Gaussian Overview 09 Input 09 entrada de Gauss consiste em uma série de linhas em um arquivo de texto ASCII. A estrutura de base de um ficheiro de entrada de Gauss inclui várias secçes diferentes! Ligação 0 Comandos ! "ocali#e e arquivos nome scratch $linha em branco n%o terminado&. Seção Rota $ # linhas &! 's(ecifique o ti(o de cálculo dese)ado* modelo qu+mica e outras o(çes $linha em branco terminado&. Seção Título ! ,reve descriç%o do cálculo $linha em branco terminado&. 'sta secç%o é necessária na entrada* mas n%o é de forma al-uma inter(retados (elo (ro-rama Gaussian 09. 'le a(arece na sa+da (ara fins de identificaç%o e descriç%o.ormalmente* esta seç%o (ode conter o nome com(osto* sua simetria* o estado eletr/nico* e qualquer outra informaç%o relevante. A seç%o de t+tulo n%o (ode exceder cinco linhas e deve ser se-uido (or uma linha em branco terminar. s se-uintes caracteres devem ser evitados na seç%o de t+tulo! 1 23 4 5 6 caracteres de controle (especialmente Ctrl4G& Especificação Molecule Molecule ! 's(ecifique sistema molecular a ser estudado $linha em branco terminado&. Opcional seçes adicionais ! entrada adicional necessário (ara ti(os de trabalho es(ec+ficos $normalmente linha em branco terminado&. 7uitos Gaussian 09 (ostos de trabalho vai incluir a(enas a se-unda* terceira e quarta seçes. Aqui está um exem(lo de um arquivo* que solicita um cálculo da ener-ia de (onto 8nico na á-ua! •
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# HF/6-31G (d) energia da água 0 O H H
1 -0,464 0,177 0.0 -0.464 1.137 0,0 0,441 -0,143 0,0
seção Rota seção Título especificação Molecule
este trabalho* os troços e t+tulo cada um com(osto de uma 8nica linha. A seç%o de es(ecificaç%o molécula começa com uma linha dando a car-a e rotaç%o multi(licidade (ara a molécula! 0 car-a $molécula neutra& e rotaç%o multi(licidade $sin-lete& neste caso. A linha de car-a e a multi(licidade de centrifu-aç%o é se-uida (or linhas descrevendo a locali#aç%o de cada um dos átomos da molécula: este exem(lo utili#a coordenadas cartesianas (ara fa#;4lo. 's(ecificaçes molécula s%o discutidos em mais detalhes mais adiante neste ca(+tulo. se-uinte arquivo de entrada ilustra o uso de li-aç%o 0 comandos e uma seç%o de entrada adicional! Chk% !e"ad # HF/6-31G (d) O!$ d&edundan$ 'raah O!$e 0 1 coordenadas at"micas
Ligação ! seção seção Rota seção Título
seção Especificação Molecule
3 * + 1 3
$dicionar uma ligação e um %ngulo para os internos coordenadas utili&adas durante o geom opt
'sse trabalho requer uma otimi#aç%o de -eometria. A secç%o de entrada se-uinte es(ecificaç%o molécula é usado (elo Opt = ModRedundant (alavra4chave* e que serve (ara adicionar uma li-aç%o e
Gaussian 09 Input Seção de encomenda Seção
Palavras-chave
"i-aç%o 0 comandos ?oute Section $ # li l inhas& Sobre(osiçes extra Seç%o @+tulo 's(e 's(eci cific ficaç% aç%oo 7ole 7olecu cule le 's(ecificaçes de conectividade Alteraçes átomos con-elados 7odificaçes coordenadas B t+tulo e es(ecificaç%o molécula 's(ecificaçes de conectividade. (ara o B con)unto de coordenadas Alteraçes átomos con-elados 7odificaçes se-undo con)unto de coordenadas B t+tulo e estrutura @S inicial 's(ecificaçes de conectividade. (ara o B con)unto de coordenadas Alteraçes a átomos con-elados 7odificaçes terceiro con)unto de coordenadas
> comandos tudo $%traOverla&s todos* exceto Geo = 'll(hec) todo todos* s* exce exceto to Geo = 'll(hec) Geo = *i+ar ou Mod(onnect
Final de linha e !ranco" n%o sim sim sim sim sim
Geo = ReadFree,e
sim
Opt = ModRedundant
sim
Opt = S./ ou S.
sim (ara ambos sim
Geo = *i+ar ou Mod(onnect e Opt = S./ ou S. Geo = ReadFree,e
sim
Opt = S./ ou S.
sim
Opt = S. Geo = *i+ar ou Mod(onnect Opt = 1ModRedun2 S.3
sim (ara ambos sim
Geo = ReadFree,e
sim
Opt = 1ModRedun2 S.3
sim
=D, informaçes estrutura secundária 7assas at/micas =ar
automática se informaçes res+duo na es(ecificaç%o molécula o(ç%o ReadIsotopes o( 4ardFirst2 So5tFirst2 So5tOnl&2 Modi5icar
sim sim sim
(P4F = RdFre6 (o!rar
sim sim
'7MP e 8OM7 exi-ido entrada e Readelocit& *ReadM:elocit& o(çes S(RF = 1$%ternalIteration2 *er3 IR( = Relat;rio
sim
Geo = Read4aronic $ntrada de o(ç%o* 'M< = '!os
sim sim
o(çes MOP'( * '!as as o(
sim
Gen2 Gen$(P2 $%tra8asis
sim
Massa+e
sim
(apo = *eitura
sim
Pseudo = (artes2 Gen$(P $%tra7ensit&8asis
sim sim
S(RF = *eitura
sim
7F.8 'divinha = $ntrada
sim sim
'divinha = *owS&
n%o
'divinha = (artes
sim
'divinha = 'lter
sim
'divinha = Peruta
sim
sim sim
2 rbitais F (ar G, =esos (ara CAS média estadual Jnidos de interesse (ara aco(lamento de s(in Krbita Informaçes con-elamento rbital rbitais '=@ (ara refinar "ista Ltomos (ara constantes de aco(lamento s(in4s(in ?aios at/micos alternativos s dados (ara as (ro(riedades electrostáticas 'ntrada , Seleç%o 7odo ormal Marmonic ?otor entrada im(edida Seleç%o 7odo ormal anarm/nicas 7odos normais (ara ECM@ 'ntrada (ara anarm/nicas 'ntrada (ara ECM@ =icNett arquivo de sa+da =?AI7S arquivo de sa+da
G8 ('SS(F = State'vera+e
n%o n%o
('SS(F = SpinOr!it
n%o
Read:indow o(çes
sim
$P. = ReadOr!itals >MR = Read'tos
sim sim
Pop = ReadRadii ou Read'tRadii
sim
Prop = *er ou Opt
sim
Pop = >8ORead Fre6 = Select>oralModes
n%o sim
Fre6 = Read4indered Fre6 = Select'nharonic>oralModes
sim sim
Fre6 = SelectF(4.>oralModes
sim
Fre6 = Read'nharonic Fre6 = ReadF(4. Output = Pic)ett Output = :F>
sim sim n%o n%o
Sintaxe de entrada 'm -eral* a entrada de Gauss está su)eita Os se-uintes re-ras de sintaxe! A entrada é livre de formato e case4insensitive. 's(aços* tabulaçes* v+r-ulas ou barras (odem ser usados em qualquer combinaç%o de itens se(arados dentro de uma linha.ários es(aços s%o tratados como um 8nico delimitador. (çes (ara as (alavras4chave (odem ser es(ecificados em qualquer das se-uintes formas! •
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'e)ord * opção
pala+ra,cha+e $ opção &
'e)ord P $ opção * opção * ...&
pala+ra,cha+e $ opção * opção * •
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...&
árias o(çes est%o entre (ar;nteses e se(arados (or qualquer delimitador válido $v+r-ulas s%o convencionais e s%o mostrados acima&. sinal de i-ual antes do (ar;ntese de abertura (ode ser omitido* ou es(aços (odem* o(cionalmente* ser inclu+do antes e F ou de(ois dela. ote que al-umas o(çes também assumir valores* neste caso* o nome da o(ç%o é se-uido (or um sinal de i-ual! (or exem(lo* (8S$%trap 1nin = ?3 . @odas as (alavras4chave e o(çes (ode ser redu#ido O sua menor abreviatura 8nica em todo o sistema Gaussian 09. Assim* o convencional o(ç%o (ara o S(F (alavra4chave (ode ser abreviado (ara convenção * mas n%o (ara conv $devido O (resença da conver+@ncia o(ç%o&. Isto é verdade ou n%o* tanto convencional e (onver+@ncia acontecerá a ser o(çes válidas (ara qualquer (alavra4chave. conte8do de um arquivo externo (ode ser inclu+da dentro de um arquivo de entrada Gaussian 09 usando a se-uinte sintaxe! Anome do ar-ui+o . Isso fa# com que todo o arquivo se)a colocado na (osiç%o atual no fluxo de entrada. Anexando F > (ara tais comandos irá im(edir o conte8do do arquivo inclu+do de ser ecoado no in+cio do arquivo de sa+da. s comentários começam com um (onto de exclamaç%o $ B &* que (ode a(arecer em qualquer lu-ar em uma linha. "inhas de comentário se(arados (odem a(arecer em qualquer lu-ar dentro do arquivo de entrada.
Gauss .ipos 09 epre+o A (arte do (ercurso de um arquivo de entrada Gaussian 09 es(ecifica o ti(o de cálculo a ser reali#ado. 'xistem tr;s com(onentes (rinci(ais (ara essa es(ecificaç%o! ti(o de trabalho método con)unto de base A tabela a se-uir lista os ti(os de trabalho dis(on+veis no Gaussian 09! SP ! a ener-ia de (onto 8nico. Opte ! timi#aç%o de Geometria. Fre6 ! EreqQ;ncia e análise termoqu+mica. IR( ! caminho de reaç%o se-uinte IR(Ma% ! 'ncontre o máximo de ener-ia ao lon-o de um caminho de reaç%o es(ec+fica. 7i+itali,ar ! =otencial exame de su(erf+cie de ener-ia. Polar ! (olari#abilidades e hi(er(olari#abilidades. '7MP e 8OM7 ! Din
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olue ! o volume molecular Com(ute. 7ensidade = Guess (hec)point = Soente ! ?ecom(ute somente a análise da (o(ulaç%o. 'divinha = Soente ! Im(rimir a(enas su(osiç%o inicial: -erar estimativa inicial baseada em fra-mentos. 'm -eral* deve ser es(ecificado a(enas um ti(o de trabalho de (alavras4chave. As exceçes a essa re-ra s%o! Polar e Opt (ode ser combinada com Fre6 . este 8ltimo caso* a o(timi#aç%o da -eometria é automaticamente se-uido (or um cálculo de frequ;ncia na estrutura o(timi#ada. Opt (odem ser combinados com os com(ostos método (alavras4chave* a fim de es(ecificar as o(çes (ara a (arte de otimi#aç%o do cálculo! (or exem(lo* Opt = 1.S2 ReadF(3 (8S-8 . Ruando nenhum ti(o de trabalho4chave é es(ecificado na seç%o de rota* o ti(o de cálculo (adr%o é -eralmente um 8nico cálculo de (onto de ener-ia $ SP &. o entanto* uma (arte do (ercurso da forma! m.todo F /ase F F m.todo F /ase (ode ser usado (ara solicitar um cálculo de otimi#aç%o $(elo m.todo F /ase & se-uido (or um cálculo de (onto 8nico da ener-ia $(elo m.todo F /ase& na -eometria otimi#ada. =or exem(lo* a (arte do (ercurso a se-uir solicita uma ,"=FT4G $d& otimi#aç%o de -eometria se-uido (or um cálculo da ener-ia de (onto 8nico usando o CCSDFT4G $d& modelo de qu+mica! •
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# CC/6-31G (d) / / 3/6-31G (d) 'e"$e
este caso* o Opt (alavra4chave é o(cional e é o (adr%o. ote4se que Opt Fre6 cálculos (odem não usar essa sintaxe. Prevendo Propriedades Moleculares A tabela a se-uir fornece um ma(eamento entre as quantidades (revistas comumente dese)ados e os Gaussian 09 (alavras4chave que irá (rodu#i4los! Aco(lamento antiferroma-nético! 'divinha = Fra+ento * $sta!ilidade Car-as at/micas! Pop UG de hidrataç%o! S(RF = SM7 7omento de di(olo! Pop Afinidades eletr/nicas! (8S-8 * ((S7 * $P. Densidade de elétrons! cu!e+en Dicro+smo circular eletr/nico! (IS * .7 * MO$ * S'(-(I =otencial eletrostática! cu!e+en * Prop Derivados de (otenciais car-as eletrostáticas! Pop = (help * (helpG ou MD Eorma eletr/nica banda de transiç%o! Fre6 = F( * Fre6 = 4. =olari#abilidades F hi(er(olari#abilidades! Fre6 * Polar V (P4F = RdFre6 W* Polar = 7(S4G 'ner-ias de alta (recis%o! (8S-8 * G/ * G * GE * :< * :<87 Constantes de aco(lamento MX(erfine $anisotrK(icos&! Prop •
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@ensores es(ectros MX(erfine $incluindo g tensores&! Fre6 = 1(72 i!Rot V 2 anarnicas W 3 =otenciais de ioni#aç%o! (8S-8 * ((S7 * $P. 's(ectros I e ?aman! Fre6 V = anarnicas W s es(ectros de ?aman (ré4resson
?7 s(in4s(in constantes de aco(lamento! >MR = Mista ?otaçes K(ticas! Polar = OptRot Atividade K(tica ?aman! Fre6 = RO' * (P4F = RdFre6 Análise termoqu+mica! Fre6 J F es(ectros vis+vel! (IS * HI>7O * .7 * MO$ * S'(-(I Aco(lamento vibraç%o4rotaç%o! Fre6 = i!Rot Dicro+smo circular ibracional! Fre6 = (7
uicos odelo A combinaç%o do método ea base set es(ecifica um modelo de qu+mica (ara Gaussian* es(ecificando o n+vel de teoria. @odo trabalho de Gauss deve es(ecificar um método e um con)unto de base. Isso -eralmente é reali#ado através de duas (alavras4chave se(aradas dentro do troço do arquivo de entrada* a(esar de al-umas (alavras4chave do método im(lica uma escolha de con)unto de base.Al-uns trabalhos utili#ando um método funcional da densidade (ode também incluir um con)unto adequado de densidade $ver a seç%o de con)untos de base (ara mais informaçes&. A tabela se-uinte lista os métodos que est%o dis(on+veis em Gauss* )untamente com os ti(os de trabalho (ara as quais cada um (ode ser utili#ado. Jm asterisco indica cálculos anal+ticos* enquanto numérica somente cálculos s%o indicados (or n $ve)a a discuss%o sobre a (alavra4chave es(ec+fica em quest%o (ara detalhes&.
