UJI BIOKIMIA ASAM NUKLEAT DENGAN METODE PENAMPAKAN ASAM NUKLEAT TANAMAN SANSAN IRSAN ABDUL MALIK PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN
ABSTRACK Asam nukleat merupakan senyawa yang mengandung basa nitrogen (struktur siklik aromatik yang memiliki atom nitrogen) sebagai bagian dari struktur asam nukleat.Asam nukleat yang terbagi menjadi RNA dan DNA dapat ditentukan kadar atau konsentrasinya dari suatu organ, dalam hal ini hati. Penentuan ini dilakukan melalui lisis sel, sentrifugasi berulang dan penambahan reagen orsinol untuk RNA dan difenilamina untuk DNA sehingga analisis kuantitatif dapat dilakukan dengan spektrofotometer visible. Kata Kunci : Asam Nukleat PENDAHULUAN Setiap sel mempunyai kemampuan menggandakan diri dengan kode DNA sebagai cetak biru, bahan-bahan dasar sebagai komponen penyusun dan dengan bantuan katalis enzim (Kirby, 1990). Asam nukleat merupakan senyawa yang mengandung basa nitrogen (struktur siklik aromatik yang memiliki atom nitrogen) sebagai bagian dari struktur asam nukleat. Asam nukleat, dibangun oleh polimerisai nukleotida, yang berfungsi sebagai pusat informasi utama untuk penyimpanan san pengambilan informasi tentang urutan polipeptida (Kikuchi, 2010). Komponen penyusun asam nukleotida yaitu gula basadan fosfat. Nukleotida berbeda terhadap satu sama lain bergantung pada jenis gula dan basa nitrogen yang terkandung didalamnya. Terdapat dua macam gula yaitu gula ribose dan deoksiribosa. Kelompok gula basa terbagi menjadi purin dan primidin. Purin terdiri dari adenin (A) dan Guanin (G), sedangkan primidin terdiri atas sitosin (S), timin (T), dan urasil (U) (Sudjadi, 2007).
Asam nukleat dalam sel ada dua jenis DNA (Deoxyribonucleid acid) dan RNA (Ribonucleid acid). Baik DNA dan RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa energi (Poedjiadi, 2005: 132-135) Molekul DNA merupakan rantai polinukleotida yang mempunyai beberapa jenis basa purin dan primidin dan berbentuk heliks ganda antara rantai satu dengan pasangannya. Dalam heliks ganda terdapat ikatan hidrogen. Molekul DNA yang berbentuk heliks ganda ini mempunyai sifat dapat membelah diri dan masing masing rantai polinukleotida mampu membentuk rantai baru yang merupakan pasangannya. Terjadinya heliks ganda yang baru dan proses terbentuknya DNA baru disebut replikasi (Widyatomo, Elisabeth, dan Aniek, 2010: 65). Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (Ekstraksi atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenitas dan penambahan buffer ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2006) Menurut Adie (1999) maanfaat dari isolasi DNA yaitu: •
Mendapatkan DNA murni yang akan digunakan dalam percobaan
laboratorium tertentu. •
Visualisasi DNA dengan elektroforesis gel
•
Peninjauan pola fragmen DNA dalam hasil pemotongan secara enzimatik
melalui teknik hidrolisasi southern. •
Isolasi plasmid atau DNA fage dalam prosedur pemindahan DNA.
METEDOLOGI Alat dan Bahan Dalam praktikum uji asam nukleat dengan metode Penampakkan asam nukleat tanamn ini menggunakan alat diantaranya: Mortal dan pestle,Gelas Ukur,Beaker gelas,Chopstick,pipet,saringan,Tabung reaksi ,sendok
kecil.Sedangkan bahan yang di gunakan brokoli,wortel,bawang merah,pisang,detergen,garam,alkohol. Prosedur kerja
HASIL DAN PEMBAHASAN Hasil Percobaan Sampel Pisang Brokoli Bawang Merah Wortel
Perbandingan Garam :
Hasil
Deterjen ½:1 1:1 1:½ ½:1 1:1 1:½ ½:1 1:1 1:½ ½:1 1:1 1:½
+++ ++ +++ + +++ ++ + +++ ++ +++ ++ +++
Pembahasan Pada percobaan kali ini melakukan pengamatan pada DNA dengan menggunakan beberapa bahan senyawa kimia dan beberapa perlakuan fisik pada bahan yang diuji. Proses isolasi DNA menurut Muladno (2002)diawali dengan proses ekstraksi DNA. Dengan perlakuan fisik yaitu penggerusan dengan mortar dan pistil. Hal ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada dinding sel, membran sel membran plasma dan membran inti. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah detergen ini bertujuan untuk memecahkan dinding sel dan membran sel lapisan pembungkus DNA. Ini disebabkan karena sifat dari detergen sama dengan sifat dinding sel yang hidrofobik, sehingga terjadi ikatan diantara keduanya dan menyebabkan dinding sel rusak.
