baru boleh dilakukan setelah bayinya lahir. Ketentuan ini jelas tidak memenuhi harapan si wanita, karena biasanya wanita ingin segera diperiksa dan dipastikan bahwa janinnya adalah anak si pria, kemudian memaksa pria agar segera mengawininya dan dengan demikian anak tersebut lahir dengan memiliki ayah (bukan anak haram). Pada kunjungan berikutnya semua pihak yang akan diperiksa datang menemui dokter, sebisanya dengan di sertai saksi dari kedua belah pihak. Mula-mula pada semua pihak diterangkan prosedur yang akan dilakukan. Setelah jelas dan tidak ada lagi yang ingin ditanyakan, maka pihak-pihak yang akan diambil sampelnya mendatangi persetujuan ( informed consent ) untuk pengambilan sampel DNA. Untukk nasabah yang masih berumur dibawah 21 tahun atau belum menikah, persetujuan ditandatangani oleh orangtua atau walinya. Sampel yang diambil untuk pemeriksaan DNA adalah darah vena sebanyak 1-3 cc yang dimasukan dalam tabung steril yang telah dibubuhi pengawet EDTA, yang berfungsi untuk mencegah pembekuan darah sekaligus mencegah pemecahan DNA oleh enzin DNAse yang terdapat didalam darah. Tabung tersebut ditutup rapat-rapat, dikocok, lalu diberi label. Untuk nasabah
anak-anak atau bayi yang sulit atau tidak memungkinkan diambil darahnya, dilakukan pengambilan sample usapan selaput lendir mulut bagian dalam, yang diambil dengan 2 ampai 4 kapas lidi steril. Usapan pipi ini dibiarkan kering dalam temperatur kamar, lalu disimpan dalam tabung steril tanpa pengawet dengan membuang bagian ujung dan tengah lidi. Tabung ditutup rapat dan diberi label. Untuk mencegah terjadinya penyangkalan di kemudian hari, informed consent ditandatangani juga oleh dua saksi dna proses pengambilan sample didokumentasi dengan kamera digital. Pada saat ini ada pengambilan sampel lain yang lebih praktis, yaitu dengan menggunakan kartu FTA (FTA card). Kartu FTA adalah suatu kertas saring Whatman yang telah dibubuhi oleh sejenis senyawa tertentu sehingga sampel yang ditaruh diatasnya akan diserap dan dipreservasi DNAnya, selama sekurangnya 20 tahun. Dengan cara ini sampel DNA cukup diambil dari beberapa tetes darah yang dibercakkan pada kertas tersebut, lalu dikeringkan. Bentuknya yang berupa kertas memungkinkan pengumpulan dan penanganan sampel menjadi praktis dan mudah. Ekstraksi DNA dari kertas FTA prosedurnya juga singkat, mudah dan cepat sehingga mempercepat analisis DNA yang dilakukan. Sampel yang telah diambil lalu dibawa ke laboratorium DNA Forensik untuk diproses lebih lanjut. Sampel diekstraksi DNAnya, dihitung kadarnya lalu diperbanyak dengan proses PCR. DNA hasil penggandaan oleh proses PCR dianalisis lebih lanjut dengan pemisahakan fragmen DNA dengan proses elektroforesis gel poli-akrilamid (PAGE) atau dianalisis dengan elektroforesis kapiler. Jika sample yang digunakan adalh sample pada kartu FTA, proses penghitungan kandungan DNA tidak perlu dilakukan karena DNAnya dapat langsung digandakan. Hasil pemeriksaan DNA pada setiap lokus DNA adalah 2 buah fragmen DNA pada setiap lokus DNA, dimana satu fragmen berasal dari ibu (fragmen maternal) dan satunya dari ayah ( fragmen paternal ). Setiap fragmen DNA tersebut dapat dilihat berupa pita pada PAGE atau berupa duri (peak) pada elektroforesis kapiler. Notasi fragmen DNA tersebut dinyatakan berupa angka, yang menyatakan panjang fragmen DNA.
Contoh : Pada lokus FGA didapatkan notasi sbb: Tersangka
:16,19
Anak
:14,16
Ibu
:14,21
G. Analisis Dan Penyimpanan
Setelah dilakukan pemisahan DNA pada tersangka ayah, anak dan ibu maka ketiga hasil pemeriksaan DNA tersebut dimasukan dalam suatu table FCM (Father Child Mother). Pada setiap lokusnya, dicari fragmen DNA maternal, yaitu fragmen DNA yang sama dengan salah satu fragmen DNA ibunya. Kemudian fragmen DNA anak satunya, yang merupakan fragmen DNA paternal (berasal dari ayah) dibandingkan dengan kedua fragmen DNA tersangka ayah. Jika ditemukan ada fragmen DNA tersangka ayah yang sama dengan fragmen DNA paternal anak, maka pria tersebut dinyatakan “mungkin” merupakan anak dari pria tersebut. Jika DNA paternal anak tidak sama dengan salah satu DNA tersangka ayah, maka komposisi tersebut dapat dinyatakan sebagai eksklusi (2,3,4,5). Ditemukannya dua eksklusi atau lebih pada panel 10 atau 15 lolus memastikan bahwa anak tersebut bukan anak dari pria tersebut. Lihat tabel 1.
DAFTAR PUSTAKA
Adrian Linacre, Sibte Hadi, William Goodwin. 2007. An Introduction To Forensic Genetics. Penerbit Wiley. Inggris
Abdul Munim Idries, Agung Legowo Tjiptomartono. 2011. Penerapan Ilmu Kedokteran Forensik Dalam Proses Penyidikan. Penerbit Sagung Seto. Jakarta
