Marka Marka Moleku Molekuler ler adalah adalah upaya upaya membe membedak dakan an karate karateri risti stik k tanaman tanaman pada tingkat gen. Penggunaan marka molekuler utamanya untuk memonitor variasi susunan DNA di dalam dan pada sejumlah spesies serta merekayasa sumber baru variasi genetic dengan mengintroduksi karakter-katakter baik yang baru dari landraces dan spesies-spesies liar. Di Indone Indonesia sia sendir sendirii terdap terdapat at bebera beberapa pa metoda metoda melaku melakukan kan marka marka mole moleku kule ler. r. An Anta tara ra lain lain RAPD RAPD (Ran (Rando dom m Ampl Amplif ifie ied d Poly Polymo morp rphi hic c DNA) DNA),, mikrosatel mikrosatelit, it, SNP (Single (Single Nucleotid Nucleotide e Polymorph Polymorphisms) isms) dan AFCD (Amplifie (Amplified d Fragment Length Polymorphism). Polymorphism). Namun dari keempat metode tersebut mikro satelit cenderung lebih popu popule lerr dan dan tela telah h dite ditera rapk pkan an pada pada tana tanama man n sawi sawit, t, kela kelapa pa dan dan kakao. kakao. Dimana matode ini tidak hanya bisa mengidentifikasi variasi genetis namun juga mengetahui jenis gen-gen yang resesif. Langkah awal pelaksanaan marka molekuler adalah mengambil bagian tanaman, biasanya berasal dari daun muda. Kemudian diisolasi DNA-nya, kemudian dicari mana bagian yang bertanggung jawab terhadap karakter unggul pada tanaman. Biasanya DNA yang diisolasi kemudian akan dihubungkan dengan bank data data geneti genetika, ka, untuk untuk mengid mengident entifi ifikasi kasi gen dan mendu menduga ga karakt karakter er yang yang diekspresikan. Mikr Mikros osat atel elit it adal adalah ah sekue sekuen n sede sederh rhana ana yang yang beru berula lang ng-u -ula lang ng yang yang melimpah dalam genom suatu spesies. Mikrosatelit memiliki pengulangan sekue sekuen n yang yang beru beruru ruta tan n dua dua samp sampai ai 4 moti motiff seku sekuen en nukl nukleo eoti tida da seba sebagai gai sekuen konservatif. Marka ini sangat berguna sebagai marka genetik karena bersifa1: kodominan, sehingga dapat mendeteksi keragaman alel pada level yang yang ting tinggi gi,, muda mudah h dan dan ekon ekonom omis is dala dalam m peng pengap apli lika kasi sian anny nya a kare karena na menggunakan proses PCR. Bentuk Bentuk pengul pengulanga angan n sekuen sekuen DNA seder sederhana hana yang yang berula berulangng-ula ulang ng menjadikan marka mikrosatelit sering disebut simple sequence repeat (SSR), short tandem repeats (STRs) atau simple sequence length polymorphisms (SSLPs) yang sekarang menjadi salah satu marka paling banyak digunakan secara secara luas untuk pemetaan pemetaan genetik, analisis keragaman keragaman genetik, genetik, dan studi evolusi (Temnykh et al. 2000). Marka ini muncul sebagai marka yang sangat vari variat atif if dan dan muda mudah h diul diulang ang,, menj menjad adik ikan an sang sangat at idea ideall untu untuk k peme pemeta taan an geno genom. m. Mikr Mikros osate ateli litt ini ini meru merupa pakan kan salah salah satu satu tipe tipe poli polimo morf rfis isme me yang yang berulang-ulang, yang biasa dikelompokkan ke dalam simple tandem repeat polymorphism (STRP), karena perbedaan genetik di antara molekul-molekul DNA yang mengandung sejumlah kopi sekuen DNA pendek yang diulang bebera beberapa pa kali. kali. STRP STRP yang yang memil memiliki iki pengul pengulang angan an 2-9 pasang pasang basa sering sering disebut disebut mikrosatel mikrosatelit, it, sedangkan sedangkan STRP dengan pengulangan pengulangan 10-60 pasang basa basa sering sering dis disebu ebutt minisa minisatel telit it atau atau variab variable le number number of tandem tandem repeat repeats s (VNTR) (Hartl dan Jones 2000). Gupta et al. (1996) menyebutkan mikrosatelit tersebar di seluruh genom, sedangkan minisatelit sebagian besar terpusat di dekat telomer.
