1. Drojdiile ca agenţi biotehnologici Introducere Micr Microo oorg rgan anis isme mele le incl incluz uzân ândd bact bacter eriil iile, e, droj drojdi diil ile, e, fung fungii ii fila filame ment ntoş oşii şi alge algele le unicelulare au fost folosite în culturi submerse pentru obţinerea diferitelor produse printre care care şi biom biomas asaa prot protei eică că.. De la înce începu putu turil rilee prod produc ucţi ţiei ei pe scar scarăă larg largăă de peni penici cili lină nă,, streptomicină şi de alte antibiotice şi până la conversia steroizilor de către o varietate de microorganisme, s-au dezvoltat şi o serie de ecipamente pentru culturile submerse dintre care, mai utilizate sunt două tipuri! bioreactorul cu agitare mecanică , cu diferite variante de agitatoare şi sisteme de spargere a spumei, fermentatorul airlift care care poate fi considerat un ibrid între fermentatorul clasic cu agitare mecanică şi tipul cu draft al fermentatorului airlift. "actorii limitativi ai dezvoltării celulare în astfel de ecipamente de fermentaţie sunt transferul de căldură şi transferul de masă, ultimul influenţând folosirea nutrienţilor, în special a o#igenului de către celule precum şi cantitatea produşilor de metabolism. $n jurul acestui subiect s-a dezvoltat o bogată literatură de specialitate, care descrie efectu efectull acesto acestorr factor factorii asupra asupra dezvol dezvoltăr tării ii cultu culturil rilor or sub subme merse rse microb microbien iene, e, cu pun punere ereaa în evidenţă a factorului limitativ pentru producţia de masă celulară şi de metaboliţi primari sau secundari. %&' $n Figura 1 sunt prezentate principalele aplicaţii industriale tradiţionale şi moderne ale drojdiilor bazate pe e#ploatarea dezvoltării drojdiilor şi pe procesele metabolice specifice acestora la nivel industrial %('.
&&
Figura 1. )iotenologii tradiţionale şi moderne bazate pe drojdii.
*ccentul este pus pe relaţia dintre fiziologia celulelor de drojdie şi biotenologie pe de o parte şi *D+ recombinant şi tenologiile de fermentaţie pe de altă parte. rivitor la drojdiile non Saccharomyces, creşterea importanţei lor industriale este în particular datorată producţiei masive de substanţe şi preparate biofarmaceutice. De asemenea a fost evidenţiată importanţa drojdiilor ca modele e#perimentale în studiile fundamentale ale ştiinţelor biomedicale %'.
1.1. Aspecte privind biologia drojdiilor Drojdiile sunt benefice pentru omenire, deoarece în cea mai mare măsură sunt utilizate pentru producerea de alimente, vin, bere, substanţe bioterapeutice şi produse farmaceutice. $n prezent au fost recunoscute apro#imativ şapte sute de specii de drojdie. Deoarece drojdiile sunt adesea utilizate în biotenologia tradiţională şi modernă, descoperirea de noi specii este legată şi de noile tenologii. entru entru descri descriere ereaa domeni domeniulu uluii drojdii drojdiilor lor au fost fost utiliz utilizate ate mai mai multe multe defin definiţii iţii.. $n conformitate cu uilliermond /&0&(1 şi 2odder /&0341 %&&' drojdiile sunt fungi unicelulari cu reproducere prin înmugurire ori fisiune. $n acest sens, s-a recunoscut că drojdiile sunt fungi unicelulari adevăraţi, dar în realitate, majoritatea speciilor de drojdii sunt dimorfice şi produc pseudoife şi ife, pe lângă dezvoltarea unicelulară. 5imilar, majoritatea fungilor ifali sunt dimorfici şi, în mod uzual, aceştia au fost denumiţi 6east 7 li8e. 9denti 9dentifica ficarea rea,, numire numireaa şi plasar plasarea ea drojdi drojdiilo ilorr în propiu propiull lor cadru cadru evo evolut lutiv iv sun suntt impor importan tante te pen pentru tru multe multe domeni domeniii ale ştiinţ ştiinţei ei care care includ includ agricu agricultu ltura, ra, medic medicina ina,, ştiinţ ştiinţele ele biologice, biotenologia, biotenologia, industria alimentară. alimentară. 9nvestiga 9nvestigaţii ţii comparat comparative ive care includ includ morfologia morfologia,, fiziologia fiziologia,, genetica, genetica, biocimia biocimia,, ecologia şi genetica moleculară, au îmbogăţit ta#onomia drojdiilor. rima perioadă perioadă în sistematic sistematicaa drojdiilor drojdiilor care se situează situează până la nivelul nivelul anilor anilor &0:4 &0:4,, este caracterizată prin studii aprofundate de morfologie, fiziologie nutriţională comparată şi genetică convenţională. convenţională. 9niţia 9niţiall pen pentru tru utiliz utilizări ări ta#on ta#onomi omice ce se folose foloseau au teste teste care care se refere refereau au la nu numă mărul rul atomilor de carbon asimilaţi şi la folosirea compuşilor azotului. ;ic8erman /&0<&1 a e#tins aceste cercetări şi astăzi apro#imativ un număr de 60 de teste sunt utilizate curent şi ele includ fermentaţia şi asimilarea compuşilor carbonului, asimilarea compuşilor azotului, cerinţele în vitamine, rezistenţa la cycloheximide, necesităţi de temperatură
&(
Figura 1. )iotenologii tradiţionale şi moderne bazate pe drojdii.