Lista de métodos e seus tipos de emprego disponíveis Se nenhuma (alavra4chave método for es(ecificado* 4F é assumido. A maioria das (alavras4chave do método (ode ser (refaciado (or R for4shell fechado Yavefunctions restritos* (ara irrestritos Yavefunctions4shell aberto* ou RO (ara Yavefunctions4shell aberto limitado! (or exem(lo* RO4F * MP/ ou R(IS7 . RO está dis(on+vel a(enas (ara Martree4EocN ener-ias e densidade métodos funcionais e A7* =7* =777* =7T e =DDG ener-ias e -radientes* e 7=* 7=* 7=Z e CCSD. 'm -eral* de+e ser especificado apenas um 0nico m.todo de pala+ras,cha+e * e incluindo mais de um deles irá (rodu#ir /i&arras resultados. o entanto* há exceçes! ('SS(F (odem ser es(ecificados )unto com MP/ (ara solicitar um cálculo CASSCE incluindo correlaç%o eletr/nica dinIOM e IR(Ma% em(re-os exi-em várias es(ecificaçes do método. o entanto* eles s%o dadas como o(çes (ara a (alavra4chave corres(ondente. A forma do modelo F F modelo anteriormente descrito (ode ser utili#ado (ara -erar uma o(timi#aç%o automática se-uido (or um cálculo de (onto 8nico (ara a -eometria o(timi#ada. •
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(onJuntos de !ase A maioria dos métodos requerem um con)unto de base ser es(ecificada* se nenhuma (alavra4chave con)unto de base está inclu+do na (arte do (ercurso* ent%o a base S@4G
será usado. As exce(çes consistem de al-uns métodos (elos quais o con)unto de base é definida como uma (arte inte-ral do método* s%o listados a se-uir! @odos os métodos semi4em(+ricos* incluindo HI>7O (ara estados excitados. @odos os métodos de mec
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98, 'assolo(0!] •
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T4G \! Gaussian 09 também inclui a T4G \ e T4G ] con)untos de bases de Geor-e =etersson e cole-as de trabalho* definido como (arte dos métodos com(letos con)unto de base [ Petersson88 , Petersson9! ] . 'stes s%o acedidos através da ?-
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($P-
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*an*/M8 ! S@4G [ Hehre69 , Collins76 ] em (rimeira linha* "os Alamos 'C= mais 7,S em a4"a* Mf4,i [ Hay8 , +adt8 , Hay8a] . *'>*/7H ! D9_ na (rimeira linha [ D&nnin%76 ] * "os Alamos 'C= mais D no a4"a* Mf4,i [ Hay8 , +adt8 , Hay8a ] . S77 ! D9_ até A? [ D&nnin%76 ] e =A' Stutt-art F Dresden no restante do (eriKdico S77 * S4F * S7F * M4F * M7F *M:8 formas (odem ser usadas (ara es(ecificar estes con)untos de base F (otenciais dentro Gen entrada base. ote4se que o n8mero de electres de n8cleo deve ser es(ecificado a se-uir a forma $(or exem(lo* 7DE (ara o (otencial de substituir 7DE electres do n8cleo&. OldS77 solicita o (adr%o anterior. S77'll ! Seleciona (otenciais 'stu-arda (ara . cc-p7H * cc-p.H * cc-pH * cc-pH * cc-p?H ! correlaç%o consistentes con)untos de bases de Dunnin- [ D&nnin%89 ,/endall92 , +oon9# , Peterson9" , +ilson96 ] $du(los* tri(los* quádru(los* qu+ntu(los4#eta e s;xtu(lo4#eta * res(ectivamente&. 'stes con)untos de base ter funçes redundantes removido e foram rodados [ Da(idson96 ] * a fim de aumentar a efici;ncia com(utacional. 'stes con)untos de bases incluem funçes de (olari#aç%o (or definiç%o. A tabela a se-uir lista as funçes de (olari#aç%o de val;ncia (resentes (ara os vários átomos inclu+dos nestes con)untos de base! Ntoos M
cc-p7 H s* (
cc-p. H s* (* d
cc-p H Zs* (* d* f
'le
s* (
s* (* d
Zs* (* d* f
"i4,e
s* (* d
Zs* (* d* f
,4e
s* (* d
Zs* (* d* f
a4Ar
Zs* (* d
_s* Z(* d* f
Ca
_s* Z(* d
Ts* _(* d* 4E
Sc4n
Ts* _(* d* 4E
s* T(* Zd* f*
_s* Z(* d* f* _s* Z(* d* f* Ts* _(* d* f* s* T(* Zd* f* s* (* _d* E*
cc-p H _s* Z(* d* f* _s* Z(* d* f* Ts* _(* Zd* E* -* h Ts* _(* Zd* E* -* h s* T(* Zd* E* -* h s* (* _d* E* -* h 9s* (* Td* Zf*
cc-p?H Ts* _(* Zd* E* -* h não disponí+el não disponí+el
s* T(* _d* Zf* G* h* i não disponí+el não disponí+el não disponí+el
Ga4`r
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_s* Z(* d
-
-* h
Ts* _(* d* 4E
s* T(* Zd* f* -
G* h* i s* (* _d* E* -* h
não disponí+el
'stes con)untos de base (ode ser aumentada com funçes difusas* adicionando a -'G (refixo (ara a (alavra4chave con)unto de base $em ve# de usar a e notaç%o ve)a abaixo&. S * SP * .H * .HP [ .chaeer92 , .chaeer9" ] * HP [ +ei%end0 ] de Ahlrichs e cole-as de trabalho. 7IDI3 de @ruhlar e colaboradores [ aston96 ] . Midi (alavra4chave é usada (ara solicitar este con)unto de base. $PR-II e $PR-III ! s con)untos de bases de ,arone [ Barone96a ] que s%o otimi#ados (ara o cálculo de constantes de aco(lamento hi(erfinos (or métodos DE@ $(articularmente ,"=&. '=?4II é uma base #eta double set com um 8nico con)unto de funçes de (olari#aç%o e uma s (arte reforçada! $T*& F VZ*W (ara M e $0*_*& F VT** W (ara , a E. '=?4III é um con)unto de base tri(le4#eta incluindo funçes difusas* D4(olari#açes de casal e um 8nico con)unto de funçes f4(olari#aç%o. @ambém neste caso* a (arte s4é melhorado (ara melhor descrever a re-i%o nuclear! $T*& F VZ*W (or M e $***& F V*Z**W (ara , a E. G8s ! con)unto de base Gaussian universal de Castro* or-e e colaboradores [ .il(er78 , .il(er78a , )ohalle186 , )ohalle187 ,daCosta87 , da.il(a89 , or%e97 , or%e97a , deCastro98 ] . Eunçes adicionais de (olari#aç%o (ode ser adicionado através da inclus%o de um sufixo (ara esta (alavra4chave! UGBs n P 2 V 2 O
onde n é um n8mero inteiro que indica se deve adicionar * ou funçes de (olari#aç%o (ara cada funç%o na normalidade G8s con)unto de base. se-undo item é uma carta de cKdi-o que indica qual funç%o deve ser aumentada funçes de (olari#aç%o! P adiciona4los a todas as funçes* adiciona4los a todas as funçes de val;ncia* e O solicita o esquema usado no Gaussian 0 $ve)a abaixo&. =or exem(lo* os G8S
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(8S8 ! Seleciona o T4G $d* d* (& con)unto de base utili#ado (elo método de ener-ia de alta (recis%o C,S4R, [)ont%o1ery99 ] . A notaç%o es(ecifica duas funçes de (olari#aç%o d adicionais no se-undo átomos de linhas* uma funç%o d em átomos de (rimeira linha e funç%o a( em hidro-;nios $note que este tr;s cam(os sintaxe da funç%o de (olari#aç%o é nãosu(ortado (elo Gaussian 09&.
Adicionando polarização e Diusos !unç"es Eunçes (rimeiro sin-le de (olari#aç%o também (ode ser solicitado através do costume Q ou QQ notaç%o. ote4se que $ d2 p & e QQ s%o sinKnimos4 ?-
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difusos e funçes ( sobre Eé e ,r* enquanto M a&-cc-p7H tem s difusos e funçes ( sobre todos esses átomos. Adicionando uma 8nica funç%o de (olari#aç%o (ara ?-<
(onJunto de !ase -/
'plica-se a M4e M4Cl M4e M4`r
?-<
M4`r
79
M4Cl 5 e:cepto 1a e Mg
79 S4( ($P-EG ($P-*/7H
M4e M4Cl M4?n M4?n M4?n M4"a* Mf4,i M* "i4"a* Mf4,i
S772 S77'll
todos5 mas o padre e Ra
cc-p7H
M4Ar* Ca4`r
Funçes de polari,ação
Funçes 7i5usos L
Q ou QQ Q ou QQ atra+.s $ d52 pd & atra+.s $ d52 pd & atra+.s $ d52 pd & $ d & ou $ d2 p & Q
L * L L L * L L L * L L L * L L
Q (Li,$r somente; Q (Li,$r somente; Q (Li,$r somente;
incluídas na definição
adicionado +ia 'G- prefi:o $M4Ar*
Sc4`r&
cc-p.H
M4Ar* Ca4`r
incluídas na definição
adicionado +ia 'G- prefi:o $M4Ar*
Sc4`r&
cc-pH
M4Ar*
incluídas na
adicionado
Ca4`r
definição
+ia 'G- prefi:o $M4Ar*
Sc4`r&
cc-pH
M4Ar* Ca4`r
incluídas na definição
adicionado +ia 'G- prefi:o $M4a*
Al4Ar Sc4`r&
cc-p?H
M* ,4e
incluídas na definição
adicionado +ia 'G- prefi:o $M*
,&
S SP
M4`r M4`r
.H e .HP
M4`r
HP
M4?n
Midi
M* CE* S4Cl* I* ,r M* ,* C* * * E M4"? M4Ar M4e ME* Al4Ar* Sc4n M* CE* Al4Ar M4`r
$PR-II * III-$ PR G8s M.Sall 7G7HP 7G7HP/ 7G.HP (8S8
incluídas na definição incluídas na definição incluídas na definição incluídas na definição incluídas na definição
G8s $ <2/2 & P
L * L L * / L * / L L
incluídas na definição
L * L L
S.O-G e -/
#ase adicional Set$c%ave relacionadas As se-uintes (alavras4chave adicionais s%o 8teis em con)unto com essas (alavras4chave do con)unto de bases! 7 e ?$ ! Jtili#aç%o de _ ou T funçes d $(uro vs cartesianas funçes d&* res(ectivamente. F e <0F ! Jse ou 0 f funçes $(uros vs funçes f cartesianas&* res(ectivamente. 'ssas (alavras4chave também se a(licam a todas as funçes su(eriores $-& e além. utros con)untos de base também (ode ser entrada (ara o (ro-rama usando os $%tra8asis e Gen (alavras4chave. (h)8asis(alavra4chave indica que o con)unto de base é a de ler a (artir do arquivo de verificaç%o $definido através da (h) de comando&.e)a as descriçes individuais destas (alavras4chave mais adiante neste ca(+tulo (ara mais detalhes. •
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As &uest"es decorrentes da 'ure vs !unç"es de #ase cartesianas Gauss usuários devem estar cientes dos se-uintes (ontos relativos (uro vs funçes de base cartesianas! @odos os con)untos de bases internas usar funçes f (uros. A maioria também usar (uro funçes d* as exceçes s%o 4G* T4G* Z4G* T4G* T4G \* T4G ]* C'=4G* D9_ e D9_. As (alavras4chave anteriores (ode ser usado (ara substituir a confi-uraç%o (adr%o (uro F cartesiano. ote4se que as funçes de base -eralmente* s%o convertidos (ara o outro ti(o automaticamente* quando necessário* (or exem(lo* quando uma funç%o de onda é lido a (artir do arquivo do (onto de verificaç%o (ara o uso em um cálculo utili#ando uma base constitu+da (or outro ti(o [ .chle%el9a ] . Dentro de um trabalho* todas as funçes de d deve ser _D ou TD* e todas as funçes f e su(erior deve ser (uro ou cartesiano. Ao usar o $%tra8asis * Gen e Gen$(P (alavras4chave* a base definida ex(licitamente es(ecificado na seç%o rota sem(re determina o formulário (adr%o das funçes de base $(ara Gen * estes s%o 7 e F &. =or exem(lo* se voc; usar um con)unto de base -eral* tendo al-umas funçes do 4G e con)untos de base T4G* funçes (uras será usada a menos que voc; es(ecifique ex(licitamente ?7 na (arte do (ercurso* além de Gen . Da mesma forma* se voc; adicionar funçes de base (ara um metal de transiç%o da base T4G $d& definir via $%tra8asis a um trabalho que es(ecifica a base T4G $d& definido na seç%o rota* cartesianas funçes d será usado. Da mesma forma* se voc; quiser adicionar funçes de base (ara e da base 4G definido (ara a base T4 definido através do $%tra8asis (alavra4chave* as funçes de base e será funçes (uras. •
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(on)untos de *ases de montagem de Densidade Gaussian 09 (ro(orciona a a(roximaç%o adequada densidade (ara cálculos DE@ (uros [ D&nla-8# , D&nla-00 ] . 'ssa aborda-em am(lia a densidade de um con)unto de funçes centrada no átomo ao calcular a interaç%o de Coulomb em ve# de com(utar todas as inte-rais de dois elétrons. 'le oferece -anhos si-nificativos de desem(enho (ara os cálculos DE@ (uros em sistemas de médio (orte muito (equeno (ara tirar vanta-em dos al-oritmos de escalonamento linear sem uma de-radaç%o si-nificativa na (recis%o das estruturas (revistas* ener-ias relativas e (ro(riedades moleculares. Gaussian 09 (ode -erar uma base encaixe a(ro(riado automaticamente da base de A* ou voc; (ode selecionar um dos con)untos de monta-em embutidas. con)unto de base de monta-em dese)ado é es(ecificado como um terceiro com(onente do modelo de qu+mica* como neste exem(lo! # / ' / 'Fi$
ote4se que cortes devem ser utili#ados como caracteres de se(araç%o entre o método* con)unto de base e con)unto de monta-em quando a densidade de monta-em con)unto de base é es(ecificado. As se-uintes (alavras4chave con)untos de monta-em est%o dis(on+veis no Gaussian 09! 7G'< e 7G'/ [ Godbo&t92 , .osa92 ] . 7G'< está dis(on+vel (ara M através de e* e 7G'/ está dis(on+vel (ara M* Me e , através de e. •
SPFit [ ichkorn9 , ichkorn97 ] e 7e5/S [ +ei%end0 ] * corres(ondente ao SP con)unto de base. .HPFit [ ichkorn9 , ichkorn97 ] e 7e5.H [ +ei%end0 ] * corres(ondente ao .HP con)unto de base. HP [ +ei%end0# , +ei%end0 ] * corres(ondente ao HP con)unto de base. :0? set monta-em de Ahlrichs e cole-as de trabalho [ +ei%end0 , +ei%end06 ] . Fit ! Selecione o con)unto de monta-em corres(ondente ao con)unto de base es(ecificado. Se n%o houver um con)unto de monta-em tal* ocorrerá um erro. >oFit ! Desli-ue o uso con)unto a(ro(riado (ara este cálculo. 'sta (alavra4chave é usado (ara substituir o 7ensit&Fit (alavra4chave com um Default.?oute arquivo. 'uto ! Gerar um con)unto a(ro(riado automaticamente $ve)a abaixo&. Con)untos de monta-em de densidade (odem ser -erados automaticamente a (artir dos (rimitivos A dentro do con)unto de base.'ste é solicitada usando o 'uto 4chave con)unto de monta-em. (ro-rama trunca automaticamente o con)unto em um momento an-ular ra#oável! o (adr%o é 7ax $ Ma:Tp * g Ma:
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isão +eral das especi5icaçes olUcula 'sta seç%o de entrada es(ecifica as (osiçes nucleares e o n8mero de elétrons de 4e H4s(in. 'xistem várias maneiras (elas quais a confi-uraç%o nuclear (ode ser es(ecificados! como uma matri#4* como as coordenadas cartesianas* ou como uma mistura dos dois $note que as coordenadas cartesianas é a(enas um caso es(ecial da matri#4&. A (rimeira linha da seç%o de es(ecificaç%o molécula es(ecifica a car-a l+quida elétrica $um inteiro assinado& ea multi(licidade de s(in $-eralmente um n8mero inteiro (ositivo&. Assim* (ara uma molécula neutra em um estado de sin-uleto* a entrada < 0 é
a(ro(riado. =ara um ani%o radical* -< / seriam utili#ados. ários (ares de car-a F rotaç%o (ode F deve ser inclu+da (ara al-uns ti(os de cálculo. A linha de car-a e s(in é a 8nica entrada es(ecificaç%o molécula necessária se Geo = (hec)Point é usado. @oda a es(ecificaç%o molécula $e seç%o de t+tulo& (ode ser omitido* incluindo Geo = 'll(hec) na seç%o rota. restante da molécula de es(ecificaç%o dá o ti(o de elemento e (osiç%o nuclear (ara cada átomo do sistema molecular. formato mais -eral (ara a linha no seu interior é a se-uinte! Elemento,la/el 5- $tom do tipo 5- Carga 5( param +alor 5, ...) $tom posiçes par%metro par%metros, s,
Cada linha contém o ti(o de elemento* e* (ossivelmente* um ti(o de átomo de mec
'mbora estes exem(los usam os es(aços (ara se(arar itens dentro de uma linha* qualquer se(arador de validade* (ode ser utili#ado. A (osiç%o do átomo é es(ecificado em coordenadas cartesianas. congelar,code é um (arIOM (ara detalhes&. Elemento,la/el é uma cadeia de caracteres que consiste em um ou outro o s+mbolo qu+mico do átomo ou seu n8mero at/mico. Se o s+mbolo elementar é utili#ado* ele (ode ser o(cionalmente se-uido (or outros caracteres alfanuméricos (ara criar uma etiqueta de identificaç%o (ara esse átomo. Jma (rática comum é a se-uir o nome do elemento com um n8mero inteiro identificando secundário! C* C* C* e assim (or diante: esta técnica é 8til na se-uinte ordem qu+mica convencional. com(rimento máximo do elemento da etiqueta é Z caracteres. a (rimeira forma* os demais itens em cada linha s%o coordenadas cartesianas es(ecificam a (osiç%o desse n8cleo. a se-unda forma* o 2tomo de * 2tomo * 2tomo s%o os rKtulos dos átomos anteriormente es(ecificadas* que ser%o utili#ados (ara definir os átomos de correntes j(osiç%o $em alternativa* os outros átomosj n8meros de linha entre a secç%o de es(ecificaç%o molécula (ode ser usada (ara os valores das variáveis* onde a linha de multi(licidade de car-a e rotaç%o é a linha 0&. A (osiç%o do átomo de corrente é ent%o determinado mediante a extens%o da li-aç%o unindo4se a atom* o
C+ 0,00 0,00 1,+ H 1.0+ 0.00 -0.38 H -0.1 -0.** -0.38 H -0.1 0.** -0.38 H -1.0+ 0.00 1.8+ H 0.1 -0.** 1.8+ H 0,1 0,** 1,8+
's(ecificaçes molécula 4matri# também s%o aceitos. e)a o A(;ndice C (ara C (ara mais detalhes.