Lalu ditambahkan garam dapur dan diterjen dengan perbandingan ½ : 1, 1 : 1, dan 1 : ½ kemudian diaduk. Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Sedangkan Penambahan deterjen (SDS) berfungsi untuk melisiskan barier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia. Kemudian di diamkan sampai endapannya turun. Selanjutnya larutan diambil 5 ml dengan pipet tetes ke dalam tabung reaksi, sehingga didapatkan sampel berupa cairan yang tidak terlalu kental. Pada tabung reaksi tersebut kemudian dipisahkan bagian bagian yang telah terurai dengan menggunakan alkohol dingin berkonsentrasi 70%. Alkohol tidak melarutkan DNA dan berat jenis alkohol yang lebih ringan dari air membuat DNA naik dan melayang-layang di permukaan. Dan ini dibuktikan dengan adanya serabut halus yang mengambang di dalam air. Kemudian pada bahan uji yang telah diberikan perlakuan secara fisik dan kimiawi menghasilkan serabut serabut yang banyak dan ada juga yang sedikit. Pada bahan uji buah yang memiliki serabut banyak yaitu pada buah mangga, tomat, pepaya, dan brokoli dan bahan uji yang memiliki serabut sedikit yaitu, kiwi, bombay, alpukat, dan melon. Hal ini disebabkan oleh pengaruh pada kandungan air yang ada pada setiap buah dimana kandungan air dalam buah mempengaruhi banyak atau tidaknya serabut. MenurutAgus dan Sjafaraenan (2014) bahwa buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpresipitasi juga akan sedikit. Akan tetapi pada alpukat tidak sesuai dengan teori dimana alpukat memiliki kadar air yang sedikit menghasilkan serabut yang sedikit dibandingkan dengan yang lainya. Kemungkinan ini terjadi kesalahan atau ketika penggerusan alpukat digerus sampai halus sehingga ekstraknya semakin sedikit dan DNA yang terpresipitas juga jadi sedikit.
I. DAFTAR PUSTAKA
Sudjadi, B. 2007.Biologi. Jakarta : Gramedia Pustaka Utama. Poedjiadi, Anna dan F.M. Titin Supriyanti. 2005. Dasar – dasar Biokimia. Jakarta:
Universitas Indonesia Press. Kikuchi, Yo. 2010. Extracelluler nucleid acids. Spinger: Verlag Berlin Heidellberg. Yuswono, Triwibowo. 2006. Bioteknologi Pertanian. Yogyakarta: Gajah Mada
University Press. Adie, Ahmad H. 1999. Prinsip – Prinsip Ilmu Penyakit Dalam. Jakarta : ECG Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda dan USESE Foundation. Bogor.
Widyatmoko, A. Y. P. B. C, Elisabet, Selda Patrisia Lejo, Aniek Prasetyaningsih, Anto Rimbawanto. 2010. Keragaman Genetik Populasi Araucaria cunninghamii menggunakan Penanda RAPD (Radom Amplified Polymorphic DNA). Jurnal Pemuliaan Tanaman Hujan. Vol.4 No. 2 Hal : 63-77. Balai Besar Penelitian
Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hujan. Diakses pada: Ejournal.forda-moforg/ejournal-litbag/index.php/JHTH/article/view/1838pada tanggal: 15 November 2016.
Campbell NA, Reece-Mitchell.2002. Biologi Edisi Kelima-Jilid I. Penerbit: Erlangga
Koolman J dan Roehm KH. 2005. Colour Atlas of Biochemistry 2nd Ed. New York: Thieme.
Lehninger AL. 2004. Dasar-Dasar Biokimia Jilid I. Maggy Thenawidjaja, penerjemah. Jakarta: Erlangga. Terjemahan dari: Principles of Biochemistry.
Murray R. 2001. Harper’s Review of Biochemistry Edisi 25. EGC: Jakarta.
Ngili Y. 2009. Biokimia: Struktur dan Fungsi Biomolekul. Yogyakarta: Graha Ilmu.