*ccentul este pus pe relaţia dintre fiziologia celulelor de drojdie şi biotenologie pe de o parte şi *D+ recombinant şi tenologiile de fermentaţie pe de altă parte. rivitor la drojdiile non Saccharomyces, creşterea importanţei lor industriale este în particular datorată producţiei masive de substanţe şi preparate biofarmaceutice. De asemenea a fost evidenţiată importanţa drojdiilor ca modele e#perimentale în studiile fundamentale ale ştiinţelor biomedicale %'.
1.1. Aspecte privind biologia drojdiilor Drojdiile sunt benefice pentru omenire, deoarece în cea mai mare măsură sunt utilizate pentru producerea de alimente, vin, bere, substanţe bioterapeutice şi produse farmaceutice. $n prezent au fost recunoscute apro#imativ şapte sute de specii de drojdie. Deoarece drojdiile sunt adesea utilizate în biotenologia tradiţională şi modernă, descoperirea de noi specii este legată şi de noile tenologii. entru entru descri descriere ereaa domeni domeniulu uluii drojdii drojdiilor lor au fost fost utiliz utilizate ate mai mai multe multe defin definiţii iţii.. $n conformitate cu uilliermond /&0&(1 şi 2odder /&0341 %&&' drojdiile sunt fungi unicelulari cu reproducere prin înmugurire ori fisiune. $n acest sens, s-a recunoscut că drojdiile sunt fungi unicelulari adevăraţi, dar în realitate, majoritatea speciilor de drojdii sunt dimorfice şi produc pseudoife şi ife, pe lângă dezvoltarea unicelulară. 5imilar, majoritatea fungilor ifali sunt dimorfici şi, în mod uzual, aceştia au fost denumiţi 6east 7 li8e. 9denti 9dentifica ficarea rea,, numire numireaa şi plasar plasarea ea drojdi drojdiilo ilorr în propiu propiull lor cadru cadru evo evolut lutiv iv sun suntt impor importan tante te pen pentru tru multe multe domeni domeniii ale ştiinţ ştiinţei ei care care includ includ agricu agricultu ltura, ra, medic medicina ina,, ştiinţ ştiinţele ele biologice, biotenologia, biotenologia, industria alimentară. alimentară. 9nvestiga 9nvestigaţii ţii comparat comparative ive care includ includ morfologia morfologia,, fiziologia fiziologia,, genetica, genetica, biocimia biocimia,, ecologia şi genetica moleculară, au îmbogăţit ta#onomia drojdiilor. rima perioadă perioadă în sistematic sistematicaa drojdiilor drojdiilor care se situează situează până la nivelul nivelul anilor anilor &0:4 &0:4,, este caracterizată prin studii aprofundate de morfologie, fiziologie nutriţională comparată şi genetică convenţională. convenţională. 9niţia 9niţiall pen pentru tru utiliz utilizări ări ta#on ta#onomi omice ce se folose foloseau au teste teste care care se refere refereau au la nu numă mărul rul atomilor de carbon asimilaţi şi la folosirea compuşilor azotului. ;ic8erman /&0<&1 a e#tins aceste cercetări şi astăzi apro#imativ un număr de 60 de teste sunt utilizate curent şi ele includ fermentaţia şi asimilarea compuşilor carbonului, asimilarea compuşilor azotului, cerinţele în vitamine, rezistenţa la cycloheximide, necesităţi de temperatură
&(
Drojdiile ca agenţi biotehnologici