+speciicando Is,topos e outros par-metros par-metros nucleares nucleares IsKto(os e outros (ar
A linha es(ecifica um átomo de C* com um s(in nuclear de F $ g F&* locali#ado na ori-em. s se-uintes itens (odem ser inclu+dos na lista de (ar Output = Pic)ett &. Mo = n ! momento de quadru(olo uclear. GF'( = n ! momento ma-nético nuclear em ma-netons nucleares. •
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+speciicando ragmentos Era-mentos dentro de um sistema molecular (ode ser definido usando o 5ra+ento (ar
C C C C C H H H H H
(Frag
+) +) +) +) +) +) +) +) +) +)
1,+8++*06 1,+8+644+1 +,6838+780 +,6840440 3,3846*80 0,776**6+ 0,774*37* 3,++***348 3,++80**34 4,4646*77
+,1*673144 0,0004678 -0,+406403 0,00+07466 +,1*678*84 0,001133 -0,+404863 0,00+74+63 0,8731*486 0,00++73+6 -1,167+367* 0,00+43403 3,1133+64 -0,0004011* 3,11347168 0,0007718 -1,16711773 0,00360868 0,873+360 0,00+7*063
'ste exem(lo também ilustra o uso de car-a es(ec+fico do fra-mento e as es(ecificaçes de multi(licidade de s(in. formato da linha de entrada corres(ondente* neste caso* é a se-uinte! carga total , cisão total , carga fragment= , rotação fragment= , respons2+el fragment> , rotação fragment>
alores de multi(licidade de s(in ne-ativos t;m um si-nificado es(ecial (ara Guess = Fra+ento cálculos* indicando que os orbitais desem(arelhados (ara o fra-mento corres(ondente est%o a tornar4se orbitais de s(in H no con)unto combinado es(ecificado.7ulti(licidades de s(in ne-ativos irá -erar um erro em qualquer outro ti(o de trabalho. =ara Guess = Fra+ento e contrapeso cálculos* n8meros de fra-mentos deve começar em e executar consecutivamente. =ara outros ti(os de cálculo* esta restriç%o n%o é im(osta* mas sua violaç%o (ode resultar em al-uns* seçes de dados va#ios estranhos na sa+da $(or exem(lo* análises de toda a (o(ulaç%o de #ero fra-mento&. GaussieY fornece uma ferramenta -ráfica (ara a definiç%o de fra-mentos.
.ipos /olecular Atom /ec-nica 's(ecificaçes da molécula (or cálculos de mec
Especifica um 2tomo de car/ono S4? alif2tico alif2tico Especifica um 2tomo de car/ono S4? alif2ticos alif2ticos com uma carga carga parcial de !5?> Especifica um 2tomo de o:ig6nio grupo grupo car/onila com uma carga carga parcial de ,!5@
@i(os Atom e car-as (arciais o(cionais (odem ser es(ecificados (ara cada átomo. =ar
'ar-metros ar&uivo 'D# ários itens adicionais (odem ser definidas* )untamente com os (aru es(ecifica o res+duo em que está locali#ado o átomo. valor toma a forma de n V A V V B WW* WW* em que n é um n8mero inteiro $que n%o (recisa ser (ositivo&* A é é o cKdi-o de inserç%o de um carácter o(cional* e B é é a letra de cadeia facultativo. Se a corrente é es(ecificado* mas n%o existe um cKdi-o de inserç%o* ent%o A (ode (ode ser um sublinhado! Res>u =-<V( (ara o res+duo com o n8mero 4 em cadeia C. •
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Res>ae es(ecifica o nome do res+duo de tr;s caracteres. P78>ae es(ecifica o nome atribu+do ao átomo se ele n%o é a(enas o nome do elemento.
+speciicando tomos antasma Jm átomo com a mec
+speciicar sistemas peri,dicos Sistemas (eriKdicas s%o es(ecificados com uma es(ecificaç%o molécula normal (ara a célula unitária. A 8nica entrada adicional necessário é um* dois ou tr;s vetores de traduç%o acrescentados O es(ecificaç%o molécula $sem linha em branco interveniente&* indicando a direç%o $s& de re(licaç%o. =or exem(lo* a se-uinte entrada es(ecifica um cálculo da ener-ia unidimensional =,C 8nico (onto de neo(rene! # ==/6-31g (d, !) / >u$ CF a!er$ad ne!ren,-CH+-CH C (C)-CH +-ge
A 8ltima linha es(ecifica o vetor de translaç%o. ote4se que es(ecifica . como o s+mbolo do átomo. se-uinte es(ecificaç%o molécula (oderia ser utili#ada (ara o cálculo =,C bidimensional sobre uma folha de -rafite! 0 1 C 0.000000 0.000000 0.000000 C 0.000000 1.4+811* 0.000000 ' +.4731 0.000000 0.000000 ' -1,+188+ +,133447 0,000000
Aqui é a es(ecificaç%o de molécula que (ode ser utili#ada (ara o cálculo =,C tridimensional sobre o arsenieto de -álio! 0 1 Ga 0.000000 0.000000 0.000000 Ga 0.000000 +.*+000 +.*+000 Ga +.*+000 0.000000 +.*+000
Ga +.*+000 +.*+000 0.000000 C< 1.41+00 1.41+00 1.41+00 C< 1.41+00 4.+3700 4.+3700 C< 4.+3700 1.41+00 4.+3700 C< 4.+3700 4.+3700 1.41+00 ' .60000 0.000000 0.000000 ' 0.000000 .60000 0.000000 ' 0.000000 0.000000 .60000
o!s ulti-passo ários trabalhos de Gauss (odem ser combinados em um 8nico arquivo de entrada. A entrada (ara cada (osto de trabalho sucessivas é se(arada daquela da eta(a (recedente trabalho (or uma linha com a forma! - ink1 -
Aqui está um exem(lo de arquivo de entrada que contém duas eta(as de trabalho! Chk% @reA # HF/6-31G (d) FreA FreAuBnia" e< ' Especificação Molecule
- ink1 Chk% @reA % D"aEe # HF/6-31G (d) Ge< eri@iar Gue"" ei$ura FreA (&eadFC, &ead9"$!e") FreAuBnia" e< 300 carga e rotação
300,0 +,0 Especificaçes sotope
'ste arquivo de entrada calcula freqQ;ncias vibratKrias e reali#a a análise termoqu+mica em duas tem(eraturas e (resses diferentes! (rimeiro a 9*_ ` e atmosfera* e de(ois novamente a 00 ` e atmosferas. ote4se que uma linha em branco deve (receder a *in)< - linha.
Gaussian 091 Re5er@ncia 'ste trabalho serve como refer;ncia (ara 8aussian !D . 'le documenta a interface do usuário (ara esta vers%o. 'le (ressu(e o conhecimento dos conceitos básicos do [indoYs* técnicas e caixas de diálo-o $(or exem(lo* abertura de arquivo e salvar&. Consulte a documentaç%o do [indoYs se (recisar de assist;ncia nessas áreas. 'ste documento está or-ani#ado em torno das várias )anelas $caixas de diálo-o& que com(em o 8aussian !D interface* e seu associado menus* botes e cam(os. Consulte a Refer6ncia do Fsu2rio do 8aussian !D (ara obter informaçes -erais sobre os recursos de Gauss* (alavras4chave e utilitários.
A tabela a se-uir lista al-umas tarefas comuns que voc; (ode querer reali#ar com 8aussian !D * )untamente com o n8mero da (á-ina onde a discuss%o das caracter+sticas e F ou técnicas relevantes começa assim!
Gaussian 091 Re5er@ncia A )anela de processamento do tra*al%o =rocessamento de trabalho )anela é o lu-ar a (artir do qual 8aussian !D em(re-os s%o controladas e executadas e onde sua (roduç%o é exibida. Suas (rinci(ais (eças s%o descritas na ilustraç%o a se-uir!
restante desta seç%o discute os menus e botes dis(on+veis nesta )anela. O menu Arquivo arquivo menu (ermite4lhe criar e acessar 8aussian !D arquivos de entrada e definir as (refer;ncias do (ro-rama. ovo Criar nova 8aussian !D entrada $que residem a(enas na memKria até que se)a salva em disco&.
Abrir ... Abra um existente 8aussian !D arquivo de entrada. A extens%o de um 8aussian !D arquivo de entrada é. GE. Abrir ... item de menu também (ode ser usado (ara carre-ar um arquivo de controle de lote existente. A instalaç%o em lote é descrito mais adiante nesta seç%o. Einalmente* (ode ser usada (ara abrir um ficheiro A= (ara a convers%o de $este (rocesso é discutido mais tarde&. 7odificar ... 'dite a entrada de corrente* através do 'ditar ob arquivo existente )anela. =refer;ncias Definir 8aussian !D (refer;ncias. As (refer;ncias s%o descritas em uma seç%o se(arada* mais adiante neste documento. Sair Sair do 8aussian !D . oc; será (er-untado se dese)a salvar todos os arquivos que n%o foram salvos novos ou modificados de entrada* bem como as alteraçes n%o salvas (ara as (refer;ncias. O Menu de Processos =rocesso de menu (ermite que voc; mani(ule os trabalhos de execuç%o. @odos os seus itens t;m +cones equivalentes no=rocessamento ob )anela $descritos mais adiante nesta seç%o&. Comece =rocessamento começar a executar a entrada atualmente carre-ado. =ausa imediatamente sus(ender o trabalho atualmente em execuç%o. =ausa ^ =rKximo "inN sus(ender a execuç%o do trabalho atualmente em execuç%o a(Ks com(letar a li-aç%o actual. $ 8aussian !D (ro-rama é dividido em uma série de mKdulos conhecidos como ligaçes . Diferentes li-açes executar diferentes (artes do cálculo* e as várias li-açes executar seqQencialmente* tornando4se o trabalho total.& ?esume ?estart execuç%o de um trabalho em (ausa. 7orte ob abortar imediatamente o trabalho atualmente em execuç%o. Se um lote for executado* o (rKximo trabalho no lote $lotes s%o formalmente definidos mais adiante nesta seç%o& vai começar a executar $a menos que o ,atch ?un 'nd em erro a (refer;ncia é definida&. ,atch 'nd =arar de executar o lote atual* quando o trabalho atual terminar. 7atar ,atch abortar imediatamente o trabalho atualmente em execuç%o e encerrar o (rocessamento em lote* sem correr mais nenhum trabalho. O Menu Utilitários Jtilities menu dá acesso Os instalaçes em lote e convers%o de arquivos e outras utilidades fornecidas com 8aussian !D . amos considerá4las em detalhe mais adiante neste manual.
'ditar "ista ,atch 'ditar o arquivo de controle de lote atualmente carre-ado $extens%o . ,CE &* através da "ista de lote 'ditar )anela $descrito mais tarde&. Se nenhum arquivo de controle de lotes é carre-ado* em se-uida* uma nova lista de lote é criado e qualquer entrada carre-ado atualmente é a(a-ada da memKria. eY7at Converta arquivos usando o eY7at utilidade. A(Ks selecionar esta o(ç%o* voc; desi-na o arquivo a ser convertido a (artir doArquivo Abrir caixa de diálo-o. A Convers%o eY7at Arquivo )anela a(arece ent%o $descrito (osteriormente neste documento&. CubeGen Gerar um arquivo de cubo (ara uso em um (ro-rama de visuali#aç%o. oc; será solicitado (ara todas as informaçes necessárias. Cub7an mani(ular ou transformar um ou mais arquivos de cubo existentes. oc; será solicitado (ara todas as informaçes necessárias. EreqChN ?ecu(erar freqQ;ncia e termoqu+mica de dados a (artir de um arquivo de (onto de verificaç%o. A(Ks selecionar esta o(ç%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser usado com o arquivo aberto caixa de diálo-o. E?7CM` Converter um arquivo binário (ara um (osto de controle $ASCII& vers%o formatada. A(Ks selecionar esta o(ç%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser usado com o arquivo aberto caixa de diálo-o. JnEchN Converter um arquivo de verificaç%o formatado (ara o formato binário G09[. A(Ks selecionar esta o(ç%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser usado com o arquivo aberto caixa de diálo-o. ChNChN 'xibir informaçes sobre o conte8do de um arquivo de verificaç%o. A(Ks selecionar esta o(ç%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser usado com o arquivo aberto caixa de diálo-o. CT09 Converta arquivos de (onto de verificaç%o entre a vers%o atual e as de verses anteriores do 8aussian (ara [indoYs. A(Ks selecionar esta o(ç%o* voc; desi-na o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser usado com o arquivo aberto caixa de diálo-o. 'xternal =D, isuali#ador er a estrutura molecular atual com um (ro-rama de visuali#aç%o =D, externo. (ro-rama a ser usado é es(ecificado nas (refer;ncias $descritos mais adiante neste documento&. O Menu Exibir er menu controla a a(ar;ncia da )anela e (ermite invocar um editor de texto externo. As confi-uraçes (adr%o das várias o(çes de exibiç%o também (odem ser controladas através das (refer;ncias. As o(çes de ediç%o também t;m equivalentes +cone $descritos mais adiante nesta seç%o&.
,arra de ferramentas Alterna a exibiç%o da (arte da barra de ferramentas da )anela. Ruando a barra de ferramentas é vis+vel* este item é verificado. Sa+da de =rocessamento Alterna a exibiç%o da exibiç%o de sa+da área da )anela. Ruando a exibiç%o de sa+da área é vis+vel* este item é verificado. ,arra de status Alterna a exibiç%o da (arte da barra de status da )anela* o que mostra uma breve descriç%o do item de menu atual. Ruando a barra de status é vis+vel* este item é verificado. 'ditor de chamar o editor externo $que editor é usado é definido nas (refer;ncias&. 'ditor de arquivo de sa+da ^ Chame o editor externo no arquivo de sa+da atual. ote4se que um trabalho de execuç%o deve ser interrom(ida antes de invocar um editor em seu arquivo de sa+da. O Menu Ajuda A A)uda cardá(io se-ue as convençes (adr%o do [indoYs. Conte8do 7ostrar a tabela de conte8dos (ara a a)uda on4line. Sobre ... 7ostra uma )anela de informaçes sobre esta vers%o e cK(ia do 8aussian !D * incluindo a vers%o do (ro-rama eo n8mero de série deste exem(lar!
A)uda também (ode ser alcançado a qualquer momento* (ressionando o E chave. Ícones s se-uintes +cones est%o dis(on+veis no (rocessamento do trabalho da )anela $o item de menu é equivalente entre (ar;nteses&! Comece o (rocessamento do arquivo de entrada ou lote atual $ =rocesso! ?un &. Imediatamente uma (ausa no trabalho $ (rocesso! =ausa &.
=ausa a(Ks a li-aç%o atual $ =rocesso! =ausa ^ =rKximo "inN &. ?etomar a execuç%o de uma tarefa interrom(ida $ =rocesso! ?esume &. @erminar o trabalho atual $ =rocesso! 7orte ob &. 'dite o arquivo de controle de lote atual* ou criar um novo* se nenhum está atualmente carre-ado $ Jtilities! 'ditar lista de lote&. Acabar com o lote em execuç%o a(Ks o trabalho atual é conclu+da $ =rocesso! ,atch 'nd &. Abortar imediatamente o lote atual* matando o trabalho atual $ =rocesso! 7ate ,atch &. Abra o editor externo $ er! 'ditor &. 'dite o arquivo de sa+da de corrente. Certifique4se de dar uma (ausa no trabalho em execuç%o em (rimeiro lu-ar3 $ er! 'ditor ^ arquivo de sa+da &. Execução de arrastar-e-soltar arquivos 8aussian !D em(re-os também (ode ser iniciada usando a técnica de execuç%o de
arrastar4e4soltar. Aqui est%o os (assos envolvidos! Iniciar Gaussian 09W (se necessário). •
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Navegue até o diretório que contém o arquivo de entrada desejado (s). Selecione e arraste os arquivos ara o Gaussian 09W !cone (se o rograma é minimi"ado) ou em qualquer lugar dentro do#rocessamento $o% janela. Se mais de um arquivo &or arrastado e solto' um arquivo de lote que consiste nos arquivos de entrada selecionados sero criados. arquivo de controle de lote resultante será denominada *ro+ist.,- ' e será colocado no diretório atual. /scol0a iniciar o rocessamento do #rocesso menu (ou clique no !cone equivalente). 1oc2 ode direcionar Gaussian 09W ara iniciar automaticamente o rocessamento de arquivos que so descartados no #re&er2ncias do #rocesso janela (descrito mais tarde).
Gaussian 091 Re5er@ncia A )anela +ditar 2o* 'sta )anela é utili#ada (ara criar e editar 8aussian !D arquivos de entrada. 'le tem dois t+tulos! trabalho de entrada * quando usado (ara criar novos entrada e arquivo existente 'ditar ob * quando utili#ado (ara modificar um arquivo de entrada existente. bserve que a nova entrada e mudanças (ara arquivos de entrada existentes s%o arma#enados na memKria como eles s%o feitos e* (ortanto* será usado quando a execuç%o do trabalho começa* mas eles devem ser ex(licitamente salvas no disco.
O menu Arquivo arquivo menu (ermite carre-ar e salvar de 8auss !D arquivos de entrada. Al-umas de suas o(çes t;m +cones equivalentes $descritos mais adiante nesta seç%o&. Car-a Carre-ar um arquivo de entrada existente $extens%o . GE &* substituindo qualquer entrada atual. Se o cam(o nome do arquivo é (reenchido* este arquivo será carre-ado. Se estiver em branco* ent%o voc; será solicitado (ara o arquivo a ser carre-ado. arquivo carre-ado substitui qualquer entrada de corrente $a(Ks solicitar a necessária salva&. Se voc; selecionar a car-a o(ç%o* sem alterar o conte8do do cam(o de nome de arquivo* em se-uida* a entrada atual será revertido (ara a 8ltima salva formulário no disco $desde que voc; res(onder %o ao salvar (rom(t&. Salve ob Salvar a entrada de corrente (ara o seu arquivo ori-inal $voc; será solicitado a fornecer um nome de arquivo* se for recém4criado entrada&. Salvar trabalho como ... Salve a corrente de entrada (ara um arquivo que voc; es(ecificar. 'ditor 'xterno Chame o editor externo na entrada atual. editor externo é es(ecificada através das (refer;ncias. Abandonar Dados 'xit a (artir desta )anela* descartando todas as entradas e as mudanças. Sair oltar (ara a =rocessamento de trabalho )anela. 'ntrada de corrente é mantido* mas n%o é salvo automaticamente.
Saia k ?un oltar (ara a =rocessamento de trabalho )anela e começar a executar a entrada de corrente $n%o salvos automaticamente (ara o disco&. O Menu Editar 'ditar menu inclui o (adr%o do [indoYs 'ditar o(çes de menu Desfa#er * ?ecortar * Co(iar * Colar e A(a-ar . 'le também tem essa o(ç%o adicional! "im(ar formulário a(a-ar todas as informaçes em todas as seçes da )anela. enhum aviso é dado sobre as alteraçes n%o salvas. oc; (ode criar um novo arquivo de entrada a (artir deste formulário selecionando "im(ar formulário * entrando na entrada dese)ada* e de(ois salvá4la. A opção !ec"-#oute 'ste item é executado a ?oute checN utilidade na entrada de corrente $descrito mais adiante neste documento&. 'xiste um +cone equivalente (ara esta o(ç%o $descrito mais tarde&. A opção $et-$tart 'sta o(ç%o (ermite4lhe definir a eta(a de trabalho de (artida (ara este arquivo de entrada $eta(as de trabalho adicionais s%o discutidos mais adiante nesta seç%o&. (adr%o é o (rinci(al $(rimeiro& (asso:
Selecione o (asso de iniciar clicando duas ve#es sobre o (asso dese)ado. Sair da )anela* escolhendo Eechar a (artir da )anela do Sistema menu $alcançado através da estreita barra no canto su(erior esquerdo&. 'xiste um +cone equivalente (ara esta o(ç%o $descrito mais tarde&. Ícones s se-uintes +cones est%o dis(on+veis no ob 'ditar )anela $o item de menu é equivalente entre (ar;nteses&! oltar (ara o menu (rinci(al e iniciar a execuç%o do trabalho $ Arquivo ^ Sair k ?un &. olte ao menu (rinci(al $ Arquivo ^ Sair &. Salve todo entrada de corrente (ara o disco $ Eile ^ Save ob &. Descartar todas as entradas e retornar ao menu (rinci(al $Arquivo ^ Abandonar Dados &. 'xecute o utilitário ?oute ChecN $ ChecN4?ota &. 's(ecifique o (asso de iniciar trabalho $ Set4Start &. Carre-ue um arquivo de entrada* sem(re (edindo o nome do arquivo* substituindo qualquer entrada de corrente $a(Ks solicitar (ara qualquer necessidade salva& . A(enas a(resentar ao editar um arquivo existente $ Arquivo ^ Car-a &.
O Passos botão adicional 'ste bot%o leva voc; (ara a eta(as de trabalho adicionais )anela* descrito na (rKxima seç%o. cam(o de exibiç%o de seu direito indica o n8mero de eta(as de trabalho adicionais dentro deste trabalho.
3 posto de tra*al%o adicional 'assos 2anela A eta(as de trabalho adicionais )anela é usada (ara criar e editar multicom(onentes 8aussian !D (ostos de trabalho. ote4se que nenhuma economia de arquivo ocorre a (artir desta )anela: salva deve ser feita a (artir do ob 'ditar )anela.
Aspecto inicial %anela Ruando voc; (ressiona o adicional =assos bot%o (ara um arquivo de entrada com a(enas uma 8nica eta(a de trabalho* a eta(as de trabalho adicionais )anela consiste unicamente em sua barra de menus!
As várias áreas de entrada n%o s%o vis+veis até que voc; crie uma nova eta(a* selecionando Adicionar 'ta(a da 'ta(a menu. O Menu de Passo A 'ta(a de menu é usado (ara criar* remover e reor-ani#ar a ordem das eta(as de trabalho. Adicionar =asso Crie uma nova eta(a de trabalho a(Ks o atual. conte8do da Seç%o> * Seç%o @+tulo e Car-a k 7ulti(l. áreas da actividade (rinci(al s%o automaticamente co(iados (ara a nova eta(a. 'les (odem ser editadas como dese)ado como as áreas adicionais s%o (reenchidos 'xcluir =asso ?etire a eta(a atual do trabalho. ?eordenar Alterar a ordem das eta(as de trabalho utili#ando o re4ordenaç%o de dados )anela $descrito em uma seç%o se(arada* mais adiante neste documento&. Car-a De Arquivo Substitua a eta(a atual com o trabalho arma#enado em um arquivo externo $voc; será solicitado a informar o nome do arquivo&. Se o arquivo contém mais de uma eta(a de trabalho em si ea eta(a atual é a 8ltima eta(a do trabalho* ent%o todos os (assos do arquivo será carre-ado em sua ordem atual. Se o arquivo contém várias eta(as de trabalho ea eta(a atual n%o é a 8ltima eta(a do trabalho* ent%o a(enas o (rimeiro (asso a (artir do arquivo será carre-ado* como o (asso atual* e uma mensa-em de erro será exibida. Sair oltar (ara a ob 'ditar )anela. 'xiste um +cone equivalente (ara este item de menu $descrito mais adiante nesta seç%o&. O Menu Editar 'ditar menu contém os itens de série! Desfa#er * Cut * Co(iar * Colar e A(a-ar .
O Menu Exibir er menu (ermite4lhe mover4se entre os trabalhos de (assos adicionais dentro do trabalho atual. Seus itens também t;m +cones equivalentes $descritos mais adiante nesta seç%o&. =rKximo =asso 7over (ara a (rKxima eta(a $maior numerada& no trabalho. =rev =asso á (ara o (asso anterior neste trabalho. 'scolha =asso 7over (ara o n8mero eta(a de trabalho que voc; es(ecificar. O !ec"-#oute item 'ste item é executado a ?oute checN facilidade na eta(a de entrada de corrente $descrito em uma seç%o se(arada* mais adiante neste documento&. Ícones s se-uintes +cones a(arecem na eta(as de trabalho adicionais )anela $o item de menu é equivalente entre (ar;nteses&! 7over (ara a (rKxima eta(a de trabalho $ er! =rKximo =asso &. 7over4se (ara a eta(a anterior de trabalho $ er! =rev 'ta(a &. 7over4se (ara um n8mero determinado (asso $ er! 'scolha 'ta(a &. 'xecute o utilitário de verificaç%o de rotas $ 'ntrada ?oute &. olte (ara a )anela de 'diç%o de trabalho $ 'ta(a! 'xit &.
A Rota Facility Verifique A ?ota do checN instalaç%o verifica a (arte do (ercurso da corrente de entrada $ou eta(a de trabalho adicional se correr a (artir daeta(as de trabalho adicionais )anela&. 'le exibe uma )anela que contém a (arte do (ercurso* o linN ma(a corres(ondente* e mensa-ens de erro. Isto caracteri#a corres(onde ao testrt utilitário fornecido com outros 8aussian verses.
A aus;ncia de qualquer mensa-em de erro indica uma (arte do (ercurso válido $embora erifique ?oute n%o (ode determinar se é o que voc; (retende ou n%o&. oc; (ode sair a (artir desta )anela* (ressionando o Eeito bot%o quando tiver terminado de examinar ochecN rota de sa+da. Consulte a Refer6ncia do Fsu2rio do 8aussian !D (ara mais informaçes sobre esta facilidade.
Gaussian 09 Palavras-chave =alavras4chave s%o -eralmente dis(ostos em ordem alfabética* com as se-uintes exceçes! Con)unto de base (alavras4chave n%o est%o (resentes* ver a seç%o sobre con)untos de base (ara obter informaçes sobre con)untos de bases dis(on+veis e as suas (alavras4chave associadas. ote* entretanto* que os (h)8asis * $%tra8asis * Gen ePseudo (alavras4chave s%o discutidos em suas (rK(rias seçes. @odas as (alavras4chave relacionadas com a DE@ s%o coletados sob o t+tulo MUtodos 7F. . "i-aç%o 0 comandos s%o colocados de(ois de todas as (alavras4chave do alfabeto $ou se)a* a(Ks a discuss%o de HI>7O &* formando a (en8ltima seç%o . =alavras4chave relacionadas com a es(ecificaç%o de alternativas rotas $%tra*in)s * $%traOverla&s * >onStd * S)ip * e se 4s%o discutidos no Rotas $speci5icando >onstandard seç%o. Informaç%o relacionada também é a(resentado na discuss%o do testrt utilidade. Dentro da discuss%o de uma determinada (alavra4chave* as o(çes s%o listadas em ordem de im(ort
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Pro+raas tilitCrios
'sta seç%o descreve vários (ro-ramas utilitários inclu+dos no Gaussian 09. s utilitários s%o discutidos em ordem alfabética dentro deste ca(+tulo. A maioria dos utilitários est%o dis(on+veis (ara ambas as verses do JI e [indoYs do Gauss. o entanto* certifique4se de consultar as notas de lançamento que acom(anham o (ro-rama (ara obter informaçes referentes a sistemas o(eracionais es(ec+ficos. A se-uir lista os serviços (8blicos dis(on+veis e suas funçes $itens com estrela est%o inclu+dos no 09[ Gaussian tilities menu&! cW?09 Converte arquivos de (onto de verificaç%o a (artir de verses anteriores do (ro-rama (ara o formato Gaussian 09. ch)ch) Q A(resenta o (ercurso e as seçes de t+tulo de um arquivo de (onto de verificaç%o. cu!e+en Q utilitário de -eraç%o de cubo Standalone. cu!an Q 7ani(ula cubos de Gauss4(rodu#ido de densidade de elétrons e (otencial eletrostática $que (ermite que se)am adicionados* subtra+dos* e assim (or diante&. FORM(4D Q Converte um arquivo de verificaç%o binária em uma forma ASCII adequados (ara uso com (ro-ramas de visuali#aç%o e (ara mover arquivos de (onto de verificaç%o entre diferentes ti(os de sistemas de com(utador. 5re6ch) Q =rints freqQ;ncia e termoqu+mica de dados de um arquivo de (onto de verificaç%o. Eator isKto(os alternativos* tem(eratura* (ress%o e escala (odem ser es(ecificados (ara a análise termoqu+mica. 5re6e Determina requisitos de memKria (ara cálculos de freqQ;ncia. +auopt 'xecuta otimi#açes de diferentes coordenadas moleculares variáveis. +help a)uda on4line (ara Gauss. Standalone (ro-rama mec
G'SSVM$M7$F variCvel de a!iente
GAJSS57'7D'E variável de ambiente (ode ser usado (ara aumentar a memKria dis(on+vel (ara os utilitários que n%o oferecem essa o(ç%o se. Seu valor deve ser a)ustado (ara a quantidade dese)ada de memKria em (alavras.