5tudiile genetice relevă prezenţa diferitelor stadii se#uale. =iclul se#ual la ascomicete poate fi aplontic, diplontic ori diploaplontic. 5peciile de drojdii pot fi omotalice, eterotalice, sau o combinaţie a acestora. %&4' * doua perioadă în sistematica drojdiilor este considerată de la &0:4 până în prezent, şi este este carac caracter teriza izată tă printr printr-o -o aprofu aprofund ndare are a studiu studiului lui carac caracter terelo elorr morfo morfolog logice ice datori datorită tă introd introduce ucerii rii micros microscop copiei iei electr electroni onice, ce, a aplic aplicări ăriii criter criteriilo iilorr bioci biocimic micee şi a introd introduce ucerii rii studiilor de genetică moleculară. Microscopia cu transmisie de electroni a relevat diferenţe într întree droj drojdi diil ilee asco ascomi mice cete te şi bazi bazidi diom omic icet ete. e. Droj Drojdi diil ilee asco ascomi mice cete te au pere pereţi ţiii celu celula lari ri transparenţi la electroni şi conţin în majoritate β - glucani, pătura e#ternă fiind formată f ormată din α manani. Drojdiile bazidiomicete au pereţii celulari cu o structură lamelară netransparentă la electr electroni oni şi forma formaţi ţi în majori majoritat tatee din β - glucani. "ormarea mugurelui este de asemenea dife diferi rită tă la cele cele do două uă grup grupur urii de droj drojdi dii. i. Droj Drojdi diil ilee asco ascomi mice cete te prez prezin intă tă o înmu înmugu gurir riree oloblastică, care constă în participarea întregului perete celular, la formarea noului perete, a mugurelui pe când la drojdiile bazidiomicete care au o înmugurire enteroblastică, participă numai stratul interior al peretelui celular. >ltrastructura septului arată diferenţe importante între cele două clase de drojdii. 5eptul la majoritatea ascomicetelor are unul sau mai mulţi micropori. 5eptul simplu are un singur por central, pe lângă unii pereţi despărţitori de la unele bazidiomicete, care au o structură de tip dolipor, la care porul central este flancat de o membrană perforată numită parentezom. entru diferenţieri ta#onomice au fost utilizate caracteristici biocimice, compoziţia în glucide a pereţilor celulari şi capsulelor, spectrul de rezistenţă magnetică a pereţilor celulari, numărul unităţilor izoprenice din coenzima ?, citocromii, compoziţia în acizi graşi şi paternul izoenzimelor. %&(' 9ntrod 9ntroduce ucerea rea studii studiilor lor *D+ *D+,, furniz furnizea ează ză în princi principa pal, l, un parame parametru tru obiect obiectiv iv în estimarea distanţelor evolutive din punct de vedere ta#onomic. Diferitele metode utilizate oferă soluţii la diferite niveluri ta#onomice. @aloarea ta#onomică a compoziţiei în baze a *D+ /molA B=1 este în special caracteristică ta#onomică de specie. Culpinile fenotipice care diferă au un procent mai mare de ( 7 A în compoziţia bazelor, sunt considerate specii diferi diferite. te. 2imite 2imitele le în compoz compoziţi iţiaa de baze baze a *D+ *D+,, diferă diferă pen pentru tru drojdi drojdiile ile ascom ascomice icete te şi bazidiomicete. =ele mai multe drojdii ascomicete au procentul molar de guanină şi citozină /molA B=1 mai mic de <4, pe când majoritatea bazidiomicetelor au acest procent peste <4 /Tabelul 11. &
Tabelul 1. Distribuţia molA B= la diferite ascomicete şi bazidiomicete Mol% G+
!rocentajul la drojdiile
!rocentajul la drojdiile
(< 7 (4
asco"icete 4,3<
ba#idio"icete -
4 7
&,<
-
< 7 0
(E
&
4 7
(,<
&
< 7 0
&:
&4
<4 7 <
<,<
<
<< 7 <0
(
&
:4 7 :
4,3<
:< - :0
-
&E
5tudiile de ibridare a *D+ au fost utilizate pentru determinarea similarităţilor între specii. Metodele utilizate în aceste studii se referă la analiza spectrofotometrică a formării eteroduple#ului şi la cele fluorometrice şi colorimetrice. %&' Cenicile electroforetice utilizate în sistematica drojdiilor au creat posibilitatea realizării de studii la nivelul cromozomilor individuali. Multe specii de drojdii au o variaţie considerabilă ca număr şi dimensiune a *D+ cromozomal.