(orrendo Gaussian 'sta seç%o descreve os comandos do sistema o(eracional necessárias (ara executar Gaussian em sistemas de com(utadores baseados em Jnix. Consulte as instruçes adicionais que acom(anham o (ro-rama de informaçes equivalentes (ara outros sistemas o(eracionais. 'sta discuss%o (ressu(e que o (ro-rama )á foi instalado. Correndo Gaussian envolve as se-uintes atividades! •
-riando entrada Gaussian descrevendo o cálculo desejado.
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/seci3cando os locais dos vários arquivos de "ero.
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/seci3car os requisitos de recursos.
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Iniciando a e4ecu5o do rograma' ou em modo interativo ou %atc0.
esta seç%o* vamos su(or que um arquivo de entrada Gaussian básico foi criado* e nossa discuss%o irá examinar os restantes tr;s itens da lista.
+speciicando 4andling risco de ar&uivo e local Gaussian utili#a vários arquivos de #ero no curso de sua com(utaç%o. 'les incluem! arquivo -0ec6oint7 nome . c06 8ead9Write 3le7 nome . r:& arquivo Integral ;:o9/lectron7 nome . int (va"io or adro) arquivo Integral *erivativo ;:o9/lectron7 nome . d
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adro) •
arquivo de "ero7 nome . S=8
=or (adr%o* esses arquivos recebem um nome -erado a (artir do ID de (rocesso do (rocesso de Gauss* e eles s%o arma#enados no diretKrio rai#* desi-nado (elo GAJSS5SC?DI? variável de ambiente $JI&. oc; também (ode ver os arquivos da forma nome .in( neste diretKrio. 'stes s%o os arquivos de entrada internos usados (elo (ro-rama. Se a variável de ambiente é definida* os (adres de locali#aç%o (ara o diretKrio de trabalho atual do (rocesso de Gauss. =or (adr%o* esses arquivos s%o a(a-ados no final de uma tem(orada de sucesso. o entanto* voc; (ode querer salvar o arquivo de (onto de verificaç%o (ara uso (osterior em um outro trabalho de Gauss* (ara uso de um (ro-rama de visuali#aç%o* (ara reiniciar um trabalho falhou* e assim (or diante. Isto (ode ser conse-uido (or nomear o arquivo de verificaç%o* fornecendo um nome e F ou locali#aç%o ex(l+cita (ara que* através de uma de (h) comando no ficheiro de entrada de Gauss. Aqui está um exem(lo! Chk% água
'ste comando* que é colocado no in+cio do arquivo de entrada $antes da (arte do (ercurso& dá ao arquivo de verificaç%o do nomeYater.chN * substituindo o nome -erado habitual e fa#endo com que o arquivo se)a salvo na conclus%o do trabalho. este caso* o arquivo irá residir no diretKrio atual. o entanto* um comando como este irá es(ecificar um local de diretKrio alternativo* bem como nome do arquivo!
Chk% / he
Se o es(aço em disco no diretKrio do #ero é limitado* mas o es(aço está dis(on+vel em outra (arte do sistema* voc; (ode querer dividir os arquivos scratch entre vários locais de disco. s se-uintes comandos (ermitem que voc; es(ecifique os nomes e locali#açes dos outros arquivos scratch! ?rquivo de grava5(o de leitura % RWF > camino % Int >
camino
% D2E >
camino
?rquivo Integral ?rquivo Integral *erivativo
'm -eral* o arquivo de leitura e escrita é de lon-e o maior* e (or isso é o 8nico (ara o qual um local alternativo é mais freqQentemente es(ecificado.
?rquivos *ivis(o de rasadinas em discos Gaussian 09 (ode resolver arquivos scratch 8nicas de até T G, em sistemas o(eracionais de bits* como o [indoYs e "inux IA.%o há necessidade de dividir arquivos de #ero em arquivos G,. limite de es(aço de rascunho total de T G, é inerente inteiros de bits* no entanto* e dividir o arquivo de rascunho será não su(erá4lo. Jma sintaxe alternativa é fornecida (ara dividir o arquivo de leitura e escrita* o arquivo Inte-ral* e F ou o arquivo Inte-ral Derivativo entre dois ou mais discos $ou sistemas de arquivos&. Aqui está a sintaxe (ara o R:F comando! R:F P loc * tamanho * loc * tamanho * ... onde cada loc é um local de diretKrio ou um caminho de arquivo* e cada tamanho é o tamanho máximo (ara o se-mento de arquivo naquele local. Gaussian irá -erar automaticamente nomes de arquivos ori-inais (ara toda a loc que es(ecifica a(enas um diretKrio. 'm sistemas JI* es(ecificaçes de diretKrio $sem nomes& deve incluir uma barra terminal. =or (adr%o* os tamanhos est%o em unidades de bXtes (alavras. 'ste valor também (ode ser se-uido (or D8 * M8 * G8 * .8 * D:* M: * G: ou .: $sem intervir es(aços& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras. ote4se que 7, P 0Z bXtes P .0Z._T bXtes $e n%o .000.000 bXtes&. Jm valor de -< (ara qualquer (ar
s tamanhos máximos (ara os se-mentos de arquivo s%o Z G,* G,* e ilimitado* res(ectivamente. Gaussian irá -erar nomes (ara os dois (rimeiros se-mentos* ea terceira será dado o nome &VJo! . ote4se que as es(ecificaçes de diretKrio incluem barras de terminais. Devido a limitaçes no im(lementaçes atuais JI* -< deve ser usado com cautela* uma ve# que irá tentar estender um se-mento de arquivo além de toda a ca(acidade do disco restante nesses sistemas: usá4lo também terá o efeito colateral de manter todos os se-mentos de arquivos adicionais inclu+dos no a lista de nunca ter sido usado.
Salvando e /4clus(o de arquivos de 8isco =or (adr%o* os arquivos s%o a(a-ados scratch sem nome no final da corrida de Gauss* e arquivos nomeados s%o salvos. nosavecomando (ode ser usado (ara alterar esse com(ortamento (adr%o. Ruando esta directiva está inclu+do em um arquivo de entrada* chamado arquivos scratch cu)as directivas a(arecer no arquivo de entrada antes nosave ser%o a(a-ados no final de uma corrida $assim como todos os arquivos do #ero sem nome&. o entanto* se o directiva nomear o arquivo é exibido apGs o nosave directiva* o arquivo será mantido. =or exem(lo* esses comandos es(ecificar um nome (ara o arquivo de verificaç%o* e um nome alternativo e local do diretKrio (ara o arquivo de leitura e escrita* e fa#er com que a(enas o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser salvo na conclus%o do trabalho de Gauss! % &F / he
ar-ui+os a ser e:cluída5 cli-ue a-ui ar-ui+os se3am sal+os a-ui
bserve que todos os arquivos s%o salvos quando um trabalho termina de forma anormal.
?rquivos de Iniciali"a5(o sistema Gaussian inclui arquivos de iniciali#aç%o (ara confi-urar o ambiente de usuário (ara executar o (ro-rama. 'sses arquivos s%o! L G08r$/g08/"d/g08.gin C shell L g08r$/g08/"d/g08.!r@ie Hourne shell
ote que o -09root variável de ambiente deve ser confi-urado (elo usuário. Assim* é habitual incluir linhas como o se-uinte dentro dolo-on. ou (erfil. arquivo (ara usuários de Gauss! ar-ui+os de loginI g08r$ "e$enE locali&ação @n$e L g08r$/g08/"d/g08.gin 4erfil ar-ui+osI g08r$ locali&ação g08r$ eM!r$a:; . L G08r$/g08/"d/g08.!r@ie
Jma ve# que as coisas est%o confi-uradas corretamente* o G09 comando é usado (ara executar Gaussian 09 $ve)a abaixo&.
(ontrolando o uso da mem,ria A Me comando controla a quantidade de memKria din
=or exem(lo* o comando a se-uir define o uso de memKria (ara 0 milhes de bXtes! % e< 40000000
'ste valor também (ode ser se-uido (or D8 * M8 * G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aços& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras. =or exem(lo* o se-uinte comando também define a quantidade de memKria din
=ode ser necessário alocaçes ainda maiores (ara -randes cálculos SCE directos* (elo menos 1 (alavras* onde 1 é o n8mero de funçes de base. $+isoI Solicitando mais memGria do -ue a -uantidade de memGria física realmente disponí+el em um sistema de computador +ai le+ar a um desempenho muito po/re
Se Gauss está sendo usado em uma máquina com memKria f+sica limitada* de modo que o (adr%o de _T 7, n%o está dis(on+vel* os al-oritmos (adr%o* bem como a alocaç%o de memKria (adr%o deve ser definida de forma adequada durante a instalaç%o.
(orrendo Gaussian em Sistemas 56I7 Jma ve# que todas as es(ecificaçes de entrada e de recursos s%o (re(arados* voc; está (ronto (ara executar o (ro-rama. Gaussian 09 de maio ser executado interativamente usando um dos dois estilos de comando! G09 ,nome de tra/alho G09 Jinput,fileK output,file
a (rimeira forma* o (ro-rama l; a entrada de nome de tra/alho . C7 e escreve sua sa+da (ara ,nome do tra/alho . lo- . Ruando ,nome do tra/alho n%o for es(ecificado* o (ro-rama l; da entrada (adr%o e -rava na sa+da (adr%o* e estes (odem ser redirecionados ou canali#ada na moda JI habitual. De qualquer forma de comando (ode ser forçado no fundo da mesma forma como qualquer comando shell usando o ' comercial.
Scrits e Gaussian Scri(ts (ro)etados (ara funcionar Gaussian 09 também (odem ser criados de várias maneiras $vamos usar o shell C nestes exem(los&.=rimeiro* G09 comandos como aqueles acima (ode ser inclu+do em um scri(t shell. 'm se-undo lu-ar* a entrada efectiva de Gauss (ode ser inclu+do no scri(t usando o XX construto! # / in / "h G08 NN F9 a$er.g Chk% água # &HF/6-31G (d) energia da água 0 1 O H 1 1,0 H 1 1,0 + 1+0,0 =D eh P$raahP.
@odas as linhas anteriores a corda se-uindo os XX s+mbolos s%o tomados como entrada (ara o G09 de comando. Einalmente* laços (odem ser criados (ara executar diversos trabalhos de Gauss em sucess%o. =or exem(lo* o se-uinte scri(t executa todos os arquivos de entrada de Gauss es(ecificados como ar-umentos de linha de comando* e mantém um re-istro de suas atividades no arquivo de Status ! # / in / "h eh P="$ad a$ua d $raahQP ="$ad arAuiE @reah (L argE) eh P9niiand L @ie arAuiE e
se-uinte scri(t mais com(lexo cria arquivos de entrada de Gauss on4the4flX a (artir da entrada (arcial nos arquivos de dados como ar-umentos de linha de comando do scri(t. 8ltimo faltam seçes com(letas de rotas* os seus troços consistem sim(lesmente um #sinal ou # linha que contém (alavras4chave es(eciais necessários (ara que o sistema molecular* mas nenhum método* con)unto de base* ou ti(o de cálculo. scri(t cria um trabalho de dois (assos (ara cada arquivo4a otimi#aç%o de Martree4EocN entrada (arcial se-uido (or um dos dois comandos literais inclu+das no roteiro e os conte8dos de cada arquivo es(ecificado em tem(o de execuç%o do scri(t4consistindo cálculo 7= ener-ia de (onto 8nico. 'le inclui o 8ltimo ex(lorando o Gaussian 09 A incluem mecanismo de arquivo! # / in / "h eh P="$ad a$ua d $raahQP ="$ad arAuiE @reah (L argE) eh P9niiand L @ie arAuiE eChek =D eh PL @ie Fei$ < "$a$u" L e"$adP ="$ad end # @i< d @reah eh P$ud @ei$.P ="$ad
/4ecu5(o em lote com SN@ Gaussian (ode ser executado usando a facilidade lote SR nesses sistemas JI que su(ortam. su!+09 comando* definida nos arquivos de iniciali#aç%o* envia um arquivo de entrada (ara uma fila de lote. 'le tem a se-uinte sintaxe! subg09 n
fila,name,nome do tra/alho 5 -scrdir
dir= 5 -eedir
dir> 5 -!
s dois (ar
onde nome deve ser substitu+do (or um nome que é a(ro(riado (ara o seu cálculo. s (rimeiros nomes a linha de trabalho em execuç%o* os nomes dos arquivos de sa+da e causa erros a serem inclu+das no arquivo de sa+da. s (ar
nome . r$b$%&'
ea sa+da seria colocado no seu diretKrio de trabalho atual.
(orrendo Gaussian 'sta seç%o descreve os comandos do sistema o(eracional necessárias (ara executar Gaussian em sistemas de com(utadores baseados no [indoYs. Consulte as instruçes adicionais que acom(anham o (ro-rama de informaçes equivalentes (ara outros sistemas o(eracionais. 'sta discuss%o (ressu(e que o (ro-rama )á foi instalado. Correndo Gaussian envolve as se-uintes atividades! •
-riando entrada Gaussian descrevendo o cálculo desejado.
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/seci3cando os locais dos vários arquivos de "ero.
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/seci3car os requisitos de recursos.
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Iniciando a e4ecu5o do rograma' ou em modo interativo ou %atc0.
esta seç%o* vamos su(or que um arquivo de entrada Gaussian básico foi criado* e nossa discuss%o irá examinar os restantes tr;s itens da lista.
+speciicando 4andling risco de ar&uivo e local Gaussian utili#a vários arquivos de #ero no curso de sua com(utaç%o. 'les incluem! arquivo -0ec6oint7 nome . c06 8ead9Write 3le7 nome . r:& arquivo Integral ;:o9/lectron7 nome . int (va"io or adro) arquivo Integral *erivativo ;:o9/lectron7 nome . d
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adro) •
arquivo de "ero7 nome . S=8
=or (adr%o* esses arquivos recebem um nome -erado a (artir do ID de (rocesso do (rocesso de Gauss* e eles s%o arma#enados no diretKrio rai#* desi-nado em =refer;ncias. oc; também (ode ver os arquivos da forma nome . in( neste diretKrio. 'stes s%o os arquivos de entrada internos usados (elo (ro-rama. Se a (refer;ncia é definida* os (adres de locali#aç%o (ara o diretKrio de trabalho atual do (rocesso de Gauss. =or (adr%o* esses arquivos s%o a(a-ados no final de uma tem(orada de sucesso. o entanto* voc; (ode querer salvar o arquivo de (onto de verificaç%o (ara uso (osterior em um outro trabalho de Gauss* (ara uso de um (ro-rama de visuali#aç%o* (ara reiniciar um trabalho falhou* e assim (or diante. Isto (ode ser conse-uido (or nomear o arquivo
de verificaç%o* fornecendo um nome e F ou locali#aç%o ex(l+cita (ara que* através de uma de (h) comando no ficheiro de entrada de Gauss. Aqui está um exem(lo! Chk% água
'ste comando* que é colocado no in+cio do arquivo de entrada $antes da (arte do (ercurso& dá ao arquivo de verificaç%o do nomeYater.chN * substituindo o nome -erado habitual e fa#endo com que o arquivo se)a salvo na conclus%o do trabalho. este caso* o arquivo irá residir no diretKrio atual. o entanto* um comando como este irá es(ecificar um local de diretKrio alternativo* bem como nome do arquivo! Chk% Q W he< W ra$h+ W água
Se o es(aço em disco no diretKrio do #ero é limitado* mas o es(aço está dis(on+vel em outra (arte do sistema* voc; (ode querer dividir os arquivos scratch entre vários locais de disco. s se-uintes comandos (ermitem que voc; es(ecifique os nomes e locali#açes dos outros arquivos scratch! ?rquivo de grava5(o de leitura % RWF > camino % Int >
camino
% D2E >
camino
?rquivo Integral ?rquivo Integral *erivativo
'm -eral* o arquivo de leitura e escrita é de lon-e o maior* e (or isso é o 8nico (ara o qual um local alternativo é mais freqQentemente es(ecificado.