1.1.1. Aspecte de genetic$ "olecular$ 9ngineria genetică, sau în sens strict tenologia *D+ recombinant a revoluţionat rapid câteva domenii de bază în genetică şi biologia aplicată. $n ultimii ani drojdia Saccharomyces cerevisiae a
fost utilizată ca model e#perimental pe care s-a studiat e#presia genelor din
eucariotele superioare. $n Figura sunt prezentate scematic procedeele de bază în tenologia *D+ recombinant la drojdii. 2a tulpinile de drojdii industriale aspectele de genetică moleculară se referă la alegerea vectorilor, promotorilor, la selecţia mar8erilor şi la semnalele de secreţie. *plicaţiile biotenologice sunt dependente de clonarea genelor eteroloage pentru drojdii, izolate din *D+ viral, procariote sau eucariote.
&
Drojdiile ca agenţi biotehnologici
Figura . rocedeele de bază în ingineria genetică la drojdii.
+umeroşi vectori plasmidiali au fost construiţi pentru transformarea genetică a celulelor de drojdie /Tabelul 1. $n general pentru o transformare cât mai eficientă a celulelor de drojdie, vectorii trebuie să conţină! -
secvenţe de plasmide bacteriene / ! coli1, care servesc la producerea clonării şi amplificării şi care permit ca *D+ să se insereze în celula gazdăF
-
secvenţă /*G51 care se replică autonomF
-
secvenţă centromerică /=H+1 pentru stabilitatea segregării mitoticeF
-
mar8eri selectaţi corespunzător şi avantajosF
-
unul sau câteva situsuri pentru enzimele de restricţie, care permit inserarea *D+ eterolog. %'
Tabelul . @ectori plasmidiali pentru transformarea celulelor de drojdie &<
Tipuri de vector
&'e"ple
lasmide de integrare
lasmidă integrativă de drojdie /Ilp1 lasmidă replicativă de drojdie /IGp1
lasmide de replicare independentă
lasmidă epizomală de drojdie /IHp1 lasmidele centromerice de drojdie /I=p1 lasmidă lineară de drojdie /I2p1 =romozomi artificiali de drojdie /I*=s1
lasmide specializate
lasmidă de e#presie /IKp1 lasmide Liller
aracteristici "recvenţe scăzute de integrare în loci cromozomali prin recombinare omoloagă. Ilps sunt integrate în copii singulare, iar transformanţii sunt stabili, ciar în absenţa presiunii selective. "recvenţe înalte de transformare /<44 7 (444 de transformanţi per µg *D+1 datorită elementelor *G5 care menţin replicarea e#tracromozomală. lasmidele sunt instabile pe timpul dezvoltării drojdiei datorită segregării asimetrice în diviziunea celulară. Irps sunt utilizate rar. *cestea sunt derivate din plasmidele de ( µm din Saccharomyces cerevisiae cu origine în secvenţele de replicare. Ieps sunt relativ stabile, susţinute e#tracromozomal de <4 7 &44 copii per celulă. 9ncluderea secvenţelor centromerice /=H+1 funcţionale de drojdie, conduce la segregarea stabilă în mitoză. lasmidele sunt susţinute de & 7 copiiJcelulă şi sunt stabile în diviziunea celulelor. *cestea sunt plasmide cromozomale artificiale care conţin secvenţe telomerice pentru susţinerea stagiului linear =romozomi artificiali, lineari liberi sunt foarte stabili /conţin secvenţe =H+1. 5unt utilizaţi pentru receptarea de inserţii libere de *D+, în analizele genomului uman, bogate în tenici fizice curente =onţine promotor transcripţional şi secvenţe terminale, de care genele eteroloage se pot lega. De asemenea, conţin secvenţe pentru modificarea şi secreţia proteinelor e#terne pL2& şi ( din "luyveromyces lactis sunt plasmide Liller lineare, care pot fi dezvoltate ca vectori de clonare
lasmide de >tilizate pentru pierderea totală a secvenţei de vectori dezintegrare bacterieni. /IDp1 romotorii sunt utilizaţi ca vectori de clonare în drojdii pentru mărirea transcripţiei genelor de interes. 5ecvenţele promotor care derivă din drojdii sunt /omoloage1 sau eteroloage. =ei mai frecvenţi promotori constitutivi de drojdie sunt genele glicolitice care conduc la o e#presie transcripţională înaltă. Hnzimele glicolitice din celule de drojdie fermentate pot fi între & 7
Drojdiile ca agenţi biotehnologici