?rquivos *ivis(o de rasadinas em discos Gaussian 09 (ode resolver arquivos scratch 8nicas de até T G, em sistemas o(eracionais de bits* como o [indoYs e "inux IA.%o há necessidade de dividir arquivos de #ero em arquivos G,. limite de es(aço de rascunho total de T G, é inerente inteiros de bits* no entanto* e dividir o arquivo de rascunho será não su(erá4lo. Jma sintaxe alternativa é fornecida (ara dividir o arquivo de leitura e escrita* o arquivo Inte-ral* e F ou o arquivo Inte-ral Derivativo entre dois ou mais discos $ou sistemas de arquivos&. Aqui está a sintaxe (ara o R:F comando! R:F P loc * tamanho * loc * tamanho * ... onde cada loc é um local de diretKrio ou um caminho de arquivo* e cada tamanho é o tamanho máximo (ara o se-mento de arquivo naquele local. Gaussian irá -erar automaticamente nomes de arquivos ori-inais (ara toda a loc que es(ecifica a(enas um diretKrio. 'm sistemas JI* es(ecificaçes de diretKrio $sem nomes& deve incluir uma barra terminal. =or (adr%o* os tamanhos est%o em unidades de bXtes (alavras. 'ste valor também (ode ser se-uido (or D8 * M8 * G8 * .8 * D:* M: * G: ou .: $sem intervir es(aços& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras. ote4se que 7, P 0Z bXtes P .0Z._T bXtes $e n%o .000.000 bXtes&. Jm valor de -< (ara qualquer (ar
% &F Q W da$n W "0 W, 4G, eQ W ?er W, 3G, @Q W $e
s tamanhos máximos (ara os se-mentos de arquivo s%o Z G,* G,* e ilimitado* res(ectivamente. Gaussian irá -erar nomes (ara os dois (rimeiros se-mentos* ea terceira será dado o nome &VJo! . ote4se que as es(ecificaçes de diretKrio incluem barras de terminais.
Salvando e /4clus(o de arquivos de 8isco =or (adr%o* os arquivos s%o a(a-ados scratch sem nome no final da corrida de Gauss* e arquivos nomeados s%o salvos. nosavecomando (ode ser usado (ara alterar esse com(ortamento (adr%o. Ruando esta directiva está inclu+do em um arquivo de entrada* chamado arquivos scratch cu)as directivas a(arecer no arquivo de entrada antes nosave ser%o a(a-ados no final de uma corrida $assim como todos os arquivos do #ero sem nome&. o entanto* se o directiva nomear o arquivo é exibido apGs o nosave directiva* o arquivo será mantido. =or exem(lo* esses comandos es(ecificar um nome (ara o arquivo de verificaç%o* e um nome alternativo e local do diretKrio (ara o arquivo de leitura e escrita* e fa#er com que a(enas o arquivo de (onto de verificaç%o (ara ser salvo na conclus%o do trabalho de Gauss! ar-ui+os a ser e:cluída5 cli-ue a-ui % &F Q W he< W ra$h+ W água % D"aEe Chk% água ar-ui+os se3am sal+os a-ui
bserve que todos os arquivos s%o salvos quando um trabalho termina de forma anormal.
(ontrolando o uso da mem,ria A Me comando controla a quantidade de memKria din
=or exem(lo* o comando a se-uir define o uso de memKria (ara 0 milhes de bXtes! % e< 40000000
'ste valor também (ode ser se-uido (or D8 * M8 * G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aços& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras. =or exem(lo* o se-uinte comando também define a quantidade de memKria din
=ode ser necessário alocaçes ainda maiores (ara -randes cálculos SCE directos* (elo menos 1 (alavras* onde 1 é o n8mero de funçes de base. $+isoI Solicitando mais memGria do -ue a -uantidade de memGria física realmente disponí+el em um sistema de computador +ai le+ar a um desempenho muito po/re
Se Gauss está sendo usado em uma máquina com memKria f+sica limitada* de modo que o (adr%o de _T 7, n%o está dis(on+vel* os al-oritmos (adr%o* bem como a alocaç%o de memKria (adr%o deve ser definida de forma adequada durante a instalaç%o.
(on5i+urando Gaussian
'sta seç%o descreve os (rocedimentos -erais (ara a instalaç%o e confi-uraç%o de Gauss em sistemas JI. %o deixe de verificar as instruçes e notas de vers%o que acom(anham a sua vers%o do (ro-rama (ara obter instruçes adicionais ou alternativos referentes ao seu sistema de com(utador (articular.
8e&uisitos do sistema •
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s diretKrios de Gauss vai exi-ir cerca de *_4 G, de es(aço em disco (ara os arquivos executáveis* de(endendo do sistema de com(utador. A alocaç%o de memKria (adr%o no Gaussian 09 é de _T 7,. As -randes dimenses fixas do (ro-rama exi-ir um tamanho de es(aço de troca de 4 G,. claro que o es(aço de sYa( adicional será necessário se mais memKria é solicitada em um trabalho usando a Me "i-aç%o 0 comando* ou através do -M- comando no Default.?oute arquivo. 'sses requisitos s%o (ara cada trabalho executado simultaneamente. Consulte a lista de (lataforma que vem com o CD. A vers%o mais recente deste documento (ode ser encontrado noYYY.-aussian.comF-095(lat.htm .
(onigurando o am*iente de execução de Gauss Gaussian locali#a executáveis e cria arquivos de #ero em diretKrios es(ecificados (or várias variáveis de ambiente. o entanto* o usuário é res(onsável (ela criaç%o de dois deles! -09root ! Indica o diretKrio onde o G09 diretKrio reside $ou se)a* o diretKrio acima dela&. GAJSS5SC?DI? ! Indica o diretKrio que deverá ser usado (ara arquivos de #ero. s arquivos de iniciali#aç%o de Gauss é res(onsável (or iniciali#ar outros aliases e variáveis de ambiente* conforme necessário. @odos os usuários de Gauss (recisa executar o arquivo de iniciali#aç%o Gaussian a(ro(riado dentro de seu arquivo de iniciali#aç%o es(ec+fica do shell JI. Consulte o Ca(+tulo (ara mais detalhes. As variáveis de ambiente criadas (elo -09.lo-in e -09.(rofile incluem! GAJSS5''DI? ! 's(ecifica os diretKrios nos quais as ima-ens de Gauss s%o arma#enados. =or (adr%o* ele inclui o (rinci(al diretKrio -09rootF-09 e vários diretKrios alternativos. GAJSS5A?CMDI? ! 's(ecifica o diretKrio no qual o (rinci(al arquivo de todo o site é mantido* e no qual arquivos de arquivo tem(orário deve ser colocado se o arquivo (rinci(al n%o está dis(on+vel. (adr%o é -09rootF-09Farch se desactivado. G09,ASIS ! diretKrio que contém os arquivos que es(ecificam os con)untos de bases Gaussianas arma#enados internamente (adr%o* bem como al-uns con)untos de bases adicionais na forma de entrada de con)unto de base -eral. 'sta variável de ambiente é fornecido (or conveni;ncia e é (ro)etado (ara uso com o 1 incluem mecanismo. ?ede F fra-mentaç%o de cálculos (aralelos usando "inda também (ode usar a GAJSS5"E"AGS variável de ambiente (ara (assar as o(çes (ara o (rocesso de "inda. e)a a discuss%o de executar trabalhos de Gauss com "inda (ara mais detalhes. •
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-onsidera5Aes risco arquivo 'm sistemas JI* Gaussian -era nomes exclusivos de arquivo do #ero com base na identificaç%o do (rocesso* quando nenhum nome foi es(ecificado (elo usuário. 'ste mecanismo é (ro)etado (ara (ermitir que vários trabalhos de Gauss (ara executar simultaneamente usando um diretKrio #ero comum. ?as(adinha arquivos s%o a(a-ados automaticamente quando uma tarefa é conclu+da com ;xito ou morre de forma lim(a (or (adr%o.o entanto* os arquivos de #ero n%o s%o a(a-ados quando um trabalho é morto externamente ou n%o terminar de forma anormal.ConseqQentemente* os arquivos que sobraram (odem acumular4se no diretKrio rai#. Jm método fácil (ara evitar a desordem excessiva é ter todos os usuários com(artilham um diretKrio #ero comum* e ter esse diretKrio #ero a(uradas no momento da iniciali#aç%o do sistema* adicionando um r comando (ara o scri(t de iniciali#aç%o do sistema a(ro(riado $(or exem(lo* F etc F rc ou um dos os arquivos sob F etcFrc.dFrc.d &. Se o sistema de lote SR está em uso* lim(ando o diretKrio do #ero também deve ser feito antes SR é iniciado* -arantindo que nenhum trabalho estiver usando o diretKrio em que está desmarcada.
sando Gaussian 09 co *inda 'sta seç%o descreve o (rocesso de instalaç%o do softYare "inda que voc; adquiriu através de Gaussian* Inc. ea construç%o de uma vers%o (aralela de memKria distribu+da de Gauss. 'le assume que voc; )á construiu e testou a vers%o re-ular do (ro-rama. 'le também assume que voc; leu as instruçes de instalaç%o normais e também que voc; tem acesso a ?efer;ncia do Jsuário do Gaussian 09.
/étodos 'aralelos Linda ME* CIS P direta* e DE@ em moléculas s%o "inda (aralelo* incluindo ener-ias* otimi#açes e freqQ;ncias. 'ner-ias @DDE@ e -radientes e ener-ias 7= e -radientes s%o também "inda (aralelo. =orçes de freqQ;ncia 7= e cálculos CCSD s%o "inda (aralelo* mas outros s%o a(enas S7=4(aralelo* ent%o eles v;em al-uma aceleraç%o do uso de al-uns nKs* mas nenhuma melhoria adicional de um maior n8mero de nKs. sem(re melhor usar S7=4(aralelismo dentro de nKs e "inda sK entre nKs. =or exem(lo em um cluster de Z nKs* cada um com um du(lo quad4core '7TZ@* deve4se usar % Drhared * % indarker" n1, n+, nde3, nde4
ao invés de usar mais de um trabalhador "inda (or nK.
Instalando o sotare Linda e (ompilando G09:Linda Se voc; com(rou os binários de Gauss* "inda é distribu+do no mesmo CD* como os binários de Gauss e nenhuma instalaç%o adicional é necessária. Si-a as instruçes do arquivo ?'AD7' arquivo no CD de distribuiç%o. Se voc; tiver adquirido o cKdi-o4fonte de Gauss* ent%o "inda é distribu+do em um CD se(arado. Si-a as instruçes do arquivo?'AD7'.source arquivo no CD de distribuiç%o fonte Gaussian instalar "inda e com(ilar Gaussian usar "inda.
'm ambos os casos* voc; deve executar o comando bsd F install conforme detalhado nos arquivos "'IA47' e folhas de instruçes de instalaç%o.
(orrendo Gaussian com Linda modelo de (ro-ramaç%o (aralela "inda envolve um (rocesso (rinci(al* que é executado no (rocessador atual* e uma série de (rocessos de trabalho que (odem ser executados em outros nKs da rede. Assim* uma corrida Gaussian 09F"inda deve es(ecificar o n8mero de (rocessadores a serem usados* a lista de (rocessadores onde os trabalhos devem ser executados* e* ocasionalmente* outros (ar
(onigurando Gaussian 09:Linda Gaussian 09 recebe informaçes de confi-uraç%o a (artir de tr;s fontes (rimárias •
arquivo de entrada Gaussian via
% link0 comandos.
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*e&ault.8oute arquivo.
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? variável de am%iente G?BSSC++?GS .
Detalhes sobre lin)0 comandos ea Default.?oute arquivo também (ode ser encontrada no manual de refer;ncia do usuário do Gaussian 09. 'ntradas es(ec+ficas (ara Gaussian 09F"inda s%o descritos abaixo. /seci3ca5(o dos comutadores ;8?,?+D?*)8/S
*inda:or)ers directiva é usado (ara es(ecificar os com(utadores em que os (rocessos de trabalho "inda deve ser executado.'le tem a se-uinte sintaxe! ( )i*d$+'rers no= 5Q n= 5, node> 5Q n> 5...
'sta lista o nome do nK de @C= (ara cada nK de usar. =or (adr%o* um trabalhador "inda é iniciado em cada nK* mas o valor o(cional (ermite que isso se)a variada. Jm trabalhador é sem(re iniciado no nK em que o trabalho é iniciado $o nK mestre& se é ou n%o a(arece na lista de nKs. *inda:or)ers (ode ser combinada com >ProcShared . este caso* um ou mais (rocessos de trabalho (aralelas será executado em cada nK $o n8mero ainda determinada (elos valores em *inda:or)ers &. valor a >ProcShared es(ecifica o n8mero de (rocessadores S7= F n8cleos de usar em cada sistema na lista de nKs do trabalhador. %o use o obsoleto >Proc*inda directiva. G09 irá calcular o n8mero total de trabalhadores "inda baseada na *inda:or)ersentrada. A se-uinte diretiva fa# com que um trabalho (aralelo de rede (ara ser executado através dos es(ecificados _ nKs. odes amlet eOf.lia vai cada executar dois (rocessos de trabalho.
% indarker" adeiaQ +, O!heiaQ +, aer$e", Hrái, ear
As se-uintes diretivas es(ecificar que um trabalho (aralelo será executado em hosts 1oruega * t2lia e Espanha . odes 1oruega e t2lia v%o cada executar um Z4YaX S7= trabalhador (aralelo e Espanha vai executar dois desses trabalhadores! Especifica -uatro +ias paralelismo SM4 % Drhared 4 % indarker" Druega, 9$áia, ="!anhaQ +
'ssas diretri#es fa#em sentido quando 1oruega e t2lia s%o Z com(utadores de (rocessador F n8cleo* e Espanha é um (rocessador F com(utador central. ote que o nproc diretri# usada em verses anteriores de Gauss é obsoleto. /seci3cando a quantidade de memória ara um -E+-B+) #?8?+/+)
7emKria é es(ecificado usando o Me comando linN0* assim como (ara cálculos de série. B;I+IF?H) ss ao invés do 8SD
=or (adr%o* "inda usa rsh (ara a comunicaç%o entre os nKs. oc; (ode usar o ssh ao invés* incluindo a se-uinte o(ç%o noGAJSS5"E"AGS variável de ambiente! % see* G/U))/G ...-'! Ts*e.'de.%i*d$rs&$rg ss&
utra maneira de substituir esse (adr%o* voc; (recisa criar um arquivo de confi-uraç%o no seu diretKrio home no nK mestre chamadotsnet.confi-. que contém a se-uinte linha! '"ne$.Dde.indar"hargQ ""h
Isso fará com que o ssh (ara ser usado em seu lu-ar. ote4se que sem senha ssh lo-ins )á deve estar confi-urado com o mestre de todos os nKs do trabalhador. /S#/-II-?H) */ )B;8?S )#/S +IN*?
Al-umas o(çes "inda* que s%o (or ve#es 8teis s%o os se-uintes! - -EE
Mostrar detalhado mensagens Mostrar mensagens muito detalhados
Jse o GAJSS5"E"AGS variável de ambiente (ara defini4las. =or exem(lo* (ode4se ativar a sa+da "inda muito detalhado usando! % see* G/U))/G-
'xistem muitas outras o(çes de "inda* mas a maioria deles n%o s%o utili#ados (or Gauss. erifique o manual "inda na Internet emYYY.lindas(aces.com F doYnloads F lindamanual.(df . opt- forma (ode ser usado em GAJSS5"E"AGS (ara invocar qualquer válido tsnet.confi-. directiva arquivo. ote4se que Gauss 09F"inda n%o usa o nativo recursos "inda min)or'er e ma:)or'er .
(omeçando paralelas Gaussian 09 2o*s G09 comando é usado como de costume (ara iniciar uma memKria distribu+da (aralelamente um Gaussian 09 em(re-o. =ara um trabalho (aralelo "inda (ara executar com ;xito* as se-uintes condiçes devem ser verdadeiras! oc; )á executou o Gaussian 09 arquivo de iniciali#aç%o a(ro(riado $ -09rootF-09FbsdF-09.lo-in ou -09rootF-09FbsdF-09.(rofile &. @este isso executando um cálculo Gaussian série 09 no nK mestre. diretKrio -09rootF-09 é acess+vel em todos os nKs. •
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"D5"I,?A?5=A@M variável de ambiente é definida $ver o G09 notas de instalaç%o& (ara locali#ar as bibliotecas com(artilhadas "inda. 's(aço de rascunho local está dis(on+vel em cada nK* se necessário $via GAJSS5SC?DI? &. @odos os nKs em que o (ro-rama será executado s%o confiáveis (or (arte do anfitri%o atual. oc; deve ser ca(a# de fa#er o lo-in remotamente com o rlo+in ou ssh comando sem ter que dar uma senha (ara cada um deles. Contacte o seu administrador do sistema sobre a confi-uraç%o de se-urança (ara os nKs da rede. s cálculos (odem ent%o ser iniciado como se fosse (ara um cálculo de série! •
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% G09 e*r$d$
e Gaussian 09 irá iniciar os (rocessos de mestrado e de trabalho* conforme necessário.
Acompan%amento do (;lculo oc; vai ver os (rocessos iniciados nos nKs dos trabalhadores (ara os linNs que foram (araleli#ados* (or exem(lo* eles ter%o a g . exelentrada no diretKrio G09 (rinci(al. Jsando os principais comandos ou outros em nKs trabalhadores (ermitirá que voc; ve)a lxxx.exelquando é iniciado. A medida relevante do desem(enho (ara um cálculo (aralelo é o tem(o decorrido do relK-io ou na (arede. A maneira mais fácil de verificar isso é usar um monitor externo como tepo * tepos * ou tie% * (or exem(lo* % e!'s de e*r$d$ e G09
que a(resentará um relatKrio decorrido* C=J e os tem(os do sistema. ote4se que os dois 8ltimos s%o a(enas no nK mestre e quantidades similares de C=J e sistema de tem(o s%o -astas em cada nK. Assim* a aceleraç%o é a ra#%o entre o tem(o decorrido executando um trabalho de série e o tem(o decorrido (ara o trabalho (aralelo.
+speciicando .ra*al%adores por n, em /acs *aseados em ''(< A -p n o(ç%o (ode ser usada (ara executar Gaussian com "inda através de vários de ener-ia baseada em =C 7ac S e outros sistemas com m8lti(los (rocessadores. 'le es(ecifica o n8mero máximo de (rocessos "inda a ser (ro-ramadas (or nK. Confi-ure4a (ara quando todos os nKs individuais s%o (rocessadores dual.
'ersonalização Site= 3 Ar&uivo Deault<8oute De(endendo das caracter+sticas de um sistema de com(utador (articular* Os ve#es é necessário (or motivos de desem(enho (ara substituir al-uns dos (adres embutidos no (ro-rama. Isto (ode ser feito através da criaç%o de um arquivo de (ersonali#aç%o do site.'m sistemas Jnix* este arquivo é chamado Default.?oute * residente em -09rootF-09 . o [indoYs* o arquivo de (adres de Gauss é Default.?ou * e está locali#ado no subdiretKrio #ero Gaussian 09[ $(or exem(lo* C! 6 G09[ 6 #ero &. formato do arquivo é o mesmo em todos os sistemas de com(utador. As subseçes a se-uir descrevem os ti(os de informaç%o que (odem ser fornecidos no arquivo de (adres.
#adrAes 8ota 'sses (ar
=ode haver mais do que uma - # - linha do ficheiro. Comandos listados na Default.?oute alterar a(enas os (adres* eles s%o substitu+dos (or nada es(ecificado na seç%o de rota de um arquivo de entrada. Assim* se o Default.?oute contém! - # - + Dire$
e a (arte do (ercurso que contém o MP/ (alavra4chave* em se-uida* o al-oritmo 7= convencional será utili#ado. o entanto* se a (arte do (ercurso que contém o MP/ = directa (alavra4chave* em se-uida* o al-oritmo directa será usado. @odos os sites v%o querer es(ecificar a quantidade de es(aço em disco de trabalho dis(on+vel através do Ma%7is) (alavra4chave noDefault.?oute arquivo. =or exem(lo* a se-uinte linha define Ma%7is) (ara 00 7,! - # - aMi"k *00
A directiva -R- é um sin/nimo (ara - # - . A quantidade de es(aço em disco dis(on+vel é dada em (alavras de bXtes $(adr%o&. 'ste valor também (ode ser se-uido (or D8 *M8 * G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aços& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavras T es(aço em disco do #ero é definido ilimitado $ -< & (or (adr%o* ou se)a* (resume4se que o es(aço em disco suficiente dis(on+vel (ara executar um determinado cálculo sem trabalho redundante. Assim* es(ecificando a quantidade de memKria dis(on+vel e do disco é de lon-e a mais im(ortante forma de otimi#ar o desem(enho de seus cálculos. Isso (ermite que o (ro-rama (ara decidir entre os vários al-oritmos dis(on+veis* selecionando o caminho ideal (ara a confi-uraç%o do seu sistema (articular. @enha em mente que o es(aço em disco dis(on+vel* o mais rá(ido da avaliaç%o* es(ecialmente (ara 7=.
*e&ault.8oute +imita5Aes em todas as (alavras4chave (arte do (ercurso s%o homena-eados no Default.?oute arquivo. 'm -eral* a re-ra é que a(enas as o(çes que n%o afetam o resultado de um cálculo $ou se)a* n%o altere os valores de quaisquer quantidades (revistas& s%o (ermitidos no arquivo. Assim* S(F = (onvenção * o que muda a(enas o
al-oritmo de arma#enamento inte-ral* será homena-eado* enquanto Int 1Grid = 3 * o que afeta os resultados de vários ti(os de cálculos* será i-norado.
#adrAes de memória @rabalhos de Gauss* que im(rudentemente usam memKria excessivo (ode causar dificuldades -raves no sistema. A memKria directiva -M- im(e um limite de memKria din
A quantidade de memKria dis(on+vel é dada em (alavras de bXtes $(adr%o&. 'ste valor também (ode ser se-uido (or D8 * M8 *G8 * .8 * D: * M: * G: ou .: $sem intervir es(aços& (ara es(ecificar unidades de quilo4* me-a4* -i-a4tera4bXtes ou ou (alavrasT tamanho da memKria (adr%o é de _T 7,. ote4se que esse limite (ode ser ultra(assado com a Me "i-aç%o 0 comando. A memKria directiva -- memKria con)untos (adr%o a ser usado em utilitários como FORM(4D e 5re6ch) . A -F- directiva é o ar-umento de ti(o de arquivo (adr%o (ara FORM(4D .
/4ecu5(o aralela em memória comartilada multirocessadores Se o seu sistema de com(utador tem vários (rocessadores F n8cleos e (rocessamento (aralelo é com(at+vel com a sua vers%o do Gaussian* voc; (ode es(ecificar o n8mero (adr%o de (rocessadores a serem usados no Default.?oute arquivo. =or exem(lo* o comando a se-uir define o n8mero (adr%o de (rocessadores (ara Z! --4
ormalmente* o (ro-rama (adr%o (ara execuç%o em um 8nico (rocessador. >ProcShared "i-aç%o 0 comando (ode ser usado (ara substituir o (adr%o (ara um trabalho es(ec+fico. Claramente* o n8mero de (rocessadores solicitados n%o deve exceder o n8mero de (rocessadores dis(on+veis* ou a uma diminuiç%o substancial no desem(enho vai resultar. oc; também (ode es(ecificar as C=Js es(ec+ficas sobre a qual s%o executados com o -(- directiva. =or exem(lo* a se-uinte diretiva es(ecifica que o (ro-rama deve ser executado nos (rimeiros cinco n8cleos de um sistema hexacore $reservando um n8cleo (ara outro uso&! -C-0,1,+,3,4
/4ecu5(o aralela 8ede J -luster oc; (ode es(ecificar a lista de trabalhadores "inda em Default.?oute via -:- directiva! --da$n, aEi"ierQ +, rie"$eI, >ga""i?Q 3, urie +0
'ste exem(lo vai usar os cinco nKs es(ecificados (ara execuç%o (aralela* colocando dois (rocessos de trabalho em La+oisier * trabalhadores em $gassi& * e um trabalhador em cada um dos outros sistemas. Se o mestre nK4nK em que o trabalho n%o foi iniciado* é um desses sistemas* um trabalhador também será executado no sistema $(erfa#endo um total de seis nKs&. 'sta directiva corres(onde ao e (ode ser substitu+do (or4do linN 0 comando > "inda[orNers . Com relaç%o ao uso de Default.?oute com "inda* se voc; tem diferentes filas de lote
em um cluster que corres(ondem a diferentes con)untos de nKs e cada tarefa em lote é executado em seu (rK(rio diretKrio tem(orário (adr%o* a melhor aborda-em é criar um scri(t que co(ia um (adroni#ada Default.?oute a(ro(riado (ara a fila es(ecial (ara o diretKrio (adr%o atual. Ruando -:- é combinado com -P- n * ent%o um n (rocesso de trabalho S7= (aralelo caminho é iniciado em cada nK na lista de nKs $ou mais de um tal (rocesso* quando mais trabalhadores s%o es(ecificados (ara que o nK em -:- & . A -* o(çes con)untos (adr%o directiva (ara "inda* que s%o ent%o (assadas (ara o G'SSV*F*'GS variável de ambiente.
Nome do site nome do local (ode ser definido com -S- * cu)o valor es(ecifica o nome do local a ser utili#ada em entradas de arquivo -erada (or Gaussian. nome do site (adr%o é GIC. =or exem(lo* a se-uinte linha define o nome do site (ara '=CS! --=XCOD
Nome do ost nome do host (ode ser definido com -4- * o valor es(ecifica o nome do host (ara ser usado em entradas de arquivos -erados (or Gauss. (adr%o é o nome do host atual.
-on3gura5Aes adr(o t!icos Aqui est%o as confi-uraçes (adr%o ra#oáveis (ara várias confi-uraçes de máquina! =or uma (equena estaç%o de trabalho com G, de memKria e 00 G, de disco* os al-oritmos (adr%o e alocaç%o de memKria est%o bem. Ma%7is) é tudo o que (recisa ser es(ecificado. •
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- # - aMi"k 0G
/m uma esta5o de tra%al0o oderosa com K rocessadores e K G, de memória' sendo usados ara grandes tra%al0os' todos os K rocessadores deve ser usado or adro. ?lém disso' mais memória deve ser dado a cada tra%al0o7 --4G --* - # - aMi"k 100G
#adrAes do usuário ?rquivos Gauss usuários (odem definir seus (rK(rios (adres* criando a sua (rK(ria Default.?oute arquivo. Gaussian verifica o diretKrio de trabalho atual (ara um arquivo com este nome quando um trabalho é iniciado. Confi-uraçes no arquivo local t;m (reced;ncia sobre aquelas no arquivo de todo o site* e as o(çes es(ecificadas na (arte do (ercurso do trabalho t;m (reced;ncia sobre os dois.
1ariáveis de ?m%iente @odas essas diretri#es também (ode ser definido através de variáveis de ambiente ou ar-umentos de linha de comando JI. A variável de ambiente G'SSV A 7$F oferece uma linha equivalente a 4 A, no Default.?oute arquivo. Da mesma forma* o ar-umento de linha de comando (ara G09 - : = YvalorY es(ecifica a mesma confi-uraç%o. =or exem(lo* todas as se-uintes caracter+sticas t;m o efeito equivalente! --4G e< e@au$.&u$e
eM!r$a:; G>VJ=F 4G G08-< P4GP ...
)rdem de #rioridade A ordem de (rioridade é! o ar-umento de linha de comando* variável de ambiente* Default.?oute definiç%o* (adr%o de (ro-rama interno.
(orrendo Gaussian .este o!s Jm extenso con)unto de trabalhos de teste (ara Gaussian s%o fornecidos* )untamente com seus arquivos de sa+da corres(ondentes. s arquivos de entrada s%o encontrados no diretKrio -09rootF-09FtestsFcom . Jm ou mais subdiretKrios -09rootF-09Ftests * nomeados (ara os ti(os de arquitetura de com(utadores $(or exem(lo* iaTZ &* conter a sa+da de refer;ncia (ara os vários trabalhos de teste $arquivos de lo- -#i((ed&. Jm arquivo de scri(t que corre faixas de (ostos de trabalho de teste automaticamente também é fornecido $descrito abaixo&. Se voc; construir o (ro-rama a (artir do cKdi-o fonte sob uma arquitetura su(ortada e sistema o(eracional e usando o com(ilador es(ecificado* bibliotecas e outros softYares $se houver&* recomendamos que voc; executar al-umas das tarefas de teste (ara verificar se o (ro-rama foi constru+do corretamente . o entanto* n%o é necessário executar todo o con)unto de testes. e)aYYY.-aussian.comF-095(lat.htm (ara a atual lista de (lataformas su(ortadas e softYare necessário. oc; n%o (recisa executar todos os trabalhos de teste (ara distribuiçes binárias. Arquivos de entrada trabalho de teste t;m nomes da forma teste nnn . com . @estes * * 9Z* __* 9Z* 9T* 0 e cobrem uma -ama de ca(acidades de Gauss. ote4se que al-uns (ostos de trabalho de teste s%o destinados a hardYare rá(ido e s%o bastante caros em menores* sistemas de com(utadores mais lentos. arquivo -09rootF-09FtestsFtests.idx lista o que cada trabalho de teste fa#.
8enomeie e4istente *e&ault.8oute arquivo antes de e4ecutar o teste de $o%s Se voc; o(tar (or executar al-uns ou todos os trabalhos de teste de Gauss* voc; (recisará ter certe#a de que eles correm com as confi-uraçes (adr%o built4in do (ro-rama. =ortanto* voc; vai (recisar (ara mudar o nome de ambos os em todo o site Default.?outearquivo $locali#ado no -09rootF-09 diretKrio&* bem como qualquer vers%o individual do arquivo de (adres que voc; (ode ter antes de executar qualquer trabalho de teste. ote que certas confi-uraçes neste arquivo (odem causar al-uns trabalhos de teste falhar.
/4emlos scri(t su!itTcsh (ode ser usado (ara executar tarefas de teste. 'le aceita dois (ar
L dir =g$u->"ui*$= L < g09r''g09esssubi.cs&
mn
comando final é executado teste m (or n . A(Ks cada trabalho de teste terminar* verifique se ela foi conclu+da com ;xito. 'm se-uida* com(are a sua (roduç%o atual com a sa+da de refer;ncia usando o d< scri(t. =or exem(lo! L < g09r''g09essd1
mn
A d< roteiro filtra diferenças insi-nificantes dos arquivos de sa+da (ara trabalhos de teste estou através n e envia a sa+da restante através de ais . As diferenças que a(arecem deve ser limitado a itens n%o4essenciais.
(onstruindo H-Matri,es 'sta seç%o a(resenta um breve (anorama das descriçes tradicionais de sistemas moleculares 4matri#. Má restriçes quanto ao tamanho de uma matri#4! n8mero máximo de variáveis eo n8mero máximo de átomos dentro de um cálculo. 'stes s%o definidos de forma consistente (ara um máximo de _0 mil átomos de reais $incluindo fantasma* mas os átomos n%o fict+cios&* e um máximo de _0 mil centros de 4matri# $átomos* átomos de fantasmas* e átomos dummX&.
5sando coordenadas internas Cada linha de uma matri#4 dá as coordenadas internas de um dos átomos dentro da molécula. formato 4matri# mais usada usa a se-uinte sintaxe! Elemento,la/el * 2tomo * +ínculo de comprimento * 2tomo * /ond,%ngulo * 2tomo * diedro angular V formato de cGdigo W 'mbora estes exem(los use v+r-ulas (ara se(arar itens dentro de uma linha* qualquer se(arador válido (ode ser usado. Elemento,la/el é uma cadeia de caracteres que consiste em um ou outro o s+mbolo qu+mico do átomo ou seu n8mero at/mico. Se o s+mbolo elementar é utili#ado* ele (ode ser o(cionalmente se-uido (or outros caracteres alfanuméricos (ara criar uma etiqueta de identificaç%o (ara esse átomo. Jma (rática comum é a de se-uir o nome do elemento com um n8mero inteiro de identificaç%o secundário! C* C* etcqu+mico de s+mbolo (ara o átomo ou seu n8mero at/mico. Se o s+mbolo elementar é utili#ado* ele (ode ser o(cionalmente se-uido (or outros caracteres alfanuméricos (ara criar uma etiqueta de identificaç%o (ara esse átomo. Jma (rática comum é a de se-uir o nome do elemento com um n8mero inteiro de identificaç%o secundário! C* C* etc $tom * 2tomo * 2tomo s%o os rKtulos dos átomos (reviamente es(ecificados e s%o usados (ara definir a (osiç%o dos átomos atuais. Alternativamente* os n8meros de linha dos demais átomos dentro da seç%o es(ecificaç%o molécula (oderá ser utili#ada (ara os valores das variáveis* onde a car-a ea linha multi(licidade de s(in é a linha 0. rKtulos (ara átomos (reviamente es(ecificados e s%o usados (ara definir a (osiç%o dos átomos atuais. Alternativamente* os n8meros de linha dos demais átomos dentro da seç%o es(ecificaç%o molécula (oderá ser utili#ada (ara os valores das variáveis* onde a car-a ea linha multi(licidade de s(in é a linha 0. A (osiç%o do átomo de corrente é ent%o determinado mediante a extens%o da li-aç%o unindo4a ao 2tomo * o
e 2tomo de * e o $torç%o&* IOM cálculo. Como um (rimeiro exem(lo* considere o (erKxido de hidro-énio. A matri#4 (ara esta estrutura seria! H O 1 0,8 O + 1 1.4 10.0 H 3 0,8 + 10,0 1 1+0,0
A (rimeira linha da matri#4 es(ecifica a(enas um átomo de hidro-énio. A linha se-uinte lista um átomo de oxi-;nio e es(ecifica a dist 10,0 1+0,0
?estriçes de simetria na molécula s%o reflectidos nas coordenadas internas. As duas dist 10,0 Cn"$an$e"Q 1+0,0
e)a os exem(los na discuss%o do Opt (alavra4chave (ara obter mais informaçes
sobre otimi#açes em coordenadas internas.
Listura Interna e coordenadas cartesianas Coordenadas cartesianas s%o realmente um caso es(ecial da matri# * como neste exem(lo! C C H H H H H H
0,00 0,00 0,00 0,00 0,00 1,+ 1.0+ 0.00 -0.38 -0.1 -0.** -0.38 -0.1 0.** -0.38 -1.0+ 0.00 1.8+ 0.1 -0.** 1.8+ 0,1 0,** 1,8+
@ambém é (oss+vel a utili#aç%o de ambas as coordenadas cartesianas e internas dentro da mesma de 4matri#* tal como neste exem(lo! O C C D H H H H H
0 0 M. ? 0 0. I 0. 0 0. -0. 0 0 Mn. 0. + r1 3 1 a1 1 + r+ 3 a+ 1 + 3 r1 + a1 1-1 3 r+ + 1-a+ + 4 r3 + a3 3 d3 ariáEei"Q -1 M. ? 0. I 1. Mn 1. r1 1,0* r+ 1,0* r3 1.0+ a1 1+. a+ 1+. d3 160. 1 80. + -80.
A matri# tem vários recursos di-nos de nota! s nomes das variáveis (ara as coordenadas cartesianas s%o dadas* simbolicamente* do mesmo modo como (ara as variáveis de coordenadas internas. inteiro 0 a(Ks o s+mbolo at/mico indica coordenadas cartesianas simbKlicos a se-uir. Coordenadas cartesianas (ode ser relacionado (or uma mudança de sinal
•
•
?lternate Fmatri" ormato Jm formato de 4matri# alternativa (ermite (osiçes nucleares a serem es(ecificados usando dois
C6 O1 & C+ C3 >1 >+ 1
A (rimeira linha utili#a um
Bsando manequim Etomos 'sta secç%o ilustram a utili#aç%o de átomos de manequim dentro 4matri#es* os quais s%o re(resentados (ela (seudo atKmica s+mbolo . exem(lo se-uinte ilustra o uso de um átomo de manequim (ara fixar o eixo de tr;s ve#es na C v amon+aco! D X H H H
1 1 1 1
1. DH + HDX DH + 3 1+0,0 HDX DH + HDX 3 -1+0,0
nh 1.0 HDX 70,0
A (osiç%o do manequim no eixo é irrelevante* e a dist é o
X ha@ i C1 80. X ha@ O 80. C1 1*0,0 C1 h X HCC O h C1 h X HCC O-h C+ h X HCC O h C+ h X HCC O-h
ha@ 0,7 i 1.0 h 1,0* HCC 130,0 h 130,0
'ste exem(lo ilustra dois (ontos. 'm (rimeiro lu-ar* um átomo de manequim é colocado no centro da li-aç%o CC (ara a)udar a limitar o cco tri
h 1,06
Da mesma forma* nesta matri# destinados (ara uma otimi#aç%o de -eometria* etade re(resenta a metade do
1 + + 4
n 1. 1
n 1,+0 1.3 h 1.0 *0,0
Geometria #uilder /odelo +speciicaç"es construtor modelo é outra facilidade dentro Gaussian (ara es(ecificar ra(idamente certos ti(os de sistemas moleculares [ Po-le67a ] . solicitado aos Modela ou Model8 o(çes (ara o Geo (alavra4chave* e que exi-e entrada adicional em uma seç%o se(arada dentro do arquivo de trabalho. insumo básico (ara o construtor do modelo é chamado de matri& de fGrmula curta * uma coleç%o de linhas* cada um dos quais define um átomo $(or s+mbolo at/mico& e sua conectividade* (or até mais seis entradas. Cada um destes (ode ser um inteiro* que re(resenta o n8mero da linha que define um outro átomo ex(licitamente es(ecificada de que o átomo de corrente está li-ado* ou um s+mbolo atKmico $(or exem(lo* M* E&* ao qual o átomo de corrente está li-ado (or uma li-aç%o de terminal * ou um s+mbolo (ara um -ru(o funcional terminal que é li-ado ao átomo de corrente. s -ru(os funcionais dis(on+veis atualmente s%o M* M* 7e* 't* =r* I=?* ,u* I,J* e J@,. A matri# de fKrmula curta também define im(licitamente a -eometria de rotaç%o sobre cada elo da se-uinte maneira. Su(onha que os átomos e s%o ex(licitamente es(ecificado. 'nt%o a(arecer%o na fila e a(arecer%o na fila de . Deixe eu ser o átomo O direita de na linha e ser o átomo O direita de na linha . 'm se-uida* os átomos e s%o colocados em a orientaç%o trans sobre o v+nculo . A matri# de fKrmula curta (odem ser se-uidos (or linhas o(cionais que modificam a estrutura -erada. Má #ero ou mais de cada uma das se-uintes linhas* as quais devem ser a-ru(ados )untos na ordem dada aqui! 'toGeo2 I 2 Geom ormalmente a -eometria local sobre um átomo é definido (elo n8mero e ti(os de li-aç%o sobre o átomo $(or exem(lo* carbono em metano é tetraédrico* em etileno é trian-ular* etc&. @odos os 2 L 2 Geom Isso muda as orientaçes do 4 e N 4 L t+tulos sobre a 4 N . v+nculo 8eom ou é o
Isso define o com(rimento do 4 v+nculo com 1e)len $um valor de (onto flutuante&. construtor de modelo sK (ode construir estruturas com átomos em suas val;ncias normais. Se um radical é dese)ada* sua val;ncia extra (ode ser efetivamente amarrado usando átomos fict+cios* que s%o es(ecificados (or um sinal de menos antes do s+mbolo at/mico $(or exem(lo*4M&. A(enas os átomos terminais (odem ser átomos de manequim. s dois modelos dis(on+veis $A e ,& diferem em que o modelo A leva em conta o ti(o $sim(les* du(los* tri(los* etc& de uma li-aç%o na atribuiç%o de com(rimentos de li-aç%o* com(rimentos de li-aç%o* enquanto o modelo , de(ende a(enas dos ti(os de átomos envolvido. 7odelo , está dis(on+vel (ara todos os átomos de M (ara Cl* exceto 'le e e. Se o modelo A é solicitada e um átomo é usado (ara os quais n%o 7odel A com(rimento de li-aç%o é definido* o com(rimento de li-aç%o 7odelo , a(ro(riado é usado em seu lu-ar.
*iitaçes do Pro+raa 'sta seç%o lista as diversas limitaçes de tamanho que existem dentro Gaussian 09. (ro-rama inte-ral tem as se-uintes limitaçes! n8mero máximo de átomos é de _0.000. n8mero máximo total de conchas (rimitivas é _0.000. n8mero máximo de (rimitivas d4conchas e su(erior é _0.000. n8mero máximo de conchas contratados é _0.000. A contracç%o -raus de máximo (ermitido é de 00. Opt = 1$F2 $nOnl&3 otimi#açes48teis a(enas (ara os métodos anal+ticos* sem -radientes est%o limitados a _0 variáveis. (ro-rama G, é limitado a 00 (ares de orbitais $que n%o é uma restriç%o* na (rática&. , está dimensionado (ara _0 mil átomos e 0.000 funçes de base. •
•
•
•
Gaussian 09 Ligaç"es A tabela a se-uir lista os (ro-ramas que com(em Gaussian 09 conhecidos como linNs* )untamente com as suas (rinci(ais funçes!
*0
Iniciali#a (ro-rama e controles de sobre(osiç%o
*<
Seç%o =rocessos rota* lista de linNs (ara executar constrKi e iniciali#a arquivos scratch
*<0<
"; t+tulo e molécula es(ecificaç%o
*<0/
timi#açes Eletcher4=oYell
*<0
timi#açes ,ernX a minima e @S* (esquisas estaduais S@R transiç%o
*<0
timi#açes 7urtau-h4Sar-ent
*<0?
Diferenciaç%o numérica de forças F di(olos obter (olari#abilidade F hi(er(olari#abilidade
*<0
"inear4s+ncrono tr
*<0W
Jnrelaxed exame de su(erf+cie (otencial de ener-ia
*<09
timi#aç%o de eYton4?a(hson
*<<0
Du(lo diferenciaç%o numérica de ener-ias (ara (rodu#ir freqQ;ncias
*<<<
Du(lo diferenciaç%o numérica de ener-ias (ara calcular (olari#abilidades e hi(er(olari#abilidades
*<
'xecuta o método Scalin- irial auto4consistente $SCS&* extens%o de @A `eith [ *o4din9 , )a%noli82 , *ehd9! ]
*<<
timi#aç%o 'E usando -radientes anal+ticos
*<
'E otimi#aç%o numérica $usando a(enas as ener-ias&
*<<
Se-ue o caminho de reaç%o usando o al-oritmo GS
*<
Cam(o de reaç%o numérica auto4consistente $SC?E&
*<<
'xecuta cálculos de solvataç%o I=C7.
*<
Cálculos ,7D
*
Controles I7 cálculos
*
Cálculos AD7=
*
Cálculos contra(eso
*
Se-ue o caminho da reacç%o usando o al-oritmo de M=C $e outros&
*
'xecuta I7 com =C7 e externa4iteraç%o =C7
*/0/
?eorienta coordenadas* calcula simetria* e verifica as variáveis
*0<
Gera definir base de informaç%o
*0/
Calcula sobre(osiç%o* cinética e inte-rais (otenciais
*0
Calcula inte-rais multi(olares
*0W
Calcula velocidade de di(olo e inte-rais ?x M
*<0
Calcula S=DE inte-rais 4elétrons de uma forma (rimitiva
*<<
Calcula s( inte-rais 4elétrons
*
Calcula S=DE inte-rais 4elétrons
*
Im(rime inte-rais 4elétrons
*<9
Calcula inte-rais 4elétron (ara rotaç%o a(roximado de aco(lamento orbital
*E0<
Eormulários o (al(ite 7 inicial
*E0/
'xecuta semi4em(+ricos e moleculares cálculos de mec
*E0
Iniciali#a um cálculo 7CSCE
*0/
Iterativamente resolve as equaçes SCE $conven. JME k ?ME* todos os métodos diretos* SC?E&
*0
Iterativamente resolve as equaçes SCE usando minimi#aç%o direta
*0?
'xecuta um cálculo ?ME ou G,4==
*0W
=ro-rama SCE quadraticamente conver-ente
*<0
7C4SCE
*?0<
=o(ulaç%o e afins análises $incluindo momentos multi(olares&
*?0/
=ro(riedades 4elétron $(otencial* cam(o e -radiente de cam(o&
*?0E
Avalia 7s ou densidade sobre uma -rade de (ontos
*?0
?eali#a análises ,
*?0W
'ner-ias DE@ n%o4iterativos
*?09
Ltomos em 7oléculas (ro(riedades
*?<0
Inte-raç%o numérica $(ara testar cKdi-os inte-rais&
*0<
4elétron inte-rais (rimeiras ou se-undas derivadas
*0/
4elétrons inte-rais (rimeiras ou se-undas derivadas $s(&
*0
4elétrons inte-rais (rimeiras ou se-undas derivadas $s(df&
*
=rocessos de informaç%o (ara otimi#açes e freqQ;ncias
*W0<
Iniciali#a transformaç%o de inte-rais de elétrons
*W0/
'xecuta a transformaç%o inte-ral $ 1 in4core&
*W0E
@ransformaç%o Inte-ral
*W<<
@ransforma derivados inte-rais e calcula suas contribuiçes (ara 7= derivados
*90<
Anti4sXmmetri#es inte-rais 4elétrons
*90/
Determina a estabilidade da funç%o de onda de Martree4EocN
*90
ld 7= no interior do n8cleo
*90E
Con)unto de base com(leto $C,S& método de extra(olaç%o de =etersson* et. ai.
*90
Com(lexo 7=
*90?
7= Semi4direto
*90W
'lectron =ro-rama =ro(a-ator
*9<
Calcula ener-ias (Ks4SCE e termos de -radiente
*9
CI4Sin-les* ?=A e ID estados excitados: estabilidade SCE
*9<
Calcula quantidades quinta ordem $(ara 7=_* RCISD $@R& e ,D $@R&&
*9
7=Z e CCSD elho
*9
?eo(timi#es a funç%o de onda
*9/
=ro-rama SAC4CI
*<00/
Iterativamente resolve as equaçes C=ME: calcula várias (ro(riedades $incluindo ?7&
*<00
Iterativamente resolve as equaçes C=47CSCE
*<0
Calcula anal+ticas CI4Sin-les se-undas derivadas
*<<0<
Calcula4 elétrons derivados inte-rais
*<<0/
Calcula di(olo inte-rais derivativos
*<<<0
4elétron contribuiç%o derivado inte-rante (ara E $x&
*<<<<
7atri# densidade de (art+culas e (Ks4SCE derivados
*<<
Derivados 7= se-unda